Search for molecular biomarkers enabling prediction of cancer treatment efficacy and establishment of optimal method for their assessment represent major opportunities, but also challenges in translational research. This project aims to explore feasibility of the next generation sequencing method for discovery of Czech population-specific genetic biomarkers for stratification of cancer patients into prognostically meaningful groups. Genetic background of patients treated with adjuvant chemotherapy regimens based on nucleoside analogs, taxanes and platinum derivatives will be explored by whole exome profiling method in cancer patients of Czech origin for the first time. Results will be compared with data in publicly available databases as TCGA and ICGC and with data from Czech NCGM genetic variability project. Panel of germline variants and somatically relevant genes for prognostication of patients will subsequently be validated and its cost efficacy and benefit will be evaluated in comparison with the whole exome approach.

Analýza molekulárních biomarkerů umožňujících predikci reakce nádorů na léčbu a zavedení optimální metody pro jejich sledování představují zásadní výzvy současného translačního výzkumu. Tento projekt má za cíl prozkoumat využitelnost metody sekvenování příští generace pro hledání genetických biomarkerů, specifických pro českou populaci, které by umožnily rozdělení pacientů se solidními nádory do prognosticky významných skupin. V rámci projektu bude studován genetický profil pacientů se solidními nádory léčenými adjuvantní terapií režimy založenými na nukleosidových analozích, taxanech a platinových derivátech. Metoda celoexomového sekvenování bude poprvé použita ke studiu tohoto fenoménu u českých pacientů s malignitami. Výsledky studie budou porovnány s daty ve veřejně dostupných databázích, např. TCGA, ICGC a s výstupy projektu NCLG, který mapuje genetickou variabilitu obecné české populace. Hlavním výstupem projektu bude validovaný panel zárodečných variant a somaticky významných genů pro další studie a analýza účinnosti panelového sekvenování, ve srovnání s celoexomovým přístupem.

Feasibility study of next generation sequencing for individualized therapy of patients with solid tumors

Doba řešení: 2019-2023

Obsahuje literaturu