Chronic bronchitis is increasingly reported as a healthcare challenge in clinical settings partially due to the disease's bad prognosis and unresponsiveness to therapy, including the ineffectiveness of glucocorticoids. The ineffectiveness could have a link with genetic polymorphism of receptor genes resulting in inappropriate glucocorticoid pharmacodynamics. We sought to identify the role of gene polymorphism in the response of patients with chronic bronchitis to prednisolone therapy. To do so, a total of 60 newly diagnosed chronic bronchitis patients enrolled in the present study. Prednisolone at a dose of 30mg/day for two weeks was given and respiratory parameters [forced expiratory volume in 1 second (FEV1), forced vital capacity (FVC), and FEV1/FVC were measured before and after therapy. Blood samples were withdrawn for genetic profiling of genes involved in glucocorticoids pharmacodynamics, including BCII (rs41423247), N363S (rs56149945), and ER22/23EK (rs6189/rs6190) measured for their homozygous versus heterozygous gene splice variants.Results: Gene splice variants for BCII (rs41423247), N363S (rs56149945), and ER22/23EK (rs6189/rs6190) homozygous (73.3%, 98.7%, and 95%) represented a higher percentage than heterozygous (26.7%, 1.7%, and 5%). The respiratory parameters FEV1, FVC, and FEV1/FVC have shown significantly (p<0.05) better values at baseline in homozygous versus heterozygous, correspondingly, the responsiveness to therapy has shown significantly (p<0.05) better values in homozygous versus heterozygous.Conclusion: The study has provided a good template for genetic behaviour toward individualised medicine in our locality providing that these genes could be a cornerstone for discovering issues related to the pharmacodynamics profiling of drugs in clinical settings.

• MeSH
• chronická bronchitida * diagnóza   genetika   MeSH
• glukokortikoidy farmakologie   MeSH
• lidé MeSH
• polymerázová řetězová reakce metody   MeSH
• polymorfismus genetický genetika   MeSH
• prednisolon farmakologie   terapeutické užití   MeSH
• protein - isoformy genetika   MeSH
• receptory glukokortikoidů * genetika   účinky léků   MeSH
• respirační funkční testy metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• klinická studie MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

BACKGROUND: Filoviruses, including Ebola and Marburg viruses, cause severe hemorrhagic fever in humans and primates. These viruses pose significant threats to public health, making rapid and sensitive detection critical for controlling outbreaks. We developed and validated a hemi-nested generic PanFilo assay to detect all Ebola virus species, Marburg viruses, and recently discovered bat filoviruses. This assay was deployed to 15 European laboratories and evaluated through testing of eight non-infectious samples. OBJECTIVES: Laboratories were asked to determine the detection limit of positive controls and test all samples using the assay provided. The deployed assay enables direct Nanopore sequencing of PCR products, by using tagged primers during the second round of PCR. Sequencing of the samples was carried out on a voluntary basis. RESULTS: Multicenter validation revealed a 95 % limit of detection of 5309 RNA copies/μL for Ebola, 10,273 copies/μL for Marburg, and 2145 copies/μL for Mengla virus. In an implementation quality assessment, 93.3 % (84/90) of samples containing filovirus RNA were correctly identified and 100 % (30/30) of filovirus-negative samples were correctly identified. Thirteen laboratories sequenced PCR products, with nine identifying all positive samples correctly. CONCLUSION: The assay enables rapid and reliable detection of filoviruses, with sequencing capabilities for identifying both known and novel variants. This assay might be used for detection during the initial phase of an emerging filovirus outbreak, before a specific assay has been developed. However, our distribution across 15 laboratories revealed variability challenges due to reagents, human performance, and sequencing capacity, emphasizing the need for more training and standardization.

• MeSH
• diagnostické techniky molekulární metody   MeSH
• hemoragická horečka Ebola * diagnóza   virologie   MeSH
• lidé MeSH
• limita detekce MeSH
• marburgská horečka * diagnóza   virologie   MeSH
• polymerázová řetězová reakce * metody   MeSH
• RNA virová genetika   MeSH
• senzitivita a specificita MeSH
• virus Ebola * izolace a purifikace   genetika   MeSH
• virus Marburg * izolace a purifikace   genetika   MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• multicentrická studie MeSH
• validační studie MeSH
• Geografické názvy
• Evropa MeSH

Článek se zaměřuje na rutinně nekultivovatelné treponemové infekce, které i nadále představují celosvětový problém. Pojednává o současných poznatcích v oblasti molekulární genetiky a zdůrazňuje důležitost implementace aktuálních výzkumů do dermatovenerologie. Soustředí se na využití metody PCR v diagnostice a propojení klinické medicínské praxe s vědeckými poznatky v oblasti molekulární genetiky u treponemových infekcí.

