Streptococcus pneumoniae (pneumokok) je grampozitivní kok vyvolávající jak neinvazivní, tak invazivní infekční onemocnění. Onemocnění vyvolaná pneumokokem mohou být preventabilní očkováním. Invazivní pneumokoková onemocnění (IPO) musí splňovat mezinárodní definici případu, jsou hlášena na národní i mezinárodní úrovni a v řadě zemí, včetně České republiky, jsou sledována v programu surveillance. Důležitou součástí surveillance IPO je sledování vyskytujících se sérotypů, hodnocení četnosti jednotlivých sérotypů v čase a v relaci k probíhajícím vakcinačním programům. Ve světe i v České republice je u pneumokoků stále častěji prováděna metoda celogenomové sekvenace (whole genome sequencing, WGS), která umožňuje určování sérotypu pneumokoků ze sekvenačních dat, dále přesnou analýzu jejich genetických vztahů a studium genů obsažených v jejich genomu. Celogenomová sekvenace umožňuje získávat spolehlivá a mezinárodně srovnatelná sekvenační data, která lze snadno sdílet. Sekvenační data jsou analyzována pomocí bioinformatických nástrojů, které vyžadují znalosti z oblasti přírodních věd s důrazem na genetiku a znalosti z oblasti bioinformatiky. V publikaci jsou představeny některé možnosti analýzy pneumokoka, kterými jsou sérotypizace, multilokusová sekvenační typizace (MLST), ribozomální MLST (rMLST), core genome MLST (cgMLST), whole genome MLST (wgMLST), single nucleotide polymorphism (SNP) analýza, určení Global Pneumococcal Sequence Cluster (GPSC), stanovení genů virulence a genů antibiotické rezistence. U metody WGS je prezentována strategie její aplikace v Evropě a realizace v praxi. Analýza pneumokoků metodou WGS představuje zlepšení v provádění surveillance IPO, kdy je sérotyp určován molekulárně geneticky, jsou prováděny další podrobnější typizace, získaná data lze snadno mezinárodně porovnávat a lze lépe hodnotit účinnost vakcinačních programů.
Streptococcus pneumoniae (pneumococcus) is a Gram-positive coccus causing both non-invasive and invasive infectious diseases. Pneumococcal diseases are vaccine preventable. Invasive pneumococcal diseases (IPD) meeting the international case definition are reported nationally and internationally and are subject to surveillance programmes in many countries, including the Czech Republic. An important part of IPD surveillance is the monitoring of causative serotypes and their frequency over time and in relation to ongoing vaccination programmes. In the world and in the Czech Republic, whole genome sequencing (WGS) is increasingly used for pneumococci, which allows for serotyping from sequencing data, precise analysis of their genetic relationships, and the study of genes present in their genome. Whole-genome sequencing enables the generation of reliable and internationally comparable data that can be easily shared. Sequencing data are analysed using bioinformatics tools that require knowledge in the field of natural sciences with an emphasis on genetics and expertise in bioinformatics. This publication presents some options for pneumococcal analysis, i.e., serotyping, multilocus sequence typing (MLST), ribosomal MLST (rMLST), core genome MLST (cgMLST), whole genome MLST (wgMLST), single nucleotide polymorphism (SNP) analysis, assignment to Global Pneumococcal Sequence Cluster (GPSC), and identification of virulence genes and antibiotic resistance genes. The WGS strategies and applications for Europe and WGS implementation in practice are presented. WGS analysis of pneumococci allows for improved IPD surveillance, thanks to molecular serotyping, more detailed typing, generation of internationally comparable data, and improved evaluation of the effectiveness of vaccination programmes.
