PAIREF: paired refinement also for Phenix users
Jazyk angličtina Země Spojené státy americké Médium print-electronic
Typ dokumentu časopisecké články
Grantová podpora
CZ.02.1.01/0.0/0.0/16_019/0000778
Ministerstvo Školství, Mládeže a Tělovýchovy
CZ.02.1.01/0.0/0.0/15_003/0000447
Ministerstvo Školství, Mládeže a Tělovýchovy
CZ.1.05/1.1.00/02.0109
Ministerstvo Školství, Mládeže a Tělovýchovy
18-10687S
Grantová Agentura České Republiky
86652036
Akademie Věd České Republiky
SGS19/189/OHK4/3T/14
České Vysoké Učení Technické v Praze
PubMed
34196613
PubMed Central
PMC8248825
DOI
10.1107/s2053230x21006129
PII: S2053230X21006129
Knihovny.cz E-zdroje
- Klíčová slova
- PAIREF, Phenix, X-ray diffraction, high-resolution limit, macromolecular crystallography, paired refinement,
- MeSH
- databáze proteinů * normy MeSH
- krystalografie rentgenová metody normy MeSH
- software * normy MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
In macromolecular crystallography, paired refinement is generally accepted to be the optimal approach for the determination of the high-resolution cutoff. The software tool PAIREF provides automation of the protocol and associated analysis. Support for phenix.refine as a refinement engine has recently been implemented in the program. This feature is presented here using previously published data for thermolysin. The results demonstrate the importance of the complete cross-validation procedure to obtain a thorough and unbiased insight into the quality of high-resolution data.
Zobrazit více v PubMed
Afonine, P. V., Grosse-Kunstleve, R. W., Echols, N., Headd, J. J., Moriarty, N. W., Mustyakimov, M., Terwilliger, T. C., Urzhumtsev, A., Zwart, P. H. & Adams, P. D. (2012). Acta Cryst. D68, 352–367. PubMed PMC
Behnen, J., Köster, H., Neudert, G., Craan, T., Heine, A. & Klebe, G. (2012). ChemMedChem, 7, 248–261. PubMed
Brünger, A. T. (1993). Acta Cryst. D49, 24–36. PubMed
Campeotto, I., Lebedev, A., Schreurs, A. M. M., Kroon-Batenburg, L. M. J., Lowe, E., Phillips, S. E. V., Murshudov, G. N. & Pearson, A. R. (2018). Sci. Rep. 8, 14876. PubMed PMC
Diederichs, K. & Karplus, P. A. (2013). Acta Cryst. D69, 1215–1222. PubMed PMC
Evans, P. R. & Murshudov, G. N. (2013). Acta Cryst. D69, 1204–1214. PubMed PMC
Headd, J. J., Echols, N., Afonine, P. V., Grosse-Kunstleve, R. W., Chen, V. B., Moriarty, N. W., Richardson, D. C., Richardson, J. S. & Adams, P. D. (2012). Acta Cryst. D68, 381–390. PubMed PMC
Jiang, J.-S. & Brünger, A. T. (1994). J. Mol. Biol. 243, 100–115. PubMed
Karplus, P. A. & Diederichs, K. (2012). Science, 336, 1030–1033. PubMed PMC
Karplus, P. A. & Diederichs, K. (2015). Curr. Opin. Struct. Biol. 34, 60–68. PubMed PMC
Kovalevskiy, O., Nicholls, R. A., Long, F., Carlon, A. & Murshudov, G. N. (2018). Acta Cryst. D74, 215–227. PubMed PMC
Liebschner, D., Afonine, P. V., Baker, M. L., Bunkóczi, G., Chen, V. B., Croll, T. I., Hintze, B., Hung, L.-W., Jain, S., McCoy, A. J., Moriarty, N. W., Oeffner, R. D., Poon, B. K., Prisant, M. G., Read, R. J., Richardson, J. S., Richardson, D. C., Sammito, M. D., Sobolev, O. V., Stockwell, D. H., Terwilliger, T. C., Urzhumtsev, A. G., Videau, L. L., Williams, C. J. & Adams, P. D. (2019). Acta Cryst. D75, 861–877.
Luebben, J. & Gruene, T. (2015). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 112, 8999–9003. PubMed PMC
Malý, M., Diederichs, K., Dohnálek, J. & Kolenko, P. (2020). IUCrJ, 7, 681–692. PubMed PMC
Murshudov, G. N., Skubák, P., Lebedev, A. A., Pannu, N. S., Steiner, R. A., Nicholls, R. A., Winn, M. D., Long, F. & Vagin, A. A. (2011). Acta Cryst. D67, 355–367. PubMed PMC
Shabalin, I. G., Porebski, P. J. & Minor, W. (2018). Crystallogr. Rev. 24, 236–262. PubMed PMC
Švecová, L., Østergaard, L. H., Skálová, T., Schnorr, K. M., Koval’, T., Kolenko, P., Stránský, J., Sedlák, D., Dušková, J., Trundová, M., Hašek, J. & Dohnálek, J. (2021). Acta Cryst. D77, 755–775. PubMed PMC
Weichenberger, C. X., Afonine, P. V., Kantardjieff, K. & Rupp, B. (2015). Acta Cryst. D71, 1023–1038. PubMed PMC
Winter, G. (2010). J. Appl. Cryst. 43, 186–190.
Winter, G., Waterman, D. G., Parkhurst, J. M., Brewster, A. S., Gildea, R. J., Gerstel, M., Fuentes-Montero, L., Vollmar, M., Michels-Clark, T., Young, I. D., Sauter, N. K. & Evans, G. (2018). Acta Cryst. D74, 85–97. PubMed PMC
Tetracycline-modifying enzyme SmTetX from Stenotrophomonas maltophilia