Diffraction anisotropy and paired refinement: crystal structure of H33, a protein binder to interleukin 10

. 2023 Aug 01 ; 56 (Pt 4) : 1261-1266. [epub] 20230616

Status PubMed-not-MEDLINE Jazyk angličtina Země Spojené státy americké Médium electronic-ecollection

Typ dokumentu časopisecké články

Perzistentní odkaz   https://www.medvik.cz/link/pmid37555209

Binder H33 is a small protein binder engineered by ribosome display to bind human interleukin 10. Crystals of binder H33 display severe diffraction anisotropy. A set of data files with correction for diffraction anisotropy based on different local signal-to-noise ratios was prepared. Paired refinement was used to find the optimal anisotropic high-resolution diffraction limit of the data: 3.13-2.47 Å. The structure of binder H33 belongs to the 2% of crystal structures with the highest solvent content in the Protein Data Bank.

Zobrazit více v PubMed

Agirre, J., Atanasova, M., Bagdonas, H., Ballard, C. B., Baslé, A., Beilsten-Edmands, J., Borges, R. J., Brown, D. G., Burgos-Mármol, J. J., Berrisford, J. M., Bond, P. S., Caballero, I., Catapano, L., Chojnowski, G., Cook, A. G., Cowtan, K. D., Croll, T. I., Debreczeni, J. É., Devenish, N. E., Dodson, E. J., Drevon, T. R., Emsley, P., Evans, G., Evans, P. R., Fando, M., Foadi, J., Fuentes-Montero, L., Garman, E. F., Gerstel, M., Gildea, R. J., Hatti, K., Hekkelman, M. L., Heuser, P., Hoh, S. W., Hough, M. A., Jenkins, H. T., Jiménez, E., Joosten, R. P., Keegan, R. M., Keep, N., Krissinel, E. B., Kolenko, P., Kovalevskiy, O., Lamzin, V. S., Lawson, D. M., Lebedev, A. A., Leslie, A. G. W., Lohkamp, B., Long, F., Malý, M., McCoy, A. J., McNicholas, S. J., Medina, A., Millán, C., Murray, J. W., Murshudov, G. N., Nicholls, R. A., Noble, M. E. M., Oeffner, R., Pannu, N. S., Parkhurst, J. M., Pearce, N., Pereira, J., Perrakis, A., Powell, H. R., Read, R. J., Rigden, D. J., Rochira, W., Sammito, M., Sánchez Rodríguez, F., Sheldrick, G. M., Shelley, K. L., Simkovic, F., Simpkin, A. J., Skubak, P., Sobolev, E., Steiner, R. A., Stevenson, K., Tews, I., Thomas, J. M. H., Thorn, A., Valls, J. T., Uski, V., Usón, I., Vagin, A., Velankar, S., Vollmar, M., Walden, H., Waterman, D., Wilson, K. S., Winn, M. D., Winter, G., Wojdyr, M. & Yamashita, K. (2023).

Berman, H., Henrick, K. & Nakamura, H. (2003). PubMed

Brünger, A. T. (1992). PubMed

Chen, V. B., Arendall, W. B., Headd, J. J., Keedy, D. A., Immormino, R. M., Kapral, G. J., Murray, L. W., Richardson, J. S. & Richardson, D. C. (2010). PubMed PMC

Cianci, M., Bourenkov, G., Pompidor, G., Karpics, I., Kallio, J., Bento, I., Roessle, M., Cipriani, F., Fiedler, S. & Schneider, T. R. (2017). PubMed PMC

El Kasmi, K. C., Smith, A. M., Williams, L., Neale, G., Panopolous, A., Watowich, S. S., Häcker, H., Foxwell, B. M. & Murray, P. J. (2007). PubMed

Emsley, P., Lohkamp, B., Scott, W. G. & Cowtan, K. (2010). PubMed PMC

Evans, P. R. & Murshudov, G. N. (2013). PubMed PMC

Hořejší, Z., Stach, L., Flower, T. G., Joshi, D., Flynn, H., Skehel, J. M., O’Reilly, N. J., Ogrodowicz, R. W., Smerdon, S. J. & Boulton, S. J. (2014). PubMed PMC

Joosten, R. P., Long, F., Murshudov, G. N. & Perrakis, A. (2014). PubMed PMC

Kabsch, W. (2010). PubMed PMC

Kantardjieff, K. A. & Rupp, B. (2003). PubMed PMC

Karplus, P. A. & Diederichs, K. (2012). PubMed PMC

Karplus, P. A. & Diederichs, K. (2015). PubMed PMC

Malý, M., Diederichs, K., Dohnálek, J. & Kolenko, P. (2020). PubMed PMC

Malý, M., Diederichs, K., Dohnálek, J. & Kolenko, P. (2021). PubMed PMC

McCoy, A. J., Grosse-Kunstleve, R. W., Adams, P. D., Winn, M. D., Storoni, L. C. & Read, R. J. (2007). PubMed PMC

McNicholas, S., Potterton, E., Wilson, K. S. & Noble, M. E. M. (2011). PubMed PMC

Murshudov, G. N., Skubák, P., Lebedev, A. A., Pannu, N. S., Steiner, R. A., Nicholls, R. A., Winn, M. D., Long, F. & Vagin, A. A. (2011). PubMed PMC

Nicholls, R. A., Long, F. & Murshudov, G. N. (2012). PubMed PMC

Pham, P. N., Huličiak, M., Biedermannová, L., Černý, J., Charnavets, T., Fuertes, G., Herynek, Š., Kolářová, L., Kolenko, P., Pavlíček, J., Zahradník, J., Mikulecký, P. & Schneider, B. (2021). PubMed PMC

Robert, X., Kassis-Sahyoun, J., Ceres, N., Martin, J., Sawaya, M. R., Read, R. J., Gouet, P., Falson, P. & Chaptal, V. (2017). PubMed PMC

Rupp, B. (2018). PubMed

Strong, M., Sawaya, M. R., Wang, S., Phillips, M., Cascio, D. & Eisenberg, D. (2006). PubMed PMC

Tickle, I. J., Flensburg, C., Keller, P., Paciorek, W., Sharff, A., Vonrhein, C. & Bricogne, G. (2018).

Urzhumtsev, A., Afonine, P. V., Lunin, V. Y., Terwilliger, T. C. & Adams, P. D. (2014). PubMed PMC

Winn, M. D., Ballard, C. C., Cowtan, K. D., Dodson, E. J., Emsley, P., Evans, P. R., Keegan, R. M., Krissinel, E. B., Leslie, A. G. W., McCoy, A., McNicholas, S. J., Murshudov, G. N., Pannu, N. S., Potterton, E. A., Powell, H. R., Read, R. J., Vagin, A. & Wilson, K. S. (2011). PubMed PMC

Najít záznam

Citační ukazatele

Pouze přihlášení uživatelé

Možnosti archivace

Nahrávání dat ...