Cíl studie: Zhodnocení kaskádového vyšetření metodami kvantitativní fluorescenční PCR (QF-PCR – quantitative fluorescence PCR) a SNP array (single nucleotide polymorphism array) při identifikaci chromozomálních abnormalit u potracených plodů. Soubor a metodika: V průběhu let 2018–2020 bylo v laboratořích Gennetu zpracováno 1 094 vzorků potracených plodů. Standardní schéma kaskádového vyšetření zahrnovalo screening základních aneuploidií metodou QF-PCR setem Omnibor (STR markery 13, 18, 21, X a Y), setem SAB-nadstavba I (STR markery 2, 7, 15, 16, 22), setem SAB-nadstavba II (od listopadu 2019, STR markery 4, 6, 14) a následně vyšetření metodou SNP array (Illumina). U všech vzorků bylo provedeno ověření/vyloučení maternální kontaminace. Výsledky: Po vyloučení maternální kontaminace (32 % vzorků) bylo metodou QF-PCR vyšetřeno 742 vzorků, 469 (63,2 %) z nich mělo negativní nález a 273 (36,8 %) patologický nález. Vzorky 469 plodů s negativním QF-PCR nálezem byly následně vyšetřeny metodou SNP array. Normální ženský/mužský profil byl potvrzen u 402 plodů (85,7 %), chromozomální aneuploidie a velké chromozomální aberace (delece/duplikace > 10 Mb) u 51 vzorků (10,9 %). U 16 (3,4 %) vyšetřených plodů byla nalezena mikrodelece nebo mikroduplikace, ve dvou případech se jednalo o patogenní mikrodelece a ve 14 o variantu nejasného významu bez přímé souvislosti s abortem. Byl potvrzen statisticky významný vyšší záchyt chromozomálních aberací u plodů žen s věkem > 35 let. Mezi skupinami vyšetřených abortů u gravidit po spontánní koncepci a po in vitro fertilizaci nebyl prokázán statisticky významný rozdíl. Závěr: Kaskádovým vyšetřením metodami QF-PCR a SNP array byla objasněna genetická příčina u 43 % všech vyšetřených abortů. Záchyt chromozomálních abnormalit u časných abortů v I. trimestru byl 50,4 %.

Objective: The evaluation of quantitative fluorescence PCR (QF-PCR) and single nucleotide polymorphism array (SNP array) analysis for the identification of chromosomal abnormalities in products of conception (POC). Materials and methods: A total of 1,094 POC samples were processed at Gennet in the years 2018–2020. Chromosomal aneuploidies were tested by QF-PCR using a Omnibor set (STR markers 13, 18, 21, X a Y), SAB-I set (STR markers 2, 7, 15, 16, 22), SAB-II set (from November 2019, STR markers 4, 6, 14) followed by SNP array analysis (Illumina) on samples with a negative QF-PCR result. All POC samples were tested for maternal contamination. Results: After exclusion of maternal contamination (32% samples) the total number of 742 POC samples were tested by QF-PCR. Chromosomal aneuploidies were found in 273 POC samples (36.8%). Then, 469 QF-PCR negative POC samples were tested by SNP array analysis. Normal female/male profile was confirmed in 402 samples (85.7%) and chromosomal aneuploidies and chromosomal aberrations (deletion/duplication > 10 Mb) in 51 samples (10.9%). Microdeletion/microduplication was found in 16 POC samples (3.4%), two were classified as pathogenic variants and 14 as variants of unknown significance. In a group of women > 35 years of age, statistically significant increase of the chromosomal abnormalities was confirmed. No statistically significant difference between the in vitro fertilization group and the group of spontaneous conception was found. Conclusion: The application of the molecular work-up based on the stepwise use of QF-PCR and SNP array clarifies the cause of the abortion in 43% POC samples. The overall detection rate in the I. trimester was 50.4%.

• MeSH
• Aneuploidy MeSH
• Chromosome Aberrations embryology   MeSH
• Chromosome Deletion MeSH
• Polymorphism, Single Nucleotide MeSH
• Real-Time Polymerase Chain Reaction * MeSH
• Humans MeSH
• Aborted Fetus * abnormalities   embryology   MeSH
• Check Tag
• Humans MeSH

Noninvasive fetal RHD genotyping is an important tool for predicting RhD incompatibility between a pregnant woman and a fetus. This study aimed to assess a methodological approach other than the commonly used one for noninvasive fetal RHD genotyping on a representative set of RhD-negative pregnant women. The methodology must be accurate, reliable, and broadly available for implementation into routine clinical practice. A total of 337 RhD-negative pregnant women from the Czech Republic region were tested in this study. The fetal RHD genotype was assessed using two methods: real-time PCR and endpoint quantitative fluorescent (QF) PCR. We used exon-7-specific primers from the RHD gene, along with internal controls. Plasma samples were analyzed and measured in four/two parallel reactions to determine the accuracy of the RHD genotyping. The RHD genotype was verified using DNA analysis from a newborn buccal swab. Both methods showed an excellent ability to predict the RHD genotype. Real-time PCR achieved its greatest accuracy of 98.6% (97.1% sensitivity and 100% specificity (95% CI)) if all four PCRs were positive/negative. The QF PCR method also achieved its greatest accuracy of 99.4% (100% sensitivity and 98.6% specificity (95% CI)) if all the measurements were positive/negative. Both real-time PCR and QF PCR were reliable methods for precisely assessing the fetal RHD allele from the plasma of RhD-negative pregnant women.

• Publication type
• Journal Article MeSH

INTRODUCTION: Hearing loss (HL) is the most common sensory deficit in humans. HL is an extremely heterogeneous condition presenting most frequently as a nonsyndromic (NS) condition inherited in an autosomal recessive (AR) pattern, termed DFNB. Mutations affecting the STRC gene cause DFNB type 16. Various types of mutations within the STRC gene have been reported from the U.S. and German populations, but no information about the relative contribution of STRC mutations to NSHL-AR among Czech patients is available. METHODS AND PATIENTS: Two hundred and eighty-eight patients with prelingual NSHL, either sporadic (n = 207) or AR (n = 81), who had been previously tested negative for the mutations affecting the GJB2 gene, were included in the study. These patients were tested for STRC mutations by a quantitative comparative fluorescent polymerase chain reaction (QF-PCR) assay. In addition, 31 of the 81 NSHL-AR patients were analyzed by massively parallel sequencing using one of two different gene panels: 23 patients were analyzed by multiplex-ligation probe amplification (MLPA); and 9 patients by SNP microarrays. RESULTS: Causal mutations affecting the STRC gene (including copy number variations [CNVs] and point mutations) were found in 5.5% of all patients and 13.6% of the 81 patients in the subgroup with NSHL-AR. CONCLUSION: Our results provide strong evidence that STRC gene mutations are an important cause of NSHL-AR in Czech HL patients and are probably the second most common cause of DFNB. Large CNVs were more frequent than point mutations and it is reasonable to test them first by a QF-PCR method-a simple, accessible, and efficient tool for STRC CNV detection, which can be combined by MLPA.

• MeSH
• Humans MeSH
• Membrane Proteins genetics   MeSH
• Mutation * MeSH
• Hearing Loss genetics   MeSH
• Polymerase Chain Reaction MeSH
• Sequence Deletion MeSH
• Check Tag
• Humans MeSH
• Publication type
• Journal Article MeSH
• Geographicals
• Czech Republic MeSH

Cíl studie: Analýza klinického přínosu array vyšetření choriové biopsie (CVS) a návrh efektivnějšího postupu genetického vyšetření v I. trimestru. Typ studie: Retrospektivní studie. Název a sídlo pracoviště: Gennet, Centrum lékařské genetiky a reprodukční medicíny, Praha. Materiál a metodika: V rámci prenatální diagnostiky v I. trimestru bylo u 913 vzorků CVS provedeno QF-PCR (screening aneuploidií chromozomů 13,18, 21, X, Y) a stanovení karyotypu. Paralelně s těmito metodami bylo u 179 vzorků s normálním výsledkem z obou metod provedeno vyšetření SNP-array (Illumina HumanCytoSNP12 v2.1). Výsledky: Metodou QF-PCR bylo zachyceno 229 chromozomálních aneuploidií z 911 úspěšně provedených vyšetření (25 %). Konvenčními cytogenetickými metodami byly zachyceny nebalancované chromozomální aberace u 239 z 897 úspěšně vyšetřených plodů (27 %), v 95 % šlo o potvrzení výsledku QF-PCR (227/239), 10 nebalancovaných chromozomálních aberací nezahrnovalo chromozomy sledované metodou QF-PCR. Metodou array bylo u plodů s normálním výsledkem z obou výše uvedených metod odhaleno dalších 13 klinicky relevantních chromozomálních aberací (7,5 %). Závěr: Na základě analýzy našich dat a publikovaných studií jsme v laboratořích Gennetu navrhli nový algoritmus pro vyšetření choriových klků v I. trimestru. Hlavní změnou je nahrazení karyotypu metodou array u všech plodů, kde je normální výsledek z QF-PCR. Výsledkem bude efektivnější záchyt patologických klinicky relevantních chromozomálních aberací u vyšetřovaných plodů.

Objective: Array technology in chorionic villus sampling (CVS) – analysis of clinical benefit and a proposal of a more effective 1st trimester genetic testing policy. Design: Retrospective study. Setting: Gennet, Center of Medical Genetics and Reproductive Medicine, Prague. Material and methods: Total of 913 CVS were performed at Gennet between 2010–2014. All 913 samples were tested by QF-PCR rapid test for aneuploidy of chromosomes 13, 18, 21, X and Y and karyotyping following standard long term culture. Microarray analysis (Illumina HumanCytoSNP12 v2.1) was performed on 179 samples with normal result from both – QF-PCR and karyotyping. Results: At 229 samples the common chromosomal aneuploidy was detected using rapid QF-PCR (25% from 911 successful rapid tests). Conventional karyotyping revealed 239 unbalanced chromosome aberrations (27% from 897 successful cultivations). 227/239 (95%) positive karyotypes confirmed QF-PCR finding of common aneuploidies. 10 unbalanced chromosome aberrations were not covered by rapid QF-PCR test. Microarray analysis of samples with normal result from both– QF-PCR and karyotyping– revealed 13 clinically relevant chromosome aberrations (7.5%). Conclusion: New policy for chorionic villi testing at Gennet was established. Based on evaluation of the results of karyotyping, array and QF-PCR and analysis of published data we decided to replace karyotyping by microarray analysis in all cases of foetuses with normal results from QF-PCR. More effective detection of pathological and clinically relevant chromosome aberrations in examined foetuses is expected.

• Keywords
• QF-PCR, kvantitativní fluorescenční PCR,
• MeSH
• Algorithms MeSH
• Aneuploidy MeSH
• Chromosome Disorders * diagnosis   genetics   MeSH
• Cytogenetic Analysis methods   statistics & numerical data   MeSH
• Polymorphism, Single Nucleotide MeSH
• Karyotyping MeSH
• Cells, Cultured MeSH
• Humans MeSH
• Chorionic Villi Sampling * MeSH
• Polymerase Chain Reaction MeSH
• Prenatal Diagnosis MeSH
• Pregnancy Trimester, First MeSH
• Retrospective Studies MeSH
• Oligonucleotide Array Sequence Analysis * MeSH
• Comparative Genomic Hybridization MeSH
• Pregnancy MeSH
• Ultrasonography, Prenatal MeSH
• Check Tag
• Humans MeSH
• Pregnancy MeSH
• Female MeSH
• Publication type
• Comparative Study MeSH

AIMS: Trisomy of chromosome 21 is associated with Down syndrome (DS) - the commonest genetic cause of mental retardation. We report two unusual cases with partial trisomy of chromosome 21 and tetrasomy of chromosome 21 without DS phenotype. We include a short overview of the genotype-phenotype correlation studies in discussion. METHODS: Conventional chromosomal analysis, fluorescent in situ hybridisation (FISH), quantitative fluorescent PCR (QFPCR) and Nimblegen targeted chromosome 21 array were used for deciphering the genotypes. RESULTS: Conventional chromosomal analysis revealed one extra copy of derivative chromosome 21 in peripheral blood lymphocytes of the patients. FISH and QF PCR analyses identified duplicated loci (D21Z1, D21S1414, D21S1435) spanning from the centromere to band 21q21. Nimblegen targeted chromosome 21 array specified the range of duplication from the centromere to the band 21q21.3 (19 Mb) in the first case and the range of duplication and triplication resp from centromere to the bands 21q21.3 (15 Mb) and 21q11.2 (4 Mb) resp. in the second case. Additional material was of maternal origin in both cases. The different mechanisms led to the formation of the particular chromosomal imbalances. CONCLUSION: These findings confirm the conclusion of nonpresence of DS when bands 21q22.2 and 21q22.3 (Down critical region) are not duplicated. The patients had nonspecific phenotypes although some of their features such as "sandal gaps", joint hyperlaxity, hypotonia and brachycephaly are present in patients with DS. Our observation can help to narrow the region responsible for DS and to map the loci accountable for minor features of DS.

• MeSH
• Down Syndrome genetics   MeSH
• Phenotype MeSH
• Genotype MeSH
• Karyotype MeSH
• Infant MeSH
• Humans MeSH
• Chromosomes, Human, Pair 21 * MeSH
• Child, Preschool MeSH
• Tetrasomy * MeSH
• Trisomy * MeSH
• Check Tag
• Infant MeSH
• Humans MeSH
• Male MeSH
• Child, Preschool MeSH
• Publication type
• Journal Article MeSH
• Case Reports MeSH

Cieľ štúdie: Zavedenie metodiky QF-PCR pre detekciu najčastejšie sa vyskytujúcich chromozómových (trizómia 21, 18 a 13) a gonozómových aberácií na našom pracovisku z plodovej vody získanej pri amniocentéze v druhom trimestri. Overenie hypotézy možnosti detekcie chromozómových aberácií použitím STR markerov kitu Aneufast analýzou voľnej fetálnej DNA (ffDNA) izolovanej z plazmy matky s plodom postihnutým trizómiou 21. Typ štúdie: Prospektívna klinická štúdia. Názov a sídlo pracoviska: Gynekologicko-pôrodnícka klinika Jesseniovej lekárskej fakulty Univerzity Komenského a Univerzitnej Nemocnice Martin, Slovenská republika. Metodika: Vzorky plodovej boli získané od 67 žien (3 prípady dvojplodovej tehotnosti) v druhom trimestri gravidity (15. až 22. týždeň tehotnosti (t.t.)) boli vyšetrené multiplexnou QF-PCR kitom Aneufast a v prípade pozitivity pre trizómiu 21 aj kitom Devyser Resolution 21. Všetky vzorky boli zároveň vyšetrené konvenčnou cytogenetickou karyotypizáciou. Analýza ffDNA kitom Aneufast z plazmy 3 vysokorizikových žien odobratej v druhom trimestri (17. až 21. t.t.) prebehla po izolácii ffDNA kitom QIAamp DSP VirusKit. Trizómia 21 bola u týchto plodov potvrdená karyotypizáciou amniocytov v druhom trimestri. Výsledky: V súbore 70 vzoriek vyšetrenom pomocou QF-PCR bolo celkovo zachytených 7 patologických vzoriek z toho 6 trizómií 21 a 1 trizómia 18. U všetkých vzoriek vyšetrených metódou QF-PCR došlo ku 100% zhode s výsledkami cytogenetickej karyotypizácie. V prípade analýzy ffDNA nedošlo ku dostatočnej a teda interpretovateľnej amplifikácii potrebných úsekov chromozómu 21. Záver: QF-PCR sa ukázala ako spoľahlivá, rýchla, pomerne jednoduchá a finančne prijateľná metodika prenatálnej diagnostiky. Napriek dostupnosti a dobrému zavedeniu práce s kitom Aneufast, výsledky analýzy ffDNA nie sú uspokojivé. Vyšetrením ffDNA izolovanej z plazmy 3 žien s plodmi s trizómiou 21 sme nezískali interpretovateľné výsledky.

Objective: To introduce QF-PCR method for detection of the most common chromosomal (trisomy 21, 18 and 13) and gonosomal aneuploidies at our department in the second–trimester amniotic fluid. To test the hypothesis of chromosomal aneuploidies detection using STR markers of Aneufast? kit via analysing free fetal DNA (ffDNA) isolated from plasma of pregnant women with confirmed trisomy 21 in fetus. Design: A prospective clinical study. Setting: Department of Obstetrics and Gynecology, Jessenius Faculty of Medicine and University Hospital in Martin, Slovak Republic. Methods: The samples of amniotic fluid were obtained from 67 women (twin pregnancy in 3 cases) in the 2nd trimester (15th to 22nd gestational week (g.w.)). Samples were examined using multiplex QF-PCR via Aneufast kit. In the case of positivity for trisomy 21, they were re-examined using Devyser Resolution 21 kit. All samples were parallelly evaluated by cytogenetic karyotyping. We also analyzed ffDNA from the plasma of 3 high-risk women using Aneufast kit. The plasma samples were obtained in the 2nd trimester(17th to 21st g.w.). Qiaamp DSP Virus kit was used for ffDNA isolation. Trisomy 21 of 3 fetuses was confirmed by karyotyping after 2nd trimester amniocentesis. Results: In the cohort of 70 samples, 7 pathological results (six trisomies 21 and one trisomy 18) were obtained. There was 100% concordance with cytogenetic karyotype in all samples examined by QF-PCR. The amplification of tracked chromosome 21 fragments was not evaluable in the case of ffDNA analysis. Conclusion: QF-PCR was approved as reliable, rapid, quite simple and financially bearable method of prenatal diagnostics. Despite the fact of good availability and work implementation of Aneufast? kit, results of ffDNA analysis are insufficient. We did not obtain interpretable results after ffDNA analysis from maternal plasma in trisomy 21 fetuses.

• Keywords
• QF-PCR, ffDNA,
• MeSH
• Chromosome Aberrations MeSH
• Cytogenetics MeSH
• DNA * analysis   MeSH
• Adult MeSH
• Pregnancy Trimester, Second MeSH
• Karyotyping MeSH
• Plasma MeSH
• Humans MeSH
• Fetus * MeSH
• Polymerase Chain Reaction * methods   utilization   MeSH
• Prenatal Diagnosis MeSH
• Trisomy MeSH
• Check Tag
• Adult MeSH
• Humans MeSH
• Female MeSH
• Publication type
• Research Support, Non-U.S. Gov't MeSH

• Publication type
• Abstracts MeSH

Prenatální diagnostika má v současné medicíně a lékařské praxi stále větší význam. Řada závažných onemocnění nebo vrozených vývojových vad je spojena s tzv. chromozomálními aberacemi. Prenatální diagnostika je zaměřena z velké části právě na detekci těchto chromozomálních změn. Porozumění možnostem a principům prenatální diagnostiky je tak důležité pro lékaře všech oborů, protože napomáhá nejen rozvoji znalostí metod moderní medicíny, ale i pochopení etiologie těchto onemocnění.

Prenatal diagnostics has greater importance/bearing in current medicine and medical practice. Many serious disorders and congenital defects are connected with chromosomal aberrations. Prenatal diagnostics detects these chromosomal aberrations. Understanding the possibilities and principles of prenatal diagnostics is important for medical doctors of all professions – because it helps with the understanding of modern medical methods and the aetiology of these disorders.

• Keywords
• vrozené vývojové vady, QF-PCR (kvantitativní fluorescenční polymerázová řetězová reakce),
• MeSH
• Amniocentesis MeSH
• Aneuploidy MeSH
• Early Diagnosis MeSH
• Chromosome Aberrations classification   MeSH
• Cytogenetic Analysis methods   MeSH
• Pregnancy Trimester, Second MeSH
• In Situ Hybridization, Fluorescence methods   MeSH
• Pregnancy Complications MeSH
• Humans MeSH
• Fetal Diseases diagnosis   MeSH
• Chorionic Villi Sampling MeSH
• Amniotic Fluid cytology   MeSH
• Mass Screening MeSH
• Polymerase Chain Reaction methods   MeSH
• Prenatal Diagnosis methods   MeSH
• Pregnancy Trimester, First MeSH
• Pregnancy Tests MeSH
• Pregnancy MeSH
• Congenital Abnormalities etiology   classification   MeSH
• Check Tag
• Humans MeSH
• Pregnancy MeSH
• Female MeSH

Kniha je určená pro klinickou praxi, pregraduální i postgraduální studium a je výsledkem společného úsilí mezinárodního kolektivu autorů, kteří patří k nejvýznamnějším osobnostem v oboru.

• MeSH
• Diagnostic Techniques, Obstetrical and Gynecological MeSH
• Genital Diseases, Female diagnosis   ultrasonography   MeSH
• Pregnancy MeSH
• Ultrasonography classification   methods   utilization   MeSH
• Check Tag
• Pregnancy MeSH

• Conspectus
• Gynekologie. Porodnictví
• NML Fields
• gynekologie a porodnictví
• gynekologie a porodnictví
• radiologie, nukleární medicína a zobrazovací metody
• NML Publication type
• kolektivní monografie

Cíl studie: Posoudit míru fragmentace volné fetální DNA v plazmě těhotných žen v průběhu těhotenství. Typ studie: Zjištění efektivity záchytu fetálních DNA molekul s rozdílnou délkou a volné fetální DNA ve velikostních frakcích. Pracoviště: Ústav lékařské genetiky a fetální medicíny FN Olomouc. Metodika: 1. Celkem 363 vzorků těhotných žen v rozmezí 4. až 37. t.g. bylo posouzeno v lokusech STR a AMELY analýzou efektivity QF PCR. 2. Fetální DNA rozdělená do velikostních frakcí byla kvantifikována metodou QF PCR u 91 těhotných (8. t.g. - 40. t.g.). 3. Real-time PCR (SRY/vnitřní kontrola) byla použita u 22 těhotných s plodem mužského pohlaví (9. t.g - 36. t.g.). Výsledky: 1. Efektivita QF PCR byla nepřímo úměrná délce amplifikovaných molekul. 2. Kvantifikací fragmentů fetální DNA kapilární elektroforézou nebyly kromě frakce obsahující nejdelší molekuly (frakce 500-760 bp) nalezeny odlišnosti ve vztahu k týdnu těhotenství. 3. Metodou real-time PCR byl pozorován nepřímý vztah mezi množstvím fetální DNA ve frakci 150-300 bp a stadiem gravidity. Závěr: Rozborem všech tří postupů byl pozorován trend, který naznačuje nárůst větších fetálních molekul v průběhu těhotenství, zatímco množství menších molekul fetálního původu se nemění.

Aim of study: To assess cell free fetal DNA (cffDNA) fragmentation rate in pregnant women during the course of gravidity. Study design: QF PCR efficiency in cffDNA and quantitative analyses in particular cffDNA molecular size fractions. Setting: The study was performed at Department of Medical Genetics and Fetal Medicine, University Hospital Olomouc. Method: 1. 363 plasma DNA samples from women in different week of pregnancy (from 4th w.g. to 37th w.g.) were tested for QF PCR efficiency in particular STRs and AMELX/Y. 2. Size fractionated cff DNA (150–300 bp, 300–500 bp, 500–760 bp) was quantified by QF PCR in 91 pregnant women (from 9th w.g. to 40th w.g.). 3. Size fractionated cff DNA from male fetuses was quantified by real time PCR (SRY/internal control) in 22 pregnant women (from 9th w.g. to 36th w.g.). Results: 1. QF PCR efficiency decreased from longer to shorter molecules. 2. The only 500 -760 bp fraction showed cffDNA increase in relation to week of gravidity. 3. Indirect relation between amount of cffDNA and week of gravidity was found in 150-300 bp fraction by Real-time PCR. Conclusion: Assembling of all 3 approaches indicates increase of longer cffDNA molecules during the gravidity while level of the short cffDNA molecule fragments probably remains from the approximately 9th w.g. the same.

• Keywords
• neinvazivní prenatální diagnostika, real-time PCR, QF PCR, velikostní frakce,
• MeSH
• DNA blood   MeSH
• Electrophoresis, Capillary MeSH
• DNA Fragmentation MeSH
• Humans MeSH
• Chromosomes, Human, X genetics   MeSH
• Chromosomes, Human, Y genetics   MeSH
• Microsatellite Repeats genetics   MeSH
• Fetus MeSH
• Polymerase Chain Reaction MeSH
• Pregnancy MeSH
• Check Tag
• Humans MeSH
• Male MeSH
• Pregnancy MeSH
• Female MeSH