Doporučené postupy klinické péče o nosiče patogenních variant v klinicky relevantních genech predisponujících ke vzniku Lynchova syndromu a karcinomu kolorekta definují kroky primární a sekundární prevence, která by měla být osobám ve vysokém riziku vzniku dědičných nádorů v ČR poskytnuta. Tvorba doporučených postupů byla organizována pracovní skupinou onkogenetiky Společnosti lékařské genetiky a genomiky při České lékařské společnosti J. E. Purkyně ve spolupráci se zástupci onkologie, onkogynekologie a gastroenterologie. Doporučené postupy vycházejí z aktuálních doporučení National Comprehensive Cancer Network (NCCN), Evropské společnosti pro klinickou onkologii (ESMO) a zohledňují kapacitní možnosti našeho zdravotnictví.

The guidelines for clinical practice for carriers of pathogenic variants in clinically relevant genes predisposing to Lynch syndrome and colorectal cancer define the steps of primary and secondary prevention that should be provided to the individuals at high risk of developing hereditary cancer in the Czech Republic. The drafting of the guidelines was organized by the Oncogenetics Working Group of the Society for Medical Genetics and Genomics of J. E. Purkyně Czech Medical Society, in cooperation with representatives of oncology, oncogynecology, and gastroenterology. The guidelines are based on the current recommendations of the National Comprehensive Cancer Network (NCCN), European Society of Medical Oncology (ESMO) and take into account the capacity of the Czech healthcare system.

• MeSH
• adhezní molekula epiteliálních buněk genetika   MeSH
• dědičné nepolypózní kolorektální nádory genetika   MeSH
• genetická predispozice k nemoci * genetika   MeSH
• kolorektální nádory * genetika   MeSH
• mismatch repair endonukleáza PMS2 genetika   MeSH
• MutL homolog 1 genetika   MeSH
• směrnice pro lékařskou praxi jako téma MeSH
• zárodečné mutace genetika   MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH
• přehledy MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

BACKGROUND: Genetic variations in a common single nucleotide polymorphism in the ninth intron of the KIBRA gene have been linked to memory performance and risk of Alzheimer's disease (AD). OBJECTIVE: We examined the risk of AD related to presence of KIBRA T allele (versus CC homozygote) and to memory performance. The role of established genetic risk factors APOE ε4 and BDNF Met was also considered. METHODS: Participants were cognitively healthy individuals (n = 19), participants with amnestic mild cognitive impairment (aMCI) due to AD (n = 99) and AD dementia (n = 37) from the Czech Brain Aging Study. Binary and multinomial logistic regressions compared odds of belonging to a certain diagnostic category and multivariate linear regressions assessed associations with memory. RESULTS: KIBRA T allele was associated with increased AD dementia risk (odds ratio [OR] = 5.98, p = 0.012) compared to KIBRA CC genotype. In APOE ε4 negative individuals, KIBRA T allele was associated with a greater risk of both aMCI due to AD (OR = 6.68, p = 0.038) and AD dementia (OR = 15.75, p = 0.009). In BDNF Met positive individuals, the KIBRA T allele was associated with a greater risk of AD dementia (OR = 10.98, p = 0.050). In AD dementia, the association between KIBRA T allele and better memory performance approached significance (β = 0.42; p = 0.062). The link between possessing the KIBRA T allele and better memory reached statistical significance only among BDNF Met carriers (β = 1.21, p = 0.027). CONCLUSIONS: Findings suggest that KIBRA T allele may not fully protect against AD dementia but could potentially delay progression of post-diagnosis cognitive deficits.

• MeSH
• alely MeSH
• Alzheimerova nemoc * genetika   MeSH
• apolipoprotein E4 genetika   MeSH
• genetická predispozice k nemoci genetika   MeSH
• genotyp MeSH
• intracelulární signální peptidy a proteiny genetika   MeSH
• jednonukleotidový polymorfismus * genetika   MeSH
• kognitivní dysfunkce * genetika   MeSH
• lidé MeSH
• mozkový neurotrofický faktor genetika   MeSH
• neuropsychologické testy MeSH
• paměť fyziologie   MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

BACKGROUND: Despite considerable heritability, previous smaller genome-wide association studies (GWASs) have not identified any robust genetic risk factors for isolated dystonia. OBJECTIVE: The objective of this study was to perform a large-scale GWAS in a well-characterized, multicenter sample of >6000 individuals to identify genetic risk factors for isolated dystonia. METHODS: Array-based GWASs were performed on autosomes for 4303 dystonia participants and 2362 healthy control subjects of European ancestry with subgroup analysis based on age at onset, affected body regions, and a newly developed clinical score. Another 736 individuals were used for validation. RESULTS: This GWAS identified no common genome-wide significant loci that could be replicated despite sufficient power to detect meaningful effects. Power analyses imply that the effects of individual variants are likely very small. CONCLUSIONS: Moderate single-nucleotide polymorphism-based heritability indicates that common variants do not contribute to isolated dystonia in this cohort. Sequence-based GWASs (eg, by whole-genome sequencing) might help to better understand the genetic basis. © 2024 The Author(s). Movement Disorders published by Wiley Periodicals LLC on behalf of International Parkinson and Movement Disorder Society.

• MeSH
• celogenomová asociační studie * MeSH
• dospělí MeSH
• dystonické poruchy genetika   MeSH
• dystonie * genetika   MeSH
• genetická predispozice k nemoci * genetika   MeSH
• jednonukleotidový polymorfismus * genetika   MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• rizikové faktory MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• multicentrická studie MeSH

V roce 2009 se metoda masivního paralelního sekvenování (NGS) prokázala jako velmi účinný nástroj při identifikaci variant, které souvisí s mnoha neurodegenerativními nemocemi. Množství genetických dat mělo významný dopad na klinickou diagnózu a zároveň významně přispělo k objevu molekulárních mechanismů, které jsou základem těchto onemocnění. Nicméně objasnění rolí nalezených variant identifikovaných NGS, a zejména variant nejasného významu (VUS), je náročné a je zcela klíčová spolupráce genetika, neurologa a neuropatologa. Vytvoření konsenzuálních postupů a vývoj veřejných genomických/fenotypových databází jsou proto zásadní pro usnadnění sdílení a ověřování údajů. Práce poskytuje systematický přehled nejčastějších mutací u neuropatologicky diagnostikovaných pacientů s neurodegenerativním onemocněním a shrnuje techniky genetické diagnostiky a význam bioinformatiky při interpretaci výsledků neurodegenerativních onemocnění na příkladu 5 zajímavých kazuistik.

In 2009, next-generation sequencing (NGS) proved to be a very powerful tool in identifying variants associated with many neurodegenerative diseases. Whole-exome sequencing and whole-genome sequencing are effective for identifying variants in new or unexpected genes responsible for inherited diseases, while targeted sequen­cing is useful in detecting variants in previously known disease-associated genes. The wealth of genetic data provided by NGS has had a significant impact on clinical diagnoses while contributing to these discoveries of the molecular mechanisms underlying disease. However, eluciding the roles of the found variants identified by NGS, and especially the variants of unclear significance (VUS), is challenging and the cooperation of a geneticist, a neurologist and a neuropathologist is absolutely key. The establishment of consensus guidelines and the development of public genomic/phenotypic databases are therefore essential to facilitate data sharing and validation. In this review article, we will provide a systematic overview of the most frequent mutations in neuropathologically diagnosed patients with neurodegenerative diseases and summarize genetic diagnostic techniques and the importance of bioinformatics in the interpretation of neurodegenerative disease results.

• MeSH
• Alzheimerova nemoc diagnóza   genetika   patologie   MeSH
• amyotrofická laterální skleróza diagnóza   genetika   patologie   MeSH
• Creutzfeldtova-Jakobova nemoc diagnóza   genetika   patologie   MeSH
• diagnostické techniky molekulární MeSH
• frontotemporální lobární degenerace diagnóza   genetika   patologie   MeSH
• genetická predispozice k nemoci genetika   MeSH
• genetické testování metody   MeSH
• Gerstmannova-Strausslerova-Scheinkerova nemoc diagnóza   genetika   patologie   MeSH
• lidé MeSH
• neurodegenerativní nemoci * diagnóza   genetika   patologie   MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• kazuistiky MeSH

INTRODUCTION: Dementia is a multifactorial disease with Alzheimer's disease (AD) and vascular dementia (VaD) pathologies making the largest contributions. Yet, most genome-wide association studies (GWAS) focus on AD. METHODS: We conducted a GWAS of all-cause dementia (ACD) and examined the genetic overlap with VaD. Our dataset includes 800,597 individuals, with 46,902 and 8702 cases of ACD and VaD, respectively. Known AD loci for ACD and VaD were replicated. Bioinformatic analyses prioritized genes that are likely functionally relevant and shared with closely related traits and risk factors. RESULTS: For ACD, novel loci identified were associated with energy transport (SEMA4D), neuronal excitability (ANO3), amyloid deposition in the brain (RBFOX1), and magnetic resonance imaging markers of small vessel disease (SVD; HBEGF). Novel VaD loci were associated with hypertension, diabetes, and neuron maintenance (SPRY2, FOXA2, AJAP1, and PSMA3). DISCUSSION: Our study identified genetic risks underlying ACD, demonstrating overlap with neurodegenerative processes, vascular risk factors, and cerebral SVD. HIGHLIGHTS: We conducted the largest genome-wide association study of all-cause dementia (ACD) and vascular dementia (VaD). Known genetic variants associated with AD were replicated for ACD and VaD. Functional analyses identified novel loci for ACD and VaD. Genetic risks of ACD overlapped with neurodegeneration, vascular risk factors, and cerebral small vessel disease.

• MeSH
• Alzheimerova nemoc genetika   MeSH
• celogenomová asociační studie * MeSH
• demence genetika   MeSH
• genetická predispozice k nemoci genetika   MeSH
• lidé MeSH
• rizikové faktory MeSH
• vaskulární demence * genetika   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• metaanalýza MeSH

• MeSH
• celogenomová asociační studie MeSH
• duševní poruchy * genetika   MeSH
• fenotyp * MeSH
• genetická predispozice k nemoci genetika   MeSH
• lidé MeSH
• multifaktoriální dědičnost * genetika   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• úvodníky MeSH

Germline CHEK2 pathogenic variants confer an increased risk of female breast cancer (FBC). Here we describe a recurrent germline intronic variant c.1009-118_1009-87delinsC, which showed a splice acceptor shift in RNA analysis, introducing a premature stop codon (p.Tyr337PhefsTer37). The variant was found in 21/10,204 (0.21%) Czech FBC patients compared to 1/3250 (0.03%) controls (p = 0.04) and in 4/3639 (0.11%) FBC patients from an independent German dataset. In addition, we found this variant in 5/2966 (0.17%) Czech (but none of the 443 German) ovarian cancer patients, three of whom developed early-onset tumors. Based on these observations, we classified this variant as likely pathogenic.

• MeSH
• checkpoint kinasa 2 * genetika   MeSH
• dospělí MeSH
• genetická predispozice k nemoci * genetika   MeSH
• introny * genetika   MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• nádory prsu * genetika   MeSH
• nádory vaječníků genetika   MeSH
• prekurzory RNA genetika   MeSH
• sestřih RNA * genetika   MeSH
• zárodečné mutace * MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH
• Německo MeSH

BACKGROUND: Glutathione S-transferases (GSTs) play important roles in protecting cells against oxidative stress and toxic chemicals. This study aimed to investigate the distribution of GSTM1, GSTT1, and GSTP1 variants and their roles in periodontitis susceptibility in a Caucasian population. METHODS: We analyzed 406 participants, including 204 healthy controls and 203 periodontitis patients. A multiplex polymerase chain reaction (PCR) approach was used to analyze GSTM1 and GSTT1 loci. GSTP1 variants were detected by PCR-haplotyping method in a subgroup of participants (N = 350). Chi-square or Fisher ́s exact tests were used to compare genotypic and allelic differences. The Bonferroni method was applied to correct for multiple comparisons (pcorr). RESULTS: The GSTM1 genotype distribution did not differ significantly between controls and periodontitis patients (p = 0.44). Additionally, the wild/null genotypes of GSTT1, Ile105Val and Ala114Val frequencies of GSTP1 were not significantly different between the two groups after correction for multiple comparisons (p = 0.05, p = 0.55, p = 0.02, pcorr>0.05, respectively). The GSTM1 and GSTP1 Ile105Val gene variants were similarly distributed between non-smokers and smokers in both groups (p = 0.38, p = 0.20, and p = 0.14, p = 0.35, respectively). However, the wild genotype of the GSTT1 and Ala114Ala variant of the GSTP1 genes were present more frequently in non-smoking periodontitis patients than in non-smoking controls (p = 0.03, pcorr>0.05, and p = 0.009, pcorr>0.05, respectively) although their frequencies did not differ between smoking periodontitis patients and smoking controls (p = 0.23, p = 0.68, respectively). CONCLUSIONS: This study in a Czech Caucasian population did not confirm a highly significant association between GST gene variants and susceptibility to periodontitis, as previously reported by Arshad and colleagues in Pakistanis. However, a weak relationship between GSTT1 and GSTP1 rs1138272 polymorphisms and periodontitis in non-smokers was observed.

• MeSH
• genetická predispozice k nemoci * genetika   MeSH
• genotyp MeSH
• glutathiontransferasa * genetika   MeSH
• lidé MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• rizikové faktory MeSH
• studie případů a kontrol MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

Tento článek syntetizuje poznatky z různých epidemiologických a genetických studií s cílem objasnit komplexní interakce mezi hladinami lipoproteinu(a)/Lp(a), velikostí izoforem Lp(a) a rizikem vzniku diabetes mellitus. Pochopení těchto asociací je zásadní pro vývoj cílených intervencí k řízení a potenciálnímu zmírnění kardiovaskulárních rizik spojených s tímto onemocněním. Epidemiologické studie naznačují inverzní vztah mezi koncentracemi Lp(a) a rizikem vzniku diabetes mellitus 2. typu (DM2T), což zdůrazňuje potenciál Lp(a) jako markeru pro identifikaci jedinců s vysokým rizikem. Genetické studie, zejména studie zkoumající varianty kringle IV typu 2 (KIV-2), naznačují, že větší izoformy spojené s nižšími hladinami Lp(a) mohou zvyšovat riziko DM2T. Patofyziologické mechanizmy, jako jsou aterogenní vlastnosti, prozánětlivé účinky, inzulinová rezistence a endoteliální dysfunkce, spojují Lp(a) s kardiovaskulárními i metabolickými riziky u diabetických pacientů. Monitorování hladin Lp(a) by mohlo být klíčové pro řízení kardiovaskulárních rizik u diabetiků, což zdůrazňuje potřebu dalšího výzkumu k objasnění těchto vztahů a vývoji účinných klinických strategií.

