V sezóně 2013/14 byly dominujícím respiračním patogenem adenoviry (hAdV). Adenoviry jsou poměrně bohatá skupina virů obsahujících dle současné klasifikace 60 sérotypů. Většina z nich je spojována s mnoha různými mírnými onemocněními od respiračních, přes gastroenteritidy až po encefalitidy. Pouze některé sérotypy vyvolávají závažné infekce s tendencí k lokálním epidemiím. Pro majoritní výskyt jsme přistoupili k charakterizaci hAdV v sentinelových materiálech. Namísto klasické sérotypizace byla použita metoda parciálního sekvenování úseku hexonového genu o velikosti cca 800 párů bazí. Na základě BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) analýzy bylo provedeno systematické zařazení u celkem 27 materiálů z celkového počtu 52 vzorků. V rámci klasifikace bylo nalezeno pouze 5 sérotypů (3B, 2C, 1C, 7B, 4E). Naprosto převažujícím sérotypem byl hAdV 3B, který byl prokázán v 63 % sekvenovaných materiálů. V souvislosti s adenovirovým onemocněním udávali téměř všichni nemocní rýmu, horečku s teplotou nad 38 °C a kašel. Zhruba polovina nemocných trpělo bolestí hlavy a malátností. Nebyly prokázány žádné sérotypy dávané do souvislosti se závažným onemocněním, což odpovídá vybrané kohortě pacientů. Nejméně u poloviny materiálů byl sérotyp určen přímo z klinického materiálu bez předchozí izolace. Lze tedy shrnout, že sérotypizace /genotypizace provedená na základě parciálního sekvenování hexonového genu s použitím „nested“ (vnořených) primerů nevyžaduje izolaci viru na tkáňové kultuře. Metoda je dostupná a efektivní při charakterizaci adenovirů.

In the season 2013/14, the predominant respiratory pathogen was adenovirus (hAdV). Adenoviruses are a relatively large family of DNA viruses consisting of 60 serotypes classified into seven groups. Most of them are associated with many various mild diseases from respiratory infections through gastroenteritis to encephalitis. Some serotypes only cause severe infection with a tendency towards local outbreaks. We have implemented the classification of hAdV in sentinel samples. Instead of conventional serotyping, partial sequencing of the approximately 800 pb segments of the hexon gene was used. Based on the BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) analysis, 27 of 52 samples were fitted into the current classification system. Only five serotypes were found (3B, 2C, 1C, 7B, 4E). The clearly prevailing hAdV serotype was 3B, detected in 63 % of the samples sequenced. Nearly all patients with adenovirus infection reported runny nose, temperature above 38°C, and cough. About half of the patients complained of headache and malaise. No severe disease-associated serotype was detected, as expected given the selected cohort of patients. In at least half of the samples, the serotype was determined without the need for virus isolation on cell culture. It can be concluded that serotyping based on partial hexon gene sequencing in combination with nested PCR does not require virus isolation on tissue culture. The method is time saving and effective in the characterization of adenoviruses.

NRL pro chřipku a nechřipková virová respirační onemocnění SZÚ CEM

Partial sequencing: a new approach to adenovirus serotyping

000      

00000naa a2200000 a 4500

001      

bmc15003369

003      

CZ-PrNML

005      

20170207134344.0

007      

ta

008      

150125s2014 xr d f 000 0cze||

009      

AR

040    __

$a ABA008 $d ABA008 $e AACR2 $b cze

041    0_

$a cze $b eng

044    __

$a xr

100    1_

$a Jiřincová, Helena, $d 1963- $7 xx0101686 $u NRL pro chřipku a nechřipková virová respirační onemocnění, SZÚ-CEM

245    10

$a Parciální sekvenace jako nový přístup sérotypizace adenovirů / $c Helena Jiřincová

