Cíl práce: Cílem studie bylo zjistit prevalenci Candida pelliculosa, Candida utilis a Candida fabianii v klinickém materiálu získaném od pacientů Fakultní nemocnice Olomouc a porovnat minimální inhibiční koncentrace (MIC) devíti systémových antimykotik s ohledem na druh kvasinky, pohlaví a věk pacientů a typ klinického materiálu, ze kterého byly kandidy vykultivovány. Materiál a metody: Identifikace byla provedena biochemicky a pomocí hmotnostní spektrometrie (MALDI-TOF MS). MIC byly stanoveny mikrodiluční metodou. Výsledky: Z celkového počtu 163 klinických izolátů bylo 119 biochemicky určeno jako C. pelliculosa a 44 jako C. utilis. S využitím MALDI-TOF MS bylo 152 kvasinek identifikováno jako C. fabianii, 6 jako C. pelliculosa, 3 jako C. utilis a 1 jako Ogataea polymorpha. Nejvyšší průměrné hodnoty MIC byly nalezeny u C. fabianii a obecně u izolátů z hemokultur a centrálních venózních katétrů. Závěry: Pravděpodobnou příčinou nesouladu výsledků obou metod byla absence C. fabianii v druhové databázi biochemické soupravy. Byla zjištěna vyšší prevalence C. fabianii v klinickém materiálu v porovnání s ostatními dvěma druhy. Vyšší hodnoty MIC zaznamenané u C. fabianii demonstrují důležitost přesné identifikace tohoto druhu.
Background: The aims of this study were to determine the prevalence of C. pelliculosa, C. utilis, and C. fabianii in clinical samples collected from patients hospitalized in the Olomouc University Hospital and compare their minimum inhibitory concentrations (MICs ) to nine systemic antifungals with respect to yeast species, patient age, gender, and site of infection. Material and Methods: Identification was performed biochemically and using mass spectrometry (MALDI-TOF MS). MICs were determined by the broth dilution method. Results: Of a total of 163 clinical isolates, 119 were biochemically identified as C. pelliculosa and 44 as C. utilis. Using MALDI-TOF MS, 152 isolates were identified as C. fabianii, six as C. pelliculosa, three as C. utilis, and one as Ogataea polymorpha. The highest mean MICs were found in C. fabianii and in yeasts isolated from blood cultures and central venous catheters. Conclusions: The MALDI-TOF MS found C. fabianii to be most prevalent in clinical samples as compared with the other studied species. The probable cause of discordant results between the two methods was the absence of C. fabianii in the database of the biochemical test kit which led to misidentification of this species. Higher MIC values in C. fabianii demonstrate the importance of the precise identification of this species.
- Klíčová slova
- Candida utilis, Candida pelliculosa, Candida fabianii,
- MeSH
- antifungální látky MeSH
- Candida * izolace a purifikace klasifikace účinky léků MeSH
- dítě MeSH
- dospělí MeSH
- kandidóza diagnóza epidemiologie farmakoterapie klasifikace MeSH
- kultivované buňky MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mladiství MeSH
- předškolní dítě MeSH
- prevalence MeSH
- senioři nad 80 let MeSH
- senioři MeSH
- spektrometrie hmotnostní - ionizace laserem za účasti matrice * využití MeSH
- Check Tag
- dítě MeSH
- dospělí MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mladiství MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- předškolní dítě MeSH
- senioři nad 80 let MeSH
- senioři MeSH
- ženské pohlaví MeSH
Cíl práce: Vyvinout metodu detekce genů podmiňujících ESBL (extended spectrum beta lactamase) fenotyp bakterií přímo z klinického materiálu pacienta. Metoda umožňuje detekci genu blaCTX-M kódujícího CTX-M beta-laktamázy a detekci variant blaSHV genu technologií real-time PCR s využitím locked nucleic acid (LNA) oligonukleotidů. Materiál a metody: V pilotní studii byly testovány tracheální aspiráty získané od pacientů s umělou plicní ventilací hospitalizovaných na oddělení KAR FN Olomouc v období 1. 3. až 30. 8. 2010. Každý vzorek byl standardně mikrobiologicky vyšetřen, u enterobakterií bylo provedeno fenotypové stanovení přítomnosti ESBL. Každý klinický materiál byl současně podroben analýze na přítomnost nukleových kyselin (DNA) kódujících CTX-M a SHV ESBL beta-laktamázy metodou real-time PCR. Výsledky: Do testování bylo zařazeno 150 vzorků tracheálního aspirátu od 71 pacientů. V souboru bylo kultivačně identifikováno 13 (8,7 %) ESBL pozitivních vzorků, zatímco metodou real-time PCR jich bylo identifikováno 27 (18 %). Z 27 PCR pozitivních vzorků bylo pozitivních na přítomnost blaCTX-M sekvence 24 vzorků, dva na přítomnost ESBL blaSHV genu a v jednom vzorku byly identifikovány oba geny. Všechny kultivačně pozitivní vzorky byly zároveň PCR pozitivní na přítomnost blaCTX-M a/nebo blaSHV sekvence. Závěr. Nová metoda výrazně zkracuje dobu detekce kmenů enterobakterií s geny pro produkci SHV a CTX-M beta-laktamáz ze 48 na hodin. Umožňuje klinické využití stanovení přítomnosti ESBL-pozitivní enterobakterie v tracheálním aspirátu u pacientů se život ohrožující nozokomiální pneumonií, kde včasné zavedení adekvátní antimikrobiální terapie hraje významnou roli.
Objectives: A new method has been developed for detecting genes determining the extended-spectrum beta-lactamase (ESBL) phenotype directly from patients' clinical material. The method enables detection of the blaCTX-M gene encoding CTX-M beta-lactamases and the blaSHV gene variants with real-time PCR technology using locked nucleic acid oligonucleotides. Material and methods: In this pilot study, tracheal aspirates obtained from patients with mechanical ventilation hospitalized at Department of Anaesthesiology and Resuscitation of the University Hospital in Olomouc between 1st March and 30th December 2010 period were tested. Each sample was identified with standard microbiological procedures including phenotypic determination of ESBL-positive enterobacteria. At the same time, each sample was analyzed for the presence of nucleic acids (DNA) which encode CTX-M and SHV ESBL using real-time PCR . Results: 150 samples of tracheal aspirates from 71 patients were included into testing. In the set, 13 (8.7 %) ESBL-positive samples were identified by culture methods while 27 (18 %) positive samples were identified by the real-time PCR method. Of the 27 PCR-positive samples, 24 were positive for the blacTx gene; in 2 samples, the ESBL blasHv gene was detected, and both genes were present in 1 sampie. All culture-positive samples were also PCR-positive for the presence of blaCTX and/or blaSHV sequences. Conclusions: The new real-time PCR assay is likely to shorten the time for detection of enterobacteria producing SHV and CTX-M beta-lactamases from 48 to 6 hours. It enables ESBL-positive enterobacteria determination in tracheal aspirates of patients suffered from life-threatening nosocomial pneumonia where the early introduction of adequate antimicrobial treatment plays the important role.
- MeSH
- bakteriální infekce diagnóza etiologie farmakoterapie genetika MeSH
- beta-laktamasy * analýza diagnostické užití genetika MeSH
- enterobakteriální infekce diagnóza etiologie genetika komplikace mikrobiologie MeSH
- fenotyp MeSH
- hlen mikrobiologie MeSH
- infekce spojené se zdravotní péčí * diagnóza etiologie mikrobiologie prevence a kontrola přenos MeSH
- kultivační techniky * metody statistika a číselné údaje trendy MeSH
- lidé MeSH
- oligoribonukleotidy analýza diagnostické užití genetika MeSH
- pneumonie diagnóza etiologie prevence a kontrola MeSH
- tělesné sekrety * mikrobiologie MeSH
- ventilace umělá s výdechovým přetlakem statistika a číselné údaje MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
- MeSH
- bakteriální infekce * diagnóza genetika MeSH
- beta-laktamy analýza MeSH
- enterobakteriální infekce * diagnóza MeSH
- fenotyp MeSH
- hlen mikrobiologie MeSH
- infekce spojené se zdravotní péčí diagnóza mikrobiologie MeSH
- kultivační techniky MeSH
- lidé MeSH
- oligoribonukleotidy analýza MeSH
- pneumonie diagnóza MeSH
- tělesné sekrety mikrobiologie MeSH
- ventilace umělá s výdechovým přetlakem MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
- Publikační typ
- abstrakt z konference MeSH
