Pyrazine-based compounds are of great importance in medicinal chemistry. Due to their heteroaromatic nature, they uniquely combine properties of heteroatoms (polar interactions) with the properties of aromatic moieties (nonpolar interactions). This review summarizes results of a systematic analysis of RCSB PDB database focused on important binding interactions of pyrazine-based ligands cocrystallized in protein targets. The most frequent interaction of pyrazine was hydrogen bond to pyrazine nitrogen atom as an acceptor, followed by weak hydrogen bond with pyrazine hydrogen as donor. We also identified intramolecular hydrogen bonds within pyrazine ligands, π-interactions, coordination to metal ions, and few halogen bonds in chloropyrazines. In many cases the binding mode of the pyrazine fragment was complex, involving a combination of several interactions. We conclude that pyrazine as a molecular fragment should not be perceived as a simple aromatic isostere but rather as a readily interacting moiety of drug-like molecules with high potential for interactions to proteins.
- MeSH
- aminoacyl-tRNA-synthetasy chemie metabolismus MeSH
- databáze proteinů MeSH
- kovy chemie MeSH
- lidé MeSH
- ligandy MeSH
- proteiny chemie metabolismus MeSH
- pyraziny chemie metabolismus MeSH
- simulace molekulární dynamiky MeSH
- vazebná místa MeSH
- vodíková vazba MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
- přehledy MeSH
Studium proteinů a zvláště jejich 3D struktury či protein -proteinových interakcí hraje v dnešním biochemickém výzkumu nezanedbatelnou roli. Řada alternativních metod tohoto výzkumu (např. PIXL, FRET) využívá biotechnologické postupy pro zavedení nepřirozených aminokyselin či jejich strukturních analogů do proteinové sekvence během jejich rekombinantní přípravy. Předkládaná práce uvádí několik biotechnologických přístupů inkorporace foto -methioninu (pMet, L-2-amino-5,5-azi -hexanová kyselina) do sekvence dvou modelových savčích proteinů.
The study of proteins and especially their 3D structure or protein -protein interactions plays significant role in contemporary biochemical research. Many alternative methods of the research (e.g. PIXL, FRET) employing different biotechnology techniques to introduce the non -natural amino acids or their structural analogues within protein sequence during its recombinant expression. This study presents several biotechnology approaches to introduce photo -methionine (pMet, L-2-amino-5,5-azi -hexanoic acid) into the sequence of two model mammalian proteins.
- Klíčová slova
- světlem iniciované síťování, foto-methionin,
- MeSH
- aminoacyl-tRNA-synthetasy metabolismus MeSH
- aminokyseliny chemie metabolismus MeSH
- biotechnologie MeSH
- diazomethan MeSH
- konformace proteinů * MeSH
- mapování interakce mezi proteiny * MeSH
- methionin MeSH
- posttranslační úpravy proteinů * MeSH
- proteiny chemie MeSH
- proteosyntéza MeSH
- techniky in vitro MeSH
- zobrazování trojrozměrné MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
- MeSH
- aminoacyl-tRNA-synthetasy analýza izolace a purifikace metabolismus MeSH
- centrifugace - gradient hustoty MeSH
- chromatografie DEAE-celulózová MeSH
- detergenty MeSH
- izotopy uhlíku MeSH
- kinetika MeSH
- kur domácí MeSH
- leucin metabolismus MeSH
- lysin metabolismus MeSH
- ptačí leukóza mikrobiologie MeSH
- RNA transferová biosyntéza MeSH
- RNA virová biosyntéza MeSH
- valin metabolismus MeSH
- virus ptačí leukózy izolace a purifikace MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- zvířata MeSH
