The ability to predict and design protein structures has led to numerous applications in medicine, diagnostics and sustainable chemical manufacture. In addition, the wealth of predicted protein structures has advanced our understanding of how life's molecules function and interact. Honouring the work that has fundamentally changed the way scientists research and engineer proteins, the Nobel Prize in Chemistry in 2024 was awarded to David Baker for computational protein design and jointly to Demis Hassabis and John Jumper, who developed AlphaFold for machine-learning-based protein structure prediction. Here, we highlight notable contributions to the development of these computational tools and their importance for the design of functional proteins that are applied in organic synthesis. Notably, both technologies have the potential to impact drug discovery as any therapeutic protein target can now be modelled, allowing the de novo design of peptide binders and the identification of small molecule ligands through in silico docking of large compound libraries. Looking ahead, we highlight future research directions in protein engineering, medicinal chemistry and material design that are enabled by this transformative shift in protein science.

Biotechnology and Enzyme Catalysis Institute of Biochemistry University of Greifswald Felix Hausdorff Str 4 17489 Greifswald Germany

Competence Center for Biocatalysis Institute of Chemistry and Biotechnology Zurich University of Applied Sciences Einsiedlerstrasse 31 8820 Wädenswil Switzerland

International Clinical Research Centre St Anne's University Hospital Pekarska 53 Brno Czech Republic

Laboratory of Organic Chemistry ETH Zürich 8093 Zürich Switzerland

Loschmidt Laboratories Dept of Experimental Biology and RECETOX Faculty of Science Masaryk University Kamenice 5 625 00 Brno Czech Republic

Zobrazit více v PubMed

R. Buller, S. Lutz, R. J. Kazlauskas, R. Snajdrova, J. C. Moore, U. T. Bornscheuer, Science 2023, 382, eadh8615;

U. T. Bornscheuer, G. W. Huisman, R. J. Kazlauskas, S. Lutz, J. C. Moore, K. Robins, Nature 2012, 485, 185–194.

J. C. Kendrew, G. Bodo, H. M. Dintzis, R. G. Parrish, H. Wyckoff, D. C. Phillips, Nature 1958, 181, 662–666;

M. F. Perutz, M. G. Rossmann, A. F. Cullis, H. Muirhead, G. Will, A. C. T. North, Nature 1960, 185, 416–422.

Z. Yang, X. Zeng, Y. Zhao, R. Chen, Signal Transd. Targ. Ther. 2023, 8, 115.

L. Regan, W. F. DeGrado, Science 1988, 241, 976–978.

B. I. Dahiyat, S. L. Mayo, Science 1997, 278, 82–87.

B. Kuhlman, G. Dantas, G. C. Ireton, G. Varani, B. L. Stoddard, D. Baker, Science 2003, 302, 1364–1368.

A. E. Chu, T. Lu, P.-S. Huang, Nat. Biotechnol. 2024, 42, 203–215.

G. Kiss, N. Çelebi-Ölçüm, R. Moretti, D. Baker, K. N. Houk, Angew. Chem. Int. Ed. 2013, 52, 5700–5025;

H. Kries, R. Blomberg, D. Hilvert, Curr. Opin. Chem. Biol. 2013, 17, 221–228.

C. A. Rohl, C. E. M. Strauss, K. M. S. Misura, D. Baker, in Methods Enzymol., Vol. 383, Academic Press, 2004, pp. 66–93.

R. F. Alford, A. Leaver-Fay, J. R. Jeliazkov, M. J. O'Meara, F. P. DiMaio, H. Park, M. V. Shapovalov, P. D. Renfrew, V. K. Mulligan, K. Kappel, J. W. Labonte, M. S. Pacella, R. Bonneau, P. Bradley, R. L. Dunbrack, Jr., R. Das, D. Baker, B. Kuhlman, T. Kortemme, J. J. Gray, J. Chem. Theory Comp. 2017, 13, 3031–3048.

F. DiMaio, N. Echols, J. J. Headd, T. C. Terwilliger, P. D. Adams, D. Baker, Nat. Meth. 2013, 10, 1102–1104;

J. A.-O. Koehler Leman, G. Künze, Int. J. Mol. Sci. 2024, 24, 7835;

B. Frenz, A. C. Walls, E. H. Egelman, D. Veesler, F. DiMaio, Nat. Meth. 2017, 14, 797–800.

D. Baker, G. Church, Science 2024, 383, 349–349.

https://www.skbioscience.com/en/news/news 01 01?mode=view&id=214&, 2024.

H. J. Wijma, M. Fürst, D. B. Janssen, Methods Mol. Biol. 2018, 1685, 69–85.

J. J. Weinstein, A. Goldenzweig, S. Hoch, S. J. Fleishman, Bioinformatics 2021, 37, 123–125.

M. Musil, A. Jezik, J. Horackova, S. Borko, P. Kabourek, J. Damborsky, D. Bednar, Brief. Bioinform. 2024, 25, bbad425.

J. K. Leman, B. D. Weitzner, S. M. Lewis, J. Adolf-Bryfogle, N. Alam, R. F. Alford, M. Aprahamian, D. Baker, K. A. Barlow, P. Barth, B. Basanta, B. J. Bender, K. Blacklock, J. Bonet, S. E. Boyken, P. Bradley, C. Bystroff, P. Conway, S. Cooper, B. E. Correia, B. Coventry, R. Das, R. M. De Jong, F. DiMaio, L. Dsilva, R. Dunbrack, A. S. Ford, B. Frenz, D. Y. Fu, C. Geniesse, L. Goldschmidt, R. Gowthaman, J. J. Gray, D. Gront, S. Guffy, S. Horowitz, P.-S. Huang, T. Huber, T. M. Jacobs, J. R. Jeliazkov, D. K. Johnson, K. Kappel, J. Karanicolas, H. Khakzad, K. R. Khar, S. D. Khare, F. Khatib, A. Khramushin, I. C. King, R. Kleffner, B. Koepnick, T. Kortemme, G. Kuenze, B. Kuhlman, D. Kuroda, J. W. Labonte, J. K. Lai, G. Lapidoth, A. Leaver-Fay, S. Lindert, T. Linsky, N. London, J. H. Lubin, S. Lyskov, J. Maguire, L. Malmström, E. Marcos, O. Marcu, N. A. Marze, J. Meiler, R. Moretti, V. K. Mulligan, S. Nerli, C. Norn, S. Ó’Conchúir, N. Ollikainen, S. Ovchinnikov, M. S. Pacella, X. Pan, H. Park, R. E. Pavlovicz, M. Pethe, B. G. Pierce, K. B. Pilla, B. Raveh, P. D. Renfrew, S. S. R. Burman, A. Rubenstein, M. F. Sauer, A. Scheck, W. Schief, O. Schueler-Furman, Y. Sedan, A. M. Sevy, N. G. Sgourakis, L. Shi, J. B. Siegel, D.-A. Silva, S. Smith, Y. Song, Nat. Meth. 2020, 17, 665–680.

D. J. Tantillo, C. Jiangang, K. N. Houk, Curr. Opin. Chem. Biol. 1998, 2, 743–750.

D. Röthlisberger, O. Khersonsky, A. M. Wollacott, L. Jiang, J. DeChancie, J. Betker, J. L. Gallaher, E. A. Althoff, A. Zanghellini, O. Dym, S. Albeck, K. N. Houk, D. S. Tawfik, D. Baker, Nature 2008, 453, 190–195.

L. Jiang, E. A. Althoff, F. R. Clemente, L. Doyle, D. Röthlisberger, A. Zanghellini, J. L. Gallaher, J. L. Betker, F. Tanaka, C. F. Barbas III, D. Hilvert, K. N. Houk, B. L. Stoddard, D. Baker, Science 2008, 319, 1387–1391.

H. K. Privett, G. Kiss, T. M. Lee, R. Blomberg, R. A. Chica, L. M. Thomas, D. Hilvert, K. N. Houk, S. L. Mayo, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2012, 109, 3790–3795.

O. Khersonsky, G. Kiss, D. Röthlisberger, O. Dym, S. Albeck, K. N. Houk, D. Baker, D. S. Tawfik, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2012, 109, 10358–10363;

R. Blomberg, H. Kries, D. M. Pinkas, P. R. E. Mittl, M. G. Grütter, H. K. Privett, S. L. Mayo, D. Hilvert, Nature 2013, 503, 418–421.

J. B. Siegel, A. Zanghellini, H. M. Lovick, G. Kiss, A. R. Lambert, J. L. St Clair, J. L. Gallaher, D. Hilvert, M. H. Gelb, B. L. Stoddard, K. N. Houk, F. E. Michael, D. Baker, Science 2010, 329, 309–313.

S. Bjelic, L. G. Nivon, N. Celebi-Olcum, G. Kiss, C. F. Rosewall, H. M. Lovick, E. L. Ingalls, J. L. Gallaher, J. Seetharaman, S. Lew, G. T. Montelione, J. F. Hunt, F. E. Michael, K. N. Houk, D. Baker, ACS Chem. Biol. 2013, 8, 749–757.

J. B. Siegel, A. L. Smith, S. Poust, A. J. Wargacki, A. Bar-Even, C. Louw, B. W. Shen, C. B. Eiben, H. M. Tran, E. Noor, J. L. Gallaher, J. Bale, Y. Yoshikuni, M. H. Gelb, J. D. Keasling, B. L. Stoddard, M. E. Lidstrom, D. Baker, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2015, 112, 3704–3709.

T. Cai, H. Sun, J. Qiao, L. Zhu, F. Zhang, J. Zhang, Z. Tang, X. Wei, J. Yang, Q. Yuan, W. Wang, X. Yang, H. Chu, Q. Wang, C. You, H. Ma, Y. Sun, Y. Li, C. Li, H. Jiang, Q. Wang, Y. Ma, Science 2021, 373, 1523–1527.

M. A. Huffman, A. Fryszkowska, O. Alvizo, M. Borra-Garske, K. R. Campos, K. A. Canada, P. N. Devine, D. Duan, J. H. Forstater, S. T. Grosser, H. M. Halsey, G. J. Hughes, J. Jo, L. A. Joyce, J. N. Kolev, J. Liang, K. M. Maloney, B. F. Mann, N. M. Marshall, M. McLaughlin, J. C. Moore, G. S. Murphy, C. C. Nawrat, J. Nazor, S. Novick, N. R. Patel, A. Rodriguez-Granillo, S. A. Robaire, E. C. Sherer, M. D. Truppo, A. M. Whittaker, D. Verma, L. Xiao, Y. Xu, H. Yang, Science 2019, 366, 1255–1259.

J. L. Watson, D. Juergens, N. R. Bennett, B. L. Trippe, J. Yim, H. E. Eisenach, W. Ahern, A. J. Borst, R. J. Ragotte, L. F. Milles, B. I. M. Wicky, N. Hanikel, S. J. Pellock, A. Courbet, W. Sheffler, J. Wang, P. Venkatesh, I. Sappington, S. V. Torres, A. Lauko, V. De Bortoli, E. Mathieu, S. Ovchinnikov, R. Barzilay, T. S. Jaakkola, F. DiMaio, M. Baek, D. Baker, Nature 2023, 620, 1089–1100.

H. M. Berman, J. Westbrook, Z. Feng, G. Gilliland, T. N. Bhat, H. Weissig, I. N. Shindyalov, P. E. Bourne, Nucl. Acids Res. 2000, 28, 235–242.

A. E. Chu, J. Kim, L. Cheng, G. El Nesr, M. Xu, R. W. Shuai, P.-S. Huang, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2024, 121, e2311500121.

J. Ingraham, V. K. Garg, R. Barzilay, T. Jaakkola, in Neural Information Processing Systems Foundation, Vol. 32 (Eds.: H. Wallach, H. Larochelle, A. Beygelzimer, F. d'Alché-Buc, E. Fox, R. Garnett), 2019, pp. 15741–15752.

J. Dauparas, I. Anishchenko, N. Bennett, H. Bai, R. J. Ragotte, L. F. Milles, B. I. M. Wicky, A. Courbet, R. J. de Haas, N. Bethel, P. J. Y. Leung, T. F. Huddy, S. Pellock, D. Tischer, F. Chan, B. Koepnick, H. Nguyen, A. Kang, B. Sankaran, A. K. Bera, N. P. King, D. Baker, Science 2022, 378, 49–56.

O. Dutton, S. Bottaro, M. Invernizzi, I. Redl, A. Chung, F. Hoffmann, L. Henderson, S. Ruschetta, F. Airoldi, B. M. J. Owens, P. Foerch, C. Fisicaro, K. Tamiola, bioRxiv 2024, 10.1101/2024.1106.1115.599145.

K. H. Sumida, R. Núñez-Franco, I. Kalvet, S. J. Pellock, B. I. M. Wicky, L. F. Milles, J. Dauparas, J. Wang, Y. Kipnis, N. Jameson, A. Kang, J. De La Cruz, B. Sankaran, A. K. Bera, G. Jiménez-Osés, D. Baker, J. Am. Chem. Soc. 2024, 146, 2054–2061.

J. L. Watson, D. Juergens, N. R. Bennett, B. L. Trippe, J. Yim, H. E. Eisenach, W. Ahern, A. J. Borst, R. J. Ragotte, L. F. Milles, B. I. M. Wicky, N. Hanikel, S. J. Pellock, A. Courbet, W. Sheffler, J. Wang, P. Venkatesh, I. Sappington, S. V. Torres, A. Lauko, V. De Bortoli, E. Mathieu, R. Barzilay, T. S. Jaakkola, F. DiMaio, M. Baek, D. Baker, bioRxiv 2022, 2022.2012.2009.519842.

J. Jumper, R. Evans, A. Pritzel, T. Green, M. Figurnov, O. Ronneberger, K. Tunyasuvunakool, R. Bates, A. Žídek, A. Potapenko, A. Bridgland, C. Meyer, S. A. A. Kohl, A. J. Ballard, A. Cowie, B. Romera-Paredes, S. Nikolov, R. Jain, J. Adler, T. Back, S. Petersen, D. Reiman, E. Clancy, M. Zielinski, M. Steinegger, M. Pacholska, T. Berghammer, S. Bodenstein, D. Silver, O. Vinyals, A. W. Senior, K. Kavukcuoglu, P. Kohli, D. Hassabis, Nature 2021, 596, 583–589.

V. Zambaldi, D. La, A. E. Chu, H. H. Patani, A. E. Danson, T. O. C. Kwan, T. Frerix, R. G. Schneider, D. Saxton, A. Thillaisundaram, Z. Wu, I. Moraes, O. Lange, E. Papa, G. Stanton, V. Martin, S. Singh, L. H. Wong, R. Bates, S. A. A. Kohl, J. Abramson, A. W. Senior, Y. Alguel, M. Y. Wu, I. M. Aspalter, K. Bentley, D. L. V. Bauer, P. Cherepanov, D. Hassabis, P. Kohli, R. Fergus, J. Wang, arxiv.org 2024, 10.48550/arXiv.42409.08022.

A. Bushuiev, R. Bushuiev, P. Kouba, A. Filkin, M. Gabrielova, M. Gabriel, J. Sedlar, T. Pluskal, J. Damborsky, S. Mazurenko, J. Sivic, arxiv.org 2024, 10.48550/arXiv.42310.18515.

D. Kovtun, M. Akdel, A. Goncearenco, G. Zhou, G. Holt, D. Baugher, D. Lin, Y. Adeshina, T. Castiglione, X. Wang, C. Marquet, M. McPartlon, T. Geffner, E. Rossi, G. Corso, H. Stärk, Z. Carpenter, E. Kucukbenli, M. Bronstein, L. Naef, bioRxiv 2024, 10.1101/2024.1107.1117.603980.

M. Pacesa, L. Nickel, J. Schmidt, E. Pyatova, C. Schellhaas, L. Kissling, A. Alcaraz-Serna, Y. Cho, K. H. Ghamary, L. Vinué, B. J. Yachnin, A. M. Wollacott, S. Buckley, S. Georgeon, C. A. Goverde, G. N. Hatzopoulos, P. Gönczy, Y. D. Muller, G. Schwank, S. Ovchinnikov, B. E. Correia, bioRxiv 2024, 2024.2009.2030.615802.

B. Huang, M. Abedi, G. Ahn, B. Coventry, I. Sappington, C. Tang, R. Wang, T. Schlichthaerle, J. Z. Zhang, Y. Wang, I. Goreshnik, C. W. Chiu, A. Chazin-Gray, S. Chan, S. Gerben, A. Murray, S. Wang, J. O'Neill, L. Yi, R. Yeh, A. Misquith, A. Wolf, L. M. Tomasovic, D. I. Piraner, M. J. Duran Gonzalez, N. R. Bennett, P. Venkatesh, M. Ahlrichs, C. Dobbins, W. Yang, X. Wang, D. D. Sahtoe, D. Vafeados, R. Mout, S. Shivaei, L. Cao, L. Carter, L. Stewart, J. B. Spangler, K. T. Roybal, P. Greisen, Jr., X. Li, G. J. L. Bernardes, C. R. Bertozzi, D. Baker, Nature 2024, 10.1038/s41586-41024-07948-41582.

S. Vázquez Torres, P. J. Y. Leung, P. Venkatesh, I. D. Lutz, F. Hink, H.-H. Huynh, J. Becker, A. H.-W. Yeh, D. Juergens, N. R. Bennett, A. N. Hoofnagle, E. Huang, M. J. MacCoss, M. Expòsit, G. R. Lee, A. K. Bera, A. Kang, J. De La Cruz, P. M. Levine, X. Li, M. Lamb, S. R. Gerben, A. Murray, P. Heine, E. N. Korkmaz, J. Nivala, L. Stewart, J. L. Watson, J. M. Rogers, D. Baker, Nature 2024, 626, 435–442.

S. Berhanu, S. Majumder, T. Müntener, J. Whitehouse, C. Berner, A. K. Bera, A. Kang, B. Liang, N. Khan, B. Sankaran, L. K. Tamm, D. J. Brockwell, S. Hiller, S. E. Radford, D. Baker, A. A. Vorobieva, Science 2024, 385, 282–288;

L. An, M. Said, L. Tran, S. Majumder, I. Goreshnik, G. R. Lee, D. Juergens, J. Dauparas, I. Anishchenko, B. Coventry, A. K. Bera, A. Kang, P. M. Levine, V. Alvarez, A. Pillai, C. Norn, D. Feldman, D. Zorine, D. R. Hicks, X. Li, M. G. Sanchez, D. K. Vafeados, P. J. Salveson, A. A. Vorobieva, D. Baker, Science 2024, 385, 276–282.

C. A. Goverde, M. Pacesa, N. Goldbach, L. J. Dornfeld, P. E. M. Balbi, S. Georgeon, S. Rosset, S. Kapoor, J. Choudhury, J. Dauparas, C. Schellhaas, S. Kozlov, D. Baker, S. Ovchinnikov, A. J. Vecchio, B. E. Correia, Nature 2024, 631, 449–458.

J. Dauparas, G. R. Lee, R. Pecoraro, L. An, I. Anishchenko, C. Glasscock, D. Baker, bioRxiv 2023, 10.1101/2023.1112.1122.573103.

A. H.-W. Yeh, C. Norn, Y. Kipnis, D. Tischer, S. J. Pellock, D. Evans, P. Ma, G. R. Lee, J. Z. Zhang, I. Anishchenko, B. Coventry, L. Cao, J. Dauparas, S. Halabiya, M. DeWitt, L. Carter, K. N. Houk, D. Baker, Nature 2023, 614, 774–780.

J.-S. Völler, Nat. Catal. 2023, 6, 216.

O. Khersonsky, D. Rothlisberger, O. Dym, S. Albeck, C. J. Jackson, D. Baker, D. S. Tawfik, J. Mol. Biol. 2010, 396, 1025–1042.

A. Lauko, S. J. Pellock, I. Anischanka, K. H. Sumida, D. Juergens, W. Ahern, A. Shida, A. Hunt, I. Kalvet, C. Norn, I. R. Humphreys, C. Jamieson, A. Kang, E. Brackenbrough, A. K. Bera, B. Sankaran, K. N. Houk, D. Baker, bioRxiv 2024, 10.1101/2024.1108.1129.610411.

D. Kim, S. M. Woodbury, W. Ahern, I. Kalvet, N. Hanikel, S. Salike, S. J. Pellock, A. Lauko, D. Hilvert, D. Baker, bioRxiv 2024, 10.1101/2024.1111.1113.623507v623501.

C. B. Anfinsen, Science 1973, 181, 223–230.

J. Moult, R. Pedersen, K. Judson, K. Fidelis, Proteins 1995, 23, ii–v.

J. A.-O. Pereira, A. J. Simpkin, M. D. Hartmann, D. A.-O. Rigden, R. M. Keegan, A. N. Lupas, Proteins 2021, 89, 1687–1699.

M. Baek, F. DiMaio, I. Anishchenko, J. Dauparas, S. Ovchinnikov, G. R. Lee, J. Wang, Q. Cong, L. N. Kinch, R. D. Schaeffer, C. Millán, H. Park, C. Adams, C. R. Glassman, A. DeGiovanni, J. H. Pereira, A. V. Rodrigues, A. A. van Dijk, A. C. Ebrecht, D. J. Opperman, T. Sagmeister, C. Buhlheller, T. Pavkov-Keller, M. K. Rathinaswamy, U. Dalwadi, C. K. Yip, J. E. Burke, K. C. Garcia, N. V. Grishin, P. D. Adams, R. J. Read, D. Baker, Science 2021, 373, 871–876.

Z. Lin, H. Akin, R. Rao, B. Hie, Z. Zhu, W. Lu, N. Smetanin, R. Verkuil, O. Kabeli, Y. Shmueli, A. dos Santos Costa, M. Fazel-Zarandi, T. Sercu, S. Candido, A. Rives, Science 2023, 379, 1123–1130.

M. Mirdita, K. Schütze, Y. Moriwaki, L. Heo, S. Ovchinnikov, M. Steinegger, Nat. Meth. 2022, 19, 679–682.

T. G. Flower, J. H. Hurley, Protein Sci. 2021, 30, 728–734;

L. Hu, W. Salmen, B. Sankaran, Y. Lasanajak, D. F. Smith, S. E. Crawford, M. K. Estes, B. V. V. Prasad, Commun. Biol. 2022, 5, 419;

I. Skalidis, F. L. Kyrilis, C. Tüting, F. Hamdi, G. Chojnowski, P. L. Kastritis, Structure 2022, 30, 575–589.e576;

D. J. Wasilko, B. S. Gerstenberger, K. A. Farley, W. Li, J. Alley, M. E. Schnute, R. J. Unwalla, J. Victorino, K. K. Crouse, R. Ding, P. V. Sahasrabudhe, F. Vincent, R. K. Frisbie, A. Dermenci, A. Flick, C. Choi, G. Chinigo, J. J. Mousseau, J. I. Trujillo, P. Nuhant, P. Mondal, V. Lombardo, D. Lamb, B. J. Hogan, G. S. Minhas, E. Segala, C. Oswald, I. W. Windsor, S. Han, M. Rappas, R. M. Cooke, M. F. Calabrese, G. Berstein, A. Thorarensen, H. Wu, Nat. Commun. 2024, 15, 7574.

C. A. Goverde, B. Wolf, H. Khakzad, S. Rosset, B. E. Correia, Protein Sci. 2023, 32, e4653.

D. Zeng, J. Xin, K. Yang, S. Guo, Q. Wang, Y. Gao, H. Chen, J. Ge, Z. Lu, L. Zhang, J. Chen, Y. Chen, N. Xia, in Viruses, Vol. 14, 2022, 10.3390/v14061305.

W. Ma, S. Zhang, Z. Li, M. Jiang, S. Wang, W. Lu, X. Bi, H. Jiang, H. Zhang, Z. Wei, J. Chem. Inf. Model. 2022, 62, 4008–4017.

P. Trepte, C. Secker, J. Olivet, J. Blavier, S. Kostova, S. B. Maseko, I. Minia, E. Silva Ramos, P. Cassonnet, S. Golusik, M. Zenkner, S. Beetz, M. J. Liebich, N. Scharek, A. Schütz, M. Sperling, M. Lisurek, Y. Wang, K. Spirohn, T. Hao, M. A. Calderwood, D. E. Hill, M. Landthaler, S. G. Choi, J.-C. Twizere, M. Vidal, E. E. Wanker, Mol. Syst. Biol. 2024, 20, 428–457.

J. A. Lees, J. M. Dias, F. Rajamohan, J.-P. Fortin, R. O'Connor, J. X. Kong, E. A. G. Hughes, E. L. Fisher, J. B. Tuttle, G. Lovett, B. L. Kormos, R. J. Unwalla, L. Zhang, A.-M. Dechert Schmitt, D. Zhou, M. Moran, K. A. Stevens, K. F. Fennell, A. E. Varghese, A. Maxwell, E. E. Cote, Y. Zhang, S. Han, Nat. Commun. 2023, 14, 5938;

Z. L. Johnson, M. Ammirati, D. J. Wasilko, J. S. Chang, S. Noell, T. L. Foley, H. Yoon, K. Smith, S. Asano, K. Hales, M. Wan, Q. Yang, M. A. Piotrowski, K. A. Farley, T. Gilbert, L. M. Aschenbrenner, K. F. Fennell, J. K. Dutra, M. Xu, C. Guo, A. E. Varghese, J. Bellenger, A. Quinn, C. W. am Ende, G. M. West, M. C. Griffor, D. Bennett, M. Calabrese, C. M. Steppan, S. Han, H. Wu, Nat. Struct. Mol. Biol. 2023, 30, 22–30.

J. Lyu, N. Kapolka, R. Gumpper, A. Alon, L. Wang, M. K. Jain, X. Barros-Álvarez, K. Sakamoto, Y. Kim, J. DiBerto, K. Kim, I. S. Glenn, T. A. Tummino, S. Huang, J. J. Irwin, O. O. Tarkhanova, Y. Moroz, G. Skiniotis, A. C. Kruse, B. K. Shoichet, B. L. Roth, Science 2024, 384, eadn6354.

F. Ren, X. Ding, M. Zheng, M. Korzinkin, X. Cai, W. Zhu, A. Mantsyzov, A. Aliper, V. Aladinskiy, Z. Cao, S. Kong, X. Long, B. H. Man Liu, Y. Liu, V. Naumov, A. Shneyderman, I. V. Ozerov, J. Wang, F. W. Pun, D. A. Polykovskiy, C. Sun, M. Levitt, A. Aspuru-Guzik, A. Zhavoronkov, Chem. Sci. 2023, 14, 1443–1452.

A. Comajuncosa-Creus, G. Jorba, X. Barril, P. Aloy, Nat. Commun. 2024, 15, 7917.

J. Abramson, J. Adler, J. Dunger, R. Evans, T. Green, A. Pritzel, O. Ronneberger, L. Willmore, A. J. Ballard, J. Bambrick, S. W. Bodenstein, D. A. Evans, C.-C. Hung, M. O'Neill, D. Reiman, K. Tunyasuvunakool, Z. Wu, A. Žemgulytė, E. Arvaniti, C. Beattie, O. Bertolli, A. Bridgland, A. Cherepanov, M. Congreve, A. I. Cowen-Rivers, A. Cowie, M. Figurnov, F. B. Fuchs, H. Gladman, R. Jain, Y. A. Khan, C. M. R. Low, K. Perlin, A. Potapenko, P. Savy, S. Singh, A. Stecula, A. Thillaisundaram, C. Tong, S. Yakneen, E. D. Zhong, M. Zielinski, A. Žídek, V. Bapst, P. Kohli, M. Jaderberg, D. Hassabis, J. M. Jumper, Nature 2024, 630, 493–500.

S. Reardon, Nature 2024, 635, 246–248.

S. L. Lovelock, R. Crawshaw, S. Basler, C. Levy, D. Baker, D. Hilvert, A. P. Green, Nature 2022, 606, 49–58.

H. K. Wayment-Steele, A. Ojoawo, R. Otten, J. M. Apitz, W. Pitsawong, M. Hömberger, S. Ovchinnikov, L. Colwell, D. Kern, Nature 2024, 625, 832–839.

A. Lappala, Curr. Opin. Struct. Biol. 2024, 89, 102919.

J. Damborsky, P. Kouba, J. Sivic, D. Bednar, S. Mazurenko, ChemRxiv 2024, 10.26434/chemrxiv-22024-pwkq26435.

F. H. Arnold, Angew. Chem. Int. Ed. 2019, 58, 14420–14426.

U. T. Bornscheuer, B. Hauer, K. E. Jaeger, U. Schwaneberg, Angew. Chem. Int. Ed. 2019, 58, 36–40.

D. Patsch, R. Buller, Chimia 2023, 77, 116–121.

J. Damborsky, Quan. Struct. Act. Rel. 1997, 16, 126–135;

J. Damborsky, Protein Eng. 1998, 11, 21–30;

G. Bucht, P. Wikstrom, K. Hjalmarsson, Biochim. Biophys. Acta, Protein Struct. Mol. Enzymol. 1999, 1431, 471–482;

T. Aita, H. Uchiyama, T. Inaoka, M. Nakajima, T. Kokubo, Y. Husimi, Biopolymers 2000, 54, 64–79.

P. J. Ballester, A. Schreyer, T. L. Blundell, J. Chem. Inf. Model. 2014, 54, 944–955.

G. Durant, F. Boyles, K. Birchall, C. M. Deane, Nat. Comp. Sci. 2024, 4, 735–743.