Úvod: Nemocní s pokročilými stadii zhoubných novotvarů mívají často zvýšené hladiny cirkulující volné DNA (cell-free DNA, cfDNA) v periferní krvi. Část cfDNA pocházející z tumoru představuje zdroj materiálu pro molekulární profilaci tumoru především za účelem predikce léčebné odpovědi biologické cílené léčby. Ve skupině nemocných s pokročilým NSCLC jsme s využitím detekce nádorově-specifických mutací sledovali výskyt nádorové složky cfDNA a v ní následně prováděli metylační vyšetření zaměřená na panel 30ti genů. Metodika: V souboru 107 NSCLC pacientů jsme v tumorózní tkáni vyšetřovali přítomnost somatické mutace EGFR nebo KRAS. U pacientů s nalezenou mutací byla vyšetřena přítomnost dané mutace v cfDNA získané z plazmy. U pozitivních vzorků bylo provedeno vyšetření DNA metylace v cfDNA. Výsledky: Z celkového počtu 107 pacientů ve studii byla některá z mutací EGFR nebo KRAS nalezena u 26 pacientů (14 x EGFR, 12 x KRAS). Z tohoto počtu byla přítomnost tumorové cfDNA detekována v plazmě 8 pacientů, u kterých bylo následně provedeno metylační vyšetření. U 7 cfDNA-pozitivních pacientů (7/8, 87 %) byla potvrzena shoda metylace v tumoru i v cfDNA u minimálně 3 ze sledované sady genů. Závěr: Přítomnosti cfDNA v plazmě pacientů s pokročilým NSCLC může být využita pro profilování primárního tumoru, a to jak pro neinvazivní vyšetřování genových mutací, tak i pro vyšetřování metylačních nádorových aberací majících význam pro biologické chování nemalobuněčného karcinomu.

Introduction: Patients in advanced stages of cancer often display elevated levels of circulating cell-free DNA (cfDNA) in peripheral blood. The part of cfDNA originating from a tumor represents a viable source of material for molecular profiling of the tumor, mainly in order to predict the biological response of targeted therapy. In a group of patients with advanced NSCLC, the frequency of tumor cfDNA was assessed by detecting tumor-specific gene mutations. The tumor cfDNA was subsequently subjected to methylation analysis using a panel of 30 genes. Methods: In a group of 107 NSCLC patients, primary tumor tissue was evaluated for the presence of somatic mutations in EGFR and KRAS genes. In mutation-positive patients, the presence of a particular mutation in cfDNA obtsdned from plasma was studied. The positive samples were subjected to analysis of DNA methylation in cfDNA. Results: Either of the EGFR or KRAS mutations was found in 26 out of the 107 patients (EGFR 14 x, KRAS 12 x). Of those, eight were found to have tumor cfDNA present in plasma. Subsequently, they underwent methylation tests. In 7 of these cfDNA-positive patients (87 %), methylation was found in both tumor and cfDNA in at least 3 of the observed set of genes. Conclusion: The presence cfDNA in plasma of patients with advanced NSCLC may be used for primary tumor protiling, for both non-invasive investigation of gene mutations and investigation of tumor methylation aberrations of relevance for the biological behaviour of non-small cell lung carcinoma.

Centrum aplikované genomiky solidních nádorů Genomac výzkumný ústav Praha

Klinika nemocí plicních a tuberkulózy FN Plzeň

Options for testing DNA mutations and DNA methylation assays of circulating cell-free DNA isolated from peripheral blood of NSCLC patients

Obsahuje 2 tabulky

Literatura