The article deals with routinely uncultivable treponemal infections that continue to be a global problem. The current knowledge in the field of molecular genetics is presented and the importance of implementing current research into dermatovenerology is emphasized. The article focuses on the use of the PCR method in diagnosis as well as on linking clinical medical practice with scientific knowledge in the field of molecular genetics in treponemal infections.

• MeSH
• frambézie diagnóza   mikrobiologie   patologie   MeSH
• infekce bakteriemi rodu Treponema * diagnóza   MeSH
• lidé MeSH
• polymerázová řetězová reakce metody   MeSH
• syfilis kožní diagnóza   farmakoterapie   mikrobiologie   MeSH
• techniky typizace bakterií * metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

Background: Stenotrophomonas infections are becoming more widespread around the world and can be counted as a "newly emerging pathogen of concern". The present study aimed to detect a variety of Stenotrophomonas species (S. maltophilia) using specific 23S rRNA gene primers and investigate their multi-drug resistance potential.Methods: This study includes 375 clinical samples from different clinical sources 175 from males and 200 from females collected from Mosul City Hospital. Identification of Stenotrophomonas was conducted through multiple steps including culturing methods, molecular methods in addition to some biochemical tests 11(3%) of isolates belonged to Stenotrophomonas maltophilia. The isolates understudy were tested for their ability to resist 10 different antibiotics using the Kirby-Bauer disk diffusion method.Results: The resistance rate to amoxicillin, gentamicin, and amikacin (100%), cefixime (91%), imipenem (64%), meropenem(55%), Azithromycin (36%), nalidixic acid and trimethoprim (18%), ciprofloxacin(0%). The virulence factors of S. maltophilia siderophores were found in all (11) isolates belonging to S. maltophilia at a percentage (100%). The result of PCR assay using specific primers designed for detecting 23S rRNA genes of S. maltophilia gives amplification for 11 isolates from 14 suspected isolates. Nucleic acid sequencing for the 23S rRNA gene shows that all isolates belong to S. maltophilia with a similarity rate (91-99) in NCBI.Because the 23S rRNA gene sequence in Stenotrophomonas species shows more variety in this location this study used specific 23S rRNA gene primers to identify S. maltophilia.Conclusion: The study used phenotypic and molecular diagnostic techniques to isolate the bacteria, including the S rRNA23 gene. The results emphasize the need for increased vigilance in hospitals to prevent the spread of antibiotic-resistant bacteria and the development of new treatment strategies.

• MeSH
• antibiotická rezistence genetika   MeSH
• bakteriální léková rezistence genetika   MeSH
• infekce spojené se zdravotní péčí genetika   mikrobiologie   MeSH
• klinická studie jako téma metody   MeSH
• lidé MeSH
• mikrobiologické techniky metody   MeSH
• polymerázová řetězová reakce metody   MeSH
• RNA ribozomální 23S * analýza   genetika   MeSH
• siderofory analýza   genetika   MeSH
• Stenotrophomonas maltophilia * genetika   patogenita   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

Syphilis is a multistage sexually transmitted disease caused by Treponema pallidum ssp. pallidum (TPA). This study analyzed clinical samples collected from patients with a diagnosed syphilis infection from 2004-2022, isolated in the Czech Republic. Mucocutaneous swab samples (n = 543) from 543 patients were analyzed, and from these samples, 80.11 % (n = 435) were PCR positive, and 19.89 % (n = 108) were PCR negative for TPA DNA. Swabs were more often positive when collected from syphilis patients in the primary and secondary stages, compared to the latent or unknown stage. There was no significant difference in PCR positivity between the primary and secondary stages (p = 0.099). In IgM-positive patients, a statistically significant association with PCR-positivity was found in samples from seropositive (p = 0.033) and serodiscrepant (RPR negative) patients (p = 0.0006). When assessing our laboratory-defined cases of syphilis, the RPR, IgM, and PCR tests were similarly effective (within the range of 80.1-86.1 %). However, parallel testing with these methods was even more effective, i.e., RPR + PCR was 96.1 % effective and RPR + IgM + PCR was 97.8 % effective. A combination of RPR + PCR, or a combination of all three tests (RPR, IgM, and PCR) can therefore be used to reliably detect active syphilis cases, including reinfections. Our findings show that the reverse algorithm for detecting syphilis could be substantially improved by adding IgM and PCR testing.

• MeSH
• DNA bakterií genetika   MeSH
• dospělí MeSH
• imunoglobulin M * krev   MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mladý dospělý MeSH
• polymerázová řetězová reakce * metody   MeSH
• protilátky bakteriální krev   MeSH
• senzitivita a specificita MeSH
• sérologická diagnostika syfilis metody   MeSH
• syfilis * diagnóza   mikrobiologie   MeSH
• Treponema pallidum * genetika   izolace a purifikace   imunologie   MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mladý dospělý MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

Cíl: Zjistit výskyt potenciálně patogenních druhů babesií pro člověka v klíšťatech a v krvi psů a jelenů ve vybraných regionech České republiky. Prevalenci Babesia spp. v klíšťatech porovnat s výskytem jiných patogenů přenášených klíšťaty jako Borrelia spp., Anaplasma spp., Rickettsia spp. Materiál a metody: Vzorky klíšťat byly jednotlivě homogenizovány, ze vzorků klíšťat a krve živočichů provedena izolace DNA. Detekce Babesia spp. byla stanovena metodou PCR 18S rRNA genu a sekvenační analýzou PCR produktů určeny jednotlivé druhy babesií. Výsledky: V letech 2014–2016 byla analyzována klíšťata a krev psů a jelenů na různých místech České republiky. Ze souboru 675 klíšťat Ixodes ricinus dosahovala pozitivita na přítomnost Babesia spp. hodnot od 0,0 do 3,3 %. Sekvenační analýzou byly v klíšťatech identifikovány druhy Babesia venatorum, Babesia microti (patogenní druhy pro člověka) a druh Babesia capreoli. Prevalence Babesia spp. v klíšťatech byla v porovnání s výskytem jiných patogenů jako Borrelia burgdorferi s. l. (29,3 %), Anaplasma phagocytophilum (4,9 %) nižší a srovnatelná s Rickettsia spp. (1,6 %). U třetiny pozitivních klíšťat na babesie byla zjištěna koinfekce s Borrelia burgdorferi s. l. (B. venatorum – Borrelia garinii, Borrelia afzelii a B. microti – B. afzelii). Ze 109 vzorků krve psů bylo 3,7 % pozitivních na Babesia spp. s výskytem druhů Babesia gibsoni a Babesia vulpes. Z 50 vzorků krve jelenů z přírodního ekosystému dosahovala pozitivita 4,0 %. Identifikován byl druh Babesia divergens, nejvíce patogenní druh Babesia spp. pro člověka. Z 80 vzorků krve jelenů chovaných na farmách bylo pozitivních 5,0 % s výskytem druhu Babesia odocoilei. Nukleotidové sekvence babesií způsobujících humánní babesiózu byly zaslány do genové banky a přijaty pod čísly ON892053 (B. venatorum), ON892061 (B. microti), ON892067 (B. divergens). Závěr: Metodou PCR 18S rRNA genu a sekvenací amplikonů byly na území České republiky detekovány tři druhy babesií patogenních pro člověka: B. divergens, B. venatorum, B. microti. Výskyt těchto druhů babesií znamená potenciální riziko onemocnění babesiózou, zejména pro asplenické a imunokompromitované pacienty. Zjištěné koinfekce s Borrelia burgdorferi s. l. mohou být příčinou komplikovaného průběhu onemocnění.

Aim: To determine the occurrence of species of Babesia potentially pathogenic for humans in ticks and in the blood of dogs and deer in selected regions of the Czech Republic. To compare the prevalence of Babesia spp. in ticks with that of other tick-borne pathogens, such as Borrelia spp., Anaplasma spp., and Rickettsia spp. Material and Methods: Tick samples were individually homogenized. DNA was isolated from tick samples and animal blood. The detection of Babesia spp. was based on PCR of the 18S rRNA gene, and the identification to the species level was done by sequencing analysis of the PCR products. Results: In 2014–2016, ticks and blood of dogs and deer collected in various areas of the Czech Republic were analyzed. In a set of 675 Ixodes ricinus ticks, the positivity rate for Babesia spp. varied from 0.0 to 3.3 %. The species Babesia venatorum, Babesia microti (both pathogenic for humans), and Babesia capreoli were identified in ticks by sequencing analysis. The prevalence of Babesia spp. in ticks compared to that of other pathogens such as Borrelia burgdorferi s. l. (29.3 %) or Anaplasma phagocytophilum (4.9 %) was lower and comparable to that of Rickettsia spp. (1.6 %). Co-infection with Borrelia burgdorferi s.l (B. venatorum – Borrelia garinii, Borrelia afzelii, and B. microti – B. afzelii) was found in a third of Babesia spp. positive ticks. Out of 109 dog blood samples, 3.7 % were positive for Babesia spp., specifically Babesia gibsoni and Babesia vulpes. Of 50 blood samples of wild deer from the natural ecosystem, the positivity rate reached 4.0 %. The species Babesia divergens, a major human pathogen, was identified. Out of 80 blood samples from farmed deer, 5.0 % were positive for the species Babesia odocoilei. Nucleotide sequences of the agents causing human babesiosis were deposited in the gene bank under accession numbers ON892053 (B. venatorum), ON892061 (B. microti), and ON892067 (B. divergens). Conclusions: Using PCR of the 18S rRNA gene and amplicon sequencing, three species of Babesia causing human babesiosis were detected in the Czech Republic: B. divergens, B. venatorum, and B. microti. Babesia spp. pathogenic for humans pose a potential risk especially in asplenic and immunocompromised patients. The detected co-infections with Borrelia spp. can be the cause of a complicated course of the disease.

• MeSH
• Babesia mikrobiologie   MeSH
• babezióza * epidemiologie   krev   přenos   MeSH
• Borrelia burgdorferi MeSH
• diagnostické techniky molekulární metody   MeSH
• klíšťata * mikrobiologie   MeSH
• koinfekce diagnóza   přenos   MeSH
• krev mikrobiologie   MeSH
• lidé MeSH
• nemoci přenášené klíšťaty epidemiologie   přenos   prevence a kontrola   MeSH
• polymerázová řetězová reakce metody   MeSH
• psi * mikrobiologie   MeSH
• vysoká zvěř * krev   mikrobiologie   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• psi * mikrobiologie   MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

• MeSH
• infekce dýchací soustavy diagnóza   MeSH
• polymerázová řetězová reakce metody   MeSH
• testování na COVID-19 metody   MeSH
• virologie MeSH
• virové nemoci diagnóza   MeSH
• Publikační typ
• monografie MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• pneumologie a ftizeologie
• diagnostika

The problem of bacterial resistance to antibiotics has become a global issue and a major health challenge that requires continuous studies on how this resistance develops and spreads, and its relationship to resistance to other factors such as heavy metals and biocides. The current study aimed to determine the prevalence and distribution of antibiotics, heavy metals, and biocides-resistant genes on the chromosomes and plasmids of some Enterobacteria species. The results showed that antibiotics resistant genes (blaCTX, sul 1) were present in all isolates except for Klebsiella pneumoniae chromosome, while for heavy metals resistant genes, czcA detected in all isolates except for K. pneumoniae plasmid, ncc gene was only detected in the chromosome of Escherichia coli O157.H7 and E. coli, and plasmid of E. coli O157.H7. biocides gene (qacE∆1) was present in all isolates except for the E. faecalis chromosome. The current study resulted that the studied resistance genes spread clearly among the types of Enterobacteria, and this reflects the possibility of transmission of these genes among the bacteria present in this habitat.

• MeSH
• antibiotická rezistence genetika   MeSH
• dezinficiencia MeSH
• Enterobacteriaceae * genetika   izolace a purifikace   MeSH
• genetické techniky přístrojové vybavení   MeSH
• léková rezistence * genetika   MeSH
• plazmidy genetika   izolace a purifikace   MeSH
• polymerázová řetězová reakce metody   MeSH
• těžké kovy MeSH
• Publikační typ
• klinická studie MeSH

