Cíl studie: Stanovit endometriální profi ly exprese mesengerové RNA (mRNA) vybraných matrixmetaloproteináz (MMP) a tkáňového inhibitoru metaloproteináz-1 (TIMP-1).Typ studie: Experimentální studie.Název a sídlo pracoviště: Gynekologicko-porodnická klinika, LF UP a FN Olomouc, Česká republika,Gynekologicko-porodnická klinika, Univerzitní nemocnice Lund, Švédsko.Metodika: Studovali jsme MMP-1, -3, -7, -10, -11, -12, -13, -14, -16, -26 a TIMP-1 mRNA ve 39 vzorcíchnormální endometriální tkáně získaných z různých fází menstruálního cyklu. Na základě histologickéhovyšetření byly vzorky klasifi kovány jako časná (n=8), střední (n=6) a pozdní (n=7) proliferace,časná (n=4), střední (n=4) a pozdní (n=8) sekrece a menstruální (n=3) fáze. Hladiny mRNAextrahované ze zmražených tkáňových vzorků byly kvantifi kovány pomocí real time PCR.Výsledky: Celkem byly zjištěny čtyři vzorce exprese MMP mRNA v průběhu menstruačního cyklu.MMP-1, -3, -10, a -12 byly exprimovány převážně v perimenstruálním období, MMP-7 a -11 mělynejvyšší hladiny v proliferační fázi, MMP-13, -14 a -16 byly exprimovány v průběhu celého cyklua MMP-26 měla maximum exprese v periovulatorním období. Hladiny TIMP-1 mRNA zůstávalynezměněny během cyklu.Závěr: Specifi cké profi ly endometriální exprese MMP v průběhu menstruačního cyklu ukazují najejich odlišný biologický význam v průběhu cyklu. MMP-26 vykazuje samostatný vzorec exprese.

Objective: To examine the endometrial expression pattern of messenger RNA (mRNA) for selectedmatrix metalloproteinases (MMP) and tissue inhibitor of metalloproteinases-1 (TIMP-1).Design: Experimental study.Setting: Department of Obstetrics and gynecology of the Palacky University Medical School andUniversity Hospital, Olomouc, Czech Republic, Department of Obsterics and Gynecology, UniversityHospital, Luna, Sweden.Methods: We studied MMP-1, -3, -7, -10, -11, -12, -13, -14, -16, -26 and TIMP-1 mRNA in 39 normalendometrial samples obtained across the menstrual cycle. Based on histological examination, allspecimens were classifi ed according to an ideal 28 day menstrual cycle as early (n=8), mid (n=6)and late (n=7) proliferative phase, early (n=4), mid (n=4) and late (n=8) secretory phase and menstrual(n=3) phase. mRNA extracted from frozen tissue samples was quantitated using real timePCR.Results: Four distinct patterns of MMP mRNA expression were detected in cycling endometrium.MMP-1, -3, -10, and -12 were expressed predominantly in perimenstrual period, MMP-7 and -11had highest levels in proliferative phase, MMP-13, -14 and -16 were expressed throughout thecycle and MMP-26 was found to be maximal in periovulatory period. Levels of TIMP-1 mRNAremained unchanged during the cycle.Conclusion: The specifi c endometrial expression profi les of MMPs during menstrual cycle pointto their specifi c biologic roles during the cycle. MMP-26 exhibits a unique expression pattern.

• MeSH
• endometrium MeSH
• exprese genu MeSH
• genetické techniky MeSH
• lidé MeSH
• menstruační cyklus MeSH
• messenger RNA analýza   MeSH
• techniky in vitro MeSH
• tkáňový inhibitor metaloproteinasy 1 genetika   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

The aim of this study was to utilize paramagnetic microparticles in isolation of mRNA using electrochemical detection. In this way mRNA from maize seedlings treated with a Cd(II) salt was isolated. The interaction of paramagnetic particles with synthetic oligo- and polynucleotides of various chain lengths was investigated. The average detection limits were 0.020?0.360 nM and the quantification limits 0.080?1.200 nM.

