Over the project period, approximately 1000 clinical isolates of Pseudomonas aeruginosa recovered from 110 patients with cystic fibrosis (CF) and ca 700 isolates of Burkholderia cepacia complex from 80 CF patients will be genotyped by using RAPD and PFGEmethods. A subsequent analysis of typing results will reveal if our CF population is at risk of epidemic outbreak and will determine an extent and character of infection control measures to be applied in the CF centre. Selected clinical samples will bealso tested by MLST to get unambiguous strain identification and the modified MLST method will be used for typing of positive samples which are negative by culture. Second part of the project will be dedicated to the genome comparison between epidemic and non-transmissible strains (on DNA arrays) and will indicate what genes are associated with the bacterial capability of spreading within a population. Microarray analysis will lead to designing a PCR for epidemic strain detection.

Za dobu trvání projektu bude podrobeno typizaci pomocí metod RAPD a PFGE zhruba 1000 klinických izolátů Pseudomonas aeruginosa získaných od 110 pacientů s cystickou fibrózou (CF) a cca 700 izolátů komplexu Burkholderia cepacia od 80 nemocných CF. Následná analýza výsledků typizace stanoví, zdali je naše populace pacientů s CF v ohrožení epidemického šíření infekce, a určí míru a charakter protiepidemických opatření v centru CF. Vybrané klinické vzorky budou též testovány metodou MLST k jednoznačné identifikaci kmene a upravená metoda MLST bude použita pro typizaci vzorků, u nichž se pozitivita nedaří potvrdit kultivačně. Druhá část projektu bude věnována porovnání genomu mezi epidemickými a nepřenosnými kmeny (na DNA čipech), která upřesní, jaké geny mohou být asociovány se schopností bakterií šířit se v populaci, a dovolí navrhnout PCR k detekci konkrétních kmenů.

Doba řešení: 2009-2011

Obsahuje bibliografické odkazy