-
Je něco špatně v tomto záznamu ?
Prevalence druhů Borrelia burgdorferi sensu lato u pacientů v České republice; přímá sekvenační analýza a polymerázová řetězová reakce v reálném čase
[Prevalence of Borrelia burgdorferi sensu lato species among patients in the Czech Republic; direct sequencing analysis and real-time polymerase chain reaction]
H. Dřevová, J. Votýpka, Z. Kurzová
Jazyk čeština, angličtina Země Česko
Typ dokumentu přehledy, srovnávací studie
- MeSH
- Borrelia burgdorferi genetika izolace a purifikace klasifikace MeSH
- lymeská nemoc diagnóza epidemiologie MeSH
- polymerázová řetězová reakce s reverzní transkripcí MeSH
- prevalence MeSH
- sekvenční analýza metody přístrojové vybavení MeSH
- senzitivita a specificita MeSH
- zdroje nemoci MeSH
- Publikační typ
- přehledy MeSH
- srovnávací studie MeSH
Rozšíření borreliózy závisí na geografických, ekologických a klimatických faktorech, stejně jako napatogenezi vlastního agens skupiny Borrelia burgdorferi sensu lato. Zájem vzbuzuje nárůst případůtéto choroby a objevení nových příznaků. Vztah genodruhů k symptomům, jejich geografické rozšířenía možnost spolupůsobení dalších patogenů je předmětem naší studie.Do studie bylo zahrnuto 87 pacientů s borreliózou ze středních, východních Čech a z Moravy.Pacienti skupiny 1 (celkem 49) byli zařazeni podle pozitivní kliniky, pacienti skupiny 2 (celkem 21)se rekrutovali z pozitivních screeningovou metodou PCR a pacienti skupiny 3 (celkem 17) bylipozitivní kultivačně. Celkem 48 pacientů a 17 izolovaných kmenů bylo pozitivních v konvenčnínested PCR pro plazmidy a genom B. burgdorferi sensu lato. Genodruhy a subtypy borrelií bylyprokázány přímou sekvenací OspA a OspC produktů. Kvantitativní data byla determinována pomocíkřivky tání specifického produktu užitím PCR v reálném čase.Sekvenací fragmentů OspA genu jsme u pacientů ze středních Čech prokázali přítomnost B. garinii,subtypy 6, 5, 4, 3 v 51,8 % (14 z 27), B. burgdorferi s.s v 29,6 % (8 z 27) a B. afzelii v 18,5 % (5 z 27). Vevýchodní oblasti prevalovala B. garinii, subtyp 5 a v 7,6 % byla společná infekce s Anaplasmaphagocytophilum. Prevalence B. afzelii v 44 % (11 z 25) následovaná B. burgdorferi s.s. v 36 % (9 z 25)a v 20 % zbývající infekcí B. garinii byla u pacientů z Moravy. Sekvence dvou hypervariabilníchoblastí OspC a OspA genů a vzdálenosti sekvencí ve fylogenetických stromech ukázaly rozdíly nejenmezi genodruhy a subtypy ale i mezi „divokými“ kmeny, prokázanými přímou sekvencí ve vzorcíchpacientů a „arteficiálními“ kmeny, kultivovanými in vitro. Největší rozdíly byly u dlouhodoběnemocných borreliózou.
The spread of borreliosis depends on geographical, environmental and climatic factors as well ason the pathogenesis of the causative agent of the group of Borrelia burgdorferi sensu lato. The risein the incidence of the disease and emergence of new symptoms are of concern. Relationshipsbetween genospecies and symptoms, their geographical spread and possible interference of otherpathogens are the subject of the present study. Eighty-seven patients with borreliosis from Centraland Eastern Bohemia and Moravia were enrolled in the study. Forty-nine patients of group 1 showedclinical positivity, 21 patients of group 2 tested positive at PCR screening and 17 patients of group3 were culture positive. Forty-eight patients and 17 isolated strains showed positivity for plasmidsand the Borrelia burgdorferi sensu lato genome in conventional nested PCR. Borrelial genotypesand subtypes were detected by direct sequencing of OspA and OspC products. Quantitative datawere determined from specific product melting temperature curves for real time PCR.Based on sequencing of the OspA gene, B. garinii (subtypes 6, 5, 4 and 3), B. burgdorferi s.s. and B.afzelii were detected in 14 (51.8 %), 8 (29.6 %) and 5 (18.5 %) out of 27 Central Bohemian patients,respectively. Eastern Bohemian patients showed predominance of B. garinii subtype 5 and co-infectionwith Anaplasma phagocytophilum in 7.6 %. The predominant causative agent in 25 Moravianpatients was B. afzelii (11 patients, i.e. 44 %), followed by B. burgdorferi s.s. (9 patients, 36 %) and B.garinii 5 patients, i.e. 20 %). Sequences of two hypervariable regions of the OspA and OspC genesand distances in phylogenetic trees showed differences not only between genospecies and subtypesbut also between wild strains detected by direct sequencing from patient specimens and in vitrocultured strains. The greatest differences were found for patients with long-termborrelial infection.
Prevalence of Borrelia burgdorferi sensu lato species among patients in the Czech Republic; direct sequencing analysis and real-time polymerase chain reaction
Prevalence druhů Borrelia burgdorferi sensu lato u pacientů v České republice; přímá sekvenační analýza a polymerázová řetězová reakce v reálném čase = Prevalence of Borrelia burgdorferi sensu lato species among patients in the Czech Republic; direct sequencing analysis and real-time polymerase chain reaction /
Prevalence of Borrelia burgdorferi sensu lato species among patients in the Czech Republic; direct sequencing analysis and real-time polymerase chain reaction /
Lit. 28
- 000
- 00000naa a2200000 a 4500
- 001
- bmc05002765
- 003
- CZ-PrNML
- 005
- 20170131083329.0
- 008
- 050405s2004 xr u cze||
- 009
- AR
- 040 __
- $a ABA008 $b cze $c ABA008 $d ABA008
- 041 0_
- $a cze $a eng
- 044 __
- $a xr
- 100 1_
- $a Dřevová, Hana $4 aut $7 xx0078647
- 245 10
- $a Prevalence druhů Borrelia burgdorferi sensu lato u pacientů v České republice; přímá sekvenační analýza a polymerázová řetězová reakce v reálném čase = $b Prevalence of Borrelia burgdorferi sensu lato species among patients in the Czech Republic; direct sequencing analysis and real-time polymerase chain reaction / $c H. Dřevová, J. Votýpka, Z. Kurzová
- 246 11
- $a Prevalence of Borrelia burgdorferi sensu lato species among patients in the Czech Republic; direct sequencing analysis and real-time polymerase chain reaction
- 504 __
- $a Lit. 28
- 520 3_
- $a Rozšíření borreliózy závisí na geografických, ekologických a klimatických faktorech, stejně jako napatogenezi vlastního agens skupiny Borrelia burgdorferi sensu lato. Zájem vzbuzuje nárůst případůtéto choroby a objevení nových příznaků. Vztah genodruhů k symptomům, jejich geografické rozšířenía možnost spolupůsobení dalších patogenů je předmětem naší studie.Do studie bylo zahrnuto 87 pacientů s borreliózou ze středních, východních Čech a z Moravy.Pacienti skupiny 1 (celkem 49) byli zařazeni podle pozitivní kliniky, pacienti skupiny 2 (celkem 21)se rekrutovali z pozitivních screeningovou metodou PCR a pacienti skupiny 3 (celkem 17) bylipozitivní kultivačně. Celkem 48 pacientů a 17 izolovaných kmenů bylo pozitivních v konvenčnínested PCR pro plazmidy a genom B. burgdorferi sensu lato. Genodruhy a subtypy borrelií bylyprokázány přímou sekvenací OspA a OspC produktů. Kvantitativní data byla determinována pomocíkřivky tání specifického produktu užitím PCR v reálném čase.Sekvenací fragmentů OspA genu jsme u pacientů ze středních Čech prokázali přítomnost B. garinii,subtypy 6, 5, 4, 3 v 51,8 % (14 z 27), B. burgdorferi s.s v 29,6 % (8 z 27) a B. afzelii v 18,5 % (5 z 27). Vevýchodní oblasti prevalovala B. garinii, subtyp 5 a v 7,6 % byla společná infekce s Anaplasmaphagocytophilum. Prevalence B. afzelii v 44 % (11 z 25) následovaná B. burgdorferi s.s. v 36 % (9 z 25)a v 20 % zbývající infekcí B. garinii byla u pacientů z Moravy. Sekvence dvou hypervariabilníchoblastí OspC a OspA genů a vzdálenosti sekvencí ve fylogenetických stromech ukázaly rozdíly nejenmezi genodruhy a subtypy ale i mezi „divokými“ kmeny, prokázanými přímou sekvencí ve vzorcíchpacientů a „arteficiálními“ kmeny, kultivovanými in vitro. Největší rozdíly byly u dlouhodoběnemocných borreliózou.