- MeSH
- molekulární biologie metody MeSH
- multilokusová sekvenční typizace klasifikace metody MeSH
- pneumokokové infekce mikrobiologie MeSH
- sekvenování celého genomu * metody normy MeSH
- séroskupina MeSH
- sérotypizace klasifikace metody MeSH
- Streptococcus pneumoniae * genetika izolace a purifikace MeSH
- techniky typizace bakterií klasifikace MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
- přehledy MeSH
The clinical consequences of toxoplasmosis are greatly dependent on the Toxoplasma gondii strain causing the infection. To better understand its epidemiology and design appropriate control strategies, it is important to determine the strain present in infected animals. Serotyping methods are based on the detection of antibodies that react against segments of antigenic proteins presenting strain-specific polymorphic variations, offering a cost-effective, sensitive, and non-invasive alternative to genotyping techniques. Herein, we evaluated the applicability of a panel of peptides previously characterized in mice and humans to serotype sheep and pigs. To this end, we used 51 serum samples from experimentally infected ewes (32 type II and 19 type III), 20 sheep samples from naturally infected sheep where the causative strain was genotyped (18 type II and 2 type III), and 40 serum samples from experimentally infected pigs (22 type II and 18 type III). Our ELISA test results showed that a combination of GRA peptide homologous pairs can discriminate infections caused by type II and III strains of T. gondii in sheep and pigs. Namely, the GRA3-I/III-43 vs. GRA3-II-43, GRA6-I/III-213 vs. GRA6-II-214 and GRA6-III-44 vs. GRA6-II-44 ratios showed a statistically significant predominance of the respective strain-type peptide in sheep, while in pigs, in addition to these three peptide pairs, GRA7-II-224 vs. GRA7-III-224 also showed promising results. Notably, the GRA6-44 pair, which was previously deemed inefficient in mice and humans, showed a high prediction capacity, especially in sheep. By contrast, GRA5-38 peptides failed to correctly predict the strain type in most sheep and pig samples, underpinning the notion that individual standardization is needed for each animal species. Finally, we recommend analyzing for each animal at least 2 samples taken at different time points to confirm the obtained results.
- MeSH
- antigeny protozoální * genetika imunologie MeSH
- ELISA metody MeSH
- genotyp MeSH
- nemoci ovcí * parazitologie diagnóza MeSH
- nemoci prasat * parazitologie diagnóza MeSH
- ovce MeSH
- peptidy imunologie MeSH
- prasata MeSH
- protilátky protozoální krev MeSH
- sérotypizace * metody MeSH
- toxoplazmóza zvířat * diagnóza parazitologie MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- zvířata MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
V roce 2021 bylo do surveillance databáze v České republice (ČR) zařazeno celkem 264 případů invazivního pneumokokového onemocnění (IPO). Přestože hlášení IPO případů zaznamenalo vzrůst v zimě 2021, je ovlivnění pandemií covid-19 zřejmé i v roce 2021. Celková nemocnost IPO v roce 2021 dosáhla hodnoty 2,5/100 000 obyvatel (v roce 2020 – 2,3/100 000 obyvatel). Věkově specifická nemocnost u dětí pod jeden rok věku byla 0,9/100000 obyvatel – tj. 1 případ IPO (v roce 2020 – 4,5/100000 obyvatel, tj. 5 případů IPO) a ve věkové skupině 1–4 roky se dostala na hodnotu 2,6/100000 obyvatel – tj. 12 případů IPO (v roce 2020 – 1,8/100000 obyvatel, tj. 8 případů IPO). Nejvíce případů IPO opět zůstává ve věkové skupině 65 let a starší s absolutním počtem 140 IPO a s nemocností 6,6/100 000 obyvatel (v roce 2020 – 119 IPO – 5,6/100000 obyvatel). Počet případů IPO u očkovaných pneumokokovými vakcínami byl 14, děti 0–4 roky: 6 případů IPO, 5–39 let: 1 případ IPO, 65 let věku a více: 7 případů IPO. Celková smrtnost IPO v roce 2021 byla 18,2% (v roce 2020 – 17%). Bylo hlášeno 48 úmrtí v souvislosti s průkazem pneumokoka v primárně sterilním klinickém materiálu. Nejvyšší smrtnost byla ve věkové skupině 65+ (32 úmrtí na IPO). Není evidováno žádné úmrtí ve věkových kategoriích 0–39 roků. Z 264 případů IPO bylo zasláno do Národní referenční laboratoře pro streptokokové nákazy (NRL/STR) k typizaci 259 izolátů Streptococcus pneumoniae (98 %). Sérotypy 3, 8, 19A a 6C byly v roce 2021 zastoupeny nejčastěji.
