Identifikace etiologického agens v krvi je jedno z nejdůležitějších, ale zároveň nejdelších vyšetření v diagnostice bakteriálních infekcí. Klasický postup hemokultivace za použití automatizovaných přístrojů, identifikace z 24hodinové bakteriální kultury a stanovení kvantitativní citlivosti k antibiotikům trvá zhruba 3–5 dní. V posledních letech byly implementovány do praxe nové metody umožňující identifikaci bakteriálního původce a stanovení citlivosti/rezistence k antibiotikům, včetně detekce genů rezistence pomocí amplifikačních technik, přímo z pozitivních hemokultivačních lahviček. Tyto metody umožňují výrazně zkrátit čas od odběru krve do hlášení výsledku a současně aplikaci cílené antibiotické terapie. Předložený přehledový článek má za cíl seznámit klinické lékaře s novinkami v oblasti bakteriologického vyšetření krve používanými v rutinní mikrobiologické praxi.
Identifying the etiological agent in blood is one of the most crucial yet time-consuming investigations in diagnosing bacterial infections. The conventional approach of blood culture utilizing automated systems, followed by identification from a 24-hour bacterial culture and determination of quantitative antibiotic susceptibility, typically takes about 3-5 days. However, in recent years, new methods have been implemented in practice, enabling the identification of bacterial pathogens and the determination of sensitivity/resistance to antibiotics, including the detection of resistance genes through amplification techniques directly from positive blood culture bottles. These methods significantly reduce the turnaround time from blood collection to result reporting, while also facilitating the application of targeted antibiotic therapy. The presented review article aims to acquaint clinical physicians with the latest advancements in the field of blood bacteriological testing.
Východiska a cíle: Nespočet studií prokázal neoddiskutovatelný přínos prokalcitoninu (PCT) v diagnostice sepse. V poslední době je navíc diskutován potenciální vztah koncentrací PCT k různým patogenům a ložiskům infekce. Hlavním cílem předkládané studie bylo porovnání hladin PCT u septických pacientů s dokumentovanou grampozitivní a gramnegativní bakteremií. Vyhodnotili jsme také koncentrace PCT ve vztahu k různým ložiskům infekce a jednotlivým patogenům. Metody: V dobře definované kohortě septických pacientů byly vyhodnoceny koncentrace PCT v čase klinické diagnózy sepse (PCT1) a za 24 hodin (PCT2) a porovnány s výsledky hemokultur a ložisky infekce. Výsledky: U 258 pacientů byla pozitivní hemokultura zdokumentována v 78 případech. Rozdíl v PCT1 i PCT2 mezi skupinami pacientů s dokumentovanou grampozitivní a gramnegativní hemokulturou nebyl statisticky významný. Ve skupině bakteremických pacientů byly nejvyšší koncentrace PCT1 i PCT2 zaznamenány u pacientů se sepsí způsobenou streptokoky a Escherichia coli v kontrastu s infekcemi způsobenými stafylokoky s nejnižšími zaznamenanými hladinami. Nejvyšší koncentrace PCT byly zaznamenány u pacientů s urosepsí se signifikantně vyššími hladinami PCT2 oproti všem ostatním sledovaným ložiskům sepse. Závěry: Schopnost PCT rozlišovat mezi grampozitivní a gramnegativní bakteremií u kriticky nemocných pacientů se sepsí je nízká. Koncentrace PCT korelují pravděpodobně spíše s jednotlivými typy patogenů a ložisky infekce než s výsledky Gramova barvení. Nejvyšší hladiny PCT byly zaznamenány u streptokoků. Signifikantně vyšší koncentrace PCT oproti všem ostatním ložiskům infekce byly zaznamenány u urosepsí 24 hodin od stanovení klinické diagnózy sepse.
