Viruses from the genus Enterovirus are important human pathogens. Receptor binding or exposure to acidic pH in endosomes converts enterovirus particles to an activated state that is required for genome release. However, the mechanism of enterovirus uncoating is not well understood. Here, we use cryo-electron microscopy to visualize virions of human echovirus 18 in the process of genome release. We discover that the exit of the RNA from the particle of echovirus 18 results in a loss of one, two, or three adjacent capsid-protein pentamers. The opening in the capsid, which is more than 120 Å in diameter, enables the release of the genome without the need to unwind its putative double-stranded RNA segments. We also detect capsids lacking pentamers during genome release from echovirus 30. Thus, our findings uncover a mechanism of enterovirus genome release that could become target for antiviral drugs.

• MeSH
• Cercopithecus aethiops MeSH
• dvouvláknová RNA chemie   genetika   MeSH
• elektronová kryomikroskopie MeSH
• enterovirus B lidský genetika   ultrastruktura   MeSH
• epitelové buňky ultrastruktura   virologie   MeSH
• genom virový * MeSH
• kapsida chemie   ultrastruktura   MeSH
• koncentrace vodíkových iontů MeSH
• lidé MeSH
• RNA virová chemie   genetika   MeSH
• simulace molekulární dynamiky MeSH
• svlékání virového obalu genetika   MeSH
• virion genetika   ultrastruktura   MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

Cíl práce: Zavedení sekvenace enterovirů jako progresivní metody umožňující zařazení izolovaných virů podle nové nomenklatury a detailní posouzení charakteru izolátu. Materiál a metody: Bylo analyzováno 75 vzorků pocházejících od 64 pacientů ze 2 pracovišť – Krajské nemocnice v Liberci a Fakultní nemocnice Plzeň. Věk sledovaných pacientů se pohyboval v intervalu od 4 do 54 let, medián věku byl 15 let u mužů a 16 let u žen. Důvodem hospitalizace byly u převažujícího počtu pacientů intenzivní bolesti hlavy, horečky, zvracení, únava, meningeální příznaky, u dvou pacientů byly příznaky střevní a u jednoho kožní. Vyšetřované vzorky byly výtěry z rekta, krku, mozkomíšní moky a stolice. Molekulární detekce a typizace byla provedena s využitím metody RT-PCR. Pro typizaci byl vybrán úsek z nekódující oblasti 5´RNA. Vzorky byly amplifikovány jednokrokovou PCR s vnějšími primery a se stejnými primery prodlouženými o M13 sekvence (Generi-Biotech). Editace, sestava a kvalitativní analýza sekvencí byla provedena pomocí programu LASERGENE (DIASTAR). Získané sekvence byly vyhodnoceny centrální databází sekvencí GenBank pomocí algoritmu BLAST. Výsledky: V izolátech jsme identifikovali 61 ECHO virů 30, 3 coxsackieviry B1, 1 coxsackievirus B3, 1 coxsackievirus A9, 1 enterovirus 86, 1 enterovirus 71, 2 ECHO virus 13/ coxsackievirus B5, 1 ECHO virus 7/30/coxsackievirus B4, 1 coxsackievirus B4/enterovirus B, 1 enterovirus 87/ECHO virus 30/enterovirus B a 1 ECHO virus 3. Všechny izolované viry, mimo enteroviru 71 patřícího do skupiny A, spadají do skupiny B. Závěr: Enteroviry bylo možné jednoznačně identifikovat, ačkoliv byl sekvenován krátký konzervativní úsek se značnou variabilitou. Sekvenace v plné míře nahradila bližší určování enterovirů virusneutralizací a umožnila detailní posouzení izolátů. Převaha ECHO 30 jako kauzálního agens vyvolávajícího aseptické meningitidy je ve shodě s literárními údaji.

Objective: Introducing enterovirus sequencing as an advanced approach to classify the viruses isolated according to the novel nomenclature and to characterize isolates in detail. Material and methods: Seventy-five specimens collected from 64 patients in two hospitals, Liberec Regional Hospital, and Plzeň University Hospital, were analyzed. The study patients' age ranged from four to 54 years, with a median of 15 years in males and 16 years in females. In most patients, the reasons for admission were intense headache, fever, vomiting, tiredness, meningeal symptoms, intestinal symptoms (in two patients), and skin symptoms (in one patient). The speci-mens collected were rectal and throat swabs, cerebrospinal fluid (CSF) and stool specimens. Molecular detection and typing were performed using the RT-PCR method. A segment of the 5´non-coding RNA was selected for typing. Specimens were amplified using single-step PCR with external primers and with the same primers extended to include M13 sequen-ces (Generi-Biotech). The LASERGENE software (DIASTAR) was used in sequence editing, alignment, and quality check. The sequences obtained were checked against the central GenBank sequence database using the BLAST algorithm. Results: The identification of the study isolates resulted in 61 ECHO viruses 30, three coxsackie viruses B1, one coxsackie virus B3, one coxsackie virus A9, one enterovirus 86, one enterovirus 71, Two ECHO viruses 13/coxsackie virus B5, one ECHO virus 7/30/coxsackie virus B4, one coxsackie virus B4/enterovirus B, one enterovirus 87/ECHO virus 30/enterovirus B, and one ECHO virus 3. All viruses isolated, except enterovirus 71 classified into group A, were of group B. Conclusion: The enteroviruses were identified unambigously, although the sequencing only targeted a short, conserved segment that showed considerable variability. The sequencing was an effective alternative to enterovirus identification by the neutralisation test and allowed for detailed characterization of the isolates. The predominance of ECHO 30 as the cause of aseptic meningitis is in accordance with the literature data.

• MeSH
• dítě MeSH
• dospělí MeSH
• ECHO virové infekce virologie   MeSH
• enterovirové infekce * virologie   MeSH
• enterovirus B lidský genetika   izolace a purifikace   MeSH
• Enterovirus * genetika   izolace a purifikace   MeSH
• feces virologie   MeSH
• genotyp MeSH
• kvantitativní polymerázová řetězová reakce MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• meningitida aseptická virologie   MeSH
• mladiství MeSH
• mladý dospělý MeSH
• mozkomíšní mok virologie   MeSH
• odběr biologického vzorku MeSH
• předškolní dítě MeSH
• RNA virová * genetika   MeSH
• sekvenční analýza RNA * MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• mladý dospělý MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• předškolní dítě MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH

• MeSH
• dítě MeSH
• ECHO virové infekce diagnóza   epidemiologie   etiologie   MeSH
• enterovirus B lidský genetika   imunologie   izolace a purifikace   MeSH
• epidemiologie MeSH
• kojenec MeSH
• krvácení epidemiologie   virologie   MeSH
• lidé MeSH
• novorozenec MeSH
• sérologické testy MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• kojenec MeSH
• lidé MeSH
• novorozenec MeSH
• Geografické názvy
• Maďarsko MeSH