MicroRNA (miRNA), zapojené do post-transkripční genové regulace, sehrávají důležitou roli v karcinogenezi. Změny jejich exprese a funkce často nalézáme v kolorektálním karcinomu (CRC). Jednonukleotidové polymorfismy (SNPs) v miRNA genech a v 3`nepřepisovaných regionech cílových genů mohou ovlivnit individuální jak riziko vzniku rakoviny, tak i klinické výstupy. Naše nedávne studie na SNPs ve vazebných místech miRNA genů opravy DNA nás inspirovali k dalším studiím jejich vlivu u všech genů DNA opravy a genů důležitých pro CRC ve vztahu k riziku rakoviny, celkovému přežití a účinnosti terapie u pacientů s CRC v ČR, kde incidence CRC vykazuje nejvyšší hodnoty. Varianty spjaté s rizikem CRC a/nebo celkovým přežíváním budou rovněž funkčně testovány. Exprese jednotlivých miRNA, spojené s rizikem CRC, budou následně analyzovány u nově diagnostikovaných pacientů s CRC. Identifikace a validace příslušných SNPs v interakci miRNA regulaci a s klinickými údaji možňuje posoudit individuální vnímavost k CRC a poskytuje nové důležitá data o prognóze a individuální terapii.; MicroRNAs (miRNAs), involved in post-transcriptional gene regulation, play relevant role in human cancer. Their aberrant function and/or expression often occur in colorectal cancer (CRC). Single nucleotide polymorphisms (SNPs) in miRNA genes and in 3`untranslated regions of target gene may influence individual cancer risk and clinical outcome. Our recent results on the effect of SNPs in miRNA binding sites of DNA repair genes provided the rationale to expand the study on SNPs in all DNA repair genes, in CRC relevant genes and in miRNA-related genes in relation to cancer risk, survival and therapy outcome in a group of CRC patients from the Czech Republik where the incidence of CRC tends to be the highest. SNPs associated with CRC risk and/or survival will be tested for their functionality. Expression levels of miRNAs affected by variations will also be assessed in incident CRC patients. Identification and validation of SNPs interfering with miRNA regulation may provide new important data on CRC susceptibility, prognosis and personalized therapy.

• MeSH
• adjuvantní chemoterapie MeSH
• karcinogeneze genetika   MeSH
• kolorektální nádory terapie   MeSH
• mikro RNA genetika   MeSH
• mutace genetika   MeSH
• rizikové faktory MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• genetika, lékařská genetika
• onkologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

• MeSH
• klinické laboratorní techniky MeSH
• molekulární biologie MeSH
• RNA MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Publikační typ
• kolektivní monografie

Na variabilní prognóze chronické lymfatické leukémie (CLL) se podílí řada faktorů, z nichž významný klinický vliv mají především abnormality spojené s rezistencí na léčbu. Předpokládáme, že v průběhu onemocnění CLL dochází k poruchám v regulaci exprese microRNA, které se podílí na progresi onemocnění. Pro detailní popsání mechanismů, jimiž se miRNA účastní odpovědi na léčbu, bude analyzována exprese miRNA u vzorků od pacientů před a během podávání cytostatické léčby (režim FCR). Expresní profily budou korelovány s klinickou odpovědí na léčbu. Analýza bude doplněna in vitro experimenty, v nichž budou CLL vzorky rozděleny na chemo-senzitivní a chemo-rezistentní a provedena expresní analýza miRNA (microarrays a Real-Time PCR). Stejně jako u protein-kódujících genů může docházet u nádorů také k strukturálním změnám microRNA genů. Dalším cílem projektu je proto studium mutací a chromozomálních přestaveb v miR genech u CLL a srovnání se zdravými kontrolními vzorky (Affymetrix GeneChip CustomSeq Array).; The variable prognosis of chronic lymphocytic leukemia (CLL) is influenced by many factors and gene abnormalities associated with therapy resistance have important clinical impact. We hypothesize that structural and functional defects in miRNAs can be involved in the disease progression. To analyze in detail the microRNAs role in response to therapy we will study samples obtained from patients before and during the chemo-imuno-therapy (FCR regime). MicroRNA expression profiles will be correlated with the clinical response. The microRNAs analyses (microarrays and Real-Time PCR) will be also extended to in vitro experiments to define chemo-sensitive and chemo-resistant cells. Structural abnormalities can develop in the protein-coding genes as well as in the miRNA genes. Therefore, the second part of the project is focused on the studies of miRNA mutations (by the usage of Affymetrix GeneChip CustomSeq Array) and chromosomal aberrations involving miRNA genes in CLL samples vs. control healthy samples.

• MeSH
• chemorezistence MeSH
• chronická myeloidní leukemie MeSH
• mikro RNA MeSH
• mutace MeSH
• nádorové biomarkery MeSH
• prediktivní hodnota testů MeSH
• prognóza MeSH
• regulace genové exprese MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• molekulární biologie, molekulární medicína
• hematologie a transfuzní lékařství
• onkologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Předešlé analýzy genové exprese vedly k identifikaci několika miRNA (miR-34a, miR-224, miR-10a, miR-10b, miR-126, rodina miR-181, miRNA z tzv. “commonly deleted region”, klastr miRNA na 14q32, miR-29b), jejichž hladina se mění u pacientů s myelodysplastickým syndromem (MDS) v průběhu onemocnění či jeho léčby. Domníváme se, že tyto molekuly mohou být asociovány s vznikem či progresí onemocnění. Cílem navrhovaného projektu bude ověření využitelnosti těchto miRNA jako molekulárních markerů pro monitorování pacientů s MDS (metodou kvantifikace transkripce miRNA pomocí qRT-PCR) a dále jejich studium v in vitro systému.; Recently, analyses of gene expression identified several miRNAs (miR-34a, miR-224, miR-10a, miR-10b, miR-126, miR-181 family, miRNAs from commonly deleted region, miRNA cluster at 14q32, miR-29b) whose expression changes in patients with myelodysplastic syndromes (MDS) during the course of the disease or in response to its treatment. We suppose that these molecules may be implicated in disease development or progression. In the project, we want to prove applicability of these miRNAs as molecular markers for monitoring of MDS patients (by quantification of miRNA transcription by qRT-PCR) and to study them using an in vitro system.

• MeSH
• kvantitativní polymerázová řetězová reakce MeSH
• mikro RNA analýza   MeSH
• myelodysplastické syndromy diagnóza   MeSH
• nádorové biomarkery analýza   MeSH
• prediktivní hodnota testů MeSH
• prognóza MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• molekulární biologie, molekulární medicína
• hematologie a transfuzní lékařství
• onkologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

• MeSH
• mikro RNA genetika   MeSH
• molekulární biologie MeSH
• nádorové biomarkery MeSH
• nádory podle lokalizace MeSH
• polymorfismus genetický MeSH
• regulace genové exprese u nádorů MeSH
• regulace genové exprese MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• biologie
• genetika, lékařská genetika
• onkologie
• NLK Publikační typ
• kolektivní monografie

Plánujeme studovat folikulární lymfomy (FL), u nichž dojde k časnému relapsu nebo transformaci (tFL) a také molek. dráhy, které řídí chování „agresivní“ intra-klonální populace buněk chronické lymfatické leukémie (CLL). Naše předběžné výsledky naznačují, že mechanismy řídící “agresivitu” FL a CLL jsou částečně analogické a zahrnují (de)regulaci miRNA. Plánujeme: i) provést první komplexní expresní profilování miRNA u párových vzorků FL a tFL (Illumina) a definovat zde jejich biologickou funkci. Předběžná data ukazují, že miR-150 je sníženě exprimována u všech tFL. To vede k zvýšení exprese transkripčního faktoru FOXP1 a asociuje s agresivitou FL. Budeme také testovat využití tFL-asociovaných miRNA jako prediktorů časného relapsu, přežití či transformace FL ii) u CLL budeme studovat miRNA a jejich cíle v intra-klonální subpopulaci buněk, které recentně interagovaly v mikroprostředí a mají aktivní PI3K/BCR/MAPK signalizaci. Tyto buňky mají rozdílnou expresi množství miRNA (včetně miR-150). Navíc otestujeme využití vybraných miRNA jako prediktorů odpovědi na FCR léčbu u CLL.; We aim to study follicular lymphomas (FL) that experience transformation (tFL) or early progression, and the molec. pathways defining the aggressiveness of intra-clonal subpopulation of chronic lymphocytic leukemia (CLL) cells. Our data suggest that the mechanisms for “aggressiveness” in FL and CLL are partially analogical, and involve (de)regulation of miRNAs. We plan to i) perform the first global miRNA expression profiling (Illumina) in paired samples of FL-tFL, and define their functional role. We observed that miR-150 is down-modulated in tFL, which leads to over-expression of FOXP1 transcription factor, and adverse outcome in FL. We will also test if tFL-associated miRNAs can be used as predictors of relapse, survival or transformation in FL. ii) in CLL we will study miRNAs and their targets in the proliferative intra-clonal subpopulation of cells that has interacted in the microenvironment, has active PI3K/BCR/MAPK signalling, and differential expression of multiple miRNAs (including miR-150). Additionally, we will test miRNAs as predictors of response to FCR therapy in CLL.

• MeSH
• chronická lymfatická leukemie genetika   MeSH
• folikulární lymfom genetika   MeSH
• mikro RNA MeSH
• stanovení celkové genové exprese MeSH
• transkripční faktory MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• onkologie
• genetika, lékařská genetika
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Projekt translační hemato-onkologie zaměřený na identifikaci patogeneze leukemií. Studuje negativní regulační smyčku mezi mikroRNA miR-155 a transkripčním faktorem PU.1 a její poškození u CLL, DLBCL a AML. Projekt, jež je podpořen předběžnými výsledky, navrhuje testovat nový model biologické terapie těchto onemocnění postavený na manipulaci ekvilibria miR-155:PU.1. Projekt dále zahrnuje identifikaci biologicky relevantních biomárkerů ve vztahu k patogenezi, prognóze a chemosenzitivitě studovaných onemocnění.; Translational research in hemato-oncology focused on identification of leukemia pathogenesis. Human chronic lymphocytic leukemia (CLL), difuse large B-cell lymphoma (DLBCL) and acute myeloid leukemia (AML) are newly characterized by disrupted negative feedback loop between myelo-lymphoid transcription factor PU.1 and oncogenic microRNA miR-155. Restoration of PU.1 expression corrects the PU.1:miR-155 equilibrium and results in leukemia differentiation. We aim to use miR-155 blocking sequence (sponge) toidentify novel disease hallmarks and prognostic/therapeutic targets in CLL, DLBCL, and AML that associate with the disease state and with the leukemia/lymphoma differentiation.

• MeSH
• chromatin MeSH
• genetická transkripce MeSH
• hematopoéza MeSH
• leukemie diagnóza   genetika   patofyziologie   MeSH
• mikro RNA MeSH
• mikročipová analýza MeSH
• regulace genové exprese u leukemie MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• angiologie
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Projekt vychází z naší dosavadní výzkumné práce, ve které jsme tlumením genové exprese pomocí siRNA analyzovali možnost ovlivnění funkce genů, jejichž změny aktivity byly spojeny s různými onko-hematologickými procesy. Na rozdíl od použití siRNA je tentoprojekt zaměřen na analýzu miRNA, která dovoluje i sledování dereprese genové funkce blokováním endogenních miRNA. Součástí projektu je 1) profilování miRNA čipovou technikou na buňkách buněčných linií a různých buněčných typech izolovaných z periferníkrve zdravých osob a 2) sledování změn genové aktivity po blokaci vybraných miRNA s použitím anti-miRNA a to jak na úrovni transkripce tak translace. V práci budou použity buněčné linie K562, KU182, MOLM7, HL60 a HEL a celkové leukocyty získané z periferní krve zdravých dobrovolníků obojího pohlaví a různých věkových kategorií, případně monocyty a granulocyty a izolované buněčné typy CD34+, CD14+, CD3+. Sledovány budou v hemopoetických buňkách exprimované miRNA: miR15, miR16, miR142, miR155 a miR223.; The project is based on our previous research study, in which using siRNA-mediated gene silencing we analyzed possible function modulation of the genes whose dysregulation was associated with various onco-hematological processes. In contrast to siRNAs, this project is focused on miRNA analyses that also allow to observe de-repression of gene function using miRNA inhibitors. The project includes: 1) miRNA expression profiling in cell lines and in peripheral blood cells of healthy persons using microarrays; 2) analyses of gene activity changes after inhibition of selected miRNAs using Anti-miRNAs at both transcriptional and translational level. In this study we will use cell lines K562, KU812, MOLM7, HL60, HEL and total peripheral blood leukocytes obtained from healthy donors, eventually monocytes and granulocytes or cell subtypes CD34+, CD14+, CD3+ will be used. Expression of miR15, miR16, miR142, miR155 and miR223 will be monitored in hematopoiteic cells.

• MeSH
• exprese genu MeSH
• genetická transkripce MeSH
• mikro RNA MeSH
• regulace genové exprese MeSH
• transformované buněčné linie MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Předkládaný projekt se zabývá studiem exprese biotransformačních enzymů a mechanismů její deregulace u primárních jaterních malignit, zejména hepatocelulárního karcinomu (HCC). Hepatocyty tvoří asi 80% jaterní tkáně a vytvářejí tak nejvýznamnější biotransformační orgán lidského těla. Biotransformace definuje značnou část účinku léčiv rychlostí jejich metabolické inaktivace/aktivace. HCC ohrožuje pacienta nejen nádorovým bujením - maligní hepatocyty ztrácí metabolickou kapacitu, což může mít dopad na účinnost a toxicitu farmakoterapie (vč. chemoterapie či cílené léčby). Je všeobecně známo, že exprese biotransformačních enzymů u kultivovaných primárních hepatocytů a nádorových hepatických linií mizí a obdobnou situaci lze předpokládat v jaterních tumorech. Exprese biotransformačních enzymů v HCC nebyla dosud studována v kontextu klinických dat a farmakoterapie, a v evropské populaci dosud ani popsána.; The project proposed aims at studying expression of biotransformation enzymes in primary liver cancer, namely hepatocellular carcinoma (HCC). Hepatocytes constitute approx. 80% of liver cell population and form a major biotransformation organ of the human body. Biotransformation affects drug levels by their metabolic inactivation/activation. HCC, i.e. primary hepatocyte malignancy, threatens the patient not only by tumour growth - malignant hepatocytes lose their metabolic capacity, which can affect the efficiency and toxicity of pharmacotherapy (incl.chemotherapy and targeted therapy). It is known that enzyme expression vanishes in cultivated primary hepatocytes and hepatic cancer cell lines. However, the expression of biotransformation enzymes in HCC has not been described in Caucasian population and has never been studied in the context of clinical data and pharmacotherapy.

• MeSH
• biotransformace MeSH
• epigenomika MeSH
• farmakogenetika MeSH
• hepatocelulární karcinom genetika   metabolismus   MeSH
• mikro RNA MeSH
• rodina 2 cytochromů P450 MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• onkologie
• hepatologie
• genetika, lékařská genetika
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Ovariální karcinom je čtvrtým nejčastějším nádorovým onemocněním žen s nejvyšší mortalitou mezi nádory reprodukčního traktu. Až 75-80% zhoubných ovariálních nádorů je přitom diagnostikováno v pozdních stadiích a efektivní screening z hlediska genetických prognostických a prediktivních biomarkerů ovariálního karcinomu zatím neexistuje. V rámci projektu budou hledány pomocí genomických analýz na základě studia genového expresního profilu pacientek s ovariálním karcinomem nové kandidátní molekulární markery, u kterých bude provedena komplexní studie z hlediska genetické variability, epigenetiky a multifaktoriální regulace genové exprese. Dále bude sledována úloha mismatch repair (MMR) genů v procesu patogenese karcinomu ovaria. Tento projekt přispěje k definici kandidátních biomarkerů prognózy a predikce úspěšnosti chemoterapie vedoucí k návrhu co nejúčinnější individualizované léčby a zlepšení kvality života nemocných na základě genetického profilu pacientek.; Ovarian cancer is ranked as the fourth leading cause of cancer death in women and remains the most lethal malignancy of the female reproductive tract. 75 – 80% of patients are diagnosed in the late stage of the disease and the effective screening of useful molecular biomarkers for prognosis and prediction of ovarian cancer is still missing. In this project, new candidate molecular biomarkers will be identified on the basis of gene expression profile analysis in samples of ovarian cancer patients. For candidate molecular markers, the complex analysis of genetic variability, epigenetics and multifactorial regulation of gene expression will be performed. A role of MMR genes in pathogenesis of ovarian cancer will be also studied. This project will contribute to the definition of candidate biomarkers of prognosis and prediction of successful chemotherapy, leading to design the most effective individualized treatments and improved quality of life of patients based on genomic analysis.

• MeSH
• epigeneze genetická MeSH
• exprese genu MeSH
• genetická variace MeSH
• individualizovaná medicína MeSH
• kvalita života MeSH
• metylace DNA MeSH
• mikro RNA MeSH
• nádory vaječníků MeSH
• oprava chybného párování bází DNA MeSH
• regulace genové exprese u nádorů MeSH

• Konspekt
• Gynekologie. Porodnictví
• NLK Obory
• gynekologie a porodnictví
• genetika, lékařská genetika
• biologie
• onkologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR