Complete-case analysis
Dotaz
Zobrazit nápovědu
Cíl: Porovnat výsledky klasické a digitální analýzy rohovkového endotelu. Materiál a metody: Hodnotili jsme soubor 36 očí s fyziologickým nálezem na předním očním segmentu, průměrný věk vyšetřovaných byl 32,8 let (SD ± 9,5). Provedli jsme vyšetření spekulárním nekontaktním mikroskopem SP 1000 TOPCON. Získaný záznam byl hodnocen i) klasickou analýzou, ii) automatickou digitální analýzou, iii) korigovanou digitální analýzou. Výsledkem klasické analýzy je buněčná hustota (počet buněk/mm2). Digitální analýza, která je umožněna propojením spekulárního mikroskopu s počítačovým programem IMAGENET Endothelial Analysis System, hodnotí navíc koeficient variance buněčné plochy (%) a hexagonalitu (%). Normalita rozložení hodnot byla posouzena testem Liliefors, následně byl použit buď párový t-test, nebo neparametrický párový Wilcoxonův test. Výsledky: Srovnáním automatické a korigované digitální analýzy byl zjištěn statisticky významný rozdíl ve všech hodnocených parametrech (P = 0,01). Průměrná buněčná hustota vypočítaná klasickou analýzou (2643 ± 347) je o 3 % menší, než hodnota zjištěná korigovanou digitální analýzou (2718 ± 330 buněk/ mm2). Přesto nebyl prokázán mezi klasickou a korigovanou digitální analýzou statisticky významný rozdíl na 1% hladině významnosti. Ve 13 případech ukázala korigovaná analýza nižší hodnoty než klasická, zatímco ve 23 případech se objevilo nadhodnocení korigovanou analýzou až o 501 buněk/mm2. Provedení klasické analýzy nebo automatické digitální analýzy endotelu jednoho oka vyžaduje v průměru 7–8 min. Doba vyšetření jednoho endotelu při použití digitální analýzy byla ve sledovaném souboru 25–30 min. Závěr: Přestože není mezi korigovanou digitální analýzou a klasickou analýzou endotelu statisticky významný rozdíl (P = 0,01) a mezi oběma metodami je statisticky významná závislost (r = 0,82), je nutné vzít v úvahu jejich neúplnou kompatibilitu při interpretaci výsledků u konkrétních pacientů. Korigovaná digitální analýza je sice časově náročnější, ale poskytuje více informací o stavu endoteliální monovrstvy.
Aim: To compare results of classical and digital analysis of the corneal endothelium. Material and methods: We evaluated a group of 36 eyes with physiological findings of the anterior segment of the eye; the average age of examined persons was 32.8 years (SD ± 9.5). The examination was performed by means of non-contact specular microscope SP 1000 TOPCON. The obtained finding was evaluated by means of i) classical analysis, ii) automatic digital analysis, and iii) revised digital analysis. The result of the classical analysis is the cellular density (number of cells/mm2). The digital analysis is made possible by means of the connection of the specular microscope with the computer program IMAGENET. The Endothelial Analysis System evaluates furthermore the coefficient of the cellular area variation (%), and the hexagonality (%). The normality of the values’ distribution was evaluated by means of the test Liliefors, subsequently the paired t-test or nonparametric Wilcoxon’s test were used. Results: Comparing results of the automatic to the revised digital analysis, statistically significant difference in all evaluated parameters was found (P = 0.01). The average cells’ density calculated by means of classical analysis (2643 ± 347) is by 3 % smaller than the value established by means of revised digital analysis (2718 ± 330 cells/mm2). Regardless of that, no statistically evident difference was found at the 1 % level of significance. In 13 cases the revised digital analysis showed lower values than the classical one, whereas in 23 cases the overestimation by revised digital analysis up to 501 cells/mm2 was found. To complete the classical analysis or the automatic digital analysis, it takes in average 7–8 minutes. The time needed to examine one sample of endothelium using the revised digital analysis was in the examined group 25–30 minutes. Conclusion: Although there is no statistically significant difference (P = 0.01) between the revised digital analysis and the classical analysis, and between both methods there is statistically significant dependence (r = 0.82); it is necessary to consider their incomplete compatibility in case of results’ interpretation in a single patient. The revised digital analysis is rather more time consuming, but supplies more information about the status of the endothelial single layer.
- MeSH
- biometrie metody MeSH
- lidé MeSH
- mikroskopie metody přístrojové vybavení MeSH
- rohovkový endotel anatomie a histologie fyziologie MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- srovnávací studie MeSH
Cieľ štúdie: DNA analýza jednotlivých foriem gestačnej trofoblastovej choroby.Typ štúdie: Retrospektívna klinická štúdia.Názov a sídlo pracoviska: Centrum pre trofoblastovú chorobu SR, Bratislava, Slovenská republika.Súbor a metodika: V období od septembra 1993 do apríla 2003 bolo analyzovaných 89 prípadovgestačnej trofoblastovej chroby, z čoho bolo 22 prípadov parciálnej moly hydatidózy, 58 prípadovkompletnej moly hydatidózy, 5 prípadov invazívnej moly a 4 gestačné choriokarcinómy. Na DNAanalýzu bola použitá metóda Southernovej hybridizácie a polymerázovej reťazovej reakcie.Výsledky: Z 22 prípadov paricálnej moly hydatidózy bolo 19 (86,4 %) triploidných a 3 (13,6 %) diploidné.Z 58 pripadov kompletnej moly hydatidózy bolo 29 (50%) homozygotných a 28 (48,3 %) heterozygotnýcha v jednom prípade (1,7 %) bol detekovaný otcovský aj materský genóm. K malígnemuzvratu na gestačný choriokracinóm došlo v 8 prípadoch heterozygotnej a v jednom prípadehomozygotnej kompletnej moly hydatidózy.Záver: Molekulová analýza umožňuje určiť pôvod jadrovej DNA kompletnej moly hydatidózya identifi kovať pacientky s vyšším rizikom malígnej transformácie.
Objective: DNA analysis of different forms of gestational trophoblastic disease.Design: Retrospective clinical study.Setting: Slovak Center of Trophoblastic Disease, Bratislava, Slovak Republic.Methods: In the period of September 1993 to April 2003, eighty-nine cases of gestational trophoblasticdisease were analysed. There were 22 cases of partial hydatidiform moles, 58 cases of completehydatidiform mole, 5 cases of invasive mole and 4 cases of gestational choriocarcinomas.Southern hybridization and polymerase chain reaction were used for DNA analysis.Results: From 22 analyzed cases of partial hydatidiform moles 19 (86.4%) were triploid and 3(13.6%) diploid ones. There were 58 cases of complete hydatidiform mole and out of them 29 (50%) were homozygous, 28 (48.3%) heterozygous, and in one case (1.7%) both paternal and maternalgenome was detected. In 8 cases of heterozygous and in one case of homozygous complete hydatidiformmole occurred a malignant transformation to gestational choriocarcinoma.Conclusions: Molecular analysis can determine the nuclear DNA origin of complete hydatidiformmole and allow us to defi ne the patients with higher risk of malignant transformation usually togestational choriocarcinoma.
- MeSH
- choriokarcinom diagnóza genetika MeSH
- diagnostické techniky molekulární metody MeSH
- DNA analýza MeSH
- lidé MeSH
- mola hydatidosa diagnóza genetika MeSH
- odběr biologického vzorku MeSH
- trofoblastické nádory diagnóza genetika MeSH
- trofoblastický nádor lokalizovaný v placentě diagnóza genetika MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- přehledy MeSH
- srovnávací studie MeSH
BACKGROUND: Observational data on composite scores often comes with missing component information. When a complete-case (CC) analysis of composite scores is unbiased, preferable approaches of dealing with missing component information should also be unbiased and provide a more precise estimate. We assessed the performance of several methods compared to CC analysis in estimating the means of common composite scores used in axial spondyloarthritis research. METHODS: Individual mean imputation (IMI), the modified formula method (MF), overall mean imputation (OMI), and multiple imputation of missing component values (MI) were assessed either analytically or by means of simulations from available data collected across Europe. Their performance in estimating the means of the Bath Ankylosing Spondylitis Disease Activity Index (BASDAI), the Bath Ankylosing Spondylitis Functional Index (BASFI), and the Ankylosing Spondylitis Disease Activity Score based on C-reactive protein (ASDAS-CRP) in cases where component information was set missing completely at random was compared to the CC approach based on bias, variance, and coverage. RESULTS: Like the MF method, IMI uses a modified formula for observations with missing components resulting in modified composite scores. In the case of an unbiased CC approach, these two methods yielded representative samples of the distribution arising from a mixture of the original and modified composite scores, which, however, could not be considered the same as the distribution of the original score. The IMI and MF method are, thus, intrinsically biased. OMI provided an unbiased mean but displayed a complex dependence structure among observations that, if not accounted for, resulted in severe coverage issues. MI improved precision compared to CC and gave unbiased means and proper coverage as long as the extent of missingness was not too large. CONCLUSIONS: MI of missing component values was the only method found successful in retaining CC's unbiasedness and in providing increased precision for estimating the means of BASDAI, BASFI, and ASDAS-CRP. However, since MI is susceptible to incorrect implementation and its performance may become questionable with increasing missingness, we consider the implementation of an error-free CC approach a valid and valuable option. TRIAL REGISTRATION: Not applicable as study uses data from patient registries.
- MeSH
- ankylózující spondylitida MeSH
- axiální spondyloartritida * MeSH
- C-reaktivní protein analýza MeSH
- interpretace statistických dat MeSH
- lidé MeSH
- stupeň závažnosti nemoci MeSH
- výzkumný projekt MeSH
- zkreslení výsledků (epidemiologie) MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- Geografické názvy
- Evropa MeSH
Wiley series in probability and statistics
2nd ed. xiii, 729 s.
- Klíčová slova
- Zkoušky klinické - analýza, Zkoušky klinické - design, Zkoušky klinické - metodologie,
- Konspekt
- Patologie. Klinická medicína
- NLK Obory
- diagnostika
Genome-wide association studies (GWAS) have identified more than 200 common genetic variants independently associated with colorectal cancer (CRC) risk, but the causal variants and target genes are mostly unknown. We sought to fine-map all known CRC risk loci using GWAS data from 100,204 cases and 154,587 controls of East Asian and European ancestry. Our stepwise conditional analyses revealed 238 independent association signals of CRC risk, each with a set of credible causal variants (CCVs), of which 28 signals had a single CCV. Our cis-eQTL/mQTL and colocalization analyses using colorectal tissue-specific transcriptome and methylome data separately from 1299 and 321 individuals, along with functional genomic investigation, uncovered 136 putative CRC susceptibility genes, including 56 genes not previously reported. Analyses of single-cell RNA-seq data from colorectal tissues revealed 17 putative CRC susceptibility genes with distinct expression patterns in specific cell types. Analyses of whole exome sequencing data provided additional support for several target genes identified in this study as CRC susceptibility genes. Enrichment analyses of the 136 genes uncover pathways not previously linked to CRC risk. Our study substantially expanded association signals for CRC and provided additional insight into the biological mechanisms underlying CRC development.
