First edition 70 stran : ilustrace ; 23 cm
The publication focuses on methods of RT-qPCR testing of viral respiratory diseases, for example COVID-19. Intended for professional public.
- MeSH
- infekce dýchací soustavy diagnóza MeSH
- polymerázová řetězová reakce metody MeSH
- testování na COVID-19 metody MeSH
- virologie MeSH
- virové nemoci diagnóza MeSH
- Publikační typ
- monografie MeSH
- Konspekt
- Patologie. Klinická medicína
- NLK Obory
- pneumologie a ftizeologie
- diagnostika
BACKGROUND: Testing of pooled samples is an effective strategy for increasing testing capacity while saving resources and time. This study aimed to validate pooled testing and gather real-life data on its use for Covid-19 surveillance with a gargle lavage (GL) self-sampling strategy. METHODS: Two-stage pooled testing with pools of 6 and 12 samples was used for preventive testing of an asymptomatic population and Covid-19 surveillance in Czech schools. Both GL and nasopharyngeal swabs were used for sampling. RESULTS: In total, 61,111 samples were tested. The use of pooled testing for large-scale Covid-19 surveillance reduced consumable costs by almost 75% and increased testing capacity up to 3.8-fold compared to standard methods. RT-PCR experiments revealed a minimal loss of sensitivity (0-2.2%) when using pooled samples, enabling the detection of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) genes with Ct values >35. The minor loss of sensitivity was counterbalanced by a significantly increased throughput and the ability to substantially increase testing frequencies. CONCLUSIONS: Pooled testing is considerably more cost-effective and less time-consuming than standard testing for large-scale Covid-19 surveillance even when the prevalence of SARS-CoV-2 is fluctuating. Gargle lavage self-sampling is a non-invasive technique suitable for sample collection without a healthcare worker's assistance.
- MeSH
- COVID-19 * diagnóza epidemiologie MeSH
- lidé MeSH
- nazofarynx * virologie MeSH
- odběr biologického vzorku * metody MeSH
- SARS-CoV-2 * genetika izolace a purifikace MeSH
- senzitivita a specificita MeSH
- testování na COVID-19 průkazem nukleové kyseliny metody MeSH
- testování na COVID-19 metody MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
BACKGROUND: Although people with HIV might be at risk of severe outcomes from infection with severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2; coronavirus 2019 [COVID-19]), regional and temporal differences in SARS-CoV-2 testing in people with HIV across Europe have not been previously described. METHODS: We described the proportions of testing, positive test results, and hospitalizations due to COVID-19 between 1 January 2020 and 31 December 2021 in the EuroSIDA cohort and the factors associated with being tested for SARS-CoV-2 and with ever testing positive. RESULTS: Of 9012 participants, 2270 (25.2%, 95% confidence interval [CI] 24.3-26.1) had a SARS-CoV-2 polymerase chain reaction test during the study period (range: 38.3% in Northern to 14.6% in Central-Eastern Europe). People from Northern Europe, women, those aged <40 years, those with CD4 cell count <350 cells/mm3, and those with previous cardiovascular disease or malignancy were significantly more likely to have been tested, as were people with HIV in 2021 compared with those in 2020. Overall, 390 people with HIV (4.3%, 95% CI 3.9-4.8) tested positive (range: 2.6% in Northern to 7.1% in Southern Europe), and the odds of testing positive were higher in all regions than in Northern Europe and in 2021 than in 2020. In total, 64 people with HIV (0.7%, 95% CI 0.6-0.9) were hospitalized, of whom 12 died. Compared with 2020, the odds of positive testing decreased in all regions in 2021, and the associations with cardiovascular disease, malignancy, and use of tenofovir disoproxil fumarate disappeared in 2021. Among study participants, 58.9% received a COVID-19 vaccine (range: 72.0% in Southern to 14.8% in Eastern Europe). CONCLUSIONS: We observed large heterogeneity in SARS-CoV-2 testing and positivity and a low proportion of hospital admissions and deaths across the regions of Europe.
- MeSH
- COVID-19 * epidemiologie diagnóza MeSH
- dospělí MeSH
- HIV infekce * farmakoterapie epidemiologie MeSH
- hospitalizace * statistika a číselné údaje MeSH
- kohortové studie MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- počet CD4 lymfocytů MeSH
- rizikové faktory MeSH
- SARS-CoV-2 * MeSH
- senioři MeSH
- testování na COVID-19 statistika a číselné údaje metody MeSH
- Check Tag
- dospělí MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- senioři MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- multicentrická studie MeSH
- Geografické názvy
- Evropa MeSH
Cíl: Určit senzitivitu a specificitu testu ID-NOW™ (Abbott) v diagnostice covid-19, která je založena na detekci genu SARS-CoV-2 technologií izotermální amplifikace. Metody: Celkem 303 jedinců podstoupilo dva výtěry z nosohltanu a jeden výtěr z orofaryngu pro možnost paralelního vyšetření metodou ID-NOW™ a PCR (Allplex™ SARS-CoV-2 Assay). Podskupina 107 jedinců navštívila veřejné odběrové místo pro covid-19 ve Fakultní nemocnici v Motole v době dominance varianty delta, ostatní byli vyšetřeni cestou Oddělení urgentního příjmu dospělých v období dominance varianty omikron. Výsledky: Z 297 validních vzorků bylo 43 nalezeno pozitivních metodou PCR a 33 pozitivních metodou ID-NOW™ (senzitivita 76,74 %; 95% CI 61,37 až 88,24 %). Naopak ID-NOW™ zachytilo 3 vzorky jako pozitivní, ale pozitivita nebyla pomocí PCR potvrzena (specifita 98,82 %; 95% CI 96,59 až 99,76 %). Významný nárůst senzitivity až na hodnotu 100 % je pozorován při testování vzorků s vyšší virovou náloží (s hodnotou prahového cyklu PCR pod 30 či získaných od pacientů s příznaky onemocnění covid-19). Varianta delta ani omikron nemá na citlivost metody významný vliv. Závěr: ID-NOW™ je díky své kompaktnosti a rychlosti vyšetření vhodný diagnostický nástroj pro okamžité stanovení infekčnosti pacienta. V případě, že pacient pociťuje příznaky covid-19, je vhodné provést i přes negativní výsledek ID-NOW™ klasické PCR vyšetření SARS-CoV-2.
Objective: To determine the sensitivity and specificity of the Abbott ID-NOW™ test in the diagnosis of COVID-19. The test is based on the detection of the SARS-CoV-2 gene by isothermal amplification technology. Methods: From 303 individuals, two nasopharyngeal swabs and one oropharyngeal swab were collected to be tested in parallel by the ID-NOW™ test and PCR test (Allplex™ SARS-CoV-2 Assay). A subgroup of 107 individuals presented to the public collection point for covid-19 at the Motol University Hospital during the dominance of the Delta variant, and the others were tested via the Adult Emergency Admission Department during the dominance of the Omicron variant. Results: Of 297 valid samples, 43 were positive by the PCR assay and 33 were positive by the ID-NOW™ test (sensitivity 76.74%; 95% CI 61.37 to 88.24%). ID-NOW™ detected three samples as positive, but the positivity was not confirmed by PCR (specificity 98.82%; 95% CI 96.59 to 99.76%). A significant increase in sensitivity up to 100% is observed for samples with a higher viral load (with a PCR threshold cycle value below 30 or from patients with symptoms of COVID-19). The Delta or Omicron variant has no significant effect on the sensitivity of the test. Conclusion: Due to its ease of use and speed of result, ID-NOW™ is a suitable diagnostic tool for prompt assessment of a patient’s infectivity. If, despite the negative ID-NOW™ result, the patient has symptoms of COVID-19, it is advised to perform a classic PCR test for SARS-CoV-2.
- Klíčová slova
- ID-NOW,
- MeSH
- COVID-19 diagnóza MeSH
- klinická studie jako téma MeSH
- lidé MeSH
- point of care testing MeSH
- SARS-CoV-2 izolace a purifikace MeSH
- senzitivita a specificita MeSH
- testování na COVID-19 * metody MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- MeSH
- COVID-19 mikrobiologie prevence a kontrola MeSH
- interpretace statistických dat MeSH
- lidé MeSH
- odběr biologického vzorku metody MeSH
- polymerázová řetězová reakce s reverzní transkripcí MeSH
- reprodukovatelnost výsledků MeSH
- testování na COVID-19 průkazem nukleové kyseliny * metody MeSH
- testování na COVID-19 metody MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- přehledy MeSH
- MeSH
- laboratorní informační systémy * MeSH
- lidé MeSH
- testování na COVID-19 metody MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Klíčová slova
- PAXLOVID, Ministerstvo zdravotnictví ČR,
- MeSH
- antivirové látky farmakologie terapeutické užití MeSH
- COVID-19 * epidemiologie prevence a kontrola MeSH
- lidé MeSH
- masky MeSH
- ochrana veřejného zdraví * metody MeSH
- testování na COVID-19 metody normy MeSH
- vakcíny proti COVID-19 terapeutické užití MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
Východiska: Práce vychází z jednoho ze známých algoritmů kolektivního testování - metody skupinového testu sloučených vzorků - kterou experimentálně ověřujeme při povinném plošném screeningu pomocí POC antigenních testů v souvislosti s šířením nákazy COVID-19.Cíl: Verifikovat metodu a stanovit doporučení pro skupinové testování na kvalitativní stanovení přítomnosti antigenu viru SARS-CoV-2 prostřednictvím POC antigenních testů v rámci celoplošného screeningu.Metody: Experimentální pilotní studie s použitím POC testovacích sad pro kvalitativní detekci virových nukleoproteinových antigenů SARS-CoV-2 z přímých nazálních, nazofaryngeálních nebo orofaryngeálních výtěrů u vybrané populace doporučenou metodikou testování a metodikou kolektivního (skupinového) testování.Výsledky a diskuze: Porovnali jsme optimalizaci rozsahu kolektivně testované skupiny s citlivostí POC testovacích sad. Tato citlivost nedostačuje pro optimalizované rozsahy (okolo 10 vzorků) pro odhadovanou prevalenci mezi 1 % až 2 %, avšak citlivosti testovacích sad redukované optimální rozsahy (do pěti vzorků) nabízejí nezanedbatelnou úsporu. Závěry: Navrhujeme testovací protokol kolektivního testování pětičlenných skupin, které za předpokladu 1 % až 2 % prevalence poskytují faktor úspory materiálu 0,25-0,3.
Background: This paper is based on one of the algorithms of collective testing, the method of group screening, which we experimentally verify during mandatory screening using POC antigen tests in connection with the spread of COVID-19.Aim: To verify the model and make recommendations for collective testing for qualitative determination of SARS-CoV-2 antigen detection by POC antigen tests in the context of population-wide screening.Methods: POC antigen test kits for the qualitative detection of SARS-CoV-2 viral nucleoprotein antigens from direct nasal, nasopharyngeal, or oropharyngeal swabs in a selected population using recommended testing and collective (group) testing methodologies.Results and discussion: We compared the optimization of the size of the collectively tested group with the sensitivity of the POC test sets. This sensitivity is not sufficient for optimized size (around 10 samples) for an estimated prevalence between 1 % and 2 %, but even the size cut down by the test sensitivity (up to 5 samples) provides not negligible savings.Conclusions: We propose a test protocol for collective testing of five-member groups, which, assuming a 1 % to 2 % prevalence, provide a material saving factor of 0,25-0.3.
