A multidrug-resistant (MDR) Campylobacter coli (C. coli) strain was isolated from a 2-month-old newborn who suffered from severe diarrhea in Lebanon. Here, whole-genome sequencing (WGS) analysis was deployed to determine the genetic basis of antimicrobial resistance and virulence in the C. coli isolate and to identify its epidemiological background (sequence type). The identity of the isolate was confirmed using API® Campy, MALDI-TOF, and 16S rRNA gene sequencing analysis. The antimicrobial susceptibility phenotype was determined using the disk diffusion assay. Our analysis showed that resistance to macrolide and quinolone was potentially associated with the presence of multiple point mutations in antibiotic targets on the chromosomal DNA. Furthermore, tetracycline and aminoglycoside resistance were encoded by genes on a pTet plasmid. The blaOXA-61, which is associated with beta-lactam resistance, was also detected in the C. coli genome. A set of 30 genes associated with the virulence in C. coli was detected using WGS analysis. MLST analysis classified the isolate as belonging to a new sequence type (ST-9588), a member of ST-828 complex which is mainly associated with humans and chickens. Taking together, this study provides the first WGS analysis of Campylobacter isolated from Lebanon. The detection of a variety of AMR and virulence determinants strongly emphasizes the need for studying the burden of Campylobacter in Lebanon and the Middle East and North Africa (MENA) region, where information on campylobacteriosis is scant.

• MeSH
• antibakteriální látky farmakologie   MeSH
• bakteriální léková rezistence genetika   MeSH
• Campylobacter coli * genetika   MeSH
• Campylobacter jejuni * genetika   MeSH
• kampylobakterové infekce * MeSH
• kur domácí genetika   MeSH
• mikrobiální testy citlivosti MeSH
• multilokusová sekvenční typizace MeSH
• průjem MeSH
• RNA ribozomální 16S genetika   MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• Geografické názvy
• Libanon MeSH

Cíl práce: Zjistit frekvenci výskytu druhů Campylobacter spp. izolovaných od lidí na území České republiky a standardní metodou EUCAST vyšetřit citlivost k antibiotikům, nejčastěji používaným k léčbě kampylobakterióz. Materiál a metody: Konsekutivní izoláty kampylobakterů, izolované v průběhu jednoho měsíce roku 2013 z klinických vzorků pacientů ve 49 mikrobiologických laboratořích, byly identifikovány metodou MALDI-TOF MS. Citlivost k erytromycinu, ciprofloxacinu a tetracyklinu byla vyšetřena diluční mikrometodou a výsledky byly interpretovány podle klinických breakpointů EUCAST pro rozlišení citlivých a rezistentních kmenů kampylobakterů. Výsledky: Soubor 769 kmenů Campylobacter spp. zahrnoval 90,1 % C. jejuni, 9,8 % C. coli a jediný kmen C. fetus (0,1 %). S výjimkou jednoho izolátu C. jejuni z krve byly všechny ostatní ze stolice. K ciprofloxacinu (MIC > 0,5 mg/l) bylo rezistentních 61,9 % kmenů C. jejuni a 72,0 % kmenů C. coli, k tetracyklinu (MIC > 2 mg/l) bylo shodně rezistentních 32,0 % kmenů obou druhů, a k erytromycinu bylo rezistentních 0,3 % kmenů C. jejuni (MIC > 8 mg/l) a 2,7 % kmenů C. coli (MIC > 4 mg/l). Jeden kmen C. coli byl multirezistentní (rezistentní ke všem třem antibiotikům). Závěry: Přesto, že většina humánních infekcí způsobených kampylobaktery je samoúzdravná, je znalost stavu rezistence k antibiotikům volby a jejich alternativám nezbytná pro léčbu případů se závažným průběhem, které vyžadují podávání antibiotik. Frekvence výskytu rezistence k makrolidům, zjištěná v této studii, byla nízká u kmenů C. jejuni (0,1 %) i C. coli (2,7 %). Znepokojivá je však rezistence k ciprofloxacinu, potvrzená u 61,9 % kmenů C. jejuni a 72,0 % kmenů C. coli. Vzhledem k tomu, že u druhu C. coli je frekvence výskytu antibiotické rezistence vyšší než u druhu C. jejuni, a ciprofloxacin s dalšími fluorochinolony slouží jako častá volba pro léčbu závažných alimentárních i celkových infekcí, je pro volbu účinné léčby nutno i v rutinní laboratoři identifikovat kampylobaktery do druhu a vyšetřovat jejich citlivost k relevantním antibiotikům validní a reprodukovatelnou metodou.

Study aim: To determine the frequency of Campylobacter spp. isolated from humans in the Czech Republic and to test their susceptibility to antimicrobials commonly used to treat campylobacteriosis by the standard EUCAST method. Material and methods: Consecutive Campylobacter isolates recovered from clinical specimens in 49 microbiological laboratories within one month in 2013 were identified using matrix-assisted laser desorption/ionization-time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS). Susceptibility to erythromycin, ciprofloxacin, and tetracycline was tested by the microdilution method and the results were interpreted based on the EUCAST clinical breakpoints to differentiate between susceptible and resistant strains. Results: Of the study set of 769 Campylobacter spp. strains, 90.1 % were assigned to C. jejuni, 9.8 % to C. coli, and a single strain to C. fetus (0.1 %). Except one blood isolate of C. jejuni, all other isolates were recovered from the stool. Ciprofloxacin resistance (MIC > 0.5 mg/l) was detected in 61.9 % strains of C. jejuni and in 72.0 % strains of C. coli, tetracycline resistance (MIC > 2 mg/l) was detected in 32.0 % of strains of both species, and erythromycin resistance was found in 0.3 % of strains of C. jejuni (MIC > 8 mg/l) and in 2.7 % of strains of C. coli (MIC > 4 mg/l). A C. coli strain was multidrug resistant (i.e. resistant to all three antimicrobials tested). Conclusions: Despite the fact that most Campylobacter infections in humans cure on their own, the resistance of the causative strains to the antimicrobials of choice and alternative agents needs to be studied because of its relevance to the treatment of severe cases that require antibiotics. Resistance to macrolides was found rather infrequently in this study in both C. jejuni (0.1 %) and C. coli (2.7 %) strains. Nevertheless, alarming is ciprofloxacin resistance confirmed in 61.9 % of C. jejuni strains and 72.0 % C. coli strains. As the species C. coli is more often resistant to antimicrobials than C. jejuni and ciprofloxacin along with other fluoroquinolones is commonly used to treat severe food-borne and generalized infections, it is crucial to identify the Campylobacter strains to the species level and to test their susceptibility to relevant antibiotics by a valid and reproducible method to be able to provide an effective therapy.

• MeSH
• bakteriální infekce mikrobiologie   MeSH
• bakteriální léková rezistence * MeSH
• Campylobacter coli genetika   izolace a purifikace   patogenita   účinky léků   MeSH
• Campylobacter jejuni genetika   izolace a purifikace   patogenita   účinky léků   MeSH
• Campylobacter * genetika   izolace a purifikace   patogenita   účinky léků   MeSH
• ciprofloxacin MeSH
• enteritida etiologie   mikrobiologie   MeSH
• erythromycin MeSH
• kampylobakterové infekce * epidemiologie   etiologie   farmakoterapie   MeSH
• laboratoře MeSH
• lidé MeSH
• mikrobiální testy citlivosti * metody   využití   MeSH
• rezistence na tetracyklin MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• zvířata MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

The Campylobacter species strains (n = 42; isolated from clinical samples and deposited in Czech National Collection of Type Cultures, Prague) originally phenotypically (and biochemically) identified as Campylobacter jejuni were re-classified using molecular biological and mass spectrometric methods. Whole-cell MALDI-TOF MS (matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry) separated the isolates into two genetically related strains--C. jejuni (n = 26) and C. coli (n = 16) and, moreover, distinguished the intimate details in the group of tested strains. It also made it possible to create the MALDI-TOF MS dendrogram; similarly, the spectral characteristics were used for the 3D cluster analysis. Polymerase chain reaction (PCR) confirmed the results obtained by mass spectrometry. Both methods (PCR and MALDI-TOF MS) gave the same results which supports their suitability in the rapid and accurate Campylobacter-species determination.

• MeSH
• Campylobacter coli genetika   klasifikace   MeSH
• Campylobacter jejuni genetika   klasifikace   MeSH
• DNA bakterií analýza   izolace a purifikace   MeSH
• druhová specificita MeSH
• feces mikrobiologie   MeSH
• kočky MeSH
• lidé MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• spektrometrie hmotnostní - ionizace laserem za účasti matrice metody   MeSH
• techniky typizace bakterií MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• kočky MeSH
• lidé MeSH
• zvířata MeSH

• MeSH
• Campylobacter coli genetika   izolace a purifikace   MeSH
• Campylobacter jejuni genetika   izolace a purifikace   MeSH
• flagelin genetika   MeSH
• molekulární sekvence - údaje MeSH
• otevřené čtecí rámce MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• sekvence aminokyselin MeSH
• sekvenční analýza proteinů MeSH
• ureasa metabolismus   MeSH
• Geografické názvy
• Japonsko MeSH
• Severní Irsko MeSH