This article synthesizes findings from various epidemiological and genetic studies to elucidate the complex interactions between lipoprotein(a)/Lp(a) levels, Lp(a) isoform size, and the risk of diabetes mellitus. Understanding these associations is essential for developing targeted interventions to manage and potentially mitigate the cardiovascular risks associated with this condition. Epidemiological studies indicate an inverse relationship between Lp(a) concentrations and the risk of developing type 2 diabetes mellitus (T2DM), highlighting the potential of Lp(a) as a marker for identifying individuals at high risk. Genetic studies, particularly those examining kringle IV type 2 (KIV-2) variants, suggest that larger isoforms associated with lower Lp(a) levels may increase the risk of T2DM. Pathophysiological mechanisms such as atherogenic properties, pro-inflammatory effects, insulin resistance, and endothelial dysfunction link Lp(a) with both cardiovascular and metabolic risks in diabetic patients. Monitoring Lp(a) levels could be crucial for managing cardiovascular risks in diabetics, underscoring the need for further research to clarify these relationships and develop effective clinical strategies.

• MeSH
• diabetes mellitus 1. typu etiologie   genetika   MeSH
• diabetes mellitus 2. typu etiologie   genetika   MeSH
• diabetes mellitus etiologie   genetika   MeSH
• epidemiologické studie MeSH
• genetická predispozice k nemoci genetika   MeSH
• klinická studie jako téma MeSH
• lidé MeSH
• lipoprotein (a) * genetika   krev   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

Východiska: Hereditární nádorové syndromy tvoří významnou podskupinu zhoubných nádorových onemocnění způsobených patogenními variantami v některém z mnoha známých nádorových predispozičních genů. Diagnostika nádorové predispozice je založena na genetickém testování pomocí sekvenování nové generace. To umožňuje analýzu mnoha genů najednou, nicméně zároveň se zvyšuje počet identifikovaných variant. Správná klasifikace nalezených variant je zásadní pro klinickou interpretaci výsledků genetického testování. Cíl: Cílem práce je shrnutí pravidel pro klasifikaci identifikovaných variant v rámci jednotlivých pracovišť a představení procesu tvorby společné klasifikace. Sdílení nalezených genetických variant a tvorba jejich konsenzuální klasifikace v rámci národních laboratorně diagnostických komunit probíhá v ČR v rámci konzorcia Czech Cancer Panel for Clinical Application (CZECANCA) sdružujícího výzkumné a diagnostické onkogenetické laboratoře. Tvorba konsenzu pro klasifikaci variant probíhá podle definovaného protokolu. Sdílení výsledků a konsenzuální klasifikace zrychluje a zpřesňuje vydávání výsledků genetického testování, harmonizuje výsledky mezi laboratořemi a přispívá tak ke zkvalitnění péče o jedince ve vysokém riziku vzniku nádorových onemocnění a jejich příbuzné.

Background: Hereditary cancer syndromes are an important subset of malignant cancers caused by pathogenic variants in one of many known cancer predisposition genes. Diagnosis of cancer predisposition is based on genetic testing using next-generation sequencing. This allows many genes to be analysed at once, increasing the number of variants identified. The correct classification of the variants found is essential for the clinical interpretation of genetic test results. Purpose: The aim of this study is to summarise the rules for classifying identified variants within individual laboratories and to present the process for creating a common classification. In the Czech Republic, the sharing of identified genetic variants and the development of their consensus classification among national laboratory diagnostic communities is carried out within the Czech Cancer Panel for Clinical Application (CZECANCA) consortium of scientific and diagnostic oncogenetic laboratories. Consensus for variant classification follows a defined protocol. Sharing the results and consensus classification accelerates and refines the release of genetic test results, harmonises results between laboratories and thus contributes to improving the care of individuals at high risk of cancer and their relatives.

• Klíčová slova
• CZECANCA,
• MeSH
• dědičné nádorové syndromy * diagnóza   genetika   klasifikace   MeSH
• genetická predispozice k nemoci genetika   prevence a kontrola   MeSH
• genetické testování metody   MeSH
• klasifikace MeSH
• konsensus * MeSH
• lidé MeSH
• nádory genetika   klasifikace   MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování metody   MeSH
• zárodečné mutace genetika   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH
• přehledy MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH