Genotyp viru hepatitidy B (HBV) byl určen sekvenací a analýzou nukleotidových sekvencí genuS HBV v sérech 176 pacientů s virovou hepatitidou B z celé České republiky. Nejčastěji byl v souboruzjištěn genotyp A u 118 pacientů (67,1 %), dále genotyp D u 50 pacientů (28,4 %). Genotyp B bylnalezen u 6 pacientů (3,4 %) a genotyp C u 2 pacientů (1,1 %). Závislost genotypu A na věku jestatisticky významná, pravděpodobnost výskytu narůstá s věkem. Závislost genotypu A nebo D napohlaví a na lokalitě (kraj) není statisticky významná. Poprvé byly v ČR zjištěny genotypy B a C,které se vyskytují hlavně v jihovýchodní Asii. Nález těchto genotypů jak u cizinců, tak u občanůčeské národnosti svědčí nejen o importu, ale patrně již i o přenosu těchto genotypů v ČR. Fylogenetickáanalýza dokumentuje míru rozdílnosti jednotlivých izolátů HBV. Z odvozených aminokyselinovýchsekvencí bylo určeno i zastoupení subtypových determinant HBV d (68,6 %) a y (31,4 %).Potvrdila se vhodnost sekvenační analýzy genu S pro určování genotypu HBV.

Hepatitis B virus (HBV) was genotyped based on sequencing and analysis of nucleotide sequencesof HBV S gene in sera samples from 176 patients with viral hepatitis B from all over the CzechRepublic. The most frequent genotype A was detected in 118 (67.1%) of the patients, followed bygenotype D found in 50 (28.4%) of the patients. Genotypes B and C were identified in 6 (3.4%) and 2(1.1%) of the patients, respectively. The incidence of genotype A statistically significantly increaseswith age. There is no statistically significant correlation between genotypes A and D and gender orlocality (region). Genotypes B and C, found mainly in South East Asia, were first detected in theCzech Republic. Detection of these genotypes in both foreigners and Czech population is suggestivenot only of import but also of transmission of these genotypes in the Czech Republic. Fylogeneticanalysis documents dissimilarity levels betweenHBVisolates. Based on theamino sequencederived,the percentages of HBV subtype determinants d (68.6%) and y (31.4%) were established. The geneS sequencing analysis proved suitable for HBV genotyping.

• MeSH
• dospělí MeSH
• finanční podpora výzkumu jako téma MeSH
• fylogeneze MeSH
• genotyp MeSH
• hepatitida B diagnóza   MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• nukleotidy MeSH
• sekvenční analýza DNA metody   MeSH
• senioři MeSH
• virus hepatitidy B genetika   MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• přehledy MeSH
• srovnávací studie MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

• MeSH
• ELISA MeSH
• genotyp MeSH
• imunoenzymatické techniky MeSH
• Neisseria meningitidis genetika   izolace a purifikace   MeSH

U 20 pacientů s Duchennovou nebo Beckerovou muskulární dystrofií (DMD nebo BMD), kteří měli delece v dystrofinovém genu, byla sledována korelace mezi genotypem a fenotypem. Autoři vycházeli ze známé teorie, že delece rušící čtecí rámec genu vedou k DMD a delece zachovávající čtecí rámec vedou k BMD. U 5 postižených byla podle klinického obrazu stanovena BMD a u 15 postižených DMD. Při stanovování rozsahu delecí pomocí PCR autoři předpokládali, že deleční zlomy u postižených se nacházejí mezi dvěma vedle sebe ležícími exony, z nichž jeden byl pomocí PCR detekován, zatímco druhý nikoliv. Tak bylo ve dvacetičlenném souboru nalezeno 5 pacientů s delecemi, které zachovávaly čtecí rámec genu, a 14 pacientů s delecemi, které čtecí rámec rušily. U jednoho DMD pacienta pak byly detekovány dvě delece, z nichž jedna čtecí rámec zachovávala, zatímco druhá jej rušila. Při porovnání genotypů a fenotypu vyšetřených pacientů nebyla zjištěna úplná korelace. U 4 pacientů s klinickým obrazem BMD byl čtecí rámec dystrofinového genu po deleci zachován, ale u jednoho pacienta byl porušen. U 14 DMD pacientů byl čtecí rámec porušen, ale u jednoho pacienta byl zachován. Korelace genotypů a fenotypu tak byla 90 %. Tato vysoká korelace je v souladu s teorií, že mutace rušící čtecí rámec dystrofinového genu jsou příčinou DMD fenotypu, zatímco mutace zachovávající čtecí rámec způsobují U postižených lehčí BMD fenotyp. U dvou pacientů (10 %), kde zjištěné mutace nekorelovaly s klinickými projevy, byly vysloveny hypotézy, které by diskrepance mezi genotypem a fenotypem mohly vysvětlit. Pro vysvětlení zjištěných diskrepancí byly uvažovány další (nedetekované) mutace v dystrofinovém genu, aberantní sestřih dystrofinové mRNA, reiniciace translace z alternativního počátku, umístění delečních zlomů mimo příslušné introny a nestabilita transkripčního, resp. translačního produktu. Pro jednoznačný závěr u postižených s diskrepancemi mezi genotypem a fenotjpem je však nutné vyšetření na úrovni mRNA, resp. proteinu.

The correlation between genotype and phenotype has been studied in 20 patients with Duchenne or Becker muscular dystrophy (DMD or BMD) with deletions in the dystropljphine gene. In an agreement with the known theory the authors accept that fo-ameshift deletions cause DMD whereas in-frame deletions produce BMD. According to clinical symptoms BMD has been diagnosed in 5 patients and DMD in 15 patients. While determining the extent of deletions by PCR the authors have anticipated that deletion breakpoints in patients are between two neighbouring exons one of which has been detected by PCR but the other one has not. Out of a group of 20 patients 5 have been diagnosed with the in-frame deletions, 14 with frameshift deletions. In one DMD patient two deletions have been detected, one of them being in-frame one and the other a frameshift one. While comparing genotypes and phenotypes of the examined patients no complete correlation has been found. In 4 patients with the clinical symptoms of BMD the reading frame of a dystrophine gene has been preserved but in one patient it has been changed. In 14 DMD patients the reading frame has been destructed but in one case it has been preserved. This way the correlation between genotypes and phenotypes has equalled 90 per cent. This close correlation is in an agreement with the theorv that frameshift mutations lead to a DMD phenotype whereas in-frame mutations cause a milder BMD phenotype. In 2 patients (10 per cent) where diagnosed mutations did not correlate with clinical symptoms hypotheses have been proposed which could clear up discrepancies between genotype and phenotype. To explain these discrepancies. other (undetected) mutations in the dystrophin gene, aberrant splicing of dystrophine mRNA, reinitiation of a translation from an alternative promoter, location of breakpoints off the respective introns and instability of transcribed or translated product have been submitted for consideration. To make an unambiguous conclusion in patients with the discrepancies between their genotype and phenotype an investigation of mRNA or protein levels is necessary.

• MeSH
• Duchennova muskulární dystrofie genetika   MeSH
• dystrofin genetika   MeSH
• fenotyp MeSH
• genotyp MeSH
• klonální delece genetika   MeSH
• lidé MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• MeSH
• finanční podpora výzkumu jako téma MeSH
• genotyp MeSH
• lidé MeSH
• pilotní projekty MeSH
• virus hepatitidy B genetika   klasifikace   přenos   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

Národní databáze genotypů je projekt, jehož cílem je navržení struktury a pravidel fungování databáze genotypů jednotlivých osob. Tato databáze by měla sloužit výhradně pro potřeby zdravotní péče. Jejím účelem je umožnit lékařům snadný a rychlý přístup k informacím o osobách vyžadujících specializovanou péči z důvodu jejich genetické výbavy. V budoucnu lze předpokládat zavádění dalších genetických vyšetření do klinické praxe, databáze genotypů by proto měla umožnit dosáhnout i značných finančních úspor vyloučením zbytečných opakování nákladných genetických vyšetření. Etické otázky, které jsou se vznikem a provozem takovéto databáze spjaty, se týkají především ochrany soukromí, důvěrnosti citlivých osobních údajů, zabezpečení databáze proti možnému zneužití, souhlasu se zařazením do databáze a veřejných zájmů. Diskutována je i určitá kategorizace genetických údajů v rámci Národní databáze genotypů vzhledem k nutnosti jejich správné interpretace kvalifikovaným odborníkem. Kromě řešení těchto etických otázek je vznik a provoz databáze nutné podřídit obecně závazným právním předpisům a vyřešit možnost postupů v rámci českého právního řádu.

The aim of the project National Database of Genotypes is to outline structure and rules for the database operation collecting information about genotypes of individual persons. The database should be used entirely for health care. Its purpose is to enable physicians to gain quick and easy access to the information about persons requiring specialized care due to their genetic constitution. In the future, another introduction of new genetic tests into the clinical practice can be expected thus the database of genotypes facilitates substantial financial savings by exclusion of duplicates of the expensive genetic testing. Ethical questions connected with the creating and functioning of such database concern mainly privacy protection, confidentiality of personal sensitive data, protection of database from misuse, consent with participation and public interests. Due to necessity of correct interpretation by qualified professional (= clinical geneticist), particular categorization of genetic data within the database is discussed. The function of proposed database has to be governed in concordance with the Czech legislation together with solving ethical problems.

• Klíčová slova
• právní rámec v České republice,
• MeSH
• bioetická témata MeSH
• databáze genetické etika   zákonodárství a právo   MeSH
• genotyp MeSH
• lidé MeSH
• ochrana genetických informací etika   zákonodárství a právo   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

• MeSH
• agrese genetika   MeSH
• genotyp MeSH
• lidé MeSH
• schizofrenie genetika   MeSH
• tryptofanhydroxylasa genetika   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• srovnávací studie MeSH

Cíl práce: Na základě genetické variability hlavního obalového glykoproteinu (gB) lze kmeny cytomegaloviru (CMV) rozdělit do 4 hlavních genotypů. Cílem práce bylo zjistit výskyt jednotlivých genotypů CMV v naší populaci a porovnat jejich zastoupení u tří skupin pacientů s vysokým rizikem symptomatické infekce: u příjemců transplantátu kmenových buněk krvetvorby (HSCT), u HIV- pozitivních pacientů a dětí do 3 let. Materiál a metody: Do studie bylo zahrnuto 134 archivovaných CMV-pozitivních izolátů DNA od pacientů, kteří byli vyšetřeni v Národní referenční laboratoři pro herpetické viry v letech 2004- 2007. Genotypizace byla prováděna pomocí amplifikace a analýzy produktů štěpení restrikčními endonukleázami (RFLP) variabilního úseku genu pro gB. Výsledky: V celém souboru byl nejčastěji nalezen genotyp gB1 (33 %), dále gB2 (29 %), gB3 (18 %) a nejméně častý byl gB4 (7 %). U jednotlivých rizikových skupin se však zastoupení jednotlivých genotypů lišilo: U HIV- pozitivních pacientů byl prokázán vysoký podíl gB2 v porovnání se zbytkem populace (55 %, p=0,004). U dětských pacientů byl relativně častěji přítomen gB4 (20 %, p=0,03).Ve skupině příjemců HSCT byl zvýšen výskyt gB3 (26 %, p=0,03), a záchyt koinfekce více genotypy (17 %, p=0,016). Závěry: Distribuce jednotlivých genotypů CMV v naší populaci je podobná, jako v jiných regionech střední a západní Evropy a ve Spojených státech. Odlišné zastoupení jednotlivých genotypů u různých skupin rizikových pacientů svědčí o rozdílech v biologických vlastnostech, které mohou ovlivnit virulenci, imunogenitu i epidemiologické charakteristiky cirkulujících kmenů.

Objectives: Based on genetic variability of the dominant envelope glycoprotein (gB), human cytomegalovirus is classified into four major genotypes. The aims were to determine the prevalence of particular gB genotypes in Czech CMV-infected patients and to compare three groups of the patients with high risk of symptomatic CMV infection, i.e. haematopoietic stem cell transplant (HSCT) recipients, HIV-positive persons and infants. Material and methods: The study was performed on 134 archived CMV-positive DNA isolates from the patients tested in the National Reference Laboratory for Herpesviruses in 2004-2007. For genotyping, the variable part of gB was amplified and analysed using the restriction fragment length polymorphism (RFLP) method. Results: The most frequently detected genotype was gB1 (33%), followed by gB2 (29%), gB3 (18%) and gB4 (7%). However, the distribution of gB genotypes varied between groups of high-risk patients: gB2 dominated in HIV-positives (55%, p= 0.004), while gB3 was most common in HSCT recipients (26%, p=0.03) and gB4 was relatively more frequent in infants (20%, p=0.03). In HSCT recipients, we found increased frequency of gB3 (26%, p=0.03) and co-infection with two or more gB genotypes (17%, p=0.016). Conclusions: The distribution of CMV gB genotypes from Czech CMV-infected patients is similar to that reported in other European countries or in the United States. Differences in the prevalence of CMV gB genotypes between groups of high-risk patients indicate variation in biological properties of particular gB genotypes, possibly resulting in distinct virulence, immunogenicity or epidemiological characteristics of circulating strains.

• MeSH
• amplifikace genu genetika   MeSH
• cytomegalovirové infekce genetika   krev   moč   MeSH
• Cytomegalovirus genetika   chemie   ultrastruktura   MeSH
• dítě MeSH
• DNA virů krev   moč   MeSH
• dospělí MeSH
• financování organizované MeSH
• genotyp MeSH
• genové produkty env genetika   MeSH
• lidé MeSH
• polymerázová řetězová reakce metody   využití   MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• dospělí MeSH
• lidé MeSH

• MeSH
• financování organizované MeSH
• Publikační typ
• abstrakty MeSH

• MeSH
• cystická fibróza patofyziologie   MeSH
• genetické jevy MeSH
• střevní sekrety MeSH
• vrozené, dědičné a novorozenecké nemoci a abnormality MeSH
• Publikační typ
• vysokoškolské kvalifikační práce MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• pneumologie a ftizeologie
• genetika, lékařská genetika

The relationships between DNA adducts and birth weight and between birth weight and genetic polymorphisms of metabolic genotypes were studied using DNA from the children part of placental samples. The samples were collected in the districts of Teplice and Prachatice and in the city of Prague. DNA adducts were analyzed by (32)P-postlabeling in a total of 199 subjects, genetic polymorphisms in 1013 subjects. GSTM1, GSTP1, GSTT1, CYP1A1*2A, and CYP1A1*2C genotypes were determined for each subject. The level of DNA adducts was not correlated with birth weight in any group (N=199), including that from the polluted district of Teplice (N=90). Birth weight was significantly decreased by smoking, ETS and alleles of CYP1A1*2C. The risk of low birth weight and prematurity was significantly increased by genotypes of GSTM1 and CYP1A1*2C and the combination GSTM1+CYP1A1*2A. Genotypes are primarily effect modifiers, whose effect incorporates the effect of environmental factors. This means that in the future, the impact of air pollution on children's health should be studied together with their genetic polymorphisms.

• MeSH
• adukty DNA analýza   genetika   MeSH
• alely MeSH
• cytochrom P-450 CYP1A1 genetika   MeSH
• dospělí MeSH
• financování organizované MeSH
• genotyp MeSH
• gestační stáří MeSH
• glutathion-S-transferasa fí genetika   MeSH
• glutathiontransferasa genetika   MeSH
• kouření škodlivé účinky   MeSH
• lidé MeSH
• novorozenec nedonošený MeSH
• novorozenec s nízkou porodní hmotností MeSH
• novorozenec MeSH
• polymorfismus genetický MeSH
• porodní hmotnost genetika   MeSH
• studie případů a kontrol MeSH
• těhotenství MeSH
• znečištění ovzduší analýza   škodlivé účinky   MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé MeSH
• novorozenec MeSH
• těhotenství MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH