BACKGROUND: Multiple studies have reported the prognostic impact of DNA methylation changes in acute myeloid leukemia (AML). However, these epigenetic markers have not been thoroughly validated and therefore are still not considered in clinical practice. Hence, we aimed to independently verify results of selected studies describing the relationship between DNA methylation of specific genes and their prognostic potential in predicting overall survival (OS) and event-free survival (EFS). RESULTS: Fourteen studies (published 2011-2019) comprising of 27 genes were subjected to validation by a custom NGS-based sequencing panel in 178 newly diagnosed non-M3 AML patients treated by 3 + 7 induction regimen. The results were considered as successfully validated, if both the log-rank test and multivariate Cox regression analysis had a p-value ≤ 0.05. The predictive role of DNA methylation was confirmed for three studies comprising of four genes: CEBPA (OS: p = 0.02; EFS: p = 0.03), PBX3 (EFS: p = 0.01), LZTS2 (OS: p = 0.05; EFS: p = 0.0003), and NR6A1 (OS: p = 0.004; EFS: p = 0.0003). For all of these genes, higher methylation was an indicator of longer survival. Concurrent higher methylation of both LZTS2 and NR6A1 was highly significant for survival in cytogenetically normal (CN) AML group (OS: p < 0.0001; EFS: p < 0.0001) as well as for the whole AML cohort (OS: p = 0.01; EFS < 0.0001). In contrast, for two studies reporting the poor prognostic effect of higher GPX3 and DLX4 methylation, we found the exact opposite, again linking higher GPX3 (OS: p = 0.006; EFS: p < 0.0001) and DLX4 (OS: p = 0.03; EFS = 0.03) methylation to a favorable treatment outcome. Individual gene significance levels refer to the outcomes of multivariate Cox regression analysis. CONCLUSIONS: Out of twenty-seven genes subjected to DNA methylation validation, a prognostic role was observed for six genes. Therefore, independent validation studies are necessary to reveal truly prognostic DNA methylation changes and to enable the introduction of these promising epigenetic markers into clinical practice.
- MeSH
- akutní myeloidní leukemie diagnóza genetika MeSH
- dospělí MeSH
- imunochemie metody statistika a číselné údaje MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- metylace DNA genetika fyziologie MeSH
- nádorové biomarkery analýza genetika MeSH
- prognóza MeSH
- sekvenční analýza DNA metody statistika a číselné údaje MeSH
- transkripční faktory genetika MeSH
- validační studie jako téma MeSH
- výsledek terapie MeSH
- Check Tag
- dospělí MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- Klíčová slova
- stratum corneum, epidermální homeostáza,
- MeSH
- diagnostické techniky molekulární * MeSH
- epidermis fyziologie patofyziologie MeSH
- epidermolytická ichtyóza diagnóza etiologie genetika MeSH
- genetická onemocnění kůže * MeSH
- genetické testování * MeSH
- ichthyosis vulgaris * diagnóza etiologie genetika MeSH
- ichtyóza vázaná na chromozom X diagnóza etiologie genetika komplikace MeSH
- ichtyóza * diagnóza genetika klasifikace MeSH
- klinický obraz nemoci MeSH
- lamelární ichtyóza diagnóza etiologie genetika klasifikace MeSH
- lidé MeSH
- mutace MeSH
- novorozenec MeSH
- prevalence MeSH
- sekvenční analýza DNA * metody statistika a číselné údaje využití MeSH
- superficiální epidermolytická ichtyóza diagnóza etiologie genetika MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- novorozenec MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
- Klíčová slova
- MCF-7 buněčná linie, analýza DNA,
- MeSH
- adenokarcinom farmakoterapie MeSH
- apoptóza účinky léků MeSH
- buněčný cyklus genetika MeSH
- fragmentace DNA účinky léků MeSH
- lidé MeSH
- MFC-7 buňky * cytologie účinky léků MeSH
- nádory prsu terapie MeSH
- prospektivní studie MeSH
- protinádorové látky MeSH
- sekvenční analýza DNA statistika a číselné údaje využití MeSH
- taxoidy * aplikace a dávkování terapeutické užití toxicita MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- grafy a diagramy MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
- MeSH
- bachor mikrobiologie MeSH
- finanční podpora výzkumu jako téma MeSH
- fylogeneze MeSH
- geny rRNA genetika MeSH
- houby cytologie genetika izolace a purifikace MeSH
- klasifikace metody MeSH
- sekvenční analýza DNA statistika a číselné údaje využití MeSH
- skot MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- skot MeSH
- zvířata MeSH
- MeSH
- bodová mutace MeSH
- dospělí MeSH
- faktor V genetika MeSH
- kontraceptiva orální hormonální škodlivé účinky MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- prevalence MeSH
- rizikové faktory MeSH
- sekvenční analýza DNA metody statistika a číselné údaje MeSH
- trombóza epidemiologie genetika MeSH
- Check Tag
- dospělí MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- srovnávací studie MeSH
