Cíl: Zaměřili jsme se na stanovení prevalence infekce SARS-CoV-2 se symptomatickým nebo asymptomatickým průběhem a na identifikaci prediktorů symptomatické nebo asymptomatické infekce SARS-CoV-2 u pacientů během sedmi měsíců následujících po transplantaci alogenních hematopoetických kmenových buněk (alo-HSCT) v období cirkulace varianty omikron. Metody: Prevalence proběhlé infekce SARS-CoV-2 byla detekována u pacientů během sedmi měsíců po allo-HSCT v omikronovém období pomocí buněčné a humorální imunitní odpovědi proti nukleoproteinu SARS-CoV-2 (NCP). Výsledky: Pozitivní markery prodělané infekce byly identifikovány u 45,2 % pacientů (n = 42). Infekce byla asymptomatická u 68,4 % pacientů s anti-NCP pozitivitou. Hledání rizikových faktorů pro symptomatickou infekci SARS-CoV-2 u příjemců alo-HSCT odhalilo, že nízká úroveň rekonstituce B buněk byla jediným signifikantně souvisejícím rizikovým faktorem. Závěr: Vysoký podíl příjemců alo-HSCT, kteří byli asymptomaticky infikováni do sedmi měsíců po transplantaci v letech 2022–2023, přestože byli imunokompromitovaní a neočkovaní, ukazuje na oslabení cirkulujícího viru a může signalizovat pro pacienty po transplantaci menší riziko onemocnění SARS-CoV-2 v omikronovém období. Ukázalo se, že očkování těchto pacientů proti SARS- -CoV-2 je spojeno s nízkým, ale významným rizikem exacerbace vyléčené chronické reakce štěpu proti hostiteli (GVHD – Graft Versus Host Disease) a s rizikem de novo GVHD. Nízká úroveň rekonstituce B-buněk byla jediným významným rizikovým faktorem pro symptomatickou infekci SARS-CoV-2 u příjemců alo-HSCT.

Aim: We aimed to determine the prevalence of SARS-CoV-2 infection, including both symptomatic and asymptomatic courses, and to identify predictors of asymptomatic or symptomatic SARS-CoV-2 infection in patients within seven months after allo-HSCT (allogenic hematopoietic stem cell transplantation) in the Omicron period. Methods: Prevalence of the past SARS-CoV-2 infection was determined in patients within seven months after allo-HSCT in the Omicron period using the cellular and humoral immune response against the SARS-CoV-2 nucleoprotein (NCP). Results: Positive markers of past infection were identified in 45.2% of patients (n = 42). The infection was asymptomatic in 68.4% of anti-NCP positive patients. The search for risk factors for symptomatic SARS-CoV-2 infection in allo-HSCT recipients revealed that a low level of B cell reconstitution was the only significantly associated risk factor. Conclusion: A high proportion of allo-HSCT recipients who were asymptomatically infected within up to seven months after transplantation from 2022 to 2023 despite being immunosuppressed and unvaccinated indicates an attenuation of the circulating virus and may signal less risk for transplanted patients from SARS-CoV-2 infection in the Omicron period. Vaccination of these patients against SARS-CoV-2 was shown to be associated with a low but significant risk of exacerbation of cured chronic GVHD (graft versus host disease) and the risk of de novo GVHD. The low level of B-cell reconstitution was the only significant risk factor for symptomatic SARS-CoV-2 infection in HSCT recipients.

• Klíčová slova
• Omikron,
• MeSH
• asymptomatické infekce * epidemiologie   MeSH
• B-lymfocyty imunologie   mikrobiologie   transplantace   MeSH
• COVID-19 * komplikace   mikrobiologie   MeSH
• homologní transplantace MeSH
• kohortové studie MeSH
• lidé MeSH
• nemoc štěpu proti hostiteli etiologie   imunologie   MeSH
• rizikové faktory MeSH
• SARS-CoV-2 patogenita   MeSH
• transplantace hematopoetických kmenových buněk * MeSH
• vakcíny proti COVID-19 škodlivé účinky   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

Krátce po prvním oficiálním oznámení Světové zdravotnické organizace byl v Liberci odhalen a potvrzen první český případ nákazy COVID-19 způsobené variantou SARS-CoV-2 omikron. Zároveň se jednalo o jeden z prvních zachycených evropských případů. Za méně než 24 hodin od ohlášení suspekce praktickým lékařem, bezodkladně reagujícího na první informaci o existenci nové varianty koronaviru ve sdělovacích prostředcích, byla tato varianta potvrzena sekvenací, kterou byla laboratoř schopna provést ihned po vyžádání. To umožnilo okamžité trasování kontaktů, při němž bylo vyšetřeno a izolováno jedenáct osob. Jedna z nich byla testována pozitivně, šíření viru bylo izolací zastaveno. Případ mimo jiné ukazuje na snadné šíření viru SARS-CoV-2 na dlouhé vzdálenosti.

Shortly after the WHO's first notice a suspected case of omicron SARS-CoV-2 was reported in Liberec, Czech Republic. The primary goal of the following actions was to test the presence of the variant and stop the spread of the virus variant. On November 25 a sixty-year-old lady, who had recently returned from Namibia, visited a GP with flu-like symptoms and a rash on her chest. The antigen test was positive for SARS-CoV-2, a PCR test was planned. At that time, it was not known that a new variant of concern was spreading from Africa. On November 26 in the morning the GP announced a suspected omicron case to the Regional public health authority, who organized the following steps. A mobile sampling team was sent to the patient's home immediately, sample transported into the regional hospital and analyzed with the help of the national reference laboratory. The captured virus SARS-CoV-2 fitted the description of the omicron variant, was shared in the GISAID database and named hCoV-19/Czech Republic/KNL_2021-110119140/2021. Contact tracing was started immediately, eleven persons were tested and quarantined. One of them positive with no further spread. It is the first documented omicron case in the Czech Republic and one of the first cases in Europe, with an excellent systemic response to the alert. The laboratory was able to detect the omicron variant instantly after the request. This case also demonstrates how easily the virus spreads on long distances and how important it might be to increase the uptake of the booster vaccine.

• Klíčová slova
• SARS-CoV-2 omikron,
• MeSH
• COVID-19 * diagnóza   přenos   MeSH
• hlášení nemocí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• testování na COVID-19 MeSH
• trasování kontaktů * MeSH
• Check Tag
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• kazuistiky MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

Cíl: Určit senzitivitu a specificitu testu ID-NOW™ (Abbott) v diagnostice covid-19, která je založena na detekci genu SARS-CoV-2 technologií izotermální amplifikace. Metody: Celkem 303 jedinců podstoupilo dva výtěry z nosohltanu a jeden výtěr z orofaryngu pro možnost paralelního vyšetření metodou ID-NOW™ a PCR (Allplex™ SARS-CoV-2 Assay). Podskupina 107 jedinců navštívila veřejné odběrové místo pro covid-19 ve Fakultní nemocnici v Motole v době dominance varianty delta, ostatní byli vyšetřeni cestou Oddělení urgentního příjmu dospělých v období dominance varianty omikron. Výsledky: Z 297 validních vzorků bylo 43 nalezeno pozitivních metodou PCR a 33 pozitivních metodou ID-NOW™ (senzitivita 76,74 %; 95% CI 61,37 až 88,24 %). Naopak ID-NOW™ zachytilo 3 vzorky jako pozitivní, ale pozitivita nebyla pomocí PCR potvrzena (specifita 98,82 %; 95% CI 96,59 až 99,76 %). Významný nárůst senzitivity až na hodnotu 100 % je pozorován při testování vzorků s vyšší virovou náloží (s hodnotou prahového cyklu PCR pod 30 či získaných od pacientů s příznaky onemocnění covid-19). Varianta delta ani omikron nemá na citlivost metody významný vliv. Závěr: ID-NOW™ je díky své kompaktnosti a rychlosti vyšetření vhodný diagnostický nástroj pro okamžité stanovení infekčnosti pacienta. V případě, že pacient pociťuje příznaky covid-19, je vhodné provést i přes negativní výsledek ID-NOW™ klasické PCR vyšetření SARS-CoV-2.

Objective: To determine the sensitivity and specificity of the Abbott ID-NOW™ test in the diagnosis of COVID-19. The test is based on the detection of the SARS-CoV-2 gene by isothermal amplification technology. Methods: From 303 individuals, two nasopharyngeal swabs and one oropharyngeal swab were collected to be tested in parallel by the ID-NOW™ test and PCR test (Allplex™ SARS-CoV-2 Assay). A subgroup of 107 individuals presented to the public collection point for covid-19 at the Motol University Hospital during the dominance of the Delta variant, and the others were tested via the Adult Emergency Admission Department during the dominance of the Omicron variant. Results: Of 297 valid samples, 43 were positive by the PCR assay and 33 were positive by the ID-NOW™ test (sensitivity 76.74%; 95% CI 61.37 to 88.24%). ID-NOW™ detected three samples as positive, but the positivity was not confirmed by PCR (specificity 98.82%; 95% CI 96.59 to 99.76%). A significant increase in sensitivity up to 100% is observed for samples with a higher viral load (with a PCR threshold cycle value below 30 or from patients with symptoms of COVID-19). The Delta or Omicron variant has no significant effect on the sensitivity of the test. Conclusion: Due to its ease of use and speed of result, ID-NOW™ is a suitable diagnostic tool for prompt assessment of a patient’s infectivity. If, despite the negative ID-NOW™ result, the patient has symptoms of COVID-19, it is advised to perform a classic PCR test for SARS-CoV-2.

• Klíčová slova
• ID-NOW,
• MeSH
• COVID-19 diagnóza   MeSH
• klinická studie jako téma MeSH
• lidé MeSH
• point of care testing MeSH
• SARS-CoV-2 izolace a purifikace   MeSH
• senzitivita a specificita MeSH
• testování na COVID-19 * metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

Cíl: Cílem studie bylo analyzovat epidemiologii a klinický průběh syndromu multisystémové zánětlivé odpovědi spojeného s infekcí SARS-CoV-2 u dětí a mladistvých (paediatric inflammatory multisystem syndrome temporally associated with SARS-CoV-2, PIMS-TS) v České republice (ČR). Metody: Do retrospektivně-prospektivní observační celonárodní studie byli zařazeni pacienti s PIMS-TS dle diagnostických kritérií Světové zdravotnické organizace, kteří byli hospitalizováni v ČR v období od 1. 11. 2020 do 31. 5. 2021. Anonymizovaná data těchto pacientů (demografické a klinické údaje) byla získána z lékařských zpráv. Některá data z výše uvedeného sledovaného období byla následně porovnána s výsledky menšího souboru pacientů z další pandemické vlny. Druhá fáze observační celonárodní studie navazovala v období od 1. 6. 2021 do 31. 3. 2022, které bylo charakterizováno převažujícími variantami viru delta a následně omikron. Výsledky: Od 1. 11. 2020 do 31. 5. 2021 bylo na území ČR diagnostikováno 207 pacientů s PIMS-TS. V pediatrické populaci (0–19 let) byla incidence 1 : 10 100 obecné populace, resp. 1 : 1127 ve skupině pozitivně testovaných jedinců. Při následné ambulantní kontrole měli všichni pacienti normální srdeční funkci, pouze u dvou (1,2 %) přetrvávala dilatace koronární tepny. V období 1. 6. 2021 až 31. 3. 2022 byl PIMS-TS diagnostikován u dalších 222 dětí. Zatímco při převažující variantě delta byl výskyt PIMS-TS vysoký, ve fázi převažující varianty omikron poklesl ve vztahu k počtu pozitivně testovaných na čtvrtinu. Celkově tedy onemocnělo 429 dětí, nebyly zjištěny žádné případy úmrtí. Závěry: Nízký výskyt závažných průběhů nemoci a nulovou mortalitu u PIMS-TS lze vysvětlit edukací pediatrů v celé ČR a sjednocením diagnostických a terapeutických postupů s časným podáním kombinované imunosupresivní terapie.

