Genetic variation occurring within conserved functional protein domains warrants special attention when examining DNA variation in the context of disease causation. Here we introduce a resource, freely available at www.prot2hg.com, that addresses the question of whether a particular variant falls onto an annotated protein domain and directly translates chromosomal coordinates onto protein residues. The tool can perform a multiple-site query in a simple way, and the whole dataset is available for download as well as incorporated into our own accessible pipeline. To create this resource, National Center for Biotechnology Information protein data were retrieved using the Entrez Programming Utilities. After processing all human protein domains, residue positions were reverse translated and mapped to the reference genome hg19 and stored in a MySQL database. In total, 760 487 protein domains from 42 371 protein models were mapped to hg19 coordinates and made publicly available for search or download (www.prot2hg.com). In addition, this annotation was implemented into the genomics research platform GENESIS in order to query nearly 8000 exomes and genomes of families with rare Mendelian disorders (tgp-foundation.org). When applied to patient genetic data, we found that rare (<1%) variants in the Genome Aggregation Database were significantly more annotated onto a protein domain in comparison to common (>1%) variants. Similarly, variants described as pathogenic or likely pathogenic in ClinVar were more likely to be annotated onto a domain. In addition, we tested a dataset consisting of 60 causal variants in a cohort of patients with epileptic encephalopathy and found that 71% of them (43 variants) were propagated onto protein domains. In summary, we developed a resource that annotates variants in the coding part of the genome onto conserved protein domains in order to increase variant prioritization efficiency.Database URL: www.prot2hg.com.

• MeSH
• anotace sekvence metody   MeSH
• data mining metody   MeSH
• databáze genetické * MeSH
• datové kurátorství metody   MeSH
• genetická variace * MeSH
• genom lidský genetika   MeSH
• genomika metody   MeSH
• internet MeSH
• lidé MeSH
• proteinové domény genetika   MeSH
• proteiny chemie   genetika   metabolismus   MeSH
• výpočetní biologie metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

With the advent of precision and genomic medicine, a critical issue is whether a disease gene variant is pathogenic or benign. Such is the case for the three autosomal dominant acute hepatic porphyrias (AHPs), including acute intermittent porphyria, hereditary coproporphyria, and variegate porphyria, each resulting from the half-normal enzymatic activities of hydroxymethylbilane synthase, coproporphyrinogen oxidase, and protoporphyrinogen oxidase, respectively. To date, there is no public database that documents the likely pathogenicity of variants causing the porphyrias, and more specifically, the AHPs with biochemically and clinically verified information. Therefore, an international collaborative with the European Porphyria Network and the National Institutes of Health/National Center for Advancing Translational Sciences/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Diseases (NIH/NCATS/NIDDK)-sponsored Porphyrias Consortium of porphyria diagnostic experts is establishing an online database that will collate biochemical and clinical evidence verifying the pathogenicity of the published and newly identified variants in the AHP-causing genes. The overall goal of the International Porphyria Molecular Diagnostic Collaborative is to determine the pathogenic and benign variants for all eight porphyrias. Here we describe the overall objectives and the initial efforts to validate pathogenic and benign variants in the respective heme biosynthetic genes causing the AHPs.

• MeSH
• akutní intermitentní porfyrie genetika   patofyziologie   MeSH
• databáze faktografické MeSH
• datové kurátorství metody   MeSH
• jaterní porfyrie genetika   patofyziologie   MeSH
• lidé MeSH
• molekulární patologie MeSH
• porfobilinogensynthasa nedostatek   genetika   MeSH
• porfyrie genetika   patofyziologie   MeSH
• virulence genetika   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• Geografické názvy
• Spojené státy americké MeSH

Úvod: Předpokladem zdokonalení jakékoli činnosti je kontrola výsledků a poskytnutí zpětné vazby s dopadem na úpravu prováděných postupů. Další nedílnou součástí vedoucí k optimalizaci postupů, jejich vylepšení a ideálně zavedení standardu je srovnání aktuálních zkušeností odborníků v dané oblasti. Pro objektivní srovnání a hodnocení postupů je vždy nezbytné tyto postupy ideálně parametricky popsat, získat reprezentativní data, objektivně zhodnotit dosažené výsledky a na základě takového analytického hodnocení poskytnout nezpochybnitelnou a daty podloženou zpětnou vazbu. Ta může po vyhodnocení vést ke shodě nad definicí standardů v dané oblasti péče. Metoda: Totální mezorektální excize (TME) je standardním postupem chirurgické léčby karcinomu rekta (C20). Přesto se i v závislosti na nastavených vnitřních postupech a zkušenostech chirurgů kvalita prováděných výkonů mezi pracovišti významně liší. Klíčová je možnost hodnotit kvalitu chirurgické péče. Cennou zpětnou vazbu v této situaci může nabídnout patolog, který resekát hodnotí. Výsledky: V práci je popsán informační systém pro parametrické hodnocení kvality TME, jeho technické zázemí formou multicentrického klinického registru a struktura sledovaných parametrů. Závěr: Navrhovaný systém parametrického hodnocení TME považujeme za významný prostředek ke zlepšení kvality provádění TME s cílem omezit lokální recidivy a zlepšit prognózu operovaných.

Introduction: Improvement in any human activity is preconditioned by inspection of results and providing feedback used for modification of the processes applied. Comparison of experts' experience in the given field is another indispensable part leading to optimisation and improvement of processes, and optimally to implementation of standards. For the purpose of objective comparison and assessment of the processes, it is always necessary to describe the processes in a parametric way, to obtain representative data, to assess the achieved results, and to provide unquestionable and data-driven feedback based on such analysis. This may lead to a consensus on the definition of standards in the given area of health care. Method: Total mesorectal excision (TME) is a standard procedure of rectal cancer (C20) surgical treatment. However, the quality of performed procedures varies in different health care facilities, which is given, among others, by internal processes and surgeons' experience. Assessment of surgical treatment results is therefore of key importance. A pathologist who assesses the resected tissue can provide valuable feedback in this respect. Results: An information system for the parametric assessment of TME performance is described in our article, including technical background in the form of a multicentre clinical registry and the structure of observed parameters. Conclusion: We consider the proposed system of TME parametric assessment as significant for improvement of TME performance, aimed at reducing local recurrences and at improving the overall prognosis of patients.

• Klíčová slova
• klinické registry,
• MeSH
• chirurgie trávicího traktu MeSH
• databáze faktografické MeSH
• datové kurátorství metody   MeSH
• lidé MeSH
• mezioborová komunikace MeSH
• nádory rekta * chirurgie   MeSH
• on-line systémy MeSH
• registrace * MeSH
• řízení kvality MeSH
• sběr dat metody   MeSH
• systémy pro podporu klinického rozhodování * MeSH
• systémy řízení databází MeSH
• zlepšení kvality MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH