Dermatofyty jsou mikroskopické vláknité houby způsobující časté infekce kůže a kožních adnex. Jejich identifikace byla do nedávné doby prováděna pouze podle morfologických charakteristik. Ta je však velmi zdlouhavá a vyžaduje značné zkušenosti. V posledních letech se v identifikaci dermatofytů začíná uplatňovat MALDI-TOF (matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight) hmotnostní spektrometrie (MS). U vláknitých hub je nutné, kvůli jejich komplexní morfologii a požadavkům na kultivaci, použít odlišné postupy zpracování kultury. Tato práce se zabývá srovnáním MALDI-TOF MS v identifikaci dermatofytů v porovnání s metodou sekvenace oblasti ITS (Internal Transcribed Spacer) rDNA a konvenčními metodami. Do studie bylo zahrnuto 81 izolátů dermatofytů získaných z klinických vzorků. Výsledky MALDI-TOF MS analýzy se shodovaly s výsledky molekulárně genetické identifikace u 75 % izolátů. Metodami klasické identifikace se podařilo identifikovat pouze 47 % izolátů. MALDI-TOF MS lze tedy považovat za účinný nástroj rychlé a jednoduché identifikace dermatofytů v rutinní diagnostické laboratoři.

Dermatophytes are microscopic fungi causing skin infections and infections of skin adnexa. Their identification is usually performed by morphological characteristics requiring experienced microbiologists and quiet long turnaround time. In recent years, matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) has been introducing to many diagnostic laboratories allowing identification of dermatophytes as well. For that purpose, however, specific procedures comparing with bacteria and yeasts must be used because of their complex morphology and specific cultivation requirements. This study is focused on comparison of MALDI-TOF MS-based identification, identification using DNA sequencing of Internal Transcribed Spacer (ITS) rDNA region and conventional methods. In the study, 81 clinical isolates of dermatophytes were included. MALDI-TOF MS correctly identified 74% of all isolates. Using classical methods, only 47% of isolates were identified. Thus, MALDI-TOF MS provides a useful tool for identification of those fungi in routine microbiological laboratories.

Katedra botaniky Přírodovědecká fakulta Univerzita Karlova Praha

Laboratoř antibiotické rezistence a aplikací hmotnostní spektrometrie v mikrobiologii Biomedicínské centrum Lékařská fakulta v Plzni Univerzita Karlova Plzeň

Laboratoř genetiky a metabolismu hub Mikrobiologický ústav Akademie věd České republiky v v i Praha

Ústav mikrobiologie Fakultní nemocnice Plzeň

Identification of dermatophytes using MALDI-TOF mass spectrometry

000      

00000naa a2200000 a 4500

001      

bmc19010227

003      

CZ-PrNML

005      

20190402111401.0

007      

ta

008      

190320s2018 xr f 000 0|cze||

009      

AR

040    __

$a ABA008 $b cze $d ABA008 $e AACR2

041    0_

$a cze $b eng

044    __

$a xr

100    1_

$a Walková, Radka $7 xx0234048 $u Ústav mikrobiologie, Fakultní nemocnice Plzeň; Laboratoř antibiotické rezistence a aplikací hmotnostní spektrometrie v mikrobiologii, Biomedicínské centrum, Lékařská fakulta v Plzni, Univerzita Karlova, Plzeň

245    10

$a Identifikace dermatofytů pomocí MALDI-TOF hmotnostní spektrometrie / $c R. Walková, H. Janouškovcová, M. Šnajdrová, V. Hubka, A. Čmoková, J. Hrabák

246    31

$a Identification of dermatophytes using MALDI-TOF mass spectrometry

520    3_

$a Dermatofyty jsou mikroskopické vláknité houby způsobující časté infekce kůže a kožních adnex. Jejich identifikace byla do nedávné doby prováděna pouze podle morfologických charakteristik. Ta je však velmi zdlouhavá a vyžaduje značné zkušenosti. V posledních letech se v identifikaci dermatofytů začíná uplatňovat MALDI-TOF (matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight) hmotnostní spektrometrie (MS). U vláknitých hub je nutné, kvůli jejich komplexní morfologii a požadavkům na kultivaci, použít odlišné postupy zpracování kultury. Tato práce se zabývá srovnáním MALDI-TOF MS v identifikaci dermatofytů v porovnání s metodou sekvenace oblasti ITS (Internal Transcribed Spacer) rDNA a konvenčními metodami. Do studie bylo zahrnuto 81 izolátů dermatofytů získaných z klinických vzorků. Výsledky MALDI-TOF MS analýzy se shodovaly s výsledky molekulárně genetické identifikace u 75 % izolátů. Metodami klasické identifikace se podařilo identifikovat pouze 47 % izolátů. MALDI-TOF MS lze tedy považovat za účinný nástroj rychlé a jednoduché identifikace dermatofytů v rutinní diagnostické laboratoři.