Objective: The aim of this study was to analyse epidemiology and clinical course of paediatric inflammatory multisystem syndrome temporally associated with SARS-CoV-2 (PIMS-TS) in the Czech Republic. Methods: We performed a retrospective-prospective nationwide observational study based on patients hospitalised with PIMS-TS according to World Health Organization definition and who were admitted to a hospital in the Czech Republic between November 1st, 2020, and May 31st, 2021. The anonymised data of patients (demographic and clinical data) were obtained from their medical records. Some of the data from the above-mentioned study period were compared with the results of a smaller set of patients from the next pandemic wave. The second nationwide observation period followed from June 1st, 2021, to March 31st, 2022. This period was characterized by prevailing delta and subsequently omicron variants. Results: Between November 1st, 2020 and May 31st, 2021, the total number of diagnosed patients with PIMS-TS in the Czech Republic was 207. The overall incidence was 1:10,100 of the paediatric population aged 0–19 years; and 1:1,127 out of all children who tested positive for SARS-CoV-2, respectively. During follow-up, only two patients (1.2%) had persistent coronary artery dilation, all patients had normal cardiac function. Between June 1st, 2021 and March 31st, 2022, PIMS-TS was diagnosed in additional 222 children. Whereas PIMS-TS was frequent during the prevailing delta variant, the predominating omicron variant led to its decline to one fourth in relation to numbers of those tested positively for SARS-CoV-2. The total number of children affected by PIMS-TS reached 429, with no reported fatalities. Conclusion: Above expectation outcome with no death could be explained by awareness campaigns and national guidelines with early use of combined immunosuppressive treatment.

• MeSH
• COVID-19 * komplikace   MeSH
• dítě MeSH
• epidemiologické studie MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• retrospektivní studie MeSH
• syndrom systémové zánětlivé reakce * epidemiologie   komplikace   terapie   MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

• Klíčová slova
• SARS-CoV-2 omikron,
• MeSH
• COVID-19 prevence a kontrola   virologie   MeSH
• dítě * MeSH
• lidé MeSH
• SARS-CoV-2 patogenita   MeSH
• vakcinace * MeSH
• Check Tag
• dítě * MeSH
• lidé MeSH

• Klíčová slova
• SARS-CoV-2 omikron,
• MeSH
• cesta šíření infekce MeSH
• COVID-19 * diagnóza   epidemiologie   virologie   MeSH
• imunita MeSH
• lidé MeSH
• SARS-CoV-2 patogenita   MeSH
• testování na COVID-19 průkazem nukleové kyseliny MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• Klíčová slova
• Omikron,
• MeSH
• COVID-19 * patologie   prevence a kontrola   MeSH
• karanténa MeSH
• kontrola infekčních nemocí metody   MeSH
• lidé MeSH
• SARS-CoV-2 MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• MeSH
• COVID-19 * epidemiologie   prevence a kontrola   MeSH
• hospitalizace statistika a číselné údaje   MeSH
• jednotky intenzivní péče statistika a číselné údaje   MeSH
• lidé MeSH
• vakcinace * statistika a číselné údaje   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

• Klíčová slova
• SARS-CoV-2 omikron,
• MeSH
• antikoagulancia terapeutické užití   MeSH
• antivirové látky terapeutické užití   MeSH
• COVID-19 * prevence a kontrola   terapie   MeSH
• dexamethason terapeutické užití   MeSH
• kongresy jako téma MeSH
• lidé MeSH
• oxygenoterapie MeSH
• vakcíny proti COVID-19 imunologie   terapeutické užití   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• novinové články MeSH

• Klíčová slova
• SARS-CoV-2 omikron,
• MeSH
• COVID-19 * genetika   přenos   MeSH
• genom virový MeSH
• lidé MeSH
• mutace genetika   MeSH
• SARS-CoV-2 genetika   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH