Picornaviruses infect a wide range of mammals including livestock such as cattle and swine. As with other picornavirus genera such as Aphthovirus, there is emerging evidence of a significant economic impact of livestock infections caused by members of the genera Enterovirus and Kobuvirus. While the human-infecting enteroviruses and kobuviruses have been intensively studied during the past decades in great detail, research on livestock-infecting viruses has been mostly limited to the genomic characterization of the viral strains identified worldwide. Here, we extend our previous studies of the structure and function of the complexes composed of the non-structural 3A proteins of human-infecting enteroviruses and kobuviruses and the host ACBD3 protein and present a structural and functional characterization of the complexes of the following livestock-infecting picornaviruses: bovine enteroviruses EV-E and EV-F, porcine enterovirus EV-G, and porcine kobuvirus AiV-C. We present a series of crystal structures of these complexes and demonstrate the role of these complexes in facilitation of viral replication.
- MeSH
- adaptorové proteiny signální transdukční metabolismus MeSH
- bovinní enterovirus patogenita MeSH
- buněčné linie MeSH
- enterovirové infekce metabolismus veterinární virologie MeSH
- enteroviry prasat genetika patogenita MeSH
- HEK293 buňky MeSH
- Kobuvirus genetika patogenita MeSH
- lidé MeSH
- membránové proteiny metabolismus MeSH
- pikornavirové infekce metabolismus veterinární virologie MeSH
- prasata MeSH
- replikace viru genetika MeSH
- skot MeSH
- virové proteiny genetika metabolismus MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- skot MeSH
- zvířata MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
OBJECTIVES: Direct genotyping of adenovirus or enterovirus from clinical material using polymerase chain reaction (PCR) followed by Sanger sequencing is often difficult due to the presence of multiple virus types in a sample, or due to varying efficacy of PCR amplifying the capsid gene on the background of foreign nucleic acids. Here we present a simple protocol for virus genotyping using massive parallel amplicon sequencing. METHODS: The protocol utilized a set of 16 tailed degenerate primers flanking the seventh hypervariable region of the adenovirus hexon gene and 9 tailed degenerate primers targeted to the proximal portion of the enterovirus VP1 gene. Subsequent addition of dual indices enabled simultaneous sequencing of 384 different samples on an Illumina MiSeq instrument. Downstream bioinformatic analysis was based on remapping to a set of references representative of the presently known repertoire of virus types. RESULTS: After validation with known virus types, the sequencing method was applied on 301 adenovirus-positive samples and 350 enterovirus-positive samples from a longitudinally collected series of stools from 83 children aged 3 to 36 months. We detected 7 different adenovirus types and 27 different enterovirus types. There were 37 (6.2%) samples containing more than one genotype of the same viral genus. At least one dual infection was experienced by 23 of 83 (28%) of the children observed over the 3 years' observation period. CONCLUSIONS: Amplicon sequencing with a multiplex set of degenerate primers seems to be a rapid and reliable technical solution for genotyping of large collections of samples where simultaneous infections with multiple strains can be expected.
- MeSH
- Adenoviridae klasifikace genetika izolace a purifikace MeSH
- adenovirové infekce virologie MeSH
- DNA primery genetika MeSH
- enterovirové infekce virologie MeSH
- Enterovirus klasifikace genetika izolace a purifikace MeSH
- genotyp * MeSH
- genotypizační techniky metody MeSH
- kojenec MeSH
- lidé MeSH
- longitudinální studie MeSH
- předškolní dítě MeSH
- sekvenční analýza DNA metody MeSH
- výpočetní biologie MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- kojenec MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- předškolní dítě MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- zvířata MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- hodnotící studie MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
- Geografické názvy
- Norsko MeSH
Enteroviruses have been associated with a host of clinical presentations including acute flaccid paralysis (AFP). The site of primary replication for most enteroviruses is the gastrointestinal tract (GIT) and lactic acid bacteria (LAB) may confer protection in the GIT against them. This study therefore investigates the antiviral potential of some selected lactic acid bacteria against enterovirus isolates recovered from AFP cases. The antiviral activities of Lactobacillus plantarum, Lactobacillus amylovorus, and Enterococcus hirae in broth culture, their cell-free supernatant (CFS), and bacterial cell pellets were assayed against Echovirus 7 (E7), E13, and E19 in a pre- and post-treatment approach using cytopathic effect (CPE) and cell viability (MTT) assay. The tested Lactobacillus plantarum, Lactobacillus amylovorus, and Enterococcus hirae strains have good antiviral properties against E7 and E19 but not against E13. Lactobacillus amylovorus AA099 shows the highest activity against E19. The pre-treatment approach displays better antiviral activities compared to post-treatment approach. The LAB in broth suspension have better antiviral activities than their corresponding CFS and bacterial pellet. Lactic acid bacteria used in this study have the potential as antiviral agents.
- MeSH
- antivirové látky farmakologie MeSH
- druhová specificita MeSH
- Enterococcus hirae fyziologie MeSH
- enterovirové infekce prevence a kontrola virologie MeSH
- Enterovirus klasifikace účinky léků MeSH
- Lactobacillales fyziologie MeSH
- Lactobacillus acidophilus fyziologie MeSH
- Lactobacillus plantarum fyziologie MeSH
- lidé MeSH
- nádorové buněčné linie MeSH
- probiotika farmakologie MeSH
- viabilita buněk MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
Cíl práce: Zavedení sekvenace enterovirů jako progresivní metody umožňující zařazení izolovaných virů podle nové nomenklatury a detailní posouzení charakteru izolátu. Materiál a metody: Bylo analyzováno 75 vzorků pocházejících od 64 pacientů ze 2 pracovišť – Krajské nemocnice v Liberci a Fakultní nemocnice Plzeň. Věk sledovaných pacientů se pohyboval v intervalu od 4 do 54 let, medián věku byl 15 let u mužů a 16 let u žen. Důvodem hospitalizace byly u převažujícího počtu pacientů intenzivní bolesti hlavy, horečky, zvracení, únava, meningeální příznaky, u dvou pacientů byly příznaky střevní a u jednoho kožní. Vyšetřované vzorky byly výtěry z rekta, krku, mozkomíšní moky a stolice. Molekulární detekce a typizace byla provedena s využitím metody RT-PCR. Pro typizaci byl vybrán úsek z nekódující oblasti 5´RNA. Vzorky byly amplifikovány jednokrokovou PCR s vnějšími primery a se stejnými primery prodlouženými o M13 sekvence (Generi-Biotech). Editace, sestava a kvalitativní analýza sekvencí byla provedena pomocí programu LASERGENE (DIASTAR). Získané sekvence byly vyhodnoceny centrální databází sekvencí GenBank pomocí algoritmu BLAST. Výsledky: V izolátech jsme identifikovali 61 ECHO virů 30, 3 coxsackieviry B1, 1 coxsackievirus B3, 1 coxsackievirus A9, 1 enterovirus 86, 1 enterovirus 71, 2 ECHO virus 13/ coxsackievirus B5, 1 ECHO virus 7/30/coxsackievirus B4, 1 coxsackievirus B4/enterovirus B, 1 enterovirus 87/ECHO virus 30/enterovirus B a 1 ECHO virus 3. Všechny izolované viry, mimo enteroviru 71 patřícího do skupiny A, spadají do skupiny B. Závěr: Enteroviry bylo možné jednoznačně identifikovat, ačkoliv byl sekvenován krátký konzervativní úsek se značnou variabilitou. Sekvenace v plné míře nahradila bližší určování enterovirů virusneutralizací a umožnila detailní posouzení izolátů. Převaha ECHO 30 jako kauzálního agens vyvolávajícího aseptické meningitidy je ve shodě s literárními údaji.
Objective: Introducing enterovirus sequencing as an advanced approach to classify the viruses isolated according to the novel nomenclature and to characterize isolates in detail. Material and methods: Seventy-five specimens collected from 64 patients in two hospitals, Liberec Regional Hospital, and Plzeň University Hospital, were analyzed. The study patients' age ranged from four to 54 years, with a median of 15 years in males and 16 years in females. In most patients, the reasons for admission were intense headache, fever, vomiting, tiredness, meningeal symptoms, intestinal symptoms (in two patients), and skin symptoms (in one patient). The speci-mens collected were rectal and throat swabs, cerebrospinal fluid (CSF) and stool specimens. Molecular detection and typing were performed using the RT-PCR method. A segment of the 5´non-coding RNA was selected for typing. Specimens were amplified using single-step PCR with external primers and with the same primers extended to include M13 sequen-ces (Generi-Biotech). The LASERGENE software (DIASTAR) was used in sequence editing, alignment, and quality check. The sequences obtained were checked against the central GenBank sequence database using the BLAST algorithm. Results: The identification of the study isolates resulted in 61 ECHO viruses 30, three coxsackie viruses B1, one coxsackie virus B3, one coxsackie virus A9, one enterovirus 86, one enterovirus 71, Two ECHO viruses 13/coxsackie virus B5, one ECHO virus 7/30/coxsackie virus B4, one coxsackie virus B4/enterovirus B, one enterovirus 87/ECHO virus 30/enterovirus B, and one ECHO virus 3. All viruses isolated, except enterovirus 71 classified into group A, were of group B. Conclusion: The enteroviruses were identified unambigously, although the sequencing only targeted a short, conserved segment that showed considerable variability. The sequencing was an effective alternative to enterovirus identification by the neutralisation test and allowed for detailed characterization of the isolates. The predominance of ECHO 30 as the cause of aseptic meningitis is in accordance with the literature data.
- MeSH
- dítě MeSH
- dospělí MeSH
- ECHO virové infekce virologie MeSH
- enterovirové infekce * virologie MeSH
- enterovirus B lidský genetika izolace a purifikace MeSH
- Enterovirus * genetika izolace a purifikace MeSH
- feces virologie MeSH
- genotyp MeSH
- kvantitativní polymerázová řetězová reakce MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- meningitida aseptická virologie MeSH
- mladiství MeSH
- mladý dospělý MeSH
- mozkomíšní mok virologie MeSH
- odběr biologického vzorku MeSH
- předškolní dítě MeSH
- RNA virová * genetika MeSH
- sekvenční analýza RNA * MeSH
- Check Tag
- dítě MeSH
- dospělí MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mladiství MeSH
- mladý dospělý MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- předškolní dítě MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
BACKGROUND: Enterovirus and adenovirus are common in infancy, causing mostly asymptomatic infections. However, even an asymptomatic infection may be associated with increased risk of development of certain chronic non-infectious diseases, as has been suggested for enterovirus and type 1 diabetes. Data on occurrence and course of the infections in infancy are therefore important for designing effective approaches towards study of the association. OBJECTIVES: To estimate the frequency of enterovirus and adenovirus infections in Norwegian infants, to evaluate the duration of the infections, to investigate their association with symptoms, and to establish a robust procedure that will be used to study the association between these viruses and the development of auto-immunity leading to type 1 diabetes. STUDY DESIGN: Parents of infants, recruited for a study on environmental triggers of type 1 diabetes, submitted monthly samples of infant faeces, as well as information on symptoms of infection. The samples were analysed for enterovirus and adenovirus using quantitative real-time PCR, and enterovirus-positive samples were sequenced. RESULTS: Enteroviruses were found in 142/1,255 (11.3%), and adenoviruses in 138/1,255 (11.0%) of stool samples. Approximately half of the infants were exposed to these viruses at least once during the first year of observation (period 3-14 months of age). The presence of adenovirus was associated with fever and with symptoms of cold but not with diarrhoea and vomiting. The enterovirus positivity was not associated with any symptoms. CONCLUSIONS: The prevalence of enterovirus and adenovirus in longitudinally obtained faecal samples from infants is sufficiently high to enable studies of their association with chronic diseases. The present protocol for evaluating exposure to these viruses is well suited for large-scale efforts aimed at assessing possible long-term consequences, particularly in relation to type 1 diabetes.
- MeSH
- adenovirové infekce lidí epidemiologie komplikace virologie MeSH
- diabetes mellitus 1. typu etiologie virologie MeSH
- DNA virů analýza MeSH
- enterovirové infekce epidemiologie komplikace virologie MeSH
- Enterovirus genetika izolace a purifikace MeSH
- feces virologie MeSH
- financování organizované MeSH
- kojenec MeSH
- lidé MeSH
- lidské adenoviry genetika izolace a purifikace MeSH
- longitudinální studie MeSH
- polymerázová řetězová reakce MeSH
- předškolní dítě MeSH
- prevalence MeSH
- RNA virová analýza MeSH
- Check Tag
- kojenec MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- předškolní dítě MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Geografické názvy
- Norsko MeSH
- MeSH
- diabetes mellitus 1. typu etiologie virologie MeSH
- enterovirové infekce diagnóza farmakoterapie virologie MeSH
- herpangína etiologie MeSH
- lidé MeSH
- myokarditida diagnóza etiologie MeSH
- nemoci novorozenců etiologie MeSH
- virová hepatitida u lidí etiologie MeSH
- virová konjunktivitida diagnóza etiologie terapie MeSH
- virová kožní onemocnění etiologie MeSH
- virové nemoci CNS diagnóza etiologie klasifikace MeSH
- virové vakcíny škodlivé účinky terapeutické užití MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- MeSH
- adenovirové infekce diagnóza farmakoterapie virologie MeSH
- coxsackie virózy diagnóza farmakoterapie virologie MeSH
- enterovirové infekce diagnóza farmakoterapie virologie MeSH
- infekce dýchací soustavy diagnóza klasifikace virologie MeSH
- infekce viry z čeledi Coronaviridae diagnóza farmakoterapie virologie MeSH
- infekce viry z čeledi Orthomyxoviridae diagnóza klasifikace virologie MeSH
- nachlazení klasifikace virologie MeSH
- Publikační typ
- přehledy MeSH
Závěrečná zpráva o řešení grantu Interní grantové agentury MZ ČR
Přeruš.str. : il.
Acta hygienica, epidemiologica et microbiologica ; příl. č.26/1976
iii, 23 l. : tab. ; 29 cm
- MeSH
- coxsackie virózy diagnóza mikrobiologie virologie MeSH
- ECHO virové infekce diagnóza mikrobiologie virologie MeSH
- enterovirové infekce diagnóza mikrobiologie virologie MeSH
- Enterovirus izolace a purifikace klasifikace patogenita růst a vývoj MeSH
- kultivační média MeSH
- kultivační techniky MeSH
- mikrobiologické techniky metody normy využití MeSH
- sérologické testy metody normy využití MeSH
- Publikační typ
- směrnice MeSH
- Konspekt
- Mikrobiologie
- NLK Obory
- virologie
- mikrobiologie, lékařská mikrobiologie
