PAIREF: paired refinement also for Phenix users

. 2021 Jul 01 ; 77 (Pt 7) : 226-229. [epub] 20210629

Jazyk angličtina Země Spojené státy americké Médium print-electronic

Typ dokumentu časopisecké články

Perzistentní odkaz   https://www.medvik.cz/link/pmid34196613

Grantová podpora
CZ.02.1.01/0.0/0.0/16_019/0000778 Ministerstvo Školství, Mládeže a Tělovýchovy
CZ.02.1.01/0.0/0.0/15_003/0000447 Ministerstvo Školství, Mládeže a Tělovýchovy
CZ.1.05/1.1.00/02.0109 Ministerstvo Školství, Mládeže a Tělovýchovy
18-10687S Grantová Agentura České Republiky
86652036 Akademie Věd České Republiky
SGS19/189/OHK4/3T/14 České Vysoké Učení Technické v Praze

In macromolecular crystallography, paired refinement is generally accepted to be the optimal approach for the determination of the high-resolution cutoff. The software tool PAIREF provides automation of the protocol and associated analysis. Support for phenix.refine as a refinement engine has recently been implemented in the program. This feature is presented here using previously published data for thermolysin. The results demonstrate the importance of the complete cross-validation procedure to obtain a thorough and unbiased insight into the quality of high-resolution data.

Zobrazit více v PubMed

Afonine, P. V., Grosse-Kunstleve, R. W., Echols, N., Headd, J. J., Moriarty, N. W., Mustyakimov, M., Terwilliger, T. C., Urzhumtsev, A., Zwart, P. H. & Adams, P. D. (2012). PubMed PMC

Behnen, J., Köster, H., Neudert, G., Craan, T., Heine, A. & Klebe, G. (2012). PubMed

Brünger, A. T. (1993). PubMed

Campeotto, I., Lebedev, A., Schreurs, A. M. M., Kroon-Batenburg, L. M. J., Lowe, E., Phillips, S. E. V., Murshudov, G. N. & Pearson, A. R. (2018). PubMed PMC

Diederichs, K. & Karplus, P. A. (2013). PubMed PMC

Evans, P. R. & Murshudov, G. N. (2013). PubMed PMC

Headd, J. J., Echols, N., Afonine, P. V., Grosse-Kunstleve, R. W., Chen, V. B., Moriarty, N. W., Richardson, D. C., Richardson, J. S. & Adams, P. D. (2012). PubMed PMC

Jiang, J.-S. & Brünger, A. T. (1994). PubMed

Karplus, P. A. & Diederichs, K. (2012). PubMed PMC

Karplus, P. A. & Diederichs, K. (2015). PubMed PMC

Kovalevskiy, O., Nicholls, R. A., Long, F., Carlon, A. & Murshudov, G. N. (2018). PubMed PMC

Liebschner, D., Afonine, P. V., Baker, M. L., Bunkóczi, G., Chen, V. B., Croll, T. I., Hintze, B., Hung, L.-W., Jain, S., McCoy, A. J., Moriarty, N. W., Oeffner, R. D., Poon, B. K., Prisant, M. G., Read, R. J., Richardson, J. S., Richardson, D. C., Sammito, M. D., Sobolev, O. V., Stockwell, D. H., Terwilliger, T. C., Urzhumtsev, A. G., Videau, L. L., Williams, C. J. & Adams, P. D. (2019).

Luebben, J. & Gruene, T. (2015). PubMed PMC

Malý, M., Diederichs, K., Dohnálek, J. & Kolenko, P. (2020). PubMed PMC

Murshudov, G. N., Skubák, P., Lebedev, A. A., Pannu, N. S., Steiner, R. A., Nicholls, R. A., Winn, M. D., Long, F. & Vagin, A. A. (2011). PubMed PMC

Shabalin, I. G., Porebski, P. J. & Minor, W. (2018). PubMed PMC

Švecová, L., Østergaard, L. H., Skálová, T., Schnorr, K. M., Koval’, T., Kolenko, P., Stránský, J., Sedlák, D., Dušková, J., Trundová, M., Hašek, J. & Dohnálek, J. (2021). PubMed PMC

Weichenberger, C. X., Afonine, P. V., Kantardjieff, K. & Rupp, B. (2015). PubMed PMC

Winter, G. (2010).

Winter, G., Waterman, D. G., Parkhurst, J. M., Brewster, A. S., Gildea, R. J., Gerstel, M., Fuentes-Montero, L., Vollmar, M., Michels-Clark, T., Young, I. D., Sauter, N. K. & Evans, G. (2018). PubMed PMC

Nejnovějších 20 citací...

Zobrazit více v
Medvik | PubMed

Diffraction anisotropy and paired refinement: crystal structure of H33, a protein binder to interleukin 10

. 2023 Aug 01 ; 56 (Pt 4) : 1261-1266. [epub] 20230616

Tetracycline-modifying enzyme SmTetX from Stenotrophomonas maltophilia

. 2023 Jul 01 ; 79 (Pt 7) : 180-192. [epub] 20230705

Najít záznam

Citační ukazatele

Pouze přihlášení uživatelé

Možnosti archivace

Nahrávání dat ...