Satellite DNA (satDNA) is one of the major fractions of the eukaryotic nuclear genome. Highly variable satDNA is involved in various genome functions, and a clear link between satellites and phenotypes exists in a wide range of organisms. However, little is known about the origin and temporal dynamics of satDNA. The "library hypothesis" indicates that the rapid evolutionary changes experienced by satDNAs are mostly quantitative. Although this hypothesis has received some confirmation, a number of its aspects are still controversial. A recently developed next-generation sequencing (NGS) method allows the determination of the satDNA landscape and could shed light on unresolved issues. Here, we explore low-coverage NGS data to infer satDNA evolution in the phylogenetic context of the diploid species of the Chenopodium album aggregate. The application of the Illumina read assembly algorithm in combination with Oxford Nanopore sequencing and fluorescent in situ hybridization allowed the estimation of eight satDNA families within the studied group, six of which were newly described. The obtained set of satDNA families of different origins can be divided into several categories, namely group-specific, lineage-specific and species-specific. In the process of evolution, satDNA families can be transmitted vertically and can be eliminated over time. Moreover, transposable element-derived satDNA families may appear repeatedly in the satellitome, creating an illusion of family conservation. Thus, the obtained data refute the "library hypothesis", rather than confirming it, and in our opinion, it is more appropriate to speak about "the library of the mechanisms of origin".

• MeSH
• Chenopodium album genetika   růst a vývoj   MeSH
• diploidie * MeSH
• DNA rostlinná analýza   genetika   MeSH
• druhová specificita MeSH
• fylogeneze MeSH
• genom rostlinný * MeSH
• genová knihovna MeSH
• molekulární evoluce * MeSH
• satelitní DNA analýza   genetika   MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

V roce 2017 byl zahájen projekt CzechElib, jehož cílem je zlepšit přístup k elektronickým informačním zdrojům (EIZ) v ČR. V rámci organizační struktury Národní technické knihovny vzniklo národní centrum CzechElib. Centrum zajišťuje výběr EIZ, kterým bude poskytnuta centrální finanční podpora, provádí výběrová řízení na dodavatele EIZ, sjednává licenční smlouvy a vlastní nákup. Členy projektu jsou vysoké školy, výzkumné ústavy, knihovny a nemocnice. Jedním z členů je i Národní lékařská knihovna, která zajišťuje přístup k EIZ pro obor lékařství a zdravotnictví. Z dalších institucí, zajišťujících přístup k medicínským EIZ to jsou: 9 nemocnic, 11 výzkumných ústavů a 13 univerzit. Centrální finanční podporu mohou získat pouze instituce, které byly schváleny jako výzkumné organizace na Ministerstvu školství, mládeže a tělovýchovy. Centrum zajišťuje pouze EIZ, o které mají zájem minimálně 3 instituce. Prostřednictvím CzechElibu bylo pro rok 2018 zajištěno přibližně 13 všeobecných EIZ (včetně 2 citačních) a 17 EIZ zaměřených na lékařské vědy. Všechny zdroje jsou zahraniční. Přístup k EIZ je vždy ošetřen licenčními smlouvami, některé zdroje mohou využívat pouze zaměstnanci instituce, akademická obec, studenti nebo všichni registrovaní uživatelé, vždy by měla být možnost tzv. walk-in users na místě samém. Možnost vzdáleného přístupu do medicínských EIZ pro širokou veřejnost zajišťují zejména odborné knihovny (Národní lékařská knihovna, Národní technická knihovna, Knihovna Akademie věd ČR), u některých i Univerzita Karlova. Na vzorku 50 časopiseckých titulů s nejvyšším impact factorem pro obor lékařské vědy byla ověřena jejich dostupnost v ČR. Obdobně byla ověřena dostupnost základních časopisů pro obory: všeobecné lékařství, pediatrie a diabetologie. Dostupnost byla ověřována v CzechElibu, v portálu Medvik, v EZB (Elektronische Zeitschriftenbibliothek) a ve VPK (Virtuální polytechnická knihovna).

• Klíčová slova
• CzechElib, elektronické informační zdroje,
• MeSH
• ekonomika MeSH
• knihovny MeSH
• lékařské knihovny MeSH
• lékařství MeSH
• periodika jako téma MeSH
• přístup k informacím * zákonodárství a právo   MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

Amoebozoa is the eukaryotic supergroup sister to Obazoa, the lineage that contains the animals and Fungi, as well as their protistan relatives, and the breviate and apusomonad flagellates. Amoebozoa is extraordinarily diverse, encompassing important model organisms and significant pathogens. Although amoebozoans are integral to global nutrient cycles and present in nearly all environments, they remain vastly understudied. We present a robust phylogeny of Amoebozoa based on broad representative set of taxa in a phylogenomic framework (325 genes). By sampling 61 taxa using culture-based and single-cell transcriptomics, our analyses show two major clades of Amoebozoa, Discosea, and Tevosa. This phylogeny refutes previous studies in major respects. Our results support the hypothesis that the last common ancestor of Amoebozoa was sexual and flagellated, it also may have had the ability to disperse propagules from a sporocarp-type fruiting body. Overall, the main macroevolutionary patterns in Amoebozoa appear to result from the parallel losses of homologous characters of a multiphase life cycle that included flagella, sex, and sporocarps rather than independent acquisition of convergent features.

• MeSH
• Amoeba genetika   metabolismus   MeSH
• Amoebozoa genetika   MeSH
• bezobratlí genetika   MeSH
• biologická evoluce MeSH
• Eukaryota genetika   MeSH
• fylogeneze MeSH
• genová knihovna MeSH
• houby genetika   MeSH
• molekulární evoluce MeSH
• sekvenční analýza DNA metody   MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

• MeSH
• ekonomika zákonodárství a právo   MeSH
• právní vědy MeSH
• Publikační typ
• monografie MeSH

• Konspekt
• Právo
• NLK Obory
• právo, zákonodárství
• ekonomie, ekonomika, ekonomika zdravotnictví

• MeSH
• filozofie MeSH
• věda MeSH

• Konspekt
• Věda. Všeobecnosti. Základy vědy a kultury. Vědecká práce
• NLK Obory
• humanitní vědy a umění

• MeSH
• statistika jako téma MeSH

• Konspekt
• Statistika
• NLK Obory
• statistika, zdravotnická statistika

Alzheimerova nemoc (AN) je nejběžnější příčinou demence (60-80% případů) u starší populace po celém světě. Současný výzkum podporuje myšlenku, že agregace bílkovin iniciuje nástup Alzheimerovy choroby. Navzdory velkému množství dostupné literatury a studií zůstávají mechanismus patogeneze, spolehlivé klinické markery progrese a potenciální léčba AN neznámé. Pokročilé techniky hmotnostní spektrometrii otevírají nové možnosti ke studiu biomarkerů AN. V rámci projektu bude hmotnostní spektrometrie aplikována k analýze podrobně charakterizované sady klinických vzorků (tj. mozkové tkáně, mozkomíšního moku, séra) ze zvířecího experimentálního modelu stárnutí a také od účastníků longitudinální studie s biomarkery AN a dobrovolníků podstupujících neurochirurgický zákrok. Projekt se zabývá především studiem aktuálních hypotéz patogeneze AN vlivem přímé nebo zprostředkované imunitní odezvy a zánětu, k čemuž využívá stanovení zánětlivých proteinů a membránových lipidů. Souběžně počítá s vytvořením knihovny indukovaných pluripotentních kmenových buněk a také adekvátního in vitro modelu s využitím mozkových organoidů kultivovaných z lidských embryonálních kmenových buněk jako vhodného nástroje pro testování hypotéz. Navržená kombinace studia biomarkerů pomocí hmotnostní spektrometrie a buněčného modelu k testování hypotéz má potenciál transformovat oblast výzkumu AN.; Alzheimer's disease (AD) is the most common cause of dementia (60-80% of cases) in elderly population worldwide. The current body of research supports the concept that protein aggregation initiates the onset of AD. However, in spite of the large number of available literature and studies, a mechanism of pathogenesis, reliable clinical markers of progression and potential treatment for Alzheimer's disease remain elusive. Advanced analytics based on mass spectrometry opened new avenues for discovery and evaluation of disease biomarkers. Here we propose to apply the technology to a well-characterized set of clinical samples (i.e. brain tissue, cerebrospinal fluid, serum) from animal models and from participants of longitudinal study on aging with AD biomarkers and from cognitively healthy volunteers. We specifically aim to investigate the emerging neuroinflammation hypothesis via determination of inflammatory proteins and membrane lipids. In parallel, we plan to establish a library of induced pluripotent stem cells and neuronal stem cells and an adequate in vitro model based on cerebral organoids derived from human embryonic stem cells and suitable for hypothesis testing. The proposed a mass spectrometry based biomarker discovery and cell biology based model has potential to transform the field of AD research.

• Klíčová slova
• demence, dementia, Alzheimer's disease, stárnutí, Alzheimerova nemoc, aging, Hmotnostní spektrometrie, Mass Spectrometry, immune response, neuroinflammation, klinické biomarkery, membránové lipidy, proteiny akutní fáze, clinical biomarkers, membrane lipids, acute phase proteins, ultra-high performance liquid chromatography, ultra-účinná kapalinová chromatografie, imunitní reakce, zánět nervové tkáně,

• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

The initial activation step in the gating of ubiquitously expressed Orai1 calcium (Ca2+) ion channels represents the activation of the Ca2+-sensor protein STIM1 upon Ca2+ store depletion of the endoplasmic reticulum. Previous studies using constitutively active Orai1 mutants gave rise to, but did not directly test, the hypothesis that STIM1-mediated Orai1 pore opening is accompanied by a global conformational change of all Orai transmembrane domain (TM) helices within the channel complex. We prove that a local conformational change spreads omnidirectionally within the Orai1 complex. Our results demonstrate that these locally induced global, opening-permissive TM motions are indispensable for pore opening and require clearance of a series of Orai1 gating checkpoints. We discovered these gating checkpoints in the middle and cytosolic extended TM domain regions. Our findings are based on a library of double point mutants that contain each one loss-of-function with one gain-of-function point mutation in a series of possible combinations. We demonstrated that an array of loss-of-function mutations are dominant over most gain-of-function mutations within the same as well as of an adjacent Orai subunit. We further identified inter- and intramolecular salt-bridge interactions of Orai subunits as a core element of an opening-permissive Orai channel architecture. Collectively, clearance and synergistic action of all these gating checkpoints are required to allow STIM1 coupling and Orai1 pore opening. Our results unravel novel insights in the preconditions of the unique fingerprint of CRAC channel activation, provide a valuable source for future structural resolutions, and help to understand the molecular basis of disease-causing mutations.

• MeSH
• bakteriální proteiny genetika   metabolismus   MeSH
• fosfatidylcholiny chemie   metabolismus   MeSH
• gating iontového kanálu genetika   MeSH
• genetické vektory chemie   metabolismus   MeSH
• HEK293 buňky MeSH
• interakční proteinové domény a motivy MeSH
• konformace proteinů, alfa-helix MeSH
• konformace proteinů, beta-řetězec MeSH
• lidé MeSH
• liposomy chemie   metabolismus   MeSH
• luminescentní proteiny genetika   metabolismus   MeSH
• metoda terčíkového zámku MeSH
• mutace MeSH
• nádorové proteiny chemie   genetika   metabolismus   MeSH
• protein ORAI1 chemie   genetika   metabolismus   MeSH
• protein STIM1 chemie   genetika   metabolismus   MeSH
• regulace genové exprese MeSH
• rekombinantní proteiny chemie   genetika   metabolismus   MeSH
• reportérové geny MeSH
• simulace molekulární dynamiky MeSH
• substituce aminokyselin MeSH
• vápník metabolismus   MeSH
• vápníková signalizace * MeSH
• vazba proteinů MeSH
• vazebná místa MeSH
• zelené fluorescenční proteiny genetika   metabolismus   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

Aphanomyces astaci is an invasive pathogenic oomycete responsible for the crayfish plague, a disease that has devastated European freshwater crayfish. So far, five genotype groups of this pathogen have been identified by applying random amplified polymorphic DNA analysis on axenic cultures. To allow genotyping of A. astaci in host tissue samples, we have developed co-dominant microsatellite markers for this pathogen, tested them on pure cultures of all genotype groups, and subsequently evaluated their use on tissues of (1) natural A. astaci carriers, i.e., North American crayfish species, and (2) A. astaci-infected indigenous European species from crayfish plague outbreaks. Out of over 200 potential loci containing simple sequence repeat (SSR) motifs identified by 454 pyrosequencing of SSR-enriched library, we tested 25 loci with highest number of repeats, and finally selected nine that allow unambiguous separation of all known RAPD-defined genotype groups of A. astaci from axenic cultures. Using these markers, we were able to characterize A. astaci strains from DNA isolates from infected crayfish tissues when crayfish had a moderate to high agent level according to quantitative PCR analyses. The results support the hypothesis that different North American crayfish hosts carry different genotype groups of the pathogen, and confirm that multiple genotype groups, including the one originally introduced to Europe in the 19th century, cause crayfish plague outbreaks in Central Europe. So far undocumented A. astaci genotype seems to have caused one of the analysed outbreaks from the Czech Republic. The newly developed culture-independent approach allowing direct genotyping of this pathogen in both axenic cultures and mixed genome samples opens new possibilities in studies of crayfish plague pathogen distribution, diversity and epidemiology.

• MeSH
• Aphanomyces klasifikace   genetika   izolace a purifikace   MeSH
• genetická variace MeSH
• genotyp MeSH
• mikrosatelitní repetice genetika   MeSH
• severní raci parazitologie   MeSH
• technika náhodné amplifikace polymorfní DNA MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• Geografické názvy
• Evropa MeSH

Endophytic fungal communities in leaves of deciduous trees usually undergo pronounced seasonal changes. We hypothesised that such compositional shifts are predominantly caused by annuality of the leaves and therefore less pronounced in fungi colonising the perennial substrates bark and corticolous lichens. To test this hypothesis, thalli of the foliose lichen-forming fungal species Xanthoria parietina and Physconia distorta, along with the adjacent bark, were sampled during spring and autumn at two sides of a single tree in southern Germany. Analysis of clone libraries by restriction fragment length polymorphism (RFLP) revealed 588 singleton and 221 non-singleton RFLP-types of non-lichenised fungi. The communities differed significantly between host lichen species. Season and exposure had only a significant impact when the two factors were combined in the analysis. Accordingly, bark- and/or the lichen-associated fungal communities change throughout the year's course, a finding that rejects the initial hypothesis. This survey revealed valuable information for future broad-based studies, by indicating that a relatively high diversity of non-lichenised fungi is associated with corticolous lichen thalli and the adjacent bark. Furthermore, the structure of non-lichenised fungal assemblages associated with corticolous lichen communities obviously depends at least on the following factors: 'lichen species', 'exposure', and 'season'.

• MeSH
• Ascomycota klasifikace   genetika   izolace a purifikace   MeSH
• DNA fungální genetika   MeSH
• kůra rostlin mikrobiologie   MeSH
• lišejníky mikrobiologie   MeSH
• polymorfismus délky restrikčních fragmentů MeSH
• roční období MeSH
• společenstvo * MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• Geografické názvy
• Německo MeSH