• MeSH
• elektrochemie metody   MeSH
• financování organizované MeSH
• messenger RNA izolace a purifikace   MeSH
• nadzemní části rostlin genetika   ultrastruktura   MeSH

• MeSH
• financování organizované MeSH
• Publikační typ
• abstrakty MeSH

Cíl: Včasná diagnostika karcinomu prostaty (CaP) je zcela zásadní pro záchyt karcinomu omezeného jen na žlázu s možností následné kurabilní léčby. Prostatický specifický antigen (PSA) je velice dobrý prostředek pro včasnou diagnostiku, ale jeho nevýhodou je nízká pozitivní prediktivní hodnota, jejíž následkem je velké množství zbytečných biopsií. Z tohoto důvodu je potřeba vývoje nových specifičtějších detekčních testů. Jedním ze slibných testů je DD3PCA3, což je gen kódující pro prostatickou tkáň specifickou mRNA, která je výrazně exprimována ve tkáni CaP. Cílem prezentované práce je vyhodnocení diagnostického potenciálu DD3PCA3 v detekci CaP stanovením exprese mRNA tohoto genu ve tkáni prostaty u mužů s karcinomem prostaty a benigní hyperplazií prostaty. Materiál a metoda: Celkem bylo vyšetřeno 186 pacientů. Ve skupině pacientů s podezřením na karcinom prostaty jsme v rámci biopsie prostaty odebrali vždy jeden vzorek na expresi DD3PCA3. Na základě histologického vyšetření byli pacienti rozděleni do skupiny s benigní hyperplazií prostaty, celkem 100 pacientů a 86 pacientů s prokázaným karcinomem prostaty (z tohoto počtu byla u 12 pacientů stanovena diagnóza prostatické intraepiteliální neoplazie (PIN)). Byla stanovena celková mRNA a kvantifikována celková exprese DD3PCA3 a PSA s užitím Q RT PCR metodiky. Poměr PCA3/PSA mRNA byl stanoven u obou skupin pacientů. Výsledky: V rámci předložené studie bylo prokázáno, že hladiny exprese mRNA genu DD3PCA3 (Ct) (hodnoty Ct cyklu), ve kterém dojde ke křížení s přímkou nejnižšího prahu detekce tzv. thresholdu. Čím je hodnota nižší, tím vyšší je množství kopií) ve tkáni prostaty byly signifikantně vyšší (p < 0,045) u pacientů s CaP ve srovnání s pacienty s BPH. Nebyly prokázány signifikantní rozdíly v expresi mRNA pro gen DD3PCA3 (Ct) mezi skupinami pacientů v závislosti na pokročilosti onemocnění (lokální vs. lokálně pokročilý a metastatický CaP) a v závislosti na Gleasonově skóre (dobře až středně diferencovaný CaP vs. špatně diferencovaný karcinom). Závěr: Specificita detekce mRNA DD3PCA3 ve tkáni je perspektivní metodikou pro detekci CaP a rozlišení pacientů s CaP a BPH.

Aim: Early diagnosis of prostate cancer (PCa) in organ confined stage with following radical treatment are only potential currative approach in PCa. Prostatic specific antigen (PSA) is very helpful in early diagnosis, but the main disadvantage is a low positive predictive value, which results in a high number of uselless biopsies. For that reason we need new tests with better parameters. One promising is DD3PCA3, which is a prostate-specific non-coding mRNA that is highly over-expressed in prostate tumor cells. The aim of study was to evaluate diagnostic potential of DD3PCA3 for PCa diagnostic. Material and methods: We examined altogether 186 patients. In group of patients with suspicion of PCa we collected one tissue specimen core for PCA3 espression in tissue. According to the histologically verification 100 patients with benign prostatic hyperplasia (BPH), and 86 patients with prostate cancer (12 patients from them had prostatic intraepithelial neoplasia (PIN)). Total RNA were isolated, PCA3 and PSA expression quantified using Q RT PCR method. The PCA3/PSA m RNA ratio distribution was determined for both subject groups. Results: It was found that levels of mRNA expressions of DD3PCA3 (Ct) were significantly higher (p < 0.045) in patients with prostate cancer than in patients with benign prostatic hyperplasia. We found no statistically diferencies in patients with prostate cancer in levels of mRNA expressions of DD3PCA3 (Ct) between patients with organe confined and advanced (metastatic) dissease and according to Gleason score. Conclusion: The specificity of mRNA DD3PCA3 detection seems to be perspective for early differential diagnosis between patients with BPH and patients with prostate cancer.

• MeSH
• antigeny nádorové genetika   MeSH
• DNA primery diagnostické užití   MeSH
• financování organizované MeSH
• hyperplazie prostaty diagnóza   genetika   MeSH
• lidé MeSH
• messenger RNA diagnostické užití   MeSH
• nádory prostaty MeSH
• polymerázová řetězová reakce s reverzní transkripcí metody   MeSH
• sekvence nukleotidů genetika   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH

BACKGROUND: Multiple sclerosis (MS) patients treated with interferon beta (IFNβ) are at risk of a declining response to treatment because of the production of IFNβ-neutralizing antibodies (NAbs). The expression of Myxovirus resistance protein A (MxA) mRNA is regarded as a marker of IFNβ bioactivity. AIMS: The aim of this study was to analyze the kinetics of MxA mRNA expression during long-term IFNβ treatment and assess its relationship to NAb production. METHODS: A prospective, observational, open-label, non-randomized study was designed in multiple sclerosis patients starting IFNβ treatment. NAbs and MxA mRNA were monitored every six months. RESULTS: 119 patients were consecutively enrolled and 107 were included in the final analysis. Both the presence of NAbs and a decrease in MxA mRNA below the cut off were revealed in 15 patients, however, in six patients (40%) positivity for NAbs was preceded by the decrease in MxA mRNA. In addition, a further six patients showing a decline in MxA mRNA did not have detectable NAbs. CONCLUSION: Our data indicate that quantification of MxA mRNA is a more sensitive identifier of loss of IFNβ efficacy than the NAb positivity.

• MeSH
• dospělí MeSH
• hodnocení výsledků zdravotní péče * MeSH
• interferon beta imunologie   farmakologie   MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• messenger RNA krev   MeSH
• mladý dospělý MeSH
• následné studie MeSH
• neutralizující protilátky krev   MeSH
• protein Mx krev   MeSH
• roztroušená skleróza krev   farmakoterapie   MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mladý dospělý MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• multicentrická studie MeSH
• pozorovací studie MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

• MeSH
• amplifikace genu MeSH
• Cytomegalovirus MeSH
• DNA virů MeSH
• genetická transkripce MeSH
• messenger RNA MeSH
• RNA virová MeSH

The nonsense-mediated mRNA decay (NMD) pathway rapidly detects and degrades mRNA containing premature termination codons (PTCs). UP-frameshift 1 (UPF1), the master regulator of the NMD process, has two alternatively-spliced isoforms; one carries 353-GNEDLVIIWLR-363 insertion in the 'regulatory loop (involved in mRNA binding)'. Such insertion can induce catalytic and/or ATPase activity, as determined experimentally; however, the kinetics and molecular level information are not fully understood. Herein, applying all-atom molecular dynamics, we probe the binding specificity of UPF1 with different GC- and AU-rich mRNA motifs and the influence of insertion to the viable control over UPF1 catalytic activity. Our results indicate two distinct conformations between 1B and RecA2 domains of UPF1: 'open (isoform_2; without insertion)' and 'closed (isoform_1; with insertion)'. These structural movements correspond to an important stacking pattern in mRNA motifs, i.e., absence of stack formation in mRNA, with UPF1 isoform_2 results in the 'open conformation'. Particularly, for UPF1 isoform_1, the increased distance between 1B and RecA2 domains has resulted in reducing the mRNA-UPF1 interactions. Lower fluctuating GC-rich mRNA motifs have better binding with UPF1, compared with AU-rich sequences. Except CCUGGGG, all other GC-rich motifs formed a 4-stack pattern with UPF1. High occupancy R363, D364, T627, and G862 residues were common binding GC-rich motifs, as were R363, N535, and T627 for the AU-rich motifs. The GC-rich motifs behave distinctly when bound to either of the isoforms; lower stability was observed with UPF1 isoform_2. The cancer-associated UPF1 variants (P533L/T and A839T) resulted in decreased protein-mRNA binding efficiency. Lack of mRNA stacking poses in the UPF1P533T system significantly decreased UPF1-mRNA binding efficiency and increased distance between 1B-RecA2. These novel findings can serve to further inform NMD-associated mechanistic and kinetic studies.

• MeSH
• alternativní sestřih * MeSH
• fosforylace MeSH
• lidé MeSH
• messenger RNA genetika   metabolismus   MeSH
• nonsense mediated mRNA decay * MeSH
• protein - isoformy MeSH
• regulace genové exprese * MeSH
• RNA-helikasy genetika   metabolismus   MeSH
• trans-aktivátory genetika   metabolismus   MeSH
• vazba proteinů MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

Cílem projektu je zavedení molekulárně-genetické diagnostiky pletencové svalové dystrofie typu 2A, 2B, 1C a facioskapulohumerální svalové dystrofie do klinické praxe v České republice. LGMD2A je spojena s mutacemi v genu pro kalpain3, LGMD2B s mutacemi vgenu pro dysferlin a LGMD1C s mutacemi v genu pro kaveolin3. Jmenované geny budou sledovány analýzou mRNA po předchozí imunohistochemické detekci proteinů ve svalové tkáni. FSHMD je spojena s delecemi v subtelomerní oblasti chromosomu 4q35. Diagnostikabude založena na restrikčním štěpení DNA, pulsní gelové elektroforéze, Southern blottingu a hybridizaci se značenou sondou. Výsledkem práce na projektu bude, kromě zavedení jmenovaných diagnóz a jejich testování na souboru pacientů, korelace zjištěného nálezu na úrovni mRNA resp. DNA s výsledným fenotypovým projevem onemocnění.; The aim of the proposed project is to introduce a molecular-genetic diagnostics of the limb-girdle muscular dystrophy 2A, 2B, 1C and of facioscapulohumeral muscular dystrophy to a clinical practice in the Czech Republic. LGMD2A is associated with mutations of the gene coding for calpain3, LGMD2B with the dysferlin gene and LGMD1C with caveolin3 gene. The above genes will be analysed at mRNA level after preceding immunohistochemical detection of proteins in muscle tissue. FSHMD is associated with subtelomeric deletions at 4q35 locus. Diagnostics will be based on restriction enzyme DNA digestion, pulsed-field gel electrophoresis, Southern blotting and hybridisation with labeled probe. Besides the introduction of the above diagnostics and their application in a set of patients, the project will result in correlation of the result at the level of mRNA or DNA with the phenotypic outcome of the disease.

• MeSH
• fenotyp MeSH
• genotyp MeSH
• kalpain genetika   MeSH
• messenger RNA analýza   MeSH
• neurodegenerativní nemoci diagnóza   genetika   MeSH
• neuromuskulární nemoci diagnóza   genetika   MeSH
• svalové proteiny genetika   MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• biologie
• neurologie
• ortopedie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

MicroRNAs (miRNAs) are becoming a very important group of molecules especially since their connection to numerous diseases has been revealed. The potential in gene therapy as well as in diagnostics is being widely investigated leading to the demand of sensitive, selective and simple methods of isolation and detection. The combined advantages of magnetic particle-based separation with sensitive electrochemical detection may offer a very valuable tool for these purposes. In this study, the miR‑124 was targeted as an example analyte for development and optimization of the isolation procedure coupled to the electrochemical detection. The sensitivity of the method was demonstrated by the limit of detection at the level of nanomolar concentration (4 nM). To verify the applicability of the procedure to the real samples, miR‑124 was isolated from the human embryonic kidney cells naturally expressing this miRNA molecule and the results were compared to the amount of miR‑124 isolated from the cells transfected by the pENTR-miR‑124 plasmid leading to the overexpression of miR‑124.

• MeSH
• biosenzitivní techniky * MeSH
• lidé MeSH
• limita detekce MeSH
• messenger RNA biosyntéza   genetika   MeSH
• mikro RNA genetika   izolace a purifikace   MeSH
• nádorové buněčné linie MeSH
• regulace genové exprese u nádorů MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

Human cells are subjected to continuous challenges by different genotoxic stress attacks. DNA damage leads to erroneous mutations, which can alter the function of oncogenes or tumor suppressors, resulting in cancer development. To circumvent this, cells activate the DNA damage response (DDR), which mainly involves cell cycle regulation and DNA repair processes. The tumor suppressor p53 plays a pivotal role in the DDR by halting the cell cycle and facilitating the DNA repair processes. Various pathways and factors participating in the detection and repair of DNA have been described, including scores of RNA-binding proteins (RBPs) and RNAs. It has become increasingly clear that p53's role is multitasking, and p53 mRNA regulation plays a prominent part in the DDR. This review is aimed at covering the p53 RNA metabolism linked to the DDR and highlights the recent findings.

• MeSH
• lidé MeSH
• messenger RNA metabolismus   MeSH
• mutace MeSH
• nádorový supresorový protein p53 genetika   metabolismus   MeSH
• nepřekládané oblasti MeSH
• oprava DNA * fyziologie   MeSH
• poškození DNA * MeSH
• proteiny vázající RNA genetika   metabolismus   MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• přehledy MeSH