246    31

$a Partial sequencing: a new approach to adenovirus serotyping

520    3_

$a V sezóně 2013/14 byly dominujícím respiračním patogenem adenoviry (hAdV). Adenoviry jsou poměrně bohatá skupina virů obsahujících dle současné klasifikace 60 sérotypů. Většina z nich je spojována s mnoha různými mírnými onemocněními od respiračních, přes gastroenteritidy až po encefalitidy. Pouze některé sérotypy vyvolávají závažné infekce s tendencí k lokálním epidemiím. Pro majoritní výskyt jsme přistoupili k charakterizaci hAdV v sentinelových materiálech. Namísto klasické sérotypizace byla použita metoda parciálního sekvenování úseku hexonového genu o velikosti cca 800 párů bazí. Na základě BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) analýzy bylo provedeno systematické zařazení u celkem 27 materiálů z celkového počtu 52 vzorků. V rámci klasifikace bylo nalezeno pouze 5 sérotypů (3B, 2C, 1C, 7B, 4E). Naprosto převažujícím sérotypem byl hAdV 3B, který byl prokázán v 63 % sekvenovaných materiálů. V souvislosti s adenovirovým onemocněním udávali téměř všichni nemocní rýmu, horečku s teplotou nad 38 °C a kašel. Zhruba polovina nemocných trpělo bolestí hlavy a malátností. Nebyly prokázány žádné sérotypy dávané do souvislosti se závažným onemocněním, což odpovídá vybrané kohortě pacientů. Nejméně u poloviny materiálů byl sérotyp určen přímo z klinického materiálu bez předchozí izolace. Lze tedy shrnout, že sérotypizace /genotypizace provedená na základě parciálního sekvenování hexonového genu s použitím „nested“ (vnořených) primerů nevyžaduje izolaci viru na tkáňové kultuře. Metoda je dostupná a efektivní při charakterizaci adenovirů.

520    9_

$a In the season 2013/14, the predominant respiratory pathogen was adenovirus (hAdV). Adenoviruses are a relatively large family of DNA viruses consisting of 60 serotypes classified into seven groups. Most of them are associated with many various mild diseases from respiratory infections through gastroenteritis to encephalitis. Some serotypes only cause severe infection with a tendency towards local outbreaks. We have implemented the classification of hAdV in sentinel samples. Instead of conventional serotyping, partial sequencing of the approximately 800 pb segments of the hexon gene was used. Based on the BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) analysis, 27 of 52 samples were fitted into the current classification system. Only five serotypes were found (3B, 2C, 1C, 7B, 4E). The clearly prevailing hAdV serotype was 3B, detected in 63 % of the samples sequenced. Nearly all patients with adenovirus infection reported runny nose, temperature above 38°C, and cough. About half of the patients complained of headache and malaise. No severe disease-associated serotype was detected, as expected given the selected cohort of patients. In at least half of the samples, the serotype was determined without the need for virus isolation on cell culture. It can be concluded that serotyping based on partial hexon gene sequencing in combination with nested PCR does not require virus isolation on tissue culture. The method is time saving and effective in the characterization of adenoviruses.

650    _2

$a lidé $7 D006801

650    _2

$a Adenoviridae $x genetika $7 D000256

650    12

$a adenovirové infekce lidí $x diagnóza $x genetika $7 D000258

650    12

$a infekce dýchací soustavy $x diagnóza $x etiologie $7 D012141

650    _2

$a genotypizační techniky $7 D060005

650    12

$a sérotypizace $x metody $x statistika a číselné údaje $7 D012703

650    _2

$a sekvenční analýza DNA $7 D017422

650    _2

$a DNA primery $7 D017931

653    00

$a genotypizace

773    0_

$t Zprávy Centra epidemiologie a mikrobiologie $x 1804-8668 $g Roč. 23, č. 8 (2014), s. 291-294 $w MED00174568

856    41

$u http://www.szu.cz/uploads/documents/CeM/Zpravy_EM/23_2014/08_srpen/291_parcialni_sek.pdf $y domovská stránka časopisu

910    __

$a ABA008 $b B 1981 $c 564 b $y 4 $z 0

990    __

$a 20150123100518 $b ABA008

991    __

$a 20170207134518 $b ABA008

999    __

$a ok $b bmc $g 1060393 $s 886110

BAS    __

$a 3

BMC    __

$a 2014 $b 23 $c 8 $d 291-294 $i 1804-8668 $m Zprávy Centra epidemiologie a mikrobiologie (2011, Print) $x MED00174568

LZP    __

$c NLK188 $d 20150329 $a NLK 2015-03/dk