PAIREF: paired refinement also for Phenix users

. 2021 Jul 01 ; 77 (Pt 7) : 226-229. [epub] 20210629

Jazyk angličtina Země Spojené státy americké Médium print-electronic

Typ dokumentu časopisecké články

Perzistentní odkaz   https://www.medvik.cz/link/pmid34196613

Grantová podpora
CZ.02.1.01/0.0/0.0/16_019/0000778 Ministerstvo Školství, Mládeže a Tělovýchovy
CZ.02.1.01/0.0/0.0/15_003/0000447 Ministerstvo Školství, Mládeže a Tělovýchovy
CZ.1.05/1.1.00/02.0109 Ministerstvo Školství, Mládeže a Tělovýchovy
18-10687S Grantová Agentura České Republiky
86652036 Akademie Věd České Republiky
SGS19/189/OHK4/3T/14 České Vysoké Učení Technické v Praze

In macromolecular crystallography, paired refinement is generally accepted to be the optimal approach for the determination of the high-resolution cutoff. The software tool PAIREF provides automation of the protocol and associated analysis. Support for phenix.refine as a refinement engine has recently been implemented in the program. This feature is presented here using previously published data for thermolysin. The results demonstrate the importance of the complete cross-validation procedure to obtain a thorough and unbiased insight into the quality of high-resolution data.

Zobrazit více v PubMed

Afonine, P. V., Grosse-Kunstleve, R. W., Echols, N., Headd, J. J., Moriarty, N. W., Mustyakimov, M., Terwilliger, T. C., Urzhumtsev, A., Zwart, P. H. & Adams, P. D. (2012). Acta Cryst. D68, 352–367. PubMed PMC

Behnen, J., Köster, H., Neudert, G., Craan, T., Heine, A. & Klebe, G. (2012). ChemMedChem, 7, 248–261. PubMed

Brünger, A. T. (1993). Acta Cryst. D49, 24–36. PubMed

Campeotto, I., Lebedev, A., Schreurs, A. M. M., Kroon-Batenburg, L. M. J., Lowe, E., Phillips, S. E. V., Murshudov, G. N. & Pearson, A. R. (2018). Sci. Rep. 8, 14876. PubMed PMC

Diederichs, K. & Karplus, P. A. (2013). Acta Cryst. D69, 1215–1222. PubMed PMC

Evans, P. R. & Murshudov, G. N. (2013). Acta Cryst. D69, 1204–1214. PubMed PMC

Headd, J. J., Echols, N., Afonine, P. V., Grosse-Kunstleve, R. W., Chen, V. B., Moriarty, N. W., Richardson, D. C., Richardson, J. S. & Adams, P. D. (2012). Acta Cryst. D68, 381–390. PubMed PMC

Jiang, J.-S. & Brünger, A. T. (1994). J. Mol. Biol. 243, 100–115. PubMed

Karplus, P. A. & Diederichs, K. (2012). Science, 336, 1030–1033. PubMed PMC

Karplus, P. A. & Diederichs, K. (2015). Curr. Opin. Struct. Biol. 34, 60–68. PubMed PMC

Kovalevskiy, O., Nicholls, R. A., Long, F., Carlon, A. & Murshudov, G. N. (2018). Acta Cryst. D74, 215–227. PubMed PMC

Liebschner, D., Afonine, P. V., Baker, M. L., Bunkóczi, G., Chen, V. B., Croll, T. I., Hintze, B., Hung, L.-W., Jain, S., McCoy, A. J., Moriarty, N. W., Oeffner, R. D., Poon, B. K., Prisant, M. G., Read, R. J., Richardson, J. S., Richardson, D. C., Sammito, M. D., Sobolev, O. V., Stockwell, D. H., Terwilliger, T. C., Urzhumtsev, A. G., Videau, L. L., Williams, C. J. & Adams, P. D. (2019). Acta Cryst. D75, 861–877.

Luebben, J. & Gruene, T. (2015). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 112, 8999–9003. PubMed PMC

Malý, M., Diederichs, K., Dohnálek, J. & Kolenko, P. (2020). IUCrJ, 7, 681–692. PubMed PMC

Murshudov, G. N., Skubák, P., Lebedev, A. A., Pannu, N. S., Steiner, R. A., Nicholls, R. A., Winn, M. D., Long, F. & Vagin, A. A. (2011). Acta Cryst. D67, 355–367. PubMed PMC

Shabalin, I. G., Porebski, P. J. & Minor, W. (2018). Crystallogr. Rev. 24, 236–262. PubMed PMC

Švecová, L., Østergaard, L. H., Skálová, T., Schnorr, K. M., Koval’, T., Kolenko, P., Stránský, J., Sedlák, D., Dušková, J., Trundová, M., Hašek, J. & Dohnálek, J. (2021). Acta Cryst. D77, 755–775. PubMed PMC

Weichenberger, C. X., Afonine, P. V., Kantardjieff, K. & Rupp, B. (2015). Acta Cryst. D71, 1023–1038. PubMed PMC

Winter, G. (2010). J. Appl. Cryst. 43, 186–190.

Winter, G., Waterman, D. G., Parkhurst, J. M., Brewster, A. S., Gildea, R. J., Gerstel, M., Fuentes-Montero, L., Vollmar, M., Michels-Clark, T., Young, I. D., Sauter, N. K. & Evans, G. (2018). Acta Cryst. D74, 85–97. PubMed PMC

Nejnovějších 20 citací...

Zobrazit více v
Medvik | PubMed

Diffraction anisotropy and paired refinement: crystal structure of H33, a protein binder to interleukin 10

. 2023 Aug 01 ; 56 (Pt 4) : 1261-1266. [epub] 20230616

Tetracycline-modifying enzyme SmTetX from Stenotrophomonas maltophilia

. 2023 Jul 01 ; 79 (Pt 7) : 180-192. [epub] 20230705

Najít záznam

Citační ukazatele

Nahrávání dat ...

Možnosti archivace

Nahrávání dat ...