In 2021, altogether 264 cases of invasive pneumococcal disease (IPD) were entered in the surveillance database of the Czech Republic (CR). Despite the increase in IPD observed in winter 2021, the impact of COVID-19 continues to be evident also in 2021. The overall incidence of IPD was 2.5/100 000 population (compared to 2.3/100 000 in 2020). The age-specific incidence rates reached 0.9/100 000 in children under 1 year of age, i.e. 1 IPD case, compared to 4.5 /100 000 in 2020, i.e. five cases of IPD, and 2.6/100 000 in children aged 1 to 4 years, i.e. 12 cases, compared to 1.8/100 000 in 2020, i.e. eight cases of IPD. The most afflicted age group was 65 years and over, with an absolute number of 140 cases, i.e. 6.6/100 000, in comparison to 119 cases, i.e. 5.6/100 000, in 2020. Fourteen cases of IPD occurred in persons previously vaccinated with pneumococcal vaccines, six of whom were children aged 0–4 years, one was from the age group 5–39 years, and seven were 65 years and over. The overall case fatality rate was 18.2% in 2021 in comparison to 17% in 2020. Forty-eight reported deaths were associated with the detection of pneumococci in clinical specimens from normally sterile body sites. The highest case fatality rate was recorded in the age group 65 years and over (32 deaths due to IPD). No fatal case was recorded in the age groups 0–39 years. Two hundred and fifty-nine isolates of Streptococcus pneumoniae (98 %) from 264 cases of IPD were referred to the National Reference Laboratory for Streptococcal Infections for typing. The most commonly identified serotypes in 2021 were 3, 8, 19A, and 6C.
- MeSH
- kolaterální senzitivita MeSH
- lidé MeSH
- morbidita MeSH
- pneumokokové infekce * epidemiologie mortalita prevence a kontrola MeSH
- pneumokokové vakcíny MeSH
- séroskupina MeSH
- sérotypizace metody MeSH
- statistika jako téma MeSH
- Streptococcus pneumoniae izolace a purifikace patogenita MeSH
- vakcinace MeSH
- věkové faktory MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
Cíl práce: Zjištění klonálních charakteristik souboru kmenů Streptococcus pneumoniae (S. pneumoniae) působících invazivní pneu-mokokové onemocnění (IPO) v České republice (ČR) v roce 2017. Porovnání klonálního členění kmenů probíhalo v Národní referenční laboratoři pro streptokokové nákazy (NRL) použitím rutinně využívané metody multilokusové sekvenační typizace (Multilocus Sequence Typing, MLST) a nově zavedené metody multilokusové analýzy tandemových repetic (Multiple-Locus Variable number tandem repeat Analysis, MLVA). Materiál a metodika: Studován byl soubor 87 kmenů S. pneumoniae, vybraný z izolátů doručených v rámci programu surveillance IPO v roce 2017 do NRL z celé ČR. Výběr byl veden přes sérotypy S. pneumoniae tak, aby soubor zahrnoval izoláty sérotypů zastoupených v pneumokokové konjugované 13valentní vakcíně (sérotypy 1, 4, 9V) a izoláty sérotypů nevakcinačních, vyskytujících se však v ČR ve značném zastoupení (sérotypy 8, 9N, 22F). Pro studium byla použita metoda MLST, která je světově rozšířeným standardem klonální charakterizace pneumokokových izolátů a využívá sekvenování souboru genových oblastí a metoda MLVA, která charakterizuje izoláty podle počtu tandemově repetitivních úseků v intergenových oblastech. Výsledky: MLST analýza ukázala a potvrdila vysokou míru klonální homogenity izolátů S. pneumoniae sérotypů 1, 9N, 9V, 22F a značnou genetickou proměnlivost izolátů sérotypů 4 a 8. Mezi klonálním členěním, poskytnutým oběma metodami, byla rámcová korelace. V porovnání s metodou MLST poskytovala metoda MLVA detailnější klonální odlišení. U izolátů s nově zjištěnými MLVA profily je žádoucí přiřazení nového MLVA typu (MT). Tato webová podpora MLVA schématu S. pneumonie však ustupuje do pozadí a neposkytuje aktuálně všechny služby oproti webové podpoře pro MLST charakterizaci. Závěry: Metoda MLST je a nadále zůstává u izolátů S. pneumoniae standardem při klonální charakterizaci původců IPO při provádění surveillance na úrovni místní i mezinárodní. MLST charakteristiky izolátů jsou využity při sledování klonální proměnlivosti národními i nadnárodními orgány ochrany veřejného zdraví. Metoda MLVA rutinně používána není, lze ji však použít jako doplňkovou pro zrychlené zjištění klonální příbuznosti izolátů ze situací lokálního charakteru, například ohniskových výskytů infekce. Zde může snáze zachytit vznik a šíření virulentní klonální varianty.