- MeSH
- Asijci * genetika MeSH
- běloši * genetika MeSH
- celogenomová asociační studie * MeSH
- genetická predispozice k nemoci * MeSH
- jednonukleotidový polymorfismus * MeSH
- kolorektální nádory * genetika MeSH
- lidé MeSH
- lokus kvantitativního znaku * MeSH
- mapování chromozomů MeSH
- sekvenování exomu MeSH
- studie případů a kontrol MeSH
- transkriptom MeSH
- východní Asiaté MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
- Research Support, N.I.H., Extramural MeSH
The aim of the study is to determine the prevalence, outcomes, and survival (among live births [LB]), in pregnancies diagnosed with trisomy 13 (T13) and 18 (T18), by congenital anomaly register and region. Twenty-four population- and hospital-based birth defects surveillance registers from 18 countries, contributed data on T13 and T18 between 1974 and 2014 using a common data-reporting protocol. The mean total birth prevalence (i.e., LB, stillbirths, and elective termination of pregnancy for fetal anomalies [ETOPFA]) in the registers with ETOPFA (n = 15) for T13 was 1.68 (95% CI 1.3-2.06), and for T18 was 4.08 (95% CI 3.01-5.15), per 10,000 births. The prevalence varied among the various registers. The mean prevalence among LB in all registers for T13 was 0.55 (95%CI 0.38-0.72), and for T18 was 1.07 (95% CI 0.77-1.38), per 10,000 births. The median mortality in the first week of life was 48% for T13 and 42% for T18, across all registers, half of which occurred on the first day of life. Across 16 registers with complete 1-year follow-up, mortality in first year of life was 87% for T13 and 88% for T18. This study provides an international perspective on prevalence and mortality of T13 and T18. Overall outcomes and survival among LB were poor with about half of live born infants not surviving first week of life; nevertheless about 10% survived the first year of life. Prevalence and outcomes varied by country and termination policies. The study highlights the variation in screening, data collection, and reporting practices for these conditions.
- MeSH
- lidé MeSH
- mortalita MeSH
- narození živého dítěte MeSH
- Patauův syndrom epidemiologie genetika mortalita MeSH
- prenatální diagnóza MeSH
- prevalence MeSH
- registrace MeSH
- surveillance populace MeSH
- syndrom trizomie 18 epidemiologie genetika mortalita MeSH
- těhotenství MeSH
- výsledek těhotenství MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- těhotenství MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
... The area’s benchmark text, completely revised and updated -- In the twenty years since publication of ... ... the first edition of The Statistical Analysis of Failure Time Data, researchers have produced a library ... ... The final chapter on special topics and examples of data analysis has been completely revised and updated ... ... of Recurrent Event Data Analysis of Correlated Failure Time Data -- With its comprehensive survey of ... ... the field and resources tor students and researchers, The Statistical Analysis of Failure Time Data ...
Wiley series in probability and statistics
2nd ed. xiii, 439 s.
- Klíčová slova
- Analýza dat, Analýza statistická, Regrese,
- Konspekt
- Statistika
- NLK Obory
- statistika, zdravotnická statistika
Komplexrií vyšetřování svalových dystrofií pomocí klinických, bioptických a molekulárně genetických diagnostických metod se v naší zemi dosud provádělo pouze ve velmi omezeném rozsahu. Naše skupina (kliiiiků, patologů a genetiků) vyšetřila od roku 1992 do roku 2000 přibližně 240 pacientů suspektních ze svalové dystrofie. Většina pacientů pochází z jihomoravského a severomoravského regionu. Pacienti byli k vyšetření odesíláni zeiména z kUnik a oddělení neurologie a dětské neurologie, dále z odděleni klinické genetiky a méně často z interních klinik a oddělení. Vyšetřovaní pacienti byli podle závěrečné diagnózy rozděleni do skupin pacientů s dystrofinopatií (DMD a BMD), přenašeček dystrofinopatií, pacientů s kongenitální svalovou dystrofií s deficitem merosinu a pacientů s Emery-Dreifussovou svalovou dystrofií, včetně přenašeček tohoto onemocnění. Někteří členové rodin, v nichž se vyskytla dystrofinopatie, byli následně vyšetřeni metodami segregační analýzy. Pacienti DMD/BMD mohou být pomoci molekulárně genetických metod zachyceni ve vysokém procentu. Metoda vyšetření mRŇA pomocí RT PCR a PTT z biopsie dovoluje detegovat delece, duplikace, ale i bodové mutace dystrofinového genu, a tím má vyšší diagnostický rozsah než vyšetření DNA lymfocytů periferní krve metodou multiplex PCR, které zachytí 65 % všech mutací, prakticky jenom delece. Imunofenotypizace dystrofinu se uplatní zejména v odhalování DMD. Deficit sarkolemové reaktivity v karboxytermmální a střední doméně (Dys 1 a Dys 2) jednoznačně signalizuje defektní dystrofiu. Naproti tomu menší deficity dystrofinu u BMD (a též u přenašeček) nemusejí být v biopsii zachyceny. V těchto případech je nutné doplnit vyšetření imunoblotingem nebo analýzou genotypu. Vyšetřování pacientů s klinicky diagnostikovanou svalovou dystrofií by mělo většinou začít vyšetřením biopsie, z níž je možno odhadnout přítomnost a stupeň strukturálních změn, a aplikací protilátek proti DGC případně odhalit patřičný deficit. Imunohistochemické vyšetření je možné doplnit imunoblotingem a tak navést další molekulárně genetické vyšetření DNA či mRNA. Svalovou biopsii je možno v případě deficitu merosinu a emerinu nahradit méně invazivními metodami, jako kožní biopsií nebo výtěrem z bukální sliznice. Při deficitech proteinů DGC je nutno při interpretaci nálezů respektovat možnost sekundární alterace jiných složek, a tak imunohistochemie sama o sobě nemusí být dostatečně informativní. Identifikace a bližší diagnostické zařazení pacientů s deficitem merosinu, sarkoglykanů, emerinu, kalpainu a dalších je možné díky možnosti použití protilátek, které jsou na trhu. Detekce těchto pacientů v naší zemi teprve čeká na jejich soustavné vyhledávání opřené o aplikaci metod popsaných a diskutovaných v tomto sdělení.
Complex diagnosis of muscular dystrophies including clinical, bioptical and molecular genetic approaches has been provided in a limited extent in this country. Our group of neurologists, pathologists and geneticists has examined approximately 240 patients suspected of having muscular dystrophies, mostly coming from Southern and Northern Moravia. The patients were sent to the examination most often firom departments of neurology and clinical genetics, and less firequently fi:om departments of internal medicine. According to the final diagnosis, the patients were divided into groups: with dystrophinopathies and carriers of dystrophinopathies (DMD/BMD), merosin deficient form of congenital muscular dystrophy, and Emery-Dreifuss muscular dystrophy including the carriers of this disease. Some relatives of patients with dystrophinopathies were also examined using the methods of segregation analysis. High proportion of the DMD/BMD patients can be detected by the methods of molecular genetics. Analysis of mRNA using RT PCR and PTT enables the detection of deletions, dupUcations, and point mutations in dystrophin gene and encompasses a larger diagnostic scope in comparison with examinations of DNA level by the multiplex PCR method from the peripheral blood which enables only deletion detections. Immunophenotyping of the dystrophin protein plays an important role especially using antibodies against carboxyterminal (DYS2) and rod domain (DYSl) of dystrophin. Deficient sarcolemmal expression of DYS2 and DYSl reveales unambiguously a pathological dystrophin. On the other hand, less pronounced deficiencies in dystrophin expression in BMD patients and DMD/BMD carriers may not always be detected in muscle biopsies. In this case, it is necessary to supplement the examination by Western blotting and genotype analysis. The examination of patients with clinically diagnosed muscular dystrophy shoidd start with á muscle biopsy which enables the estimation of presence and degree of structural changes. Application of antibodies against the components of DGC and emerin may reveal a deficiency in expression of these proteins. Immunohistochemical examination completed by Western blotting leads to the subsequent molecular genetic analysis of DNA or mRNA. Secondary deficiencies in expression of other DGC proteins are often revealed in muscle biopsies of dystrophinopathies and this fact must be taken into account in the evaluation of immunohistochemical findings. There is a possibility of replacement of invasive muscle biopsy by skin biopsy or buccal mucosal smears in cases of merosin and emerin deficiencies. Commercially available antibodies against merosin, emerin, calpain and sarcoglycans enable extensive identification and detailed classification of muscular dystrophies. Screening of the patients based on the application of methods described and discussed in this report is the task of the forthcoming period.
Bellova obrna je akútna periférna jednostranná lézia tvárového nervu spôsobená herpetickými vírusmi. Môže sa klinicky prejavovať mononeuritickou alebo polyneuritickou formou. Prítomná môže byť polyneuropatia ostatných hlavových nervov a senzitívnych krčných miechových koreňov s rôznym stupňom manifestácie. Pri liečení je nutná multidisciplinárna spolupráca a adekvátna liečba, ktorá môže výrazným spôsobom prispieť k čo najskoršiemu obnoveniu funkcie tvárového nervu. V práci prezentujeme retrospektívnu analýzu súboru 54 pacientov liečených pre Bellovu obrnu v rokoch 1999 – 2010 na Klinike ORL a chirurgie hlavy a krku v Košiciach a kazuistiku pacienta s Bellovou obrnou a polyganglionitídou hlavových nervov.
Bell's palsy is an acute peripheral unilateral facial nerve affection caused by herpetic viruses. The clinical picture varies from mononeuritic form to polyneuritic form with palsies of other cranial nerves and spinal sensitive roots with different grade of manifestation. Main goals of treatment are to speed complete recovery of facial nerve function and should be multidisciplinary. We present clinical analysis of 54 patients treated on ENT clinic in Košice during the period of 1999-2010 and case report of patient with Bell's palsy and multiple cranial nerves palsy.
- MeSH
- acyklovir aplikace a dávkování terapeutické užití MeSH
- antivirové látky terapeutické užití MeSH
- Bellova paréza diagnóza etiologie farmakoterapie MeSH
- dospělí MeSH
- faciální paralýza etiologie patofyziologie terapie MeSH
- herpes zoster ušní diagnóza etiologie farmakoterapie MeSH
- hormony kůry nadledvin terapeutické užití MeSH
- kombinovaná farmakoterapie MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- lidský herpesvirus 1 patogenita MeSH
- mladiství MeSH
- následné studie MeSH
- nervus facialis patologie MeSH
- prednison aplikace a dávkování terapeutické užití MeSH
- prognóza MeSH
- senioři MeSH
- stupeň závažnosti nemoci MeSH
- terapie cvičením MeSH
- thiamin analogy a deriváty aplikace a dávkování terapeutické užití MeSH
- virus varicella zoster patogenita MeSH
- výsledek terapie MeSH
- Check Tag
- dospělí MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mladiství MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- senioři MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- kazuistiky MeSH
The prognosis of patients with BRCA1-related breast carcinomas is inferior to the patients without BRCA1 mutation, but most of these tumors have a so-called triple negative phenotype characterized by increased chemosensitivity. Information regarding the chemosensitivity of BRCA1-related breast carcinomas is limited. We present a case of a mother and daughter with hereditary breast carcinoma treated with primary chemotherapy using the dose-dense combination of doxorubicin and cyclophosphamide and sequential weekly paclitaxel administration. Pathological complete response was observed in both patients. Subsequent genetic analysis revealed the same BRCA1 mutation with exon 5-14 deletion in both women. The present experience as well as other reports indicate increased sensitivity of BRCA1-related breast carcinoma to primary chemotherapy.
- MeSH
- cyklofosfamid terapeutické užití MeSH
- delece genu MeSH
- dospělí MeSH
- doxorubicin terapeutické užití MeSH
- exony MeSH
- financování organizované MeSH
- genetická predispozice k nemoci MeSH
- karcinom farmakoterapie genetika MeSH
- lidé MeSH
- matky MeSH
- mutace MeSH
- nádory prsu farmakoterapie genetika MeSH
- nukleární rodina MeSH
- paclitaxel terapeutické užití MeSH
- protokoly protinádorové kombinované chemoterapie terapeutické užití MeSH
- ubikvitinligasy genetika MeSH
- Check Tag
- dospělí MeSH
- lidé MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- kazuistiky MeSH