Východiska: N-myc downstream-regulovaný gen 1 (NDRG1) má významnou funkci při progresi nádorů. U karcinomu prostaty (prostate cancer – PCa) však regulační mechanizmus NDRG1 zůstává nejasný. Materiál a metody: Hladiny exprese miR-96-5p a NDRG1 byly hodnoceny v buněčných liniích PCa a v tkáních prostaty a validovány ve veřejných databázích pomocí polymerázové řetězové reakce v reálném čase, analýzy western blot a imunohistochemie. Funkce miR-96-5p a NDRG1 byla zkoumána pomocí testů hojení ran a transwell testů in vitro a testu myšího xenoimplantátu in vivo. Dráha regulovaná pomocí NDRG1 byla testována technikou sekvenování nové generace. K detekci vztahu mezi miR-96-5p, NDRG1 a NF-kB dráhou byl použit imunofluorescenční test a test s luciferázou. Výsledky: Nadměrná exprese NDRG1 potlačuje migraci, invazi a epiteliálně-mezenchymální přechod (EMT) in vitro a inhibuje metastázy in vivo. Navíc miR-96-5p přispívá k deficitu NDRG1 a podporuje migraci a invazi buněk PCa. Kromě toho ztráta NDRG1 aktivuje dráhu NF-kB, která stimuluje fosforylaci p65 a IKBa a indukuje EMT v PCa. Závěr: MiR-96-5p podporuje migraci a invazi PCa tím, že cílí na NDRG1 a reguluje dráhu NF-kB.

Background: The N-myc downstream-regulated gene 1 (NDRG1) has been discovered as a significant gene in the progression of cancers. However, the regulatory mechanism of NDRG1 remained obscure in prostate cancer (PCa). Methods: The miR-96-5p and NDRG1 expression levels were evaluated in PCa cell lines, and prostate tissues, and validated in public databases by real-time polymerase chain reaction, western blot analysis, and immunohistochemistry. The function of miR-96-5p and NDRG1 were investigated by scratch assay and transwell assays in vitro, and mouse xenograft assay in vivo. The candidate pathway regulated by NDRG1 was conducted by the next-generation gene sequencing technique. Immunofluorescence and luciferase assays were used to detect the relation between miR-96-5p, NDRG1, and NF-kB pathway. Results: Overexpressing NDRG1 suppresses the migration, invasion, and epithelial-mesenchymal transition (EMT) in vitro, and inhibits metastasis in vivo. Moreover, miR-96-5p contributes to NDRG1 deficiency and promotes PCa cell migration and invasion. Furthermore, NDRG1 loss activates the NF-kB pathway, which stimulates p65 and IKBa phosphorylation and induces EMT in PCa. Conclusions: MiR-96-5p promotes the migration and invasion of PCa by targeting NDRG1 and regulating the NF-kB pathway.

• Klíčová slova
• NDRG1, miR-96-5p,
• MeSH
• epitelo-mezenchymální tranzice MeSH
• genetické techniky MeSH
• imunohistochemie metody   MeSH
• lidé MeSH
• nádorové buněčné linie MeSH
• nádory prostaty * genetika   patofyziologie   MeSH
• NF-kappa B * MeSH
• pohyb buněk MeSH
• polymerázová řetězová reakce metody   MeSH
• sekvenční analýza MeSH
• signální transdukce MeSH
• transfekce metody   MeSH
• western blotting metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• klinická studie MeSH

Pomocí molekulárně genetických metod lze prokázat infekční organismy virového, bakteriálního a houbového původu, stejně jako protozoa a parazitické červy. Molekulární metody detekují specifické úseky v sekvencích nukleových kyselin infekčních agens, a není tedy nutné zachování viability hledaných mikroorganismů. Proto je možné použít tyto metody i pro přímý průkaz infekčního agens z fixované tkáně, nejčastějšího dostupného materiálu v patologii. Tento krátký přehledový článek vychází z více než dvacetiletého fungování molekulárně mikrobiologického úseku v rámci patologie a naším cílem je přiblížit možnosti molekulárně genetické detekce infekčních organismů pro patologickou diagnostiku.

Using molecular methods, infectious organisms of viral, bacterial and fungal origin, as well as protozoa and helminths, can be detected. Molecular methods detect specific segments in the nucleic acid sequences of infectious agents and therefore do not require the maintenance of viability of the microorganisms of interest. Therefore, these methods can also be used for direct detection of infectious agents from fixed tissue, the most commonly available material in pathology. This short review article is based on more than 20 years of molecular microbiology within pathology and our aim is to present the possibilities of molecular detection of infectious organisms for pathological diagnosis.

• MeSH
• diagnostické techniky molekulární * klasifikace   metody   MeSH
• formaldehyd MeSH
• hybridizace in situ metody   MeSH
• infekční nemoci * diagnóza   etiologie   patologie   MeSH
• lidé MeSH
• mikrobiota genetika   MeSH
• nukleové kyseliny analýza   izolace a purifikace   MeSH
• polymerázová řetězová reakce klasifikace   metody   MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• přehledy MeSH