PAIREF: paired refinement also for Phenix users
Jazyk angličtina Země Spojené státy americké Médium print-electronic
Typ dokumentu časopisecké články
Grantová podpora
CZ.02.1.01/0.0/0.0/16_019/0000778
Ministerstvo Školství, Mládeže a Tělovýchovy
CZ.02.1.01/0.0/0.0/15_003/0000447
Ministerstvo Školství, Mládeže a Tělovýchovy
CZ.1.05/1.1.00/02.0109
Ministerstvo Školství, Mládeže a Tělovýchovy
18-10687S
Grantová Agentura České Republiky
86652036
Akademie Věd České Republiky
SGS19/189/OHK4/3T/14
České Vysoké Učení Technické v Praze
PubMed
34196613
PubMed Central
PMC8248825
DOI
10.1107/s2053230x21006129
PII: S2053230X21006129
Knihovny.cz E-zdroje
- Klíčová slova
- PAIREF, Phenix, X-ray diffraction, high-resolution limit, macromolecular crystallography, paired refinement,
- MeSH
- databáze proteinů * normy MeSH
- krystalografie rentgenová metody normy MeSH
- software * normy MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
In macromolecular crystallography, paired refinement is generally accepted to be the optimal approach for the determination of the high-resolution cutoff. The software tool PAIREF provides automation of the protocol and associated analysis. Support for phenix.refine as a refinement engine has recently been implemented in the program. This feature is presented here using previously published data for thermolysin. The results demonstrate the importance of the complete cross-validation procedure to obtain a thorough and unbiased insight into the quality of high-resolution data.
Zobrazit více v PubMed
Afonine, P. V., Grosse-Kunstleve, R. W., Echols, N., Headd, J. J., Moriarty, N. W., Mustyakimov, M., Terwilliger, T. C., Urzhumtsev, A., Zwart, P. H. & Adams, P. D. (2012). PubMed PMC
Behnen, J., Köster, H., Neudert, G., Craan, T., Heine, A. & Klebe, G. (2012). PubMed
Brünger, A. T. (1993). PubMed
Campeotto, I., Lebedev, A., Schreurs, A. M. M., Kroon-Batenburg, L. M. J., Lowe, E., Phillips, S. E. V., Murshudov, G. N. & Pearson, A. R. (2018). PubMed PMC
Diederichs, K. & Karplus, P. A. (2013). PubMed PMC
Evans, P. R. & Murshudov, G. N. (2013). PubMed PMC
Headd, J. J., Echols, N., Afonine, P. V., Grosse-Kunstleve, R. W., Chen, V. B., Moriarty, N. W., Richardson, D. C., Richardson, J. S. & Adams, P. D. (2012). PubMed PMC
Jiang, J.-S. & Brünger, A. T. (1994). PubMed
Karplus, P. A. & Diederichs, K. (2012). PubMed PMC
Karplus, P. A. & Diederichs, K. (2015). PubMed PMC
Kovalevskiy, O., Nicholls, R. A., Long, F., Carlon, A. & Murshudov, G. N. (2018). PubMed PMC
Liebschner, D., Afonine, P. V., Baker, M. L., Bunkóczi, G., Chen, V. B., Croll, T. I., Hintze, B., Hung, L.-W., Jain, S., McCoy, A. J., Moriarty, N. W., Oeffner, R. D., Poon, B. K., Prisant, M. G., Read, R. J., Richardson, J. S., Richardson, D. C., Sammito, M. D., Sobolev, O. V., Stockwell, D. H., Terwilliger, T. C., Urzhumtsev, A. G., Videau, L. L., Williams, C. J. & Adams, P. D. (2019).
Luebben, J. & Gruene, T. (2015). PubMed PMC
Malý, M., Diederichs, K., Dohnálek, J. & Kolenko, P. (2020). PubMed PMC
Murshudov, G. N., Skubák, P., Lebedev, A. A., Pannu, N. S., Steiner, R. A., Nicholls, R. A., Winn, M. D., Long, F. & Vagin, A. A. (2011). PubMed PMC
Shabalin, I. G., Porebski, P. J. & Minor, W. (2018). PubMed PMC
Švecová, L., Østergaard, L. H., Skálová, T., Schnorr, K. M., Koval’, T., Kolenko, P., Stránský, J., Sedlák, D., Dušková, J., Trundová, M., Hašek, J. & Dohnálek, J. (2021). PubMed PMC
Weichenberger, C. X., Afonine, P. V., Kantardjieff, K. & Rupp, B. (2015). PubMed PMC
Winter, G. (2010).
Winter, G., Waterman, D. G., Parkhurst, J. M., Brewster, A. S., Gildea, R. J., Gerstel, M., Fuentes-Montero, L., Vollmar, M., Michels-Clark, T., Young, I. D., Sauter, N. K. & Evans, G. (2018). PubMed PMC
Tetracycline-modifying enzyme SmTetX from Stenotrophomonas maltophilia