Aim: To determine clonal characteristics of Streptococcus pneumoniae (S. pneumoniae) strains causing invasive pneumococcal disease (IPD) in the Czech Republic (CR) in 2017. Clonal assignment of strains was performed in the National Reference Laboratory for Streptococcal Infections (NRL) by the routinely used method, multilocus sequence typing (MLST), and a newly introduced method, multiple-locus variable number tandem repeat analysis (MLVA). Material and method: The study strains were 87 isolates of S. pneumoniae selected from those referred to the NRL within the IPD surveillance programme from all over the CR in 2017. The study set covers S. pneumoniae isolates of both pneumococcal 13-valent conjugate vaccine serotypes (1, 4, and 9V) and non-vaccine serotypes (8, 9N, and 22F) widely spread in the CR. The study methods were MLST, the standard method used worldwide for the characterisation of pneumococcal isolates based on sequencing of a set of gene regions, and MLVA, which allows to characterise isolates based on the number of tandem repeats in intergenic regions. Results: MLST revealed and confirmed a high level of clonal homogeneity of S. pneumoniae isolates of serotypes 1, 9N, 9V, and 22F and a considerable genetic variability of serotype 4 and 8 isolates. There was a general correlation between the MLST and MLVA clonal complex assignments. In comparison with MLST, MLVA has superior clonal discriminatory power. Isolates with the newly determined MLVA profiles should be assigned to new MLVA types (MT). Nevertheless, the new web support of the MLVA scheme for S. pneumoniae is less relevant as it does not provide services comparable to those available from the web support for MLST characterisation. Conclusions: MLST continues to be the standard method for clonal characterisation of S. pneumoniae isolates from IPD for the purposes of both national and international surveillance. MLST characteristics of isolates are helpful in the study of clonal variability conducted by both national and transnational public health protection authorities. MLVA is not routinely used but can serve as a complementary method for rapid identification of clonal relatedness between isolates, e.g. those from local outbreaks. It is more suitable for the detection of emergence and spread of a virulent clonal variant.
- MeSH
- lidé MeSH
- Listeria monocytogenes * cytologie izolace a purifikace MeSH
- listeriové infekce mikrobiologie MeSH
- multilokusová sekvenční typizace metody MeSH
- potravinářská mikrobiologie metody MeSH
- průmyslově zpracované potraviny mikrobiologie MeSH
- sérotypizace metody MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
V programu surveillance bylo v roce 2013 zjištěno v České republice celkem 59 invazivních meningokokových onemocnění (nemocnost zůstala na 0,6/100 000 obyv.). Z 59 onemocnění 4 skončila úmrtím – celková smrtnost v roce 2013 stoupla ve srovnání s předchozím rokem z 4,7 % na 6,8 %. Jedno úmrtí bylo způsobené séroskupinou C, dvě séroskupinou B a u jednoho nebyla séroskupina určena. Ve srovnání s předchozím rokem v roce 2013 zůstalo procento onemocnění způsobených Neisseria meningitidis B prakticky stejné (71,9 % a 71,2 %) a procento onemocnění způsobených N. meningitidis C rovněž (12,5 % a 11,6 %). Onemocnění způsobených v roce 2013 séroskupinou Y bylo 3,4 %. V roce 2013 se zvýšilo procento onemocnění, u nichž nebyla prokázána séroskupina N. meningitidis (ND) z 9,3 % na 13,5 %. V roce 2013 kleslo procento invazivních meningokokových onemocnění prokázané metodou PCR z 62,5 % na 49,1 %. U 25,4 % invazivních meningokokových onemocnění bylo PCR jedinou metodou poskytující pozitivní výsledek. Také v roce 2013 se Národní referenční laboratoři pro meningokokové nákazy podařilo provést multilokusovou sekvenční typizaci (MLST) u všech kmenů z invazivního meningokokového onemocnění, které byly do NRL poslány. Nejčastěji zjištěným hypervirulentním komplexem způsobujícím v roce 2013 invazivní onemocnění byl cc269 (11,9 %), který patří mezi typické hypervirulentní klonální komplexy séroskupiny B a v České republice v posledních letech stoupá jeho výskyt. Na dalším místě byl rovněž typický hypervirulentní klonální komplex séroskupiny B cc41/44 (10,2 %). Byl zaznamenán pokračující pokles hypervirulentního klonálního komplexu cc11, který je typický pro séroskupinu C, na 1,7 %, což je jeho nejnižší výskyt za dobu trvání surveillance invazivního meningokokového onemocnění v České republice.
In the surveillance programme, 59 cases of invasive meningococcal disease (IMD) were reported in the Czech Republic in 2013, with the morbidity rate remaining unchanged at 0.6/100 000 population. Of the 59 cases, four were fatal – the overall case fatality rate increased from 4.7% in 2012 to 6.8% in 2013. One death was due to serogroup C, two deaths were caused by serogroup B, and the fatal causative serogroup was not determined in one patient. In comparison to the previous year, in 2013, the percentages of IMD cases due to Neisseria meningitidis B (71.9% and 71.2%, respectively) and N. meningitidis C (12.5% and 11.6%, respectively) remained practically the same. Serogroup Y was the cause of 3.4% of IMD cases in 2013. The rate of cases where the causative serogroup was not determined (ND) increased from 9.3% in 2012 to 13.5% in 2013. The percentage of PCR-positive IMD cases dropped from 62.5% in 2012 to 49.1% in 2013. PCR was the only method to detect positivity in 25.4% of IMD cases. The National Reference Laboratory for Meningococcal Infections performed multilocus sequence typing (MLST) for all strains from IMD cases referred to the NRL in 2013. The most common hypervirulent complex involved in IMD in 2013 was cc269 (11.9%), typical of serogroup B and showing an upward trend over the last years in the Czech Republic. It was followed by cc41/44 (10.2%), another typical hypervirulent clonal complex of serogroup B. Hypervirulent clonal complex cc11, typical of serogroup C, showed further decline to 1.7%, which is the lowest rate since the IMD surveillance has been conducted in the Czech Republic.
- Klíčová slova
- invazivní meningokokové onemocnění, aktivní surveillance, PCR,
- MeSH
- dítě MeSH
- dospělí MeSH
- hlášení nemocí statistika a číselné údaje MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- meningokokové infekce * epidemiologie klasifikace mikrobiologie přenos MeSH
- meningokokové vakcíny imunologie MeSH
- mladiství MeSH
- molekulární epidemiologie MeSH
- morbidita MeSH
- předškolní dítě MeSH
- sekvenční analýza využití MeSH
- senioři nad 80 let MeSH
- senioři MeSH
- sérotypizace klasifikace metody statistika a číselné údaje MeSH
- vakcinace MeSH
- věkové rozložení MeSH
- Check Tag
- dítě MeSH
- dospělí MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mladiství MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- předškolní dítě MeSH
- senioři nad 80 let MeSH
- senioři MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- grafy a diagramy MeSH
- tabulky MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
V roce 2013 bylo do surveillance databáze spojující data NRL a data EPIDATu zařazeno celkem 424 případů invazivních pneumokokových onemocnění (IPO). Celková nemocnost IPO v roce 2013 stoupla na 4,0 /100 000 oproti roku 2012 (3,2/100 000) v důsledku vysokého nárůstu nemocnosti ve věkové skupině 0-11m (z 1,8/100 000 na 9,2/100 000) a 1–4 roky (z 2,7/100 000 na 3,8/100 000). U pacientů nejvyšší věkové skupiny 65 let a starších došlo též k vzestupu (z 8,1/100 000 na 10,2/100 000). Nárůst nemocnosti u dětí pod 5 let věku lze vysvětlit minimální proočkovaností v roce 2013 konjugovanými vakcínami (PCV). Z 424 případů IPO bylo posláno do NRL k typizaci 362 (85,4 %) izolátů S. pneumoniae. V nejmladší věkové skupině 0-11 měsíců, která je cílovou vakcinační skupinou pro PCV, bylo zjištěno z deseti IPO šest způsobených sérotypy zahrnutými do PCV. Z celkového počtu 10 IPO u dětí 0-11měsíců byl jen jeden případ očkován.V roce 2013 dosáhla celková smrtnost IPO nižší hodnoty (16,3 %) než v předchozím roce (18,2 %), zůstává však na vysokých hodnotách po celou dobu provádění surveillance. Bylo zjištěno 69 úmrtí IPO, žádné v nejmladší věkové skupině dětí pod 5 let věku (4 věková skupina 20-39 let, 25 věková skupina 40-64 let a 40 věková skupina 65+).
In 2013, 424 cases of invasive pneumococcal disease (IPD) were reported by the surveillance database bringing together the data from the National Reference Laboratory (NRL) for Streptococcal Infections and EPIDAT data. The overall incidence of IPD increased from 3.2/100 000 population in 2012 to 4.0 /100 000 in 2013 due to the sharp rise in the age groups 0-11 month (from 1.8/100 000 to 9.2/100 000, respectively) and 1 - 4 years (from 2.7/100 000 to 3.8/100 000, respectively). An upward trend was also observed in the age group 65 years and over (from 8.1/100 000 to 10.2/100 000, respectively). Higher morbidity in children under five years of age can be explained by the low rate of pneumococcal conjugate vaccine (PCV) coverage achieved in 2013. Three hundred and sixty-two isolates of S. pneumoniae from IPD cases (85.4% of the total of 424 cases) were referred for typing to the NRL for Streptococcal Infections. In the youngest age group, 0-11 months, which is the target group for the PCV, six of ten IPD cases were caused by serotypes included in the PCV. Only one of the ten 0-11-month-olds with IPD was vaccinated with PCV. In 2013, the overall case fatality rate declined from18.2% in 2012 to 16.3%, remaining high over the whole period of surveillance. Sixty-nine deaths from IPD were reported, but none of them in the youngest age group under five years (4 deaths in the age group 20-39 years, 25 deaths in the age group 40-64 years, and 40 deaths in the age group 65+).
- Klíčová slova
- surveillance, invazivní pneumokokové onemocnění, nemocnost, smrtnost, sérotypy,
- MeSH
- dítě MeSH
- dospělí MeSH
- hlášení nemocí statistika a číselné údaje MeSH
- kojenec MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mladiství MeSH
- morbidita trendy MeSH
- mortalita MeSH
- novorozenec MeSH
- pneumokokové infekce * epidemiologie mikrobiologie přenos MeSH
- pneumokokové vakcíny imunologie MeSH
- předškolní dítě MeSH
- senioři MeSH
- sérotypizace klasifikace metody statistika a číselné údaje využití MeSH
- věkové rozložení MeSH
- Check Tag
- dítě MeSH
- dospělí MeSH
- kojenec MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mladiství MeSH
- novorozenec MeSH
- předškolní dítě MeSH
- senioři MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- grafy a diagramy MeSH
- tabulky MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
The K1 antigen is an important virulence determinant of Escherichia coli strains and has been shown to be associated particularly with neonatal meningitis, bacteraemia and septicaemia. Thus, its detection seems to be useful, especially in the case of E. coli strains isolated from pregnant women and newborns. In this study, the sensitivity and specificity of the latex agglutination test (Pastorex Meningitis) for identification of E. coli serogroup K1 were assessed, using PCR as the gold standard. Our results showed that consistency of results between latex agglutination test and PCR amounted to 98.5%. Therefore, Pastorex Meningitis is a good alternative to PCR and could be used for rapid K1 antigen detection, especially in local non-specialized laboratories with limited resources where PCR assay is not applied.
