Cílem práce bylo porovnání dosažených výsledků molekulárních metod využívaných v Oddělení bakteriálních vzdušných nákaz (OBVN) CEM SZÚ pro účely detekce, identifikace a typizace bakterií Neisseria meningitidis, Streptococcus pneumoniae a Haemophilus influenzae v klinických (kultivačně negativních) vzorcích při podezření na uvedená invazivní bakteriální onemocnění. OBVN nabízí využití molekulární diagnostiky uvedených bakteriálních původců menigitid a sepsí z klinických vzorků již řadu let. Spektrum metod se však změnilo. Z původní polymerázové řetězové reakce s elektroforetickým vyhodnocením (seminested PCR) k real-time polymerázové řetězové reakci (rt-PCR). Bylo provedeno souběžné srovnání obou metodik na 56 klinických vzorcích, které ukazuje lepší výsledky rt-PCR oproti seminested PCR.
The aim was to compare the outcomes of molecular methods used in the Unit for Airborne Bacterial Infections (UABI) for the detection, identification, and typing of the bacteria Neisseria meningitidis, Streptococcus pneumoniae, and Haemophilus influenzae from clinical culture-negative specimens of patients with suspected invasive bacterial infection. The UABI has been providing molecular diagnosis of the above-mentioned bacterial pathogens from clinical specimens of patients with meningitis or sepsis for years. However, the range of the methods used has changed: the UABI switched from the polymerase chain reaction (PCR) with reading of the results by elecrophoresis (seminested PCR) to the real-time polymerase chain reaction (rt-PCR). The outcomes of the two methods were compared using 56 clinical specimens, with rt-PCR proving superior to seminested PCR
- Klíčová slova
- seminested PCR, rt-PCR,
- MeSH
- diagnostické techniky molekulární metody statistika a číselné údaje MeSH
- Haemophilus influenzae izolace a purifikace MeSH
- kvantitativní polymerázová řetězová reakce statistika a číselné údaje MeSH
- Neisseria meningitidis izolace a purifikace MeSH
- polymerázová řetězová reakce * metody statistika a číselné údaje MeSH
- Streptococcus pneumoniae izolace a purifikace MeSH
- techniky typizace bakterií metody statistika a číselné údaje MeSH
- Publikační typ
- srovnávací studie MeSH
Zavedli jsme metodu detekce chromozomální DNA Treponema pallidum subsp. pallidum dvoukrokovou (nested) PCR reakcí, která amplifikuje část genu TP0319, kódujícího hypotetický membránový lipoprotein (gen tmpC). Vyšetřili jsme 138 sér od 111 dospělých pacientů v primárním, sekundárním, časně latentním a pozdně latentním stadiu a také pacientů s podezřením na syfilis. Chromozomální DNA T. p. pallidum se v séru dospělých pacientů nepodařilo detegovat. Při vyšetření 11 kožních a slizničních stěrů (7 genitálních, 4 faryngeálních) jsme nalezli 6 pozitivních od 3 pacientů ve stadiu primární a sekundární syfilis. Pozitivní byl rovněž jeden stěr pacienta s časnou kongenitální syfilis. Sekvenování DNA genů TP0136 a TP0548 z pozitivních vzorků prokázalo výskyt dvou kmenů sekvenčně identických s kmenem T. p. pallidum SS14 a dvou unikátních syfilitických kmenů, doposud u T. p. pallidum nepopsaných. U jednoho vyšetřovaného novorozence s pozitivním výsledkem vyšetření kožního vzorku jsme prokázali treponemální DNA také v séru a v cerebrospinálním moku. Pokroky v molekulární typizaci T. p. pallidum v klinickém materiálu přispějí k rozvoji epidemiologie syfilis a přinesou možnosti rozlišení mezi reinfekcí a reaktivací syfilitického procesu.
An in-house two-step nested PCR amplification targeting the tmpC gene (TP0319, encoding putative membrane lipoprotein) was used for detection of chromosomal DNA of Treponema pallidum subsp. pallidum in clinical specimens.We tested 138 blood serum samples from 111 adult patients with suspected, primary, secondary, early or late latent syphilis. T. p. pallidum DNA was not detected in any of the analyzed specimens. Out of 11 mucocutaneous swabs (7 genital and 4 pharyngeal), 6 collected from 3 patients with primary or secondary syphilis tested positive. One skin swab from a patient with early congenital syphilis was also positive as were his serum and cerebrospinal fluid samples. DNA sequencing of the genes TP0136 and TP0548 from the positive samples revealed two strains with DNA sequences identical to that of T. p. pallidum strain SS14 and two unique previously undescribed T. p. pallidum strains. The advances in molecular typing of T. p. pallidum in clinical specimens will be of relevance to the epidemiology of syphilis and will allow for clinical discrimination between reinfection and syphilitic reactivation.
- MeSH
- diagnostické techniky molekulární metody statistika a číselné údaje využití MeSH
- finanční podpora výzkumu jako téma MeSH
- lidé MeSH
- odběr biologického vzorku klasifikace metody statistika a číselné údaje MeSH
- polymerázová řetězová reakce klasifikace metody statistika a číselné údaje MeSH
- sekvence nukleotidů účinky léků MeSH
- techniky typizace bakterií metody statistika a číselné údaje využití MeSH
- Treponema pallidum genetika izolace a purifikace klasifikace MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- srovnávací studie MeSH
- MeSH
- akatalázie diagnóza epidemiologie patofyziologie MeSH
- anemie diagnóza epidemiologie etiologie MeSH
- diagnostické techniky molekulární metody statistika a číselné údaje MeSH
- finanční podpora výzkumu jako téma MeSH
- globiny dějiny chemická syntéza zásobování a distribuce MeSH
- Heinzova tělíska MeSH
- hemoglobinopatie diagnóza epidemiologie etiologie MeSH
- lidé MeSH
- mutace MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- srovnávací studie MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
- Slovenská republika MeSH
