Chřipka je vysoce infekční virové onemocnění, jímž každoročně onemocní 10-15 % populace. Ačkoliv je očkování bezpečné a efektivní, proočkovanost v České republice zůstává nízká.
Influenza is a highly infectious viral disease that accounts for 10-15 % of the population every year. Although influenza vaccination is recognized to be safe and effective, immunization coverage in the Czech Republic remain generally low.
- MeSH
- chřipka lidská * epidemiologie klasifikace prevence a kontrola přenos MeSH
- Influenzavirus C patogenita MeSH
- lidé MeSH
- Orthomyxoviridae klasifikace patogenita MeSH
- vakcíny proti chřipce MeSH
- virus chřipky A klasifikace patogenita MeSH
- virus chřipky B klasifikace patogenita MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
Here, we present a comprehensive analysis of the H5N8/H5N5 highly pathogenic avian influenza (HPAI) virus strains detected in the Czech Republic during an outbreak in 2017. Network analysis of the H5 Hemagglutinin (HA) from 99% of the outbreak localities suggested that the diversity of the Czech H5N8/H5N5 viruses was influenced by two basic forces: local microevolution and independent incursions. The geographical occurrence of the central node H5 HA sequences revealed three eco-regions, which apparently played an important role in the origin and further spread of the local H5N8/HPAI variants across the country. A plausible explanation for the observed pattern of diversity is also provided.
- MeSH
- epidemický výskyt choroby MeSH
- fylogeneze MeSH
- genetická variace MeSH
- hemaglutininové glykoproteiny viru chřipky genetika MeSH
- molekulární evoluce * MeSH
- ptačí chřipka u ptáků epidemiologie virologie MeSH
- ptáci klasifikace virologie MeSH
- virulence MeSH
- virus chřipky A, podtyp H5N8 klasifikace genetika izolace a purifikace patogenita MeSH
- virus chřipky A klasifikace genetika izolace a purifikace patogenita MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- zvířata MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika epidemiologie MeSH
- Klíčová slova
- tetravalentní vakcína proti chřipce, proočkovanost,
- MeSH
- chřipka lidská * epidemiologie komplikace prevence a kontrola MeSH
- lidé MeSH
- rizikové faktory MeSH
- směrnice pro lékařskou praxi jako téma MeSH
- vakcíny proti chřipce * ekonomika klasifikace terapeutické užití MeSH
- věkové faktory MeSH
- virus chřipky A klasifikace patogenita MeSH
- virus chřipky B klasifikace patogenita MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- novinové články MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
- MeSH
- chřipka lidská * diagnóza etiologie přenos terapie MeSH
- drůbež MeSH
- lidé MeSH
- nemoci ptáků MeSH
- přenos infekční nemoci MeSH
- statistika jako téma MeSH
- virus chřipky A klasifikace MeSH
- zoonózy MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- zvířata MeSH
- Publikační typ
- tabulky MeSH
Since its invention in 1985 the polymerase chain reaction (PCR) has become a well-established method for amplification and detection of segments of double-stranded DNA. Incorporation of fluorogenic probe or DNA intercalating dyes (such as SYBR Green) into the PCR mixture allowed real-time reaction monitoring and extraction of quantitative information (qPCR). Probes with different excitation spectra enable multiplex qPCR of several DNA segments using multi-channel optical detection systems. Here we show multiplex qPCR using an economical EvaGreen-based system with single optical channel detection. Previously reported non quantitative multiplex real-time PCR techniques based on intercalating dyes were conducted once the PCR is completed by performing melting curve analysis (MCA). The technique presented in this paper is both qualitative and quantitative as it provides information about the presence of multiple DNA strands as well as the number of starting copies in the tested sample. Besides important internal control, multiplex qPCR also allows detecting concentrations of more than one DNA strand within the same sample. Detection of the avian influenza virus H7N9 by PCR is a well established method. Multiplex qPCR greatly enhances its specificity as it is capable of distinguishing both haemagglutinin (HA) and neuraminidase (NA) genes as well as their ratio.
- MeSH
- fluorescenční barviva * MeSH
- kvantitativní polymerázová řetězová reakce * MeSH
- multiplexová polymerázová řetězová reakce přístrojové vybavení metody MeSH
- ptačí chřipka u ptáků diagnóza virologie MeSH
- ptáci MeSH
- virus chřipky A klasifikace genetika MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- zvířata MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
Skupina lidských respiračních patogenů virového původu je taxonomicky různorodá. Viry chřipky A a koronaviry jsou díky plasticitě genomu a zoonotickému výskytu častými zástupci nově se objevivších agens. Hlavním rezervoárem viru chřipky A je populace migrujících vodních ptáků. V posledních letech vzrostla incidence infekce subtypem H7 a v březnu roku 2013 bylo v Číně zjištěno první onemocnění člověka novou kombinací subtypu A/H7N9. Infekce se projevovala často vážným průběhem včetně úmrtí. V období tzv. 1. vlny (březen až květen 2013) bylo laboratorně potvrzeno 137 onemocnění a 45 úmrtí, od října do 27. ledna 2013 (2. vlna) bylo prokázáno 116 onemocnění s prudkým nárůstem v lednu 2014, přičemž údaje o počtu úmrtí se rozcházejí. Hlavním rezervoárem koronavirů jsou pravděpodobně netopýři. První případ onemocnění novým koronavirem MERS CoV byl popsán v červnu 2012 ve Spojených arabských emirátech a retrospektivně byly zdokumentovány ještě 2 případy onemocnění. Rezervoár a zdroj tohoto viru nebyl doposud jednoznačné identifikován, přestože stejný virus byl potvrzen přímým i nepřímým průkazem u velbloudů a dromedárů chovaných v oblasti středního východu. Od dubna 2012 do 20. ledna 2014 bylo potvrzeno celkem 178 onemocnění člověka, z toho 76 s fatálním koncem.
The group of human respiratory pathogens of viral origin is taxonomically diverse. Influenza A viruses and coronaviruses are frequent types of newly emerging agents due to genome plasticity and zoonotic occurrence. The population of migrating waterfowl is the main reservoir of influenza A virus. In the recent years, the incidence of infection with the H7 subtype has increased, and in March last year the first human infection with a novel combination of the A(H7N 9) subtype was detected in China. The infection often manifested with a severe course, including death. During the so-called first wave (March to May 2013), 137 diseases and 45 deaths were laboratory confirmed; from October to 27 January (the second wave), 116 diseases were confirmed with a steep increase in January 2014, with the data on death rates being inconsistent. Bats are likely to be the main reservoir of coronaviruses. The first case of disease with the novel MERS CoV was described in June 2012 in the United Arab Emirates and two more cases of the disease were documented retrospectively. The reservoir and source of this virus have not yet been identified unequivocally although the same virus was confirmed by direct and indirect evidence in camels and dromedaries kept in the Middle East region. From April 2012 to 20 January 2014, a total of 178 human cases were confirmed of which 76 ended fatally.
- Klíčová slova
- nové respirační patogeny,
- MeSH
- chřipka lidská diagnóza etiologie virologie MeSH
- infekce dýchací soustavy * diagnóza etiologie virologie MeSH
- klinický obraz nemoci MeSH
- koronavirové infekce diagnóza etiologie virologie MeSH
- koronavirus MERS * izolace a purifikace patogenita MeSH
- lidé MeSH
- lidský koronavirus NL63 izolace a purifikace patogenita MeSH
- lidský koronavirus OC43 izolace a purifikace patogenita MeSH
- ptačí chřipka u ptáků diagnóza virologie MeSH
- statistika jako téma MeSH
- virus chřipky A, podtyp H1N1 izolace a purifikace patogenita MeSH
- virus chřipky A, podtyp H3N2 izolace a purifikace patogenita MeSH
- virus chřipky A, podtyp H5N1 izolace a purifikace patogenita MeSH
- virus chřipky A, podtyp H7N9 * izolace a purifikace MeSH
- virus chřipky A izolace a purifikace klasifikace patogenita MeSH
- virus SARS izolace a purifikace patogenita MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- přehledy MeSH
- MeSH
- chřipka lidská * genetika komplikace přenos virologie MeSH
- drůbež MeSH
- genom virový genetika MeSH
- lidé MeSH
- objevující se infekční nemoci přenos virologie MeSH
- ptačí chřipka u ptáků * genetika přenos MeSH
- virus chřipky A * genetika klasifikace patogenita MeSH
- zoonózy * přenos virologie MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- zvířata MeSH
- Publikační typ
- novinové články MeSH
The objective of our study was to provide a genotype analysis of H7N7 and H7N9 influenza A viruses (IAV) and infer their relationships to co-circulating non-H7 IAV genomes. The H7N7 strains were collected in central Europe (Hungary-1, Czech Republic-1, Slovenia-1 and Poland-4) and the H7N9 in the Czech Republic and Spain between 2007 and 2011. Hand in hand with this effort, a novel IAV genotype visualization approach called digital genotyping was developed. This approach relies on phylogenetic data summarization and transformation into a pixel array called a segment identity matrix. The digital genotyping revealed a complicated genetic interplay between the H7 and co-circulating non-H7 IAV genotypes. At the H7 IAV level the most obvious relationships were observed between one Polish H7N7/446/09 and Czech H7N7/11 viruses which, despite the special and temporal distance of 800 km and 15 months, retained at least 6/8 genome segments. Close relationships were also observed between the Czech H7N9, Polish and Slovenian H7N7 on one hand and Hungarian and Slovenian H7N7 isolates on the other. In addition the former genomes exhibited close interplays with the Czech H6N2/09 and H11N9/10-like viruses. The Czech and Spanish H7N9 genomes were completely different and 6/8 of the Czech H7N9-like segments were traced to either the Czech H3N8/07, H11N9/09 and Polish H7N7/09-like viruses. The results of digital genotyping correlated with the previous observations obtained on the Polish H7N7 isolates. As was demonstrated, the digital genotyping provides a well-arranged and easily interpretable output and may serve as an alternative genotyping tool useful for handling and analysing even a large panel of IAV genomes.
- MeSH
- fylogeneze MeSH
- genotyp MeSH
- molekulární epidemiologie metody MeSH
- molekulární sekvence - údaje MeSH
- molekulární typizace metody MeSH
- ptačí chřipka u ptáků epidemiologie virologie MeSH
- ptáci MeSH
- sekvenční analýza DNA MeSH
- shluková analýza MeSH
- virologie metody MeSH
- virus chřipky A klasifikace genetika izolace a purifikace MeSH
- výpočetní biologie metody MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- zvířata MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- Geografické názvy
- Evropa MeSH
