BACKGROUND: Testing of pooled samples is an effective strategy for increasing testing capacity while saving resources and time. This study aimed to validate pooled testing and gather real-life data on its use for Covid-19 surveillance with a gargle lavage (GL) self-sampling strategy. METHODS: Two-stage pooled testing with pools of 6 and 12 samples was used for preventive testing of an asymptomatic population and Covid-19 surveillance in Czech schools. Both GL and nasopharyngeal swabs were used for sampling. RESULTS: In total, 61,111 samples were tested. The use of pooled testing for large-scale Covid-19 surveillance reduced consumable costs by almost 75% and increased testing capacity up to 3.8-fold compared to standard methods. RT-PCR experiments revealed a minimal loss of sensitivity (0-2.2%) when using pooled samples, enabling the detection of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) genes with Ct values >35. The minor loss of sensitivity was counterbalanced by a significantly increased throughput and the ability to substantially increase testing frequencies. CONCLUSIONS: Pooled testing is considerably more cost-effective and less time-consuming than standard testing for large-scale Covid-19 surveillance even when the prevalence of SARS-CoV-2 is fluctuating. Gargle lavage self-sampling is a non-invasive technique suitable for sample collection without a healthcare worker's assistance.

• MeSH
• COVID-19 * diagnóza   epidemiologie   MeSH
• lidé MeSH
• nazofarynx * virologie   MeSH
• odběr biologického vzorku * metody   MeSH
• SARS-CoV-2 * genetika   izolace a purifikace   MeSH
• senzitivita a specificita MeSH
• testování na COVID-19 průkazem nukleové kyseliny metody   MeSH
• testování na COVID-19 metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

• MeSH
• COVID-19 mikrobiologie   prevence a kontrola   MeSH
• interpretace statistických dat MeSH
• lidé MeSH
• odběr biologického vzorku metody   MeSH
• polymerázová řetězová reakce s reverzní transkripcí MeSH
• reprodukovatelnost výsledků MeSH
• testování na COVID-19 průkazem nukleové kyseliny * metody   MeSH
• testování na COVID-19 metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• přehledy MeSH

Onemocnění covid-19, způsobené koronavirem SARS-CoV-2, probíhá u dětí a dospívajících obvykle méně závažně oproti dospělým, nezřídka i zcela bezpříznakově. To může vést k podhodnocení celkového počtu nákaz SARS-CoV-2 v dětské populaci. Ukazatelem, který přesněji reflektuje prevalenci onemocnění, je detekce specifických anti-SARS-CoV-2 protilátek. Ve Fakultní Thomayerově nemocnici v Praze jsme provedli stanovení těchto protilátek jako markeru proběhlé infekce covid-19 u 200 dětí ve věku 0–18 let ve dvou časových úsecích s odstupem jednoho roku, v letech 2020 a 2021. Výsledky studie ukazují, že k podzimu 2021 prodělalo covid-19 minimálně 30 % studované dětské populace, z toho 30 % asymptomaticky, což představuje dvojnásobek kumulativního počtu hlášených nákaz u dětí. Výše protilátek záporně korelovala s odstupem od infekce a děti do mladšího školního věku měly vyšší hodnoty protilátek než děti starší 12 let. 84 % séropozitivních dětí mělo detekovatelnou virus specifickou T lymfocyty zprostředkovanou buněčnou odpověď, prokazující existenci buněčné imunologické paměti na SARS-CoV-2, a to až ve 12měsíčním odstupu od infekce a bez závislosti na výši anti-SARS-CoV-2 protilátek či na věku.

COVID-19 is caused by coronavirus SARS-CoV-2 (severe acute respiratory syndrome coronavirus 2). In a striking contrast to adults, children usually suffer mild, or even no symptoms of the COVID-19 disease. This likely results in underestimation of the overall incidence and prevalence of COVID-19 in paediatric population. A more accurate tool to determine the prevalence of COVID-19 is testing for specific anti-SARS- -CoV-2 antibodies. In Thomayer University Hospital in Prague, we screened 200 children aged 0–18 years for the presence of anti-SARS-CoV-2 antibodies in two separate phases, in 2020 and a year later in 2021. The results showed that by autumn 2021 at least 30% of the children had contracted SARS-CoV-2 infection, which is double the confirmed cumulative number of childhood infections, 30% of whom experienced no symptoms. The antibodies values negatively correlated with time from infection and were significantly lower in children over 12 years of age. 84% of seropositive children tested positive for virus-specific T lymphocyte-mediated immune response, confirming the post-infection establishment of cellular immune memory. The positivity was detectable as long as 12 months after infection and did not correlate with anti--SARS-CoV-2 antibodies titres or age.

• MeSH
• asymptomatické infekce MeSH
• COVID-19 diagnóza   epidemiologie   imunologie   krev   MeSH
• dítě MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• protilátky analýza   MeSH
• sérologické testování na COVID-19 * metody   MeSH
• testování na COVID-19 průkazem nukleové kyseliny MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH
• srovnávací studie MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

• Klíčová slova
• SARS-CoV-2 omikron,
• MeSH
• cesta šíření infekce MeSH
• COVID-19 * diagnóza   epidemiologie   virologie   MeSH
• imunita MeSH
• lidé MeSH
• SARS-CoV-2 patogenita   MeSH
• testování na COVID-19 průkazem nukleové kyseliny MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• Klíčová slova
• VIROSTOP,
• MeSH
• Cistus * MeSH
• COVID-19 diagnóza   terapie   MeSH
• dospělí MeSH
• infekce dýchací soustavy * epidemiologie   farmakoterapie   MeSH
• lidé MeSH
• polyfenoly terapeutické užití   MeSH
• retrospektivní studie MeSH
• rostlinné extrakty terapeutické užití   MeSH
• testování na COVID-19 průkazem nukleové kyseliny metody   MeSH
• výsledek terapie MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé MeSH

BACKGROUND AND AIMS: COVID-19 pandemic has impacted on all endoscopy centers in the Czech Republic, that belongs to the most affected countries in the world. The aim of our study was to analyze all procedures following routine RT-PCR testing in our tertiary center during the peak of the pandemic. METHODS: We retrospectively analyzed all procedures performed from October 2020 to January 2021 after a new RT-PCR center had been set up. Main outcomes were type of scheduled procedure, indication, rate of therapeutic interventions and rate of new relevant and malignant findings. Comparison to the same period before the pandemic and SARS-CoV-2 infection in endoscopy staff are also reported. RESULTS: A total of 1,953 procedures were performed. 624 patients were referred with a negative RT-PCR test and the remaining 1,346 patients were tested in the new center. 1,293 negative tests led to 1,329 procedures. A new relevant finding was reported in 589 (44.3%), including new malignancy in 56 (4.2%). 53 patients tested positive (3.9%). There was a reduction by 9% in the number of all procedures compared to the same period before the pandemic and an increase in the number of screening colonoscopies and ERCP procedures. In the study period, 9 of 54 staff members contracted SARS-CoV-2 infection. CONCLUSIONS: Routine RT-PCR testing of patients scheduled for elective endoscopy during the peak of COVID-19 pandemic enabled us to essentially maintain our unit productivity, including activities such as screening colonoscopy, endoscopic resection and pancreatobiliary endoscopy.

• MeSH
• centra terciární péče MeSH
• COVID-19 * diagnóza   MeSH
• diagnostické testy rutinní MeSH
• gastrointestinální endoskopie * MeSH
• lidé MeSH
• pandemie * MeSH
• polymerázová řetězová reakce s reverzní transkripcí * MeSH
• retrospektivní studie MeSH
• testování na COVID-19 průkazem nukleové kyseliny MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

Stanovisko laboratorní skupiny Ministerstva zdravotnictví ČR k poolování vzorků při testování metodou RT-PCR na Covid-19. Určeno pro odbornou veřejnost.

• MeSH
• COVID-19 diagnóza   MeSH
• klinické laboratorní techniky MeSH
• testování na COVID-19 průkazem nukleové kyseliny MeSH
• Publikační typ
• směrnice MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• infekční lékařství
• hygiena

• MeSH
• COVID-19 diagnóza   virologie   MeSH
• design vybavení MeSH
• lidé MeSH
• point of care testing MeSH
• RNA virová analýza   genetika   MeSH
• SARS-CoV-2 genetika   izolace a purifikace   MeSH
• techniky amplifikace nukleových kyselin přístrojové vybavení   MeSH
• testování na COVID-19 průkazem nukleové kyseliny přístrojové vybavení   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• úvodníky MeSH

• MeSH
• mutace MeSH
• RNA MeSH
• SARS-CoV-2 * genetika   klasifikace   patogenita   MeSH
• testování na COVID-19 průkazem nukleové kyseliny metody   přístrojové vybavení   MeSH

• MeSH
• lidé MeSH
• SARS-CoV-2 MeSH
• testování na COVID-19 průkazem nukleové kyseliny * přístrojové vybavení   statistika a číselné údaje   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH