• MeSH
• chromozomální aberace MeSH
• finanční podpora výzkumu jako téma MeSH
• genetické markery MeSH
• genetické techniky metody   MeSH
• hematologické nádory genetika   MeSH
• hybridizace in situ fluorescenční MeSH
• lidé MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• MeSH
• chromozomální aberace MeSH
• cytogenetické vyšetření metody   MeSH
• hematologické nádory genetika   MeSH
• hybridizace in situ fluorescenční metody   MeSH
• lidé MeSH
• lidské chromozomy genetika   MeSH
• preleukemie diagnóza   MeSH
• pruhování chromozomů metody   MeSH
• spektrální karyotypizace metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• Publikační typ
• abstrakty MeSH

• Publikační typ
• abstrakt z konference MeSH

Proximal 6q deletions have a milder phenotype than middle and distal 6q deletions. We describe 2 patients with non-overlapping deletions of about 15 and 19 Mb, respectively, which subdivide the proximal 6q region into 2 parts. The aberrations were identified using karyotyping and analysed using mBAND and array CGH. The unaffected mother of the first patient carried a mosaic karyotype with the deletion in all metaphases analysed and a small supernumerary marker formed by the deleted material in about 77% of cells. Her chromosome 6 centromeric signal was split between the deleted chromosome and the marker, suggesting that this deletion arose through the centromere fission mechanism. In this family the location of the proximal breakpoint in the centromere prevented cloning of the deletion junction, but the junction of the more distal deletion in the second patient was cloned and sequenced. This analysis showed that the latter aberration was most likely caused by non-homologous end joining. The second patient also had a remarkably more severe phenotype which could indicate a partial overlap of his deletion with the middle 6q interval. The phenotypes of both patients could be partly correlated with the gene content of their deletions and with phenotypes of other published patients.

• MeSH
• chromozomální delece MeSH
• fenotyp MeSH
• genetické asociační studie MeSH
• hybridizace in situ fluorescenční MeSH
• karyotyp MeSH
• kojenec MeSH
• lidé MeSH
• lidské chromozomy, pár 6 genetika   MeSH
• předškolní dítě MeSH
• pruhování chromozomů MeSH
• srovnávací genomová hybridizace MeSH
• Check Tag
• kojenec MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• předškolní dítě MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• kazuistiky MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

• Publikační typ
• abstrakt z konference MeSH

Akutní leukemie (AL) představují heterogenní skupinu maligních onemocnění krvetvorby s různou prognózou. Díky této různorodosti AL nelze s jistotou predikovat odpověď pacienta na léčbu. Proto je velmi důležité sledovat množství zbytkové maligní populace buněk po léčbě, tzv. minimální reziduální nemoc (MRN). K detekci MRN se běžně využívají rekurentní cytogenetické abnormality a mutace v hematologicky významných genech, které jsou rutinním screeningem identifikovány u naprosté většiny dospělých pacientů s akutní lymfoblastickou leukemií a přibližně u poloviny dospělých pacientů s akutní myeloidní leukemií. Z tohoto důvodu je velmi žádoucí identifikovat nové specifické markery leukemických blastů, které budou sloužit ke sledování MRN u pacientů, u nichž nebyla nalezena žádná ze standardně vyšetřovaných aberací. Naším cílem bylo vyvinout zcela nový technický přístup k identifikaci a mapování unikátních klonálně specifických chromozomových abnormalit až na úroveň jednotlivých nukleotidů, a to pomocí moderních technik molekulární cytogenetiky, zejména mnohobarevné fluorescenční in situ hybridizace, mnohobarevného pruhování chromozomů (mFISH, mBAND) a multiplexní hybridizace fluorescenčně značených sond (BAC-FISH). Pro vyšší rozlišení byly fluorescenčně značené sondy aplikovány na linearizovaná vlákna DNA (molecular combing, fiber-FISH). Dalším nástrojem, který byl využit k přesné identifikaci zlomových míst aberovaných chromozomů byla mikrodisekce derivovaných chromozomů a následné sekvenování disekovaného materiálu pomocí technologie sekvenování nové generace (NGS). Posledním krokem byla konstrukce specifické molekulární PCR eseje v reálném čase pro monitorování MRN, která umožňuje sledovat odpověď pacienta na léčbu, příp. včas zachytit počínající molekulární relaps onemocnění. Moderní technologie umožňují detekovat a identifikovat unikátní klonálně specifické abnormality u pacientů s AL. Předložená práce jasně ukazuje, že mapování chromozomových aberací až na úroveň nukleotidů je pro vybrané pacienty s AL realizovatelné a vhodné pro standardní klinickou praxi. Jedná se o laboratorní přístup „šitý na míru“ nemocných s AL, který naplňuje naši představu o personalizované medicíně.

Acute leukaemia (AL) comprises a heterogeneous group of haematological malignancies with varying prognoses. In light of this heterogeneity, individual patient response to treatment can be difficult to predict. Sensitive monitoring of residual leukemic cell populations (minimal residual disease – MRD) is thus very important and holds great potential for improving treatment strategies. Commonly used MRD targets include recurrent cytogenetic abnormalities and mutations in important haematological genes. Unfortunately, such targets are identified in a majority of adult ALL patients but only in about 50% of adult AML patients. Identification of new specific leukemic blast molecular markers for MRD assessment is therefore highly desirable. Our goal was to develop a unique technical approach for the identification and mapping of clone-specific chromosomal abnormalities down to the single nucleotide level using current molecular cytogenetic techniques, particularly multicolour fluorescence in situ hybridization, multicolour chromosome banding (mFISH, mBAND) and multiplex hybridization of fluorescently labelled BAC clones (BAC-FISH). Higher resolution was achieved by hybridization of fluorescent probes to combed DNA fibres (molecular combing, fibre-FISH). Another approach used for the precise identification of chromosomal breakpoints was chromosome micro dissection followed by next-generation sequencing (NGS) of the dissected material. Finally, a specific Real-Time PCR assay to monitor MRD was designed. Modern technologies open new vistas for the detection and identification of unique clone-specific abnormalities in AL patients. Our work clearly suggests that mapping from the chromosomal level down to the nucleotide level is feasible and readily applicable in eligible AL patients, allowing its´ use in standard clinical practice and as a tool for personalized „tailor-made“ medicine.

• Klíčová slova
• akutní leukemie, personalizovaná medicína, sekvenování nové generace, chromozomová mikrodisekce, molekulární cytogenetika, minimální reziduální nemoc, mFISH, mBAND,
• MeSH
• akutní lymfatická leukemie genetika   MeSH
• akutní myeloidní leukemie genetika   MeSH
• body zlomu chromozomu MeSH
• chromozomální aberace MeSH
• cytogenetické vyšetření * metody   MeSH
• dospělí MeSH
• hybridizace in situ fluorescenční MeSH
• lidé MeSH
• malování chromozomů MeSH
• mapování chromozomů metody   MeSH
• pilotní projekty MeSH
• polymerázová řetězová reakce metody   MeSH
• reziduální nádor * diagnóza   genetika   MeSH
• sekvenční analýza DNA metody   MeSH
• vyšetřování kostní dřeně MeSH
• výzkum * MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé MeSH
• Publikační typ
• hodnotící studie MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

Existuje několik metod, které umožňují analyzovat celý genom a hledat změny v počtu, struktuře a expresi genů a DNA sekvencí. Z technik molekulární cytogenetiky to jsou komparativní genomová hybridizace (CGH), spektrální karyotypování (SKY) a metoda mnohobarevné fluorescenční in situ hybridizace (mFISH). Uvádíme přehledně princip těchto metod, možnosti jejich využití v klinických a výzkumných laboratořích a naše vlastní zkušenosti s metodou mFISH při jejím zavádění v cytogenetické laboratoři, při analýze získaných komplexních chromozomových přestaveb v nádorových buňkách a identifikaci vrozeného marker chromozómu. Dále jsme tento přehled doplnili popisem zcela nové molekulárně cytogenetické metody mnohobarevného pruhování chromozómů s vysokou rozlišovací schopností (mBAND). Tato metoda je založena na podobném principu jako mFISH s tím rozdílem, že vychází z použití tzv. parciálních malovacích sond, které hybridizují ke specifickým oblastem jednotlivých chromozómů. S její pomocí tedy analyzujeme jen jeden konkrétní chromozóm. V našem sledování je to chromozóm č. 5. Metodou mBAND získáme mnohobarevné pruhy vydělující jednotlivé oblasti dlouhých i krátkých ramen a může sloužit k přesné lokalizace zlomových míst. Uvádíme jednu nemocnou s myelodysplastickým syndromem (MDS) a netypickou intersticiální delecí dlouhých ramen chromozómu č. 5. Metody mFISH a mBAND mají velký význam a uplatnění v klinické i onkologické cytogenetice, protože přinesou další zpřesnění cytogenetické diagnostiky vrozených a získaných chromozómových změn.

Various techniques are now available for wide genome screening of alterations in copy number, structure and expression of genes and DNA sequences. Molecular cytogenetics has special techniques of comparative genomic hybridization (CGH), spectral karyotyping (SKY) and multicolor FISH (mFISH). We present principles of these methods, their use in molecular cytogenetic examinations of patients. We quote our experience with mFISH for analyses of complex chromosomal rearrangements in neoplastic cells and identification of inborn supernumerary marker chromosome. Further, we also review the first experiences with multicolor high resolution banding of chromosome (mBAND). This method was used for analysis of bone marrow cells of patient with myelodysplastic syndrome and deletion of chromosome No. 5. With mBAND exact breakpoints were localized. Multicolor fluorescence methods mFISH and mBAND becones the new tools for more precise analyses of inborn and acquired numerical and structural chromosomal rearrangements.

• MeSH
• finanční podpora výzkumu jako téma MeSH
• hybridizace in situ fluorescenční MeSH
• Publikační typ
• přehledy MeSH

Molecular-cytogenetic methods were used to analyse and specify complex genome rearrangements in malignant cells. Twelve samples of bone marrow cells were collected from patients with myelodysplastic syndromes (MDS). The complex karyotypes were examined by multicolour fluorescence in situ hybridization (mFISH), high-resolution multicolour banding (mBAND) and array comparative genomic hybridization (aCGH). For aCGH, DNA was isolated from fixed bone marrow cells in methanol and acetic acid and amplified by whole-genome amplification. Three samples were analysed by the oligonucleotide array NimbleGen on the basis of full service. BAC-based Haematochips (BlueGnome) were used for the other nine samples. Sensitivity and detection limits of both methods were compared. The results obtained by mFISH/mBAND were in most cases confirmed by the microarray technique. aCGH detected 43 unbalanced chromosomal changes that were also identified by classical cytogenetics and FISH. Moreover, aCGH discovered 14 additional changes. Cryptic amplifications and deletions were characterized with a resolution of 0.5 Mb. In one bone marrow sample with suspected monosomy 5 detected by conventional cytogenetic analysis, aCGH revealed a 22.3 Mb region of chromosome 5 inserted in another autosome within the complex karyotype. Amplified DNA was successfully used for aCGH in 11 out of 12 cases, improving resolution of unbalanced chromosomal aberrations. The combination of both approaches brought more detailed description of complex karyotypes and is highly recommended.

• MeSH
• cytogenetika metody   přístrojové vybavení   MeSH
• dospělí MeSH
• financování organizované MeSH
• genová přestavba MeSH
• hybridizace in situ fluorescenční MeSH
• karyotypizace metody   MeSH
• lidé MeSH
• lidské chromozomy, pár 5 MeSH
• myelodysplastické syndromy genetika   MeSH
• srovnávací genomová hybridizace metody   přístrojové vybavení   MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé MeSH

We analyzed complex chromosomal aberrations in 37 adult patients with myelodysplastic syndrome (MDS) and acute myeloid leukemia (AML) using classical cytogenetic method, FISH with locus-specific probes, multicolor FISH (mFISH) and multicolor banding (mBAND). Unbalanced structural aberrations, leading to a gain or loss of chromosomal material, were frequently observed in bone marrow cells. In 30 patients (81.1%) loss or rearrangement of chromosome 5, 7 and/or 11 was found. The most frequent numerical change was trisomy 8 as expected (detected in six patients-16.2%) and the most frequent breakpoints 5q13, 5q33, 7q31, 10p12, 11q23, 12p13, 17p11 and 21q22 were determined.

• MeSH
• akutní erytroblastická leukemie genetika   patologie   MeSH
• buňky kostní dřeně fyziologie   patologie   MeSH
• chromozomální aberace MeSH
• dějiny 16. století MeSH
• dospělí MeSH
• financování organizované MeSH
• genová přestavba genetika   MeSH
• hybridizace in situ fluorescenční MeSH
• karyotypizace MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• lidské chromozomy genetika   MeSH
• myelodysplastické syndromy genetika   patologie   MeSH
• senioři MeSH
• Check Tag
• dějiny 16. století MeSH
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• historické články MeSH