520    9_

$a Dermatophytes are microscopic fungi causing skin infections and infections of skin adnexa. Their identification is usually performed by morphological characteristics requiring experienced microbiologists and quiet long turnaround time. In recent years, matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) has been introducing to many diagnostic laboratories allowing identification of dermatophytes as well. For that purpose, however, specific procedures comparing with bacteria and yeasts must be used because of their complex morphology and specific cultivation requirements. This study is focused on comparison of MALDI-TOF MS-based identification, identification using DNA sequencing of Internal Transcribed Spacer (ITS) rDNA region and conventional methods. In the study, 81 clinical isolates of dermatophytes were included. MALDI-TOF MS correctly identified 74% of all isolates. Using classical methods, only 47% of isolates were identified. Thus, MALDI-TOF MS provides a useful tool for identification of those fungi in routine microbiological laboratories.

650    _2

$a lidé $7 D006801

650    12

$a spektrometrie hmotnostní - ionizace laserem za účasti matrice $x metody $7 D019032

650    12

$a Arthrodermataceae $7 D003883

650    12

$a Trichophyton $7 D014249

650    _2

$a klinická studie jako téma $7 D000068456

700    1_

$a Janouškovcová, Helena $u Ústav mikrobiologie, Fakultní nemocnice Plzeň; Laboratoř antibiotické rezistence a aplikací hmotnostní spektrometrie v mikrobiologii, Biomedicínské centrum, Lékařská fakulta v Plzni, Univerzita Karlova, Plzeň $7 xx0224096

700    1_

$a Šnajdrová, Marta $u Ústav mikrobiologie, Fakultní nemocnice Plzeň $7 xx0106889

700    1_

$a Hubka, Vít, $d 1986- $7 mzk2016904736 $u Katedra botaniky, Přírodovědecká fakulta, Univerzita Karlova, Praha; Laboratoř genetiky a metabolismu hub, Mikrobiologický ústav, Akademie věd České republiky, v. v. i., Praha

700    1_

$a Čmoková, Adéla $7 xx0234049 $u Katedra botaniky, Přírodovědecká fakulta, Univerzita Karlova, Praha; Laboratoř genetiky a metabolismu hub, Mikrobiologický ústav, Akademie věd České republiky, v. v. i., Praha

700    1_

$a Hrabák, Jaroslav, $u Ústav mikrobiologie, Fakultní nemocnice Plzeň; Laboratoř antibiotické rezistence a aplikací hmotnostní spektrometrie v mikrobiologii, Biomedicínské centrum, Lékařská fakulta v Plzni, Univerzita Karlova, Plzeň $d 1981- $7 xx0025811

773    0_

$w MED00010989 $t Česko-slovenská dermatologie $x 0009-0514 $g Roč. 93, č. 6 (2018), s. 250-256

856    41

$u https://www.prolekare.cz/casopisy/cesko-slovenska-dermatologie/2018-6-12/identifikace-dermatofytu-pomoci-maldi-tof-hmotnostni-spektrometrie-107985 $y plný text volně dostupný

910    __

$a ABA008 $b A 64 $c 115 $y 4 $z 0

990    __

$a 20190320 $b ABA008

991    __

$a 20190402111406 $b ABA008

999    __

$a ok $b bmc $g 1388151 $s 1048500

BAS    __

$a 3

BAS    __

$a PreBMC

BMC    __

$a 2018 $b 93 $c 6 $d 250-256 $i 0009-0514 $m Československá dermatologie $x MED00010989 $y 107985

GRA    __

$a NV17-31269A $p MZ0

LZP    __

$c NLK109 $d 20190402 $b NLK111 $a Meditorial-20190320