Background and aim: Large number of studies proved undisputable role of procalcitonin (PCT) in sepsis diagnosis. Moreover, potential of procalcitonin to predict blood culture results according to Gram staining, different types of pathogens and foci of infection is discussed lately. The primary aim of our study was to compare the PCT levels in septic patients with documented Gram-positive and Gram-negative bacteraemia. We also evaluated the PCT levels according to different foci of infection and with different types of pathogens. Material and Methods: Procalcitonin levels measured at the time of sepsis diagnosis (PCT1) and after 24 hours (PCT2) in welldefined cohort of septic patients were statistically evaluated according to the results of blood cultures and foci of infection. Results: Out of 258 patients, 180 had negative and 78 positive blood culture. The difference in PCT1 and PCT2 levels between gram-negative (GN) and gram-positive (GP) bacteraemia was not significant. The highest values of PCT1 as well as PCT2 in culturepositive cases were found in patients infected with Streptococcus spp. followed by Escherichia Coli in contrast to Staphylococcus spp. with the lowest PCT concentrations. Highest procalcitonin levels were observed in urosepsis with PCT2 concentrations significantly higher than in all other foci of infection. Conclusion: PCT discriminatory power to differentiate between GN and GP bacteraemia in septic patients appears to be low. PCT concentrations correlates probably more closely to different type of pathogens with highest PCT levels in Streptococci spp. and foci of infection rather than result of the Gram stain. In our study population, urosepsis showed statistically significant higher PCT concentrations 24 hours following sepsis diagnosis when compared to other site of infection.
- MeSH
- bakteriemie diagnóza etiologie mikrobiologie MeSH
- kultivační vyšetření krve metody přístrojové vybavení statistika a číselné údaje MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- prokalcitonin * krev MeSH
- senioři MeSH
- sepse * diagnóza krev mikrobiologie patologie MeSH
- Check Tag
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- senioři MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- klinická studie MeSH
Kazuistika suspektní septikemie s izolací raritního kmene Corynebacterium sp. Izolace tohoto kmene ani kmenů geneticky blízkých druhů z klinického materiálu nebyla zatím v dostupné literatuře popsána. V článku jsou uvedeny kromě stručného klinického popisu také morfologické a biochemické vlastnosti, metody identifikace a vyšetření k antibiotikům. Cílem práce bylo především upozornit na nový a vzácně se vyskytující kmen korynebakteria.
A case report is presented of a patient with suspected septicaemia from whose blood culture a new strain of Corynebacterium sp. was isolated. Until now, no report of this strain isolated from human clinical materials has been available in the literature. In addition to a brief clinical description of the case, the article also features morphological, biochemical properties as well as antibiogram of the bacterium. It describes also methods used for the identification of this isolate. The aim of the work was to highlight a novel and rare coryneform strain.
- MeSH
- biologické markery analýza MeSH
- C-reaktivní protein analýza MeSH
- interleukin-6 analýza MeSH
- kultivační vyšetření krve metody MeSH
- leukocytární L1-antigenní komplex analýza MeSH
- lidé MeSH
- lipopolysacharidové receptory analýza MeSH
- novorozenec MeSH
- novorozenecká sepse * diagnóza MeSH
- prokalcitonin analýza MeSH
- receptory IgG analýza MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- novorozenec MeSH
Cíl práce: Tento článek přináší přehled nejčastějších bakteriálních druhů izolovaných z hemokultur ve Fakultní nemocnici Olomouc v letech 2015–2019 a jejich profil rezistence k antibiotikům. Materiál a metody: Data byla získána z laboratorního informačního systému ENVIS LIMS. Za období 1. 1. 2015 až 31. 12. 2019 byly retrospektivně hodnoceny výsledky hemokultivací. Z pozitivních hemokultur byla vyhodnocena četnost bakteriálních izolátů a u nejčastějších původců bakteriémií zjištěna rezistence k vybraným antibiotikům. K identifikaci byly použity standardní mikrobiologické postupy za pomoci systému MALDI-TOF MS. Citlivost k antibiotikům byla stanovena standardní diluční mikrometodou podle kritérií EUCAST. Výsledky: V období 5 let bylo celkem hodnoceno 3 400 izolátů z pozitivních hemokultur. Nejčastěji byly izolovány koaguláza-negativní stafylokoky (37 %), Escherichia coli (16 %), Klebsiella pneumoniae (9 %), Staphylococcus aureus (7 %), streptokoky (5 %), Pseudomonas aeruginosa (4 %), Enterobacter cloacae (2 %), Enterococcus faecalis (2 %) a Enterococcus faecium (2 %). Escherichia coli byla v uvedeném období relativně málo rezistentní k cefalosporinům 3. generace, piperacilinu s tazobaktamem, gentamicinu a fluorochinolonům (7–33 %). Klebsiella pneumoniae naproti tomu vykazovala vyšší rezistenci k těmto antibiotikům (33–65 %). Rezistence druhu Staphylococcus aureus k oxacilinu se pohybuje v rozmezí 3–7 %. Pseudomonas aeruginosa se vyznačovala rezistencí alespoň k jednomu z následujících antibiotik – piperacilinu/tazobaktamu, ceftazidimu, cefepimu, meropenemu, ciprofloxacinu a gentamicinu v rozmezí 3–46 %. Závěr: Znalost prevalence původců bakteriémií a jejich profilů rezistence je důležitá pro iniciální antibiotickou terapii v případě probíhající infekce. Je vhodné epidemiologické přehledy tohoto typu pravidelně provádět a poskytovat klinickým lékařům jako součást „antibiotic stewardship“.
Objectives: To provide an overview of the most common bacterial species isolated from blood cultures in the University Hospital Olomouc in the years 2015–2019 and their antibiotic resistance patterns. Material and Methods: The data were obtained from the laboratory information management system ENVIS LIMS. The results were analyzed retrospectively for the period from January 1, 2015 to December 31, 2019. Among positive blood cultures, the prevalence of bacterial species was assessed and the most frequent species were evaluated for resistance to selected antibiotics. Each sample was processed using standard microbiology methods with the MALDI-TOF MS system. Susceptibility to antibiotics was tested with the microdilution method according to the EUCAST recommendations. Results: Over the study period, a total of 3 400 isolates from blood cultures were included. Coagulase-negative staphylococci were the most prevalent (37 %), followed by Escherichia coli (16 %), Klebsiella pneumoniae (9 %), Staphylococcus aureus (7 %), Streptococcus spp. (5 %), Pseudomonas aeruginosa (4 %), Enterobacter cloacae (2 %), Enterococcus faecalis (2 %) and Enterococcus faecium (2 %). Resistance of E. coli to 3rd generation cephalosporins, piperacillin/tazobactam, gentamicin and fluoroquinolones ranged from 7 % to 33 %. A high percentage of Klebsiella pneumoniae strains (33 %–65 %) was resistant to the above antibiotics. The prevalence of methicillin-resistant Staphylococcus aureus reached 3 %–7 %. Pseudomonas aeruginosa exhibited resistance to piperacillin/tazobactam, ceftazidime, cefepime, meropenem, ciprofloxacin and gentamicin ranging from 3 % to 46 %. Conclusion: Knowing the prevalence of bacterial species from blood cultures and their antimicrobial resistance patterns is important for empirical antibiotic therapy in case of an existing infection. It is advisable to conduct such epidemiological studies as part of antibiotic stewardship.
