Corynebacterium (C.) durum je součástí rezidentní flóry dutiny ústní. Jeho podíl na etiologii infekčních onemocnění je nejednoznačný. S vyšším počtem imunoalterovaných pacientů je nutné s ním počítat jako s potenciálním oportunním patogenem. Nejčastěji je izolováno ze sputa, bronchoalveolární lavážní tekutiny, ale také z krve, zejména u imunosuprimovaných pacientů s pneumonií. V tom případě je nutné bakterii přesně identifikovat a nález správně interpretovat. Dříve velmi využívaný komerční test pro určení korynebakterií (API Coryne, BioMerieux) nelze použít pro všechna korynebakteria včetně C. durum. Tento druh není obsažen v databázi biotypových čísel. Lze provést porovnání biotypového čísla s údaji v literatuře. K přesnému odlišení od jiných korynebakterií je nutná chemotaxonomická a proteomická analýzy (MALDI-TOF MS), nebo sekvenace genu 16S rRNA. Klíčový je polyfázový přístup využívající poznatky z jednotlivých laboratorních vyšetření.
Corynebaterium (C.) durum is a part of the resident human oral microbiota. Its role in the aetiology of infectious diseases is ambiguous. With the increasing number of immunocompromised patients, it must be considered a potential opportunistic pathogen. It is isolated from the sputum, bronchoalveolar-lavage fluid, as well as blood, especially from immunocompromised patients with pneumonia. In that case, the critical steps involve a correct identification of Corynebacterium to the species level and right interpretation of the findings. The previously widely used commercial test for the identification of Corynebacteria (API Coryne, BioMerieux) is not suitable for all species, including C. durum, as its biotype number is not included in the database. But the obtained result can be compared with the available literature data. Chemotaxonomic and proteomic analysis (matrix-assisted laser desorption/ ionization – time of flight, MALDI-TOF MS) or 16S rRNA sequencing allow for accurate differentiation from the other Corynebacteria species. Nevertheless, these methods are not routinely used in clinical laboratories. A polyphasic approach to the taxonomy based on the data from combined laboratory tests is crucial.
- MeSH
- bronchoalveolární lavážní tekutina mikrobiologie MeSH
- Corynebacterium * izolace a purifikace MeSH
- imunokompromitovaný pacient MeSH
- korynebakteriální infekce diagnóza MeSH
- krev mikrobiologie MeSH
- lidé MeSH
- mikrobiologické techniky metody MeSH
- oportunní infekce mikrobiologie MeSH
- RNA ribozomální 16S genetika MeSH
- spektrometrie hmotnostní - ionizace laserem za účasti matrice metody MeSH
- sputum mikrobiologie MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
Cíl: Zjistit výskyt potenciálně patogenních druhů babesií pro člověka v klíšťatech a v krvi psů a jelenů ve vybraných regionech České republiky. Prevalenci Babesia spp. v klíšťatech porovnat s výskytem jiných patogenů přenášených klíšťaty jako Borrelia spp., Anaplasma spp., Rickettsia spp. Materiál a metody: Vzorky klíšťat byly jednotlivě homogenizovány, ze vzorků klíšťat a krve živočichů provedena izolace DNA. Detekce Babesia spp. byla stanovena metodou PCR 18S rRNA genu a sekvenační analýzou PCR produktů určeny jednotlivé druhy babesií. Výsledky: V letech 2014–2016 byla analyzována klíšťata a krev psů a jelenů na různých místech České republiky. Ze souboru 675 klíšťat Ixodes ricinus dosahovala pozitivita na přítomnost Babesia spp. hodnot od 0,0 do 3,3 %. Sekvenační analýzou byly v klíšťatech identifikovány druhy Babesia venatorum, Babesia microti (patogenní druhy pro člověka) a druh Babesia capreoli. Prevalence Babesia spp. v klíšťatech byla v porovnání s výskytem jiných patogenů jako Borrelia burgdorferi s. l. (29,3 %), Anaplasma phagocytophilum (4,9 %) nižší a srovnatelná s Rickettsia spp. (1,6 %). U třetiny pozitivních klíšťat na babesie byla zjištěna koinfekce s Borrelia burgdorferi s. l. (B. venatorum – Borrelia garinii, Borrelia afzelii a B. microti – B. afzelii). Ze 109 vzorků krve psů bylo 3,7 % pozitivních na Babesia spp. s výskytem druhů Babesia gibsoni a Babesia vulpes. Z 50 vzorků krve jelenů z přírodního ekosystému dosahovala pozitivita 4,0 %. Identifikován byl druh Babesia divergens, nejvíce patogenní druh Babesia spp. pro člověka. Z 80 vzorků krve jelenů chovaných na farmách bylo pozitivních 5,0 % s výskytem druhu Babesia odocoilei. Nukleotidové sekvence babesií způsobujících humánní babesiózu byly zaslány do genové banky a přijaty pod čísly ON892053 (B. venatorum), ON892061 (B. microti), ON892067 (B. divergens). Závěr: Metodou PCR 18S rRNA genu a sekvenací amplikonů byly na území České republiky detekovány tři druhy babesií patogenních pro člověka: B. divergens, B. venatorum, B. microti. Výskyt těchto druhů babesií znamená potenciální riziko onemocnění babesiózou, zejména pro asplenické a imunokompromitované pacienty. Zjištěné koinfekce s Borrelia burgdorferi s. l. mohou být příčinou komplikovaného průběhu onemocnění.
Aim: To determine the occurrence of species of Babesia potentially pathogenic for humans in ticks and in the blood of dogs and deer in selected regions of the Czech Republic. To compare the prevalence of Babesia spp. in ticks with that of other tick-borne pathogens, such as Borrelia spp., Anaplasma spp., and Rickettsia spp. Material and Methods: Tick samples were individually homogenized. DNA was isolated from tick samples and animal blood. The detection of Babesia spp. was based on PCR of the 18S rRNA gene, and the identification to the species level was done by sequencing analysis of the PCR products. Results: In 2014–2016, ticks and blood of dogs and deer collected in various areas of the Czech Republic were analyzed. In a set of 675 Ixodes ricinus ticks, the positivity rate for Babesia spp. varied from 0.0 to 3.3 %. The species Babesia venatorum, Babesia microti (both pathogenic for humans), and Babesia capreoli were identified in ticks by sequencing analysis. The prevalence of Babesia spp. in ticks compared to that of other pathogens such as Borrelia burgdorferi s. l. (29.3 %) or Anaplasma phagocytophilum (4.9 %) was lower and comparable to that of Rickettsia spp. (1.6 %). Co-infection with Borrelia burgdorferi s.l (B. venatorum – Borrelia garinii, Borrelia afzelii, and B. microti – B. afzelii) was found in a third of Babesia spp. positive ticks. Out of 109 dog blood samples, 3.7 % were positive for Babesia spp., specifically Babesia gibsoni and Babesia vulpes. Of 50 blood samples of wild deer from the natural ecosystem, the positivity rate reached 4.0 %. The species Babesia divergens, a major human pathogen, was identified. Out of 80 blood samples from farmed deer, 5.0 % were positive for the species Babesia odocoilei. Nucleotide sequences of the agents causing human babesiosis were deposited in the gene bank under accession numbers ON892053 (B. venatorum), ON892061 (B. microti), and ON892067 (B. divergens). Conclusions: Using PCR of the 18S rRNA gene and amplicon sequencing, three species of Babesia causing human babesiosis were detected in the Czech Republic: B. divergens, B. venatorum, and B. microti. Babesia spp. pathogenic for humans pose a potential risk especially in asplenic and immunocompromised patients. The detected co-infections with Borrelia spp. can be the cause of a complicated course of the disease.
- MeSH
- Babesia mikrobiologie MeSH
- babezióza * epidemiologie krev přenos MeSH
- Borrelia burgdorferi MeSH
- diagnostické techniky molekulární metody MeSH
- klíšťata * mikrobiologie MeSH
- koinfekce diagnóza přenos MeSH
- krev mikrobiologie MeSH
- lidé MeSH
- nemoci přenášené klíšťaty epidemiologie přenos prevence a kontrola MeSH
- polymerázová řetězová reakce metody MeSH
- psi * mikrobiologie MeSH
- vysoká zvěř * krev mikrobiologie MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- psi * mikrobiologie MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
- MeSH
- bakteriální nálož MeSH
- barvení a značení metody MeSH
- Escherichia coli MeSH
- fenaziny * MeSH
- genciánová violeť * MeSH
- gramnegativní bakteriální infekce diagnóza MeSH
- gramnegativní bakterie izolace a purifikace MeSH
- krev mikrobiologie MeSH
- kultivační vyšetření krve MeSH
- senzitivita a specificita MeSH
- Staphylococcus aureus MeSH
- techniky typizace bakterií metody MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
In the microbiological diagnosis of bloodstream infections (BSI), blood culture (BC) is considered the gold standard test despite its limitations such as low sensitivity and slow turnaround time. A new FDA-cleared and CE-marked platform utilizing magnetic resonance to detect amplified DNA of the six most common and/or problematic BSI pathogens (Enterococcus faecium, Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa, and Escherichia coli; referred to as ESKAPEc) is available and may shorten the time to diagnosis and potentially improve antimicrobial utilization. Whole blood samples from hospitalized patients with clinical signs of sepsis were analyzed using the T2Bacteria Panel (T2Biosystems) and compared to simultaneously collected BC. Discrepant results were evaluated based on clinical infection criteria, combining supporting culture results and the opinion of treating physicians. A total of 55 samples from 53 patients were evaluated. The sensitivity and specificity of the T2Bacteria panel was 94% (16 out of 17 detections of T2Bacteria-targeted organisms) and 100%, respectively, with 36.4% (8 of 22) causes of BSI detected only by this method. The T2Bacteria Panel detected pathogens on average 55 hours faster than standard BC. In our study, 9 of 15 patients with positive T2Bacteria Panel results received early-targeted antibiotic therapy and/or modification of antimicrobial treatment based on T2Bacteria Panel findings. Given the high reliability, faster time to detection, and easy workflow, the technique qualifies as a point-of-care testing approach.
- MeSH
- Acinetobacter baumannii účinky léků genetika izolace a purifikace MeSH
- antibakteriální látky farmakologie MeSH
- antibiotická politika metody MeSH
- bakteriemie krev farmakoterapie mikrobiologie MeSH
- Enterococcus faecium účinky léků genetika izolace a purifikace MeSH
- Escherichia coli účinky léků genetika izolace a purifikace MeSH
- Klebsiella pneumoniae účinky léků genetika izolace a purifikace MeSH
- krev mikrobiologie MeSH
- kultivační vyšetření krve MeSH
- lidé MeSH
- prospektivní studie MeSH
- Pseudomonas aeruginosa účinky léků genetika izolace a purifikace MeSH
- Staphylococcus aureus účinky léků genetika izolace a purifikace MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
Kazuistika suspektní septikemie s izolací raritního kmene Corynebacterium sp. Izolace tohoto kmene ani kmenů geneticky blízkých druhů z klinického materiálu nebyla zatím v dostupné literatuře popsána. V článku jsou uvedeny kromě stručného klinického popisu také morfologické a biochemické vlastnosti, metody identifikace a vyšetření k antibiotikům. Cílem práce bylo především upozornit na nový a vzácně se vyskytující kmen korynebakteria.
A case report is presented of a patient with suspected septicaemia from whose blood culture a new strain of Corynebacterium sp. was isolated. Until now, no report of this strain isolated from human clinical materials has been available in the literature. In addition to a brief clinical description of the case, the article also features morphological, biochemical properties as well as antibiogram of the bacterium. It describes also methods used for the identification of this isolate. The aim of the work was to highlight a novel and rare coryneform strain.
We report a very rare case of Streptococcus canis native infective endocarditis in a 73-year-old woman living in close contact with her dog. Her echocardiography showed large calcifications in the mitral annulus, massive regurgitation below the posterior leaflet, and adjacent vegetation. Blood culture was positive for Streptococcus Lancefield group G. A coronary artery bypass and mitral valve replacement had to be done. Streptococcus canis was detected in a heart valve using a broad range PCR followed by 16S rRNA and confirmed by tuf gene sequencing, while tissue culture remained negative. The patient was not bitten by her dog nor did she have comorbidities or skin ulcers. She fully recovered.
- MeSH
- bakteriální endokarditida diagnóza mikrobiologie patologie chirurgie MeSH
- DNA bakterií chemie genetika MeSH
- echokardiografie MeSH
- elongační faktor Tu genetika MeSH
- fylogeneze MeSH
- kalcinóza diagnostické zobrazování MeSH
- koronární bypass MeSH
- krev mikrobiologie MeSH
- lidé MeSH
- mitrální chlopeň diagnostické zobrazování patologie chirurgie MeSH
- polymerázová řetězová reakce MeSH
- ribozomální DNA chemie genetika MeSH
- RNA ribozomální 16S genetika MeSH
- sekvenční analýza DNA MeSH
- senioři MeSH
- shluková analýza MeSH
- Streptococcus klasifikace izolace a purifikace MeSH
- streptokokové infekce diagnóza mikrobiologie patologie chirurgie MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- senioři MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- kazuistiky MeSH
Background MDA5 and RIG-1 are the important intracellular receptors which detect microbial associated molecular patterns. Septicemia is a condition in which infection enters the bloodstream of the patients. The main intracellular mechanisms against septicemia are yet to be clarified. Therefore, this research study was aimed to evaluate expression of MDA5 and RIG-1 in the patients suffering from septicemia in comparison to healthy controls. Methods MDA5 and RIG-1 expression levels in 40 patients suffering from septicemia and 40 healthy controls were evaluated using Real-Time PCR technique. The sources of bacteria in the bloodstream of the patients suffering from septicemia were determined using microbial cultures. Results The results showed that mRNA levels of MDA5 and RIG-1 were significantly increased in the patients when compared to healthy controls. The results also revealed that the patients were infected with four bacteria including Escherichia coli, Staphylococcus aureus, Acinetobacter baumannii and Pseudomonas aeruginosa. mRNA levels of MDA5 and RIG-1 did not differ among patients with various bacterial infections. Conclusion Based on the results it seems that MDA5 and RIG-1 are the main intracellular immunity against the bacteria during septicemia and could be considered for their roles in induction of immunity.
- MeSH
- biologické markery MeSH
- imunita genetika imunologie MeSH
- krev imunologie mikrobiologie MeSH
- lidé MeSH
- melatoninové receptory genetika imunologie krev MeSH
- receptory kyseliny retinové genetika imunologie krev MeSH
- sepse * genetika imunologie mikrobiologie MeSH
- transkripční faktory MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- MeSH
- feces mikrobiologie MeSH
- Klebsiella pneumoniae izolace a purifikace MeSH
- krev mikrobiologie MeSH
- mikrobiální testy citlivosti klasifikace metody MeSH
- moč mikrobiologie MeSH
- Pseudomonas aeruginosa izolace a purifikace MeSH
- testování odbornosti laboratoří * MeSH
- Yersinia enterocolitica izolace a purifikace MeSH
- Publikační typ
- tabulky MeSH
- MeSH
- Acinetobacter baumannii izolace a purifikace účinky léků MeSH
- Burkholderia cepacia komplex izolace a purifikace MeSH
- Enterococcus izolace a purifikace MeSH
- krev mikrobiologie MeSH
- lidé MeSH
- mikrobiální testy citlivosti MeSH
- moč mikrobiologie MeSH
- Salmonella enterica cytologie patogenita MeSH
- sputum mikrobiologie MeSH
- Staphylococcus aureus izolace a purifikace účinky léků MeSH
- testování odbornosti laboratoří * MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- MeSH
- ceftazidim aplikace a dávkování farmakologie terapeutické užití MeSH
- cilastatin farmakologie terapeutické užití MeSH
- injekce intravenózní MeSH
- klinické laboratorní techniky MeSH
- krev mikrobiologie MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- meningitida vyvolaná Escherichia coli * diagnóza etiologie mikrobiologie MeSH
- počítačová rentgenová tomografie využití MeSH
- vankomycin aplikace a dávkování farmakologie terapeutické užití MeSH
- výsledek terapie MeSH
- Check Tag
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- kazuistiky MeSH
