Rozvoj v oblasti molekulárně genetických metod vede k nárůstu objasnění genetických příčin epilepsií, zejména závažných epilepsií dětského věku asociovaných s komorbiditami. Pro správnou interpretaci nálezů je nezbytná spolupráce neurologa, klinického genetika a molekulárního biologa.
Current progress in genetic technologies increases the detection rate of genetic causes of epilepsies, especially of early infantileonset epilepsies associated with comorbidities. Cooperation of neurologists with clinical geneticists and molecular biologist isessential for correct interpretation of the results.
- MeSH
- diagnostické techniky molekulární metody MeSH
- epilepsie etiologie genetika MeSH
- epileptické syndromy genetika MeSH
- genetické testování metody MeSH
- hybridizace in situ fluorescenční MeSH
- karyotypizace MeSH
- lidé MeSH
- srovnávací genomová hybridizace metody MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
This review defines limits of currently used techniques to assess developmental capacity of human embryos in assisted reproduction and provides an overview of techniques assessing embryo's physiology on levels of genomics, transcriptomics, proteomics and metabolomics. Basic principles of respective techniques are included. Discovered biomarkers are discussed with respect to biochemical functions and their prognostic values of embryonal development.
- Klíčová slova
- vývojový potenciál embrya,
- MeSH
- 2D gelová elektroforéza MeSH
- aneuploidie MeSH
- asistovaná reprodukce MeSH
- biologické markery analýza metabolismus MeSH
- biopsie MeSH
- embryo savčí * MeSH
- embryonální vývoj * genetika MeSH
- fertilizace in vitro MeSH
- hybridizace in situ fluorescenční metody MeSH
- lidé MeSH
- messenger RNA analýza MeSH
- metabolom MeSH
- metabolomika klasifikace metody MeSH
- polymerázová řetězová reakce metody MeSH
- preimplantační diagnóza metody MeSH
- proteom analýza MeSH
- sekvenční analýza DNA metody MeSH
- srovnávací genomová hybridizace metody MeSH
- transkriptom MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
- přehledy MeSH
In this study, chromosomal imbalances in tumor tissues (lymphomas) and nucleotide changes in tumor suppressor TP53 were studied in a Bernese Mountain dog bitch and a cross breed bitch. Using comparative genomic hybridization, numerous chromosomal rearrangements were detected, which indicated the heterogeneity in tumor growth: in the cross breed bitch, a deletion on the chromosome 9, and duplications on chromosomes 5, 8 and 17 have been found. In the Bernese Mountain Dog bitch, losses on chromosomes 1, 5, 8, 12, 18, 22, 27, 29 and gains on chromosomes 1, 2, 9, 11, 15, 16, 18, 20, 23, 24, 25, 28, 29, 30, 34, 36, 37 and 38 were identified. With the sequencing of the TP53 gene, one silent mutation, transition A/G at position 138 in exon 5 was detected, without changing the amino acid.
- MeSH
- chromozomální aberace * MeSH
- chromozomy genetika MeSH
- DNA genetika MeSH
- exony genetika MeSH
- genová přestavba genetika MeSH
- geny p53 genetika MeSH
- lymfom genetika patologie veterinární MeSH
- mutace MeSH
- nemoci psů genetika MeSH
- polymerázová řetězová reakce metody MeSH
- psi MeSH
- sekvenční analýza DNA MeSH
- srovnávací genomová hybridizace metody MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- psi MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- zvířata MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
Cíl studie: Cílem této práce je shromáždit aktuální informace o možnostech preimplantačního genetického screeningu a diagnostiky. Typ studie: Souhrnný článek. Název a sídlo pracoviště: Gynekologicko-porodnické oddělení Nemocnice Šternberk, IVF Clinic Olomouc. Výsledky: Preimplantační genetické testování představuje soubor genetických a molekulárně cytogenetických vyšetření, s jejichž pomocí můžeme odhalit abnormality embrya ještě před jeho přenosem do dělohy matky. Toto specializované vyšetření vychází z nejnovějších poznatků genetiky a asistované reprodukce. Preimplantační genetické testování je nutně spojeno s metodou in vitro fertilizace a provádí se na izolovaných blastomerách třetí den kultivace embrya. V současnosti však bývá preferováno vyšetření buněk trofoektodermu z pětidenních blastocyst. Obecně lze konstatovat, že po provedení preimplantačního genetického testování lze k transferu do dělohy vybrat pouze embrya bez genetické zátěže. Závěr: Preimplantační genetické testování je v současné době důležitou součástí léčby neplodnosti. Komplexní diagnostika a léčba neplodných párů je stále více ovlivňována rozvojem a využitím moderních genomických technologií. Další rozvoj a aplikace těchto metod vyžaduje úzkou spolupráci mezi obory asistované reprodukce a klinické genetiky.
Objective: The aim of this work is to summarize the current knowledge about preimplantation genetic screening and diagnostics. Design: A review article. Setting: Department of Gynecology and Obstetrics, District Hospital Šternberk, IVF Clinic, Olomouc. Results: Preimplantation genetic testing is a complex of genetic and molecular cytogenetic examinations, which can help to detect abnormalities in embryos before transfer into the uterus of the mother. These specialized examinations are based on the latest findings in genetics and assisted reproduction. The preimplantation genetic testing is necessarily associated with a method of in vitro fertilization. It is performed on isolated blastomeres on the third day of embryo cultivation. Nowadays, it is preferred trophectoderm examination of cells from the five-day blastocysts. Generally speaking, after preimplantation genetic testing, we can select only embryos without genetic load to transfer into uterus. Conclusion: Preimplantation genetic testing is an important part of treatment of infertility. Complex diagnostics and treatment of infertile couples are increasingly influenced by the development and use of advanced genomic technologies. Further development and application of these modern methods require close cooperation between the field of assisted reproduction and clinical genetics.
- Klíčová slova
- aCGH, karyomapping, NGS,
- MeSH
- aneuploidie MeSH
- asistovaná reprodukce MeSH
- blastocysta cytologie patologie MeSH
- hybridizace in situ fluorescenční metody využití MeSH
- infertilita terapie MeSH
- lidé MeSH
- preimplantační diagnóza * metody MeSH
- srovnávací genomová hybridizace metody využití MeSH
- výzkum embrya MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- souhrny MeSH
Chromophobe renal cell carcinoma (ChRCC) is typically composed of large leaf-like cells and smaller eosinophilic cells arranged in a solid-alveolar pattern. Eosinophilic, adenomatoid/pigmented, or neuroendocrine variants have also been described. We collected 10 cases of ChRCC with a distinct multicystic pattern out of 733 ChRCCs from our registry, and subsequently analyzed these by morphology, immunohistochemistry, and array comparative genomic hybridization. Of the 10 patients, 6 were males with an age range of 50-89 years (mean 68, median 69). Tumor size ranged between 1.2 and 20 cm (mean 5.32, median 3). Clinical follow-up was available for seven patients, ranging 1-19 years (mean 7.2, median 2.5). No aggressive behavior was documented. We observed two growth patterns, which were similar in all tumors: (1) variable-sized cysts, resembling multilocular cystic neoplasm of low malignant potential and (2) compressed cystic and tubular pattern with slit-like spaces. Raisinoid nuclei were consistently present while necrosis was absent in all cases. Half of the cases showed eosinophilic/oncocytic cytology, deposits of pigment (lipochrome) and microcalcifications. The other half was composed of pale or mixed cell populations. Immunostains for epithelial membrane antigen (EMA), CK7, OSCAR, CD117, parvalbumin, MIA, and Pax 8 were positive in all tumors while negative for vimentin, TFE3, CANH 9, HMB45, cathepsin K, and AMACR. Ki67 immunostain was positive in up to 1 % of neoplastic cells. Molecular genetic examination revealed multiple chromosomal losses in two fifths analyzable tumors, while three cases showed no chromosomal numerical aberrations. ChRCC are rarely arranged in a prominent multicystic pattern, which is probably an extreme form of the microcystic adenomatoid pigmented variant of ChRCC. The spectrum of tumors entering the differential diagnosis of ChRCC is quite different from that of conventional ChRCC. The immunophenotype of ChRCC is identical with that of conventional ChRCC. Chromosomal numerical aberration pattern was variable; no chromosomal numerical aberrations were found in three cases. All the cases in this series have shown an indolent and non-aggressive behavior.
- MeSH
- chromozomální aberace MeSH
- diferenciální diagnóza MeSH
- imunohistochemie metody MeSH
- karcinom z renálních buněk diagnóza genetika patologie MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mucin 1 genetika metabolismus MeSH
- nádorové biomarkery analýza MeSH
- nádory ledvin diagnóza genetika patologie MeSH
- oxyfilní adenom diagnóza genetika metabolismus MeSH
- senioři nad 80 let MeSH
- senioři MeSH
- srovnávací genomová hybridizace metody MeSH
- Check Tag
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- senioři nad 80 let MeSH
- senioři MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
BACKGROUND: The ability to eliminate a parental genome from a eukaryotic germ cell is a phenomenon observed mostly in hybrid organisms displaying an alternative propagation to sexual reproduction. For most taxa, the underlying cellular pathways and timing of the elimination process is only poorly understood. In the water frog hybrid Pelophylax esculentus (parental taxa are P. ridibundus and P. lessonae) the only described mechanism assumes that one parental genome is excluded from the germline during metamorphosis and prior to meiosis, while only second genome enters meiosis after endoreduplication. Our study of hybrids from a P. ridibundus-P. esculentus-male populations known for its production of more types of gametes shows that hybridogenetic mechanism of genome elimination is not uniform. RESULTS: Using comparative genomic hybridization (CGH) on mitotic and meiotic cell stages, we identified at least two pathways of meiotic mechanisms. One type of Pelophylax esculentus males provides supporting evidence of a premeiotic elimination of one parental genome. In several other males we record the presence of both parental genomes in the late phases of meiotic prophase I (diplotene) and metaphase I. CONCLUSION: Some P. esculentus males have no genome elimination from the germ line prior to meiosis. Considering previous cytological and experimental evidence for a formation of both ridibundus and lessonae sperm within a single P. esculentus individual, we propose a hypothesis that genome elimination from the germline can either be postponed to the meiotic stages or absent altogether in these hybrids.
- MeSH
- genom MeSH
- hybridizace genetická MeSH
- karyotypizace MeSH
- meióza * MeSH
- mitóza MeSH
- Ranidae genetika fyziologie MeSH
- rozmnožování * MeSH
- srovnávací genomová hybridizace metody MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- mužské pohlaví MeSH
- zvířata MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
The chromosomal numerical aberration pattern in mucinous tubular and spindle renal cell carcinoma (MTSRCC) is referred to as variable with frequent gains and losses. The objectives of this study are to map the spectrum of chromosomal aberrations (extent and location) in a large cohort of the cases and relate these findings to the morphologic variants of MTSRCC. Fifty-four MTSRCCs with uniform morphologic pattern were selected (of 133 MTSRCCs available in our registry) and divided into 3 groups: classic low-grade MTSRCC (Fuhrman nucleolar International Society of Urological Pathology grade 2), high-grade MTSRCC (grade 3), and overlapping MTSRCC with papillary renal cell carcinoma (RCC) morphology. Array comparative genomic hybridization analysis was applied to 16 cases in which DNA was well preserved. Four analyzable classic low-grade MTSRCCs showed multiple losses affecting chromosomes 1, 4, 8, 9, 14, 15, and 22. No chromosomal gains were found. Four analyzable cases of MTSRCC showing overlapping morphology with PRCC displayed a more variable pattern including normal chromosomal status; losses of chromosomes 1, 6, 8, 9, 14, 15, and 22; and gains of 3, 7, 16, and 17. The group of 4 high-grade MTSRCCs exhibited a more uniform chromosomal aberration pattern with losses of chromosomes 1, 4, 6, 8, 9, 13, 14, 15, and 22 and without any gains detected. (1) MTSRCC, both low-grade and high-grade, shows chromosomal losses (including 1, 4, 6, 8, 9, 13, 14, 15, and 22) in all analyzable cases; this seems to be the most frequent chromosomal numerical aberration in this type of RCC. (2) Cases with overlapping morphologic features (MTSRCC and PRCC) showed a more variable pattern with multiple losses and gains, including gains of chromosomes 7 and 17 (2 cases). This result is in line with previously published morphologic and immunohistochemical studies that describe the broad morphologic spectrum of MTSRCC, with changes resembling papillary RCC. (3) The diagnosis of MTSRCC in tumors with overlapping morphology (MTSRCC and PRCC) showing gains of both chromosomes 7 and 17 remains questionable. Based on our findings, we recommend that such tumors should not be classified as MTSRCC but rather as PRCC.
- MeSH
- adenokarcinom genetika patologie MeSH
- aneuploidie MeSH
- chromozomální aberace * MeSH
- diferenciální diagnóza MeSH
- hybridizace in situ fluorescenční MeSH
- karcinom z renálních buněk genetika patologie MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- lidské chromozomy, pár 17 MeSH
- lidské chromozomy, pár 7 MeSH
- mucinózní adenokarcinom genetika patologie MeSH
- nádory ledvin genetika patologie MeSH
- papilární karcinom genetika patologie MeSH
- senioři nad 80 let MeSH
- senioři MeSH
- srovnávací genomová hybridizace metody MeSH
- stupeň nádoru MeSH
- Check Tag
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- senioři nad 80 let MeSH
- senioři MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
Alterations in the genome that lead to changes in DNA sequence copy number are characteristic features of solid tumors. We used CGH+SNP microarray and HPV-FISH techniques for detailed screening of copy number alterations (CNAs) in a cohort of 26 patients with cervical carcinoma (CC). This approach identified CNAs in 96.2% (25/26) of tumors. Array-CGH discovered CNAs in 73.1% (19/26) of samples, HPV-FISH experiments revealed CNAs in additional 23.1% (6/26) of samples. Common gains of genetic sequences were observed in 3q (50.0%), 1q (42.4%), 19q (23.1%), while losses were frequently found in 11q (30.8%), 4q (23.1%) and 13q (19.2%). Chromosomal regions involved in loss of heterozygosity were observed in 15.4% of samples in 8q21, 11q23, 14q21 and 18q12.2. Incidence of gain 3q was associated with HPV 16 and HPV 18 positive samples and simultaneous presence of gain 1q (P = 0.033). We did not found a correlation between incidence of CNAs identified by array-CGH and HPV strain infection and incidence of lymph node metastases. Subsequently, HPV-FISH was used for validation of array-CGH results in 23 patients for incidence of hTERC (3q26) and MYC (8q24) amplification. Using HPV-FISH, we found chromosomal lesions of hTERC in 87.0% and MYC in 65.2% of specimens. Our findings confirmed the important role of HPV infection and specific genomic alterations in the development of invasive cervical cancer. This study also indicates that CGH+SNP microarrays allow detecting genome-wide CNAs and copy-neutral loss of heterozygosity more precisely, however, it may be less sensitive than FISH in samples with low level clonal CNAs.
- MeSH
- dospělí MeSH
- hybridizace in situ fluorescenční MeSH
- infekce papilomavirem komplikace genetika MeSH
- karcinom genetika virologie MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- nádory děložního čípku genetika virologie MeSH
- sekvenční analýza hybridizací s uspořádaným souborem oligonukleotidů metody MeSH
- senioři MeSH
- senzitivita a specificita MeSH
- srovnávací genomová hybridizace metody MeSH
- stanovení celkové genové exprese metody MeSH
- variabilita počtu kopií segmentů DNA MeSH
- ztráta heterozygozity genetika MeSH
- Check Tag
- dospělí MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- senioři MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
Characteristic recurrent copy number aberrations (CNAs) play a key role in multiple myeloma (MM) pathogenesis and have important prognostic significance for MM patients. Array-based comparative genomic hybridization (aCGH) provides a powerful tool for genome-wide classification of CNAs and thus should be implemented into MM routine diagnostics. We demonstrate the possibility of effective utilization of oligonucleotide-based aCGH in 91 MM patients. Chromosomal aberrations associated with effect on the prognosis of MM were initially evaluated by I-FISH and were found in 93.4% (85/91). Incidence of hyperdiploidy was 49.5% (45/91); del(13)(q14) was detected in 57.1% (52/91); gain(1)(q21) occurred in 58.2% (53/91); del(17)(p13) was observed in 15.4% (14/91); and t(4;14)(p16;q32) was found in 18.6% (16/86). Genome-wide screening using Agilent 44K aCGH microarrays revealed copy number alterations in 100% (91/91). Most common deletions were found at 13q (58.9%), 1p (39.6%), and 8p (31.1%), whereas gain of whole 1q was the most often duplicated region (50.6%). Furthermore, frequent homozygous deletions of genes playing important role in myeloma biology such as TRAF3, BIRC1/BIRC2, RB1, or CDKN2C were observed. Taken together, we demonstrated the utilization of aCGH technique in clinical diagnostics as powerful tool for identification of unbalanced genomic abnormalities with prognostic significance for MM patients.
- MeSH
- celogenomová asociační studie * MeSH
- chromozomální aberace * MeSH
- dospělí MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mnohočetný myelom diagnóza genetika MeSH
- nádorové proteiny genetika MeSH
- prognóza MeSH
- senioři nad 80 let MeSH
- senioři MeSH
- srovnávací genomová hybridizace metody MeSH
- Check Tag
- dospělí MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- senioři nad 80 let MeSH
- senioři MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- klinické zkoušky MeSH
- multicentrická studie MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
Nové molekulárně biologické metody umožnily zpřesnění průkazu chromozomálních změn v nádorové tkáni. Tyto změny lze prokázat u většiny maligních nádorů. Rychlý rozvoj celogenomových molekulárně biologických metod napomohl zlepšení poznání genetického pozadí nádorů. V současné době je jejich průkaz součástí diagnostických nebo prognostických schémat používaných u jednotlivých nádorových onemocnění. Jako první bylo v klinické praxi využíváno klasické cytogenetické vyšetření karyotypu, které je využíváno dodnes, i když s nástupem nových molekulárně biologických technik se jeho význam zmenšil. Metodami dnes nejčastěji používanými ke stanovení chromozomálních delecí nebo zmnožení při celogenomovém vyšetření jsou komparativní genomová hybridizace (CGH), array-CGH a SNP array. První dvě jsou založeny na principu porovnání nádorové DNA a normální, kontrolní DNA. Princip SNP array využívá přítomnosti jednonukleových polymorfismů rozložených po celém genomu u každého jedince. SNP array prokazuje nejen delece nebo zmnožení chromozómů, tak jak je tomu u CGH technik, ale je schopna prokázat i ztrátu heterozygozyty nebo unipaternální dizomii. Vyšetření chromozomálních změn se dnes stává rutinním a v některých případech také nezbytným vyšetřením pro stanovené diagnózy a prognózy nádorového onemocnění a správného výběru onkologické terapie.
New molecular biology methods have specified the evidence of chromosomal changes in the tumor tissue. These alterations can be proven to exist in the majority of malignant tumors. The fast progress of whole genome molecular biological methods has helped to improve the knowledge of tumor genetics. The evidence of genetic changes is a component of currently used diagnostic and prognostic schemes in particular cancer diseases. Karyotyping was the first method used in the clinical practice but its importance has decreased with the arrival of new molecular biological methods. The most common methods used for the detection of chromosomal deletions or amplifications are CGH, array-CGH and SNP array. The first two methods are based on the principle of comparison between tumor DNA and control DNA. The principle of SNP array uses the presence of single nucleotide polymorphisms that are located in the whole genome in each individual. SNP array can prove not only deletions or amplifications of the chromosomes but unlike CGH techniques it can also detect a loss of heterozygosity or uniparental disomy. The screening of chromosomal changes has nowadays become routine. These techniques are used for diagnosis, prognosis and treatment of cancer disease in certain cases.
- MeSH
- chromozomální delece MeSH
- dítě MeSH
- dospělí MeSH
- genom lidský * genetika MeSH
- jednonukleotidový polymorfismus * MeSH
- lidé MeSH
- meduloblastom genetika MeSH
- molekulární biologie MeSH
- neuroblastom genetika MeSH
- sekvenční analýza hybridizací s uspořádaným souborem oligonukleotidů * metody využití MeSH
- srovnávací genomová hybridizace * metody využití MeSH
- Check Tag
- dítě MeSH
- dospělí MeSH
- lidé MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
- přehledy MeSH
