Recent studies highlighted genetic aberrations associated with prognosis in Mantle Cell lymphoma (MCL), yet comprehensive testing is not implemented in clinical routine. We conducted a comprehensive genomic characterization of 180 patients from the European MCL network trials by targeted sequencing of peripheral blood DNA using the EuroClonality(EC)-NDC assay. The IGH::CCND1 fusion was identified in 94% of patients, clonal IGH-V-(D)-J rearrangements in all, and 79% had ≥1 somatic gene mutation. The top mutated genes were ATM, TP53, KMT2D, SAMHD1, BIRC3 and NFKBIE. Copy number variations (CNVs) were detected in 83% of patients with RB1, ATM, CDKN2A/B and TP53 being the most frequently deleted and KLF2, CXCR4, CCND1, MAP2K1 and MYC the top amplified genes. CNVs and mutations were more frequently observed in older patients with adverse impact on prognosis. TP53mut, NOTCH1mut, FAT1mut TRAF2del, CDKN2A/Bdel and MAP2K1amp were linked to inferior failure-free (FFS) and overall survival (OS), while TRAF2mut, EGR2del and BCL2amp related to inferior OS only. Genetic complexity (≥3 CNVs) observed in 51% of analysed patients was significantly associated with impaired FFS and OS. We demonstrate that targeted sequencing from peripheral blood and bone marrow reliably detects diagnostically and prognostically important genetic factors in MCL patients, facilitating genetic characterization in clinical routine.

• MeSH
• dospělí MeSH
• genetické testování metody   MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• lymfom z plášťových buněk * genetika   mortalita   MeSH
• mutace * MeSH
• nádorové biomarkery genetika   MeSH
• prognóza MeSH
• rizikové faktory MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• variabilita počtu kopií segmentů DNA * MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování metody   MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

• MeSH
• Culicidae MeSH
• konkanavalin A MeSH
• kultivace virů MeSH
• kultivované buňky MeSH
• viry encefalitidy izolace a purifikace   MeSH

• MeSH
• diagnostické techniky molekulární MeSH
• infekce spojené se zdravotní péčí diagnóza   MeSH
• infekční nemoci diagnóza   MeSH
• mikrobiologické techniky MeSH
• průtoková cytometrie MeSH
• virové nemoci diagnóza   MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• biologie
• infekční lékařství
• mikrobiologie, lékařská mikrobiologie
• NLK Publikační typ
• www dokumenty

• MeSH
• B-lymfocyty MeSH
• fluorescenční protilátková technika MeSH
• imunologické testy MeSH
• lymfoidní leukemie diagnóza   MeSH
• lymfom diagnóza   MeSH
• mnohočetný myelom diagnóza   MeSH
• T-lymfocyty MeSH

• MeSH
• biologie buňky MeSH
• buňky MeSH
• molekulární biologie MeSH
• Publikační typ
• příručky MeSH

• Konspekt
• Buněčná biologie. Cytologie
• NLK Obory
• cytologie, klinická cytologie

• MeSH
• biologická terapie MeSH
• buněčná a tkáňová terapie MeSH
• genetická terapie MeSH
• imunoterapie MeSH
• klinické lékařství MeSH
• Publikační typ
• abstrakty MeSH
• kongresy MeSH
• programy MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• biomedicínské inženýrství
• genetika, lékařská genetika
• biologie
• alergologie a imunologie

• MeSH
• estrany imunologie   MeSH
• estrogeny imunologie   MeSH
• histocytochemie metody   MeSH
• imunochemie metody   MeSH
• lidé MeSH
• nádory prsu imunologie   MeSH
• receptory buněčného povrchu MeSH
• specificita protilátek MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• ženské pohlaví MeSH

Východisko. Diagnostika non-Hodgkinských lymfomů vyžaduje v současnosti kombinaci různých metodických přístupů. Morfologické metody zůstávají základem diagnostiky, v řadě případů je však nezbytná aplikace molekulárně- genetickýchmetod. Molekulární přístupy v diagnostice lymfomů řady B umožňují detekci klonálních přestaveb imunoglobulinových genů a mohou určit chromozomální translokace specifické pro určitý typ lymfomu. Metody a výsledky. Metodou PCR jsme vyšetřili 113 nemocných s maligními lymfomy B řady různého typu (folikulární – FL, z buněk pláště –MCL,malobuněčný typu CLL/SLL, difuzní velkobuněčný – DLBCL) a stanovovali klonalitu pomocí detekce přestavby genu pro těžké řetězce imunoglobulinů (IGH), u 72 z nich také genu pro lehké řetězce imunoglobulinů kappa (IGK). Při detekci přestavby genu IGH jsme zjistili klonalitu v 85%případů (96/113), při detekci přestavby IGK v 58,3 % (42/72). Kombinací obou přístupů jsme zvýšili záchyt klonality lymfomů na 90,3 % (102/113). Nejvyšší výtěžnost jsme zjistili u lymfomů typu CLL/SLL a u MCL (100 %). U DLBCL a FL byla výtěžnost nižší, 86 a 87 %. Závěry. Stanovení klonality u lymfomů pomáhá v některých případech odlišit benigní hyperplastické procesy B lymfoidních buněk (polyklonální proliferace). Záchyt klonální přestavby v lokusech genů IGH a IGK je vhodným nástrojem pro dlouhodobé monitorování aktivity onemocnění v případech, u kterých nejsou přítomny jiné markery, zejména nádorově specifické translokace. PCR průkaz translokací v detekci onemocnění je relativně specifický, ale jeho využití je omezeno nižším záchytem při variabilním místě zlomu.

Background. Diagnostic approach to non-Hodgkin's lymphomas requires a combination of laboratory methods. Methods used in morphology constitute the basis of the diagnostics; in many instances it is necessary to combine them with methods of molecular genetics. The latter method plays a key role in the detection of B cell clonality using identification of the rearrangement of IGHand/or IGKgenes and in detection of the chromosomal translocations specific for some lymphomas. Methods and Results. Using PCR we investigated 113 patients with malignant B cell lymphomas of different types (follicular – FL, mantle cell – MCL, small cell – CLL/SLL, diffuse large cell – DLBCL). We established the IGH gene clonal rearrangement in 85 % of the cases (96/113), and the clonal rearrangement of the IGK gene in 58,3 % patients (42/72). Combination of both approaches (IGH and IGK) revealed a positive result in 90,3 % (102/113). The highest yield was rendered in patients with CLL/SLL and with MCL (100 %), and it was 86 and 87 % in cases with FL and DLBCL. Conclusions. The detection of clonality in lymphomas helps to distinguish a malignant disease from polyclonal hyperplastic and lymphoproliferative disorders of B cells. The recognition of clonal rearrangements of the IGH and IGK genes serves for a long term monitoring of the disease activity in cases in which there are no other molecular markers available. The demonstration of lymphoma characteristic translocations is relatively specific and useful but at present its usefulness is reduced in cases with variable breakpoint regions.

• MeSH
• B-buněčný lymfom diagnóza   patologie   MeSH
• diagnostické techniky molekulární metody   MeSH
• finanční podpora výzkumu jako téma MeSH
• genová přestavba MeSH
• geny pro imunoglobuliny MeSH
• lidé MeSH
• molekulární biologie metody   MeSH
• nehodgkinský lymfom diagnóza   patologie   MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• MeSH
• karcinom prevence a kontrola   MeSH
• kouření MeSH
• nádory plic prevence a kontrola   MeSH
• plošný screening MeSH

• MeSH
• antigeny virové MeSH
• Cytomegalovirus izolace a purifikace   MeSH
• fluorescenční protilátková technika MeSH
• kultivované buňky MeSH
• monoklonální protilátky analýza   MeSH