- 520 9_
- $a The spread of borreliosis depends on geographical, environmental and climatic factors as well ason the pathogenesis of the causative agent of the group of Borrelia burgdorferi sensu lato. The risein the incidence of the disease and emergence of new symptoms are of concern. Relationshipsbetween genospecies and symptoms, their geographical spread and possible interference of otherpathogens are the subject of the present study. Eighty-seven patients with borreliosis from Centraland Eastern Bohemia and Moravia were enrolled in the study. Forty-nine patients of group 1 showedclinical positivity, 21 patients of group 2 tested positive at PCR screening and 17 patients of group3 were culture positive. Forty-eight patients and 17 isolated strains showed positivity for plasmidsand the Borrelia burgdorferi sensu lato genome in conventional nested PCR. Borrelial genotypesand subtypes were detected by direct sequencing of OspA and OspC products. Quantitative datawere determined from specific product melting temperature curves for real time PCR.Based on sequencing of the OspA gene, B. garinii (subtypes 6, 5, 4 and 3), B. burgdorferi s.s. and B.afzelii were detected in 14 (51.8 %), 8 (29.6 %) and 5 (18.5 %) out of 27 Central Bohemian patients,respectively. Eastern Bohemian patients showed predominance of B. garinii subtype 5 and co-infectionwith Anaplasma phagocytophilum in 7.6 %. The predominant causative agent in 25 Moravianpatients was B. afzelii (11 patients, i.e. 44 %), followed by B. burgdorferi s.s. (9 patients, 36 %) and B.garinii 5 patients, i.e. 20 %). Sequences of two hypervariable regions of the OspA and OspC genesand distances in phylogenetic trees showed differences not only between genospecies and subtypesbut also between wild strains detected by direct sequencing from patient specimens and in vitrocultured strains. The greatest differences were found for patients with long-termborrelial infection.
- 650 _2
- $a lymeská nemoc $x diagnóza $x epidemiologie $7 D008193
- 650 _2
- $a Borrelia burgdorferi $x genetika $x izolace a purifikace $x klasifikace $7 D025065
- 650 _2
- $a prevalence $7 D015995
- 650 _2
- $a sekvenční analýza $x metody $x přístrojové vybavení $7 D017421
- 650 _2
- $a polymerázová řetězová reakce s reverzní transkripcí $7 D020133
- 650 _2
- $a senzitivita a specificita $7 D012680
- 650 _2
- $a zdroje nemoci $7 D004197
- 655 _2
- $a přehledy $7 D016454
- 655 _2
- $a srovnávací studie $7 D003160
- 700 1_
- $a Votýpka, J. $4 aut
- 700 1_
- $a Kurzová, Zuzana $4 aut $7 xx0083637
- 700 1_
- $a Hulínská, Dagmar $4 aut $7 xx0077463
- 700 1_
- $a Kybicová, Kateřina, $4 aut $d 1978- $7 xx0210363
- 773 0_
- $w MED00011002 $t Epidemiologie, mikrobiologie, imunologie $g Roč. 53, č. 4 (2004), s. 183-191 $x 1210-7913
- 910 __
- $a ABA008 $b A 981 $c 560 $y 0 $z 0
- 990 __
- $a 20050409 $b ABA008
- 991 __
- $a 20170131083453 $b ABA008
- BAS __
- $a 3
- BMC __
- $a 2004 $b Roč. 53 $c č. 4 $d s. 183-191 $i 1210-7913 $m Epidemiologie, mikrobiologie, imunologie $x MED00011002
- LZP __
- $b přidání abstraktu