Východisko. Detekce mutací v 15. exonu APC genu u pacientů s familiární adenomatózní polypózou je prováděna pomocí Protein Truncation Testu (PTT) na základě přítomnosti zkráceného proteinu. Citlivost metody je omezena schopností detekovat polypeptid o určité minimální velikosti. Cílem práce je zvýšit citlivost pro sledování výskytu mutací v tomto úseku za použití denaturační gradientové gelové elektroforézy (DGGE). Metody a výsledky. Vyšetření bylo provedeno na souboru 122 pacientů, u nichž skrínink celého APC genu neodhalil přítomnost žádné mutace. Soubor byl rozdělen na dvě nezávislé skupiny:15A a 15A+15B (51, resp. 71 vyšetřovaných). Vzorky DNA všech pacientů byly testovány za použití DGGE. Pozitivní nálezy byly ověřeny sekvenací příslušných úseků na automatickém sekvenátoru. Ve skupině 15A nebyla ve sledovaném úseku nalezena mutace u žádného z pacientů (0 %). U skupiny 15A+15B byl zjištěn polymorfizmus u 1 (1,4 %) pacienta a 4 (5,63 %) pacienti se stop mutací. Závěry. Metoda DGGE se ukázala jako účinná technika pro detekci mutací v počáteční oblasti 15. exonuAPC genu. Umožňuje odhalit jakoukoli změnu v řetězci DNA (viz záchyt polymorfizmu). Tímto vhodně doplňuje vlastnosti PTT pro výzkum celého 15. exonu.

Background. Protein Truncation Test (PTT) was used to detect mutations in exon 15 of the APC gene in patients with Familial Adenomatous Polyposis. This method is limited by its ability to detect polypetide chains up to a certain minimum length. The aim of this study was to increase the sensitivity of detection of mutations in this region by using the technique of Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE). Methods and Results. Study were performed on 122 patients without detected mutations in the APC gene. The patients were divided into two independent groups 15A and 15A+15B (with 51 and 71 patients respectively). All the patients were tested with the DGGE and the positive findings were confirmed with sequencing. No mutation was detected in the group 15A (0 %). In group 15A+15B one (1,4 %) polymorphism and four (5,63 %) patients with nonsense mutations were detected. Conclusions. DGGE is an effective method for detecting mutations in the first part of exon 15 of APC gene. It allows detecting any change in DNA strand. DGGE complements PTT in scanning of the whole exon 15 of APC gene.

• MeSH
• adenomové polypy diagnóza   genetika   MeSH
• elektroforéza metody   MeSH
• exony MeSH
• familiární adenomatózní polypóza diagnóza   MeSH
• finanční podpora výzkumu jako téma MeSH
• geny APC MeSH
• lidé MeSH
• mutace MeSH
• protein familiární adenomatózní polypózy chemie   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• přehledy MeSH
• srovnávací studie MeSH

• MeSH
• HIV infekce MeSH
• komplexní zdravotní péče MeSH
• zdravotnické plánování MeSH
• Geografické názvy
• Evropa MeSH

• Konspekt
• Lékařské vědy. Lékařství
• NLK Obory
• dermatovenerologie
• veřejné zdravotnictví
• NLK Publikační typ
• publikace WHO

In search for the function of local chromatin environment on pre-mRNA processing we established a new tool, which allows for the modification of chromatin using a targeted approach. Using Transcription Activator-Like Effector domains fused to histone modifying enzymes (TALE-HME), we show locally restricted alteration of histone methylation modulates the splicing of target exons. We provide evidence that a local increase in H3K9 di- and trimethylation promotes inclusion of the target alternative exon, while demethylation by JMJD2D leads to exon skipping. We further demonstrate that H3K9me3 is localized on internal exons genome-wide suggesting a general role in splicing. Consistently, targeting of the H3K9 demethylase to a weak constitutive exon reduced co-transcriptional splicing. Together our data show H3K9 methylation within the gene body is a factor influencing recognition of both constitutive and alternative exons.

• MeSH
• alternativní sestřih genetika   MeSH
• chromatin metabolismus   MeSH
• exony genetika   MeSH
• fibronektiny genetika   MeSH
• genetická transkripce MeSH
• HeLa buňky MeSH
• histony metabolismus   MeSH
• lidé MeSH
• lysin metabolismus   MeSH
• metylace MeSH
• TAL efektory metabolismus   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

• MeSH
• exony genetika   MeSH
• lidé MeSH
• molekulární biologie metody   MeSH
• osteogenesis imperfecta diagnóza   genetika   chirurgie   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

In the context of a molecular epidemiology study dealing with the effects of individual genetic susceptibility on childhood respiratory morbidity, DNA repair genotypes for the XPD/ERCC2 gene in exon 6 (Arg156Arg) and exon 23 (Lys751Gln) have been analyzed by PCR/RFLP assays in DNA samples isolated from the fetal parts of placentas. The study was performed using a cohort of 729 children born in 1994-1998 in two districts of the Czech Republic. On the basis of these data, we tested the association between the two genotypes. The principal finding of this study is that the exon 6 and exon 23 polymorphisms in the XPD/ERCC2 gene are tightly associated, with persons who are homozygous CC in exon 23 being mostly (81%) homozygous CC in exon 6, and persons homozygous AA in exon 6 mostly (88%) homozygous AA in exon 23. This strong association may have serious consequences for the interpretation of cancer susceptibility and other molecular epidemiology studies dealing with the XPD6 and XPD23 genotypes, since the observed effects of the silent XPD6 polymorphism might be, in fact, the result of XPD23 polymorphism, which is connected with an amino acid substitution in the resulting XPD protein.

• MeSH
• dítě MeSH
• exony MeSH
• financování organizované MeSH
• frekvence genu MeSH
• genetické poradenství MeSH
• heterozygot MeSH
• hodnocení rizik MeSH
• homozygot MeSH
• kohortové studie MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• nádory MeSH
• nemoci dýchací soustavy genetika   MeSH
• polymorfismus délky restrikčních fragmentů MeSH
• regulace genové exprese u nádorů MeSH
• rizikové faktory MeSH
• xeroderma pigmentosum - protein skupiny D genetika   MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• multicentrická studie MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

• MeSH
• estery cholesterolu genetika   MeSH
• exony MeSH
• mapování chromozomů veterinární   MeSH
• polymorfismus genetický MeSH
• prasata genetika   MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• zvířata MeSH

Pre-mRNA splicing is an essential step in gene expression, when introns are removed and exons joined by the complex of proteins called spliceosome. Correct splicing requires a precise exon/intron junction definition, which is determined by a consensual donor and acceptor splice site at the 5' and 3' end, respectively. An acceptor splice site (3'ss) consists of highly conserved AG nucleotides in positions E-2 and E-1. These nucleotides can appear in tandem, located 3 bp from each other. Then they are referred to as NAGNAG or tandem 3'ss, which can be alternatively spliced. NAG/TAG 3'ss motif abundance is extremely low and cannot be easily explained by just a nucleotide preference in this position. We tested artificial NAG/TAG motif's potential negative effect on exon recognition using a minigene assay. Introducing the NAG/TAG motif into seven different exons revealed no general negative effect on exon recognition. The only observed effect was the partial use of the newly formed distal 3'ss. We can conclude that this motif's extremely low preference in a natural 3'ss is not a consequence of the NAG/TAG motif's negative effect on exon recognition, but more likely the result of other RNA processing aspects, such as an alternative 3'ss choice, decreased 3'ss strength, or incorporating an amber stop codon.

• MeSH
• alternativní sestřih MeSH
• exony * MeSH
• HeLa buňky MeSH
• introny MeSH
• lidé MeSH
• místa sestřihu RNA genetika   fyziologie   MeSH
• nukleotidy genetika   MeSH
• sekvence nukleotidů MeSH
• sestřih RNA genetika   MeSH
• tandemové repetitivní sekvence MeSH
• terminační kodon MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

• MeSH
• exony genetika   MeSH
• genotyp MeSH
• krevní skupiny - systém Rh-Hr MeSH
• lidé MeSH
• maternofetální výměna látek MeSH
• nemoci plodu diagnóza   prevence a kontrola   MeSH
• polymerázová řetězová reakce s reverzní transkripcí využití   MeSH
• prenatální diagnóza MeSH
• prospektivní studie MeSH
• těhotenství MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• těhotenství MeSH
• ženské pohlaví MeSH

In plants, genome duplication followed by genome diversification and selection is recognized as a major evolutionary process. Rapid epigenetic and genetic changes that affect the transcription of parental genes are frequently observed after polyploidization. The pattern of alternative splicing is also frequently altered, yet the related molecular processes remain largely unresolved. Here, we study the inheritance and expression of parental variants of three floral organ identity genes in allotetraploid tobacco. DEFICIENS and GLOBOSA are B-class genes, and AGAMOUS is a C-class gene. Parental variants of these genes were found to be maintained in the tobacco genome, and the respective mRNAs were present in flower buds in comparable amounts. However, among five tobacco cultivars, we identified two in which the majority of paternal GLOBOSA pre-mRNA transcripts undergo exon 3 skipping, producing an mRNA with a premature termination codon. At the DNA level, we identified a G-A transition at the very last position of exon 3 in both cultivars. Although alternative splicing resulted in a dramatic decrease in full-length paternal GLOBOSA mRNA, no phenotypic effect was observed. Our finding likely serves as an example of the initiation of homoeolog diversification in a relatively young polyploid genome.

• MeSH
• alternativní sestřih genetika   MeSH
• bodová mutace genetika   MeSH
• exony genetika   MeSH
• genetická transkripce * MeSH
• homeodoménové proteiny biosyntéza   genetika   MeSH
• nukleotidy genetika   MeSH
• polyploidie MeSH
• prekurzory RNA genetika   MeSH
• regulace genové exprese u rostlin MeSH
• rostlinné proteiny biosyntéza   genetika   MeSH
• tabák genetika   MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

• MeSH
• amplifikace genu MeSH
• dospělí MeSH
• exony MeSH
• hypertrofická kardiomyopatie genetika   patologie   MeSH
• lidé MeSH
• mutace MeSH
• srdeční myosiny genetika   MeSH
• těžké řetězce myosinu genetika   MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• kazuistiky MeSH