The rapid identification of European Armillaria species from soil samples by nested PCR
Jazyk angličtina Země Anglie, Velká Británie Médium print
Typ dokumentu časopisecké články
PubMed
15268944
DOI
10.1016/j.femsle.2004.06.019
PII: S0378109704004380
Knihovny.cz E-zdroje
- MeSH
- Agaricales klasifikace genetika izolace a purifikace MeSH
- DNA fungální analýza izolace a purifikace metabolismus MeSH
- mezerníky ribozomální DNA analýza izolace a purifikace metabolismus MeSH
- polymerázová řetězová reakce * MeSH
- polymorfismus délky restrikčních fragmentů * MeSH
- půdní mikrobiologie * MeSH
- restrikční endonukleasy typu II metabolismus MeSH
- sekvenční analýza DNA MeSH
- senzitivita a specificita MeSH
- vysokoúčinná kapalinová chromatografie MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- Názvy látek
- DNA fungální MeSH
- GANTC-specific type II deoxyribonucleases MeSH Prohlížeč
- mezerníky ribozomální DNA MeSH
- restrikční endonukleasy typu II MeSH
New specific primers AR1 and AR2 were successfully used for the amplification of a specific part of internal transcribed spacer (ITS) of rDNA of Armillaria isolated from soil samples. DNA was isolated from 0.5 g of forest soil and ITS region was amplified by nested PCR reaction with external primers ITS1 and ITS4 and internal primers AR1 and AR2. The individual species were distinguished by restriction fragment length polymorphisms (RFLPs) analysis with restriction endonuclease HinfI. The fragments were analysed by ion-exchange HPLC that is more sensible and more rapid than electrophoresis. The amplicons were sequenced to improve the discrimination between the species. The method enables the identification of Armillaria species within one day directly from soil samples without the need for previous isolation and cultivation of mycelium of Armillaria.
Citace poskytuje Crossref.org