- MeSH
- antibiotická rezistence * MeSH
- bakteriální léková rezistence MeSH
- bakteriemie * krev mikrobiologie terapie MeSH
- Escherichia coli účinky léků MeSH
- Klebsiella pneumoniae účinky léků MeSH
- kultivační vyšetření krve * metody MeSH
- lidé MeSH
- mikrobiální testy citlivosti metody MeSH
- mikrobiologické techniky metody MeSH
- Pseudomonas aeruginosa účinky léků MeSH
- Staphylococcus aureus účinky léků MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
- MeSH
- ceftriaxon terapeutické užití MeSH
- dexamethason terapeutické užití MeSH
- diseminovaná intravaskulární koagulace etiologie terapie MeSH
- dítě MeSH
- kultivační vyšetření krve metody MeSH
- lidé MeSH
- meningokoková meningitida * diagnóza terapie MeSH
- meningokokové infekce * diagnóza terapie MeSH
- péče o pacienty v kritickém stavu MeSH
- poruchy vědomí diagnóza etiologie MeSH
- septický šok diagnóza etiologie terapie MeSH
- urgentní zdravotnické služby MeSH
- výsledek terapie MeSH
- Check Tag
- dítě MeSH
- lidé MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- kazuistiky MeSH
- MeSH
- beta-glukany analýza MeSH
- gastroenteritida mikrobiologie MeSH
- kandidóza invazivní * diagnóza MeSH
- kultivační vyšetření krve metody MeSH
- lidé MeSH
- mannany analýza MeSH
- mykologické určovací techniky metody MeSH
- polymerázová řetězová reakce metody MeSH
- senzitivita a specificita MeSH
- sérologické testy metody MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
V období od 1. 1. 2012 do 31. 12. 2016 byl sledován výskyt korynebakterií v hemokulturách konsekventně přija-tých k mikrobiologickému vyšetření. Všechny izolované kmeny byly vyšetřeny fenotypovými metodami založe-nými na biochemických vlastnostech. Většina byla dále konfirmována v Národní referenční laboratoři pro pertusia difterii v SZÚ v Praze. Citlivost k antibiotikům byla vyšetřována diskovou difúzní metodou.Všechny případy byly konfrontovány s klinickým stavem, hodnotami zánětlivých markerů a byly posuzovány možnosti kontaminace v době odběru hemokultur. Dále byla hodnocena možná souvislost s klinickou diagnózou, frekvence dle pohlaví, sezónnost a věková distribuce. Na základě vyšetření citlivosti byla stanovena doporučená empirická antibioterapie.
From 1 January 2012 to 31 December 2016, the presence of corynebacteria was monitored in blood culturesconsecutively referred for microbiological examination. All isolated strains were characterized by phenotypicmethods based on biochemical properties. Most were also confirmed by the National Reference Laboratory for Pertussis and Diphtheria of the National Institute of Public Health, Prague. Their susceptibility to antibiotics wasinvestigated by the disk diffusion method.All cases were correlated with clinical status and levels of inflammatory markers, and possible contaminationsources during blood culture collection were considered. In addition, association of the presence of corynebacte-ria with clinical diagnosis and sex, seasonality, and age distribution were assessed. On the basis of antimicrobial susceptibility testing, empirical antibiotherapy options were recommended.
- MeSH
- antifungální látky terapeutické užití MeSH
- bakteriemie diagnóza farmakoterapie MeSH
- Candida chemie patogenita MeSH
- časná diagnóza MeSH
- diagnostické techniky a postupy MeSH
- fungemie diagnóza farmakoterapie MeSH
- kultivační vyšetření krve metody využití MeSH
- lidé MeSH
- polymerázová řetězová reakce * metody MeSH
- sepse * diagnóza farmakoterapie mortalita MeSH
- techniky amplifikace nukleových kyselin MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- přehledy MeSH
- Klíčová slova
- Transvenózní extrakce elektrod,
- MeSH
- antibakteriální látky aplikace a dávkování škodlivé účinky terapeutické užití MeSH
- antifungální látky aplikace a dávkování škodlivé účinky terapeutické užití MeSH
- bakteriální infekce a mykózy diagnóza etiologie prevence a kontrola MeSH
- defibrilátory implantabilní * mikrobiologie škodlivé účinky MeSH
- diabetes mellitus etiologie MeSH
- diagnostické techniky kardiovaskulární využití MeSH
- endokarditida etiologie mikrobiologie prevence a kontrola MeSH
- kardiocentra metody trendy využití MeSH
- kardiochirurgické výkony metody trendy využití MeSH
- katétrové infekce * diagnóza etiologie prevence a kontrola MeSH
- klinický obraz nemoci MeSH
- kultivační vyšetření krve metody využití MeSH
- lidé MeSH
- plicní embolie diagnóza komplikace prevence a kontrola terapie MeSH
- renální insuficience etiologie komplikace prevence a kontrola MeSH
- rizikové faktory MeSH
- srdeční selhání MeSH
- statistika jako téma MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