- MeSH
- antigeny bakteriální izolace a purifikace MeSH
- bakteriální polysacharidy * MeSH
- bakteriologické techniky metody MeSH
- Escherichia coli chemie klasifikace izolace a purifikace MeSH
- faktory virulence analýza MeSH
- infekce vyvolané Escherichia coli mikrobiologie MeSH
- infekční komplikace v těhotenství mikrobiologie MeSH
- latex fixační testy MeSH
- lidé MeSH
- novorozenec MeSH
- senzitivita a specificita MeSH
- sérotypizace metody MeSH
- těhotenství MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- novorozenec MeSH
- těhotenství MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- hodnotící studie MeSH
V sezóně 2013/14 byly dominujícím respiračním patogenem adenoviry (hAdV). Adenoviry jsou poměrně bohatá skupina virů obsahujících dle současné klasifikace 60 sérotypů. Většina z nich je spojována s mnoha různými mírnými onemocněními od respiračních, přes gastroenteritidy až po encefalitidy. Pouze některé sérotypy vyvolávají závažné infekce s tendencí k lokálním epidemiím. Pro majoritní výskyt jsme přistoupili k charakterizaci hAdV v sentinelových materiálech. Namísto klasické sérotypizace byla použita metoda parciálního sekvenování úseku hexonového genu o velikosti cca 800 párů bazí. Na základě BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) analýzy bylo provedeno systematické zařazení u celkem 27 materiálů z celkového počtu 52 vzorků. V rámci klasifikace bylo nalezeno pouze 5 sérotypů (3B, 2C, 1C, 7B, 4E). Naprosto převažujícím sérotypem byl hAdV 3B, který byl prokázán v 63 % sekvenovaných materiálů. V souvislosti s adenovirovým onemocněním udávali téměř všichni nemocní rýmu, horečku s teplotou nad 38 °C a kašel. Zhruba polovina nemocných trpělo bolestí hlavy a malátností. Nebyly prokázány žádné sérotypy dávané do souvislosti se závažným onemocněním, což odpovídá vybrané kohortě pacientů. Nejméně u poloviny materiálů byl sérotyp určen přímo z klinického materiálu bez předchozí izolace. Lze tedy shrnout, že sérotypizace /genotypizace provedená na základě parciálního sekvenování hexonového genu s použitím „nested“ (vnořených) primerů nevyžaduje izolaci viru na tkáňové kultuře. Metoda je dostupná a efektivní při charakterizaci adenovirů.
In the season 2013/14, the predominant respiratory pathogen was adenovirus (hAdV). Adenoviruses are a relatively large family of DNA viruses consisting of 60 serotypes classified into seven groups. Most of them are associated with many various mild diseases from respiratory infections through gastroenteritis to encephalitis. Some serotypes only cause severe infection with a tendency towards local outbreaks. We have implemented the classification of hAdV in sentinel samples. Instead of conventional serotyping, partial sequencing of the approximately 800 pb segments of the hexon gene was used. Based on the BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) analysis, 27 of 52 samples were fitted into the current classification system. Only five serotypes were found (3B, 2C, 1C, 7B, 4E). The clearly prevailing hAdV serotype was 3B, detected in 63 % of the samples sequenced. Nearly all patients with adenovirus infection reported runny nose, temperature above 38°C, and cough. About half of the patients complained of headache and malaise. No severe disease-associated serotype was detected, as expected given the selected cohort of patients. In at least half of the samples, the serotype was determined without the need for virus isolation on cell culture. It can be concluded that serotyping based on partial hexon gene sequencing in combination with nested PCR does not require virus isolation on tissue culture. The method is time saving and effective in the characterization of adenoviruses.
- Klíčová slova
- genotypizace,
- MeSH
- Adenoviridae genetika MeSH
- adenovirové infekce lidí * diagnóza genetika MeSH
- DNA primery MeSH
- genotypizační techniky MeSH
- infekce dýchací soustavy * diagnóza etiologie MeSH
- lidé MeSH
- sekvenční analýza DNA MeSH
- sérotypizace * metody statistika a číselné údaje MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
