Early identification of infectious agents is still an unmet need in microbiological diagnostics especially for patients with life threatening infections. Downside of standard culture based methods is their inherent time delay; in addition they may fail in fastidious organisms or in a patient on antibiotic therapy. The aim of the project is to evaluate usefulness of the latest molecular genetic methods where one expects they solve the drawbacks of cultivation in emergency situations. We will focus on diagnostics of bloodstream infections in high risk haematooncological patients and on identification of causes of infective endocarditis, frequently culture negative. We will utilize a cutting edge technology of electrospray ionization-mass spectrometry (ESI-MS). Microorganism identification via pathogen-specific PCR will be applied to other clinically serious situations in paediatrics where culture diagnostics is suboptimal: pneumococcal pneumonia, herpesviral encephalitis and re-emerging pertussis. Detection will be carried out in a closed system with DNA extraction and real time PCR.

Požadavek časné identifikace infekčních agens zůstává v mikrobiologické diagnostice výzvou zvláště u pacientů, jež infekce ohrožuje na životě. Standardní postupy založené na kultivaci jsou zatíženy časovou prodlevou, navíc mohou selhat u obtížně kultivovatelných agens či u pacienta na antibiotické léčbě. Cílem projektu je zhodnotit úspěšnost nejnovějších molekulárně genetických metod, u nichž se předpokládá, že řeší nedostatky kultivace v klinicky vypjatých situacích. Zaměříme se na diagnostiku infekcí krevního řečiště u vysoce rizikových hematoonkologických pacientů a na identifikaci původců infekční endokarditidy, kultivačně často negativní. K tomu využijeme nejnovějšího postupu kombinace hmotnostní spektrometrie a ionizace produktů PCR elektrosprejem (ESI-MS). Identifikaci mikroorganismu cestou patogen-specifického PCR zvolíme pro další klinicky významné situace v pediatrii, kde je kultivační diagnostika suboptimální: pneumokoková pneumonie, herpesvirová encefalitis a znovu se objevující pertuse. Detekce bude probíhat v uzavřeném systému s extrakcí DNA a PCR v reálném čase.

Timely detection of microbial agens that cause serious infections by using the latest molecular microbiological technologies

Doba řešení: 2015-2018

Obsahuje literaturu