- MeSH
- databáze genetické * trendy využití MeSH
- deriváty kyseliny fibrové metabolismus terapeutické užití MeSH
- farmakogenetika * metody trendy MeSH
- genetické asociační studie MeSH
- genomika metody trendy MeSH
- hypolipidemika * farmakologie metabolismus MeSH
- lékařská informatika trendy MeSH
- lidé MeSH
- statiny farmakologie metabolismus MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
Dědičná nádorová onemocnění tvoří malou, ale klinicky významnou část onkologických onemocnění, v České republice se jedná ročně o několik tisíc osob. Identifikace kauzální mutace v nádorových predispozičních genech má u těchto nemocných zásadní prognostický a v některých případech i prediktivní význam. Mimo to je podmínkou cílené preventivní péče o asymptomatické nosiče mutací v rodinách se zvýšeným rizikem vzniku nádorového onemocnění. Do současné doby bylo charakterizováno více než 150 nádorových predispozičních genů. Mutace většiny z nich se vyskytují vzácně, s výraznou populační specifičností a jejich klinická interpretace je často obtížná. Diagnostiku raritních variant technicky zjednodušují postupy využívající sekvenování nové generace, které umožňují vyšetření rozsáhlých sad genů. Za účelem racionalizace diagnostiky hereditárních nádorových syndromů v České republice jsme navrhli sekvenační panel „CZECANCA“, který cílí na vyšetření 219 genů asociovaných s dědičnými nádorovými onemocněními. Panel obsahuje přes 50 klinicky významných genů vysokého a středního rizika, zbývající geny tvoří málo prozkoumané a kandidátní predispoziční geny, jejichž vrozené mutace mají nejasnou klinickou interpretaci. Společně s návrhem panelu byl optimalizován postup vlastního sekvenování a bioinformatického zpracování sekvenačních dat pro tvorbu jednotné databáze genotypů analyzovaných vzorků. Cílem projektu je nabídnout použití sekvenačního panelu včetně optimalizovaného postupu sekvenování nové generace diagnostickým laboratořím v České republice a zajistit sdílení genotypů a klinických údajů o vyšetřovaných pacientech ve společné databázi za účelem zlepšení možnosti klinické interpretace vzácných mutací u vysoce rizikových osob.
Individuals with hereditary cancer syndromes form a minor but clinically important subgroup of oncology patients, comprising several thousand cases in the Czech Republic annually. In these patients, the identification of pathogenic mutations in cancer susceptibility genes has an important predictive and, in some cases, prognostic value. It also enables rational preventive strategies in asymptomatic carriers from affected families. More than 150 cancer susceptibility genes have been described so far; however, mutations in most of them are very rare, occurring with substantial population variability, and hence their clinical interpretation is very complicated. Diagnostics of mutations in cancer susceptibility genes have benefited from the broad availability of next-generation sequencing analyses using targeted gene panels. In order to rationalize the diagnostics of hereditary cancer syndromes in the Czech Republic, we have prepared the sequence capture panel “CZECANCA”, targeting 219 cancer susceptibility genes. Besides more than 50 clinically important high- and moderate-penetrance susceptibility genes, the panel also targets less common candidate genes with uncertain clinical relevance. Alongside the panel design, we have optimized the analytical and bioinformatics pipeline, which will facilitate establishing a collective nationwide database of genotypes and clinical data from the analyzed individuals. The key objective of this project is to provide diagnostic laboratories in the Czech Republic with a reliable procedure and collective database improving the clinical utility of next-generation sequencing analyses in high-risk patients, which would help improve the interpretation of rare or population-specific variants in cancer susceptibility genes. Key words: genetic predisposition testing – hereditary cancer syndromes – high-throughput nucleotide sequencing – genetic information databases – panel sequencing – sequence capture – next-generation sequencing (NGS) This work was supported by Czech Ministry of Health grants No. NT14054, NV15-28830A, NV15--27695A and The League Against Cancer Prague. The authors declare they have no potential conflicts of interest concerning drugs, products, or services used in the study. The Editorial Board declares that the manuscript met the ICMJE recommendation for biomedical papers. Submitted: 2. 10. 2015 Accepted: 13. 10. 2015
- Klíčová slova
- sekvenování nové generace (NGS), cílené sekvenování, panelové sekvenování,
- MeSH
- databáze genetické * využití MeSH
- dědičné nádorové syndromy * diagnóza genetika MeSH
- genetická predispozice k nemoci MeSH
- genetické testování metody MeSH
- lidé MeSH
- sekvenční analýza DNA MeSH
- šíření informací MeSH
- výpočetní biologie MeSH
- vysoce účinné nukleotidové sekvenování * MeSH
- výzkumný projekt MeSH
- zárodečné mutace MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
- MeSH
- databáze genetické využití zákonodárství a právo MeSH
- DNA sondy diagnostické užití MeSH
- DNA analýza MeSH
- kriminologie metody MeSH
- lidé MeSH
- odběr biologického vzorku metody využití MeSH
- zločin klasifikace zákonodárství a právo MeSH
- znalecký posudek metody využití zákonodárství a právo MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Klíčová slova
- genomický experiment, zpracování dat, mikročip, sekvenování,
- MeSH
- čipová analýza proteinů metody trendy využití MeSH
- databáze genetické trendy využití MeSH
- financování organizované MeSH
- genetické techniky trendy využití MeSH
- genetický výzkum MeSH
- genomika metody trendy MeSH
- internet MeSH
- lidé MeSH
- medicína založená na důkazech metody trendy MeSH
- metaanalýza jako téma MeSH
- mikročipová analýza metody trendy MeSH
- proteomika metody trendy MeSH
- statistika jako téma MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Klíčová slova
- statistika, vícerozměrná analýza, velké datové soubory,
- MeSH
- databáze genetické trendy využití MeSH
- distanční studium metody trendy MeSH
- financování organizované MeSH
- genetické techniky trendy využití MeSH
- lékařská informatika MeSH
- lidé MeSH
- počítačem řízená výuka přístrojové vybavení využití MeSH
- sběr dat metody trendy MeSH
- statistika jako téma MeSH
- teoretické modely MeSH
- zobrazování dat trendy MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- databáze MeSH
Existence genetických databází závisí na vytvoření vhodného zákonného rámce pro jejich vznik a používání. Jsou velice potřebné jak z hlediska rozvoje zdravotní péče, tak pro vzrůst nákladů spojených se zbytečným opakováním často nákladných vyšetření, které může účinným způsobem omezit. S postupem personalizace medicíny bude nezbytnost jejich vytvoření na nás dopadat se vzrůstající naléhavostí a opožděný vznik potřebných pravidel může představovat značnou i mezinárodní komplikaci. Z již existujících úprav souvisejících s ochranou osobních údajů je zřejmě nejmodernější přístup Estonska, které klade důraz spíše na obranu před zneužitím osobních údajů než na omezování jejich vzniku a uchovávání. Méně progresivní byl přístup EU, kterého se zatím přidržuje i Česká republika. Již dnes existujícím databázím pacientů vzniklým v rámci dispenzarizace a „privátním“ genovým bankám zakládaným k výzkumným účelům chybí obecně platná pravidla, kterými by se jejich správci mohli řídit. Jediným majákem může být zákon na ochranu osobnosti a občanský zákoník.
One of the most necessary tools of today's medical care is the well working database of personal genotypes. It could effectively reduce the increasing expenses because many of the genetic testing could be done only once a life. Any delay in establishing such database would bring not only internal, but also across-border complications due to internationalization of the genetic services. The most modern approach has been applied by the laws which put stress more against abuse than on collecting data. European laws including the Czech Republic seem to be much less progressive. General rules for data storage, and gene banking are still missing in the Czech Republic.
- MeSH
- databáze genetické klasifikace trendy využití MeSH
- finanční podpora výzkumu jako téma MeSH
- genotyp MeSH
- lidé MeSH
- registrace MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
- MeSH
- Caenorhabditis elegans genetika MeSH
- databáze genetické využití MeSH
- Drosophila genetika MeSH
- Evropská unie MeSH
- finanční podpora výzkumu jako téma MeSH
- lidé MeSH
- svalové dystrofie epidemiologie etiologie genetika MeSH
- výzkumný projekt MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- kongresy MeSH
- srovnávací studie MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
