Prevence vzniku nádorů u nosičů dědičných alterací nádorových predispozičních genů vyžaduje jasnou identifikaci zodpovědných patogenních mutací. Při analýze nádorové predispozice je odhalena řada variant s nejasným významem (VUS) komplikujících klinickou interpretaci výsledků. Pokud VUS postihují proces sestřihu transkriptu příslušného genu, lze je považovat za patogenní. V projektu se zaměříme na vyhodnocení změn sestřihového vzorce mRNA transkriptů u nosičů dědičných variant genů predisponujících ke vzniku dědičné formy karcinomu (ca) prsu a ovarií (CHEK2, PALB2, NBN, TP53, RAD51C/D, MLH1, MSH2/6, BRIP1). Nejprve provedeme identifikaci jejich sestřihových variant v normálních tkáních (leukocyty, mamární a tuková tkáň) zdravých osob bez přítomnosti dědičných variant pomocí multiplexní PCR (mPCR) umožňující amplifikaci všech sestřihových oblastí s následnou charakterizací sekvenovánín nové generace (NGS). Vyšetření RNA od nosičů VUS umožní kvalitativně (fragmentační a mPCR/NGS analýza) i kvantitativně (qPCR) identifikovat VUS způsobující změny sestřihového vzorce příslušného genu.; Clinical management that enables efficient cancer prevention in carriers of germ-line alterations in cancer susceptibility genes requires and unequivocal characterization of the pathogenic mutation. Current cancer predisposition analyses reveal many variants of unknown clinical significance (VUS) which complicate the clinical interpretation of results. The VUS that change splicing of corresponding gene product may be considered as pathogenic. Our project aims to identify splicing alterations in carriers of VUS in genes predisposing to breast and ovarian cancer (CHEK2, PALB2, NBN, TP53, RAD51C/D, MLH1, MSH2/6, BRIP1). First, we aim to perform a comprehensive characterization of naturally occurring splicing variants of analyzed genes in normal lymphocytes, mammary and adipose tissues from non-cancer individuals using multiplex (m)PCR/next generation sequencing (NGS) analysis. Subsequently, the analyses of RNA from carriers of VUS will enable to characterize the qualitative (fragment analysis, mPCR/NGS) and quantitative (qPCR) changes in splicing pattern of corresponding genes.

Classification of variants of unknown significance in cancer susceptibility genes by the multiplex PCR/NGS-based analysis of their impact on pre-mRNA splicing

Doba řešení: 2018-2021

Obsahuje literaturu