Cíl práce: Zavedení sekvenace enterovirů jako progresivní metody umožňující zařazení izolovaných virů podle nové nomenklatury a detailní posouzení charakteru izolátu. Materiál a metody: Bylo analyzováno 75 vzorků pocházejících od 64 pacientů ze 2 pracovišť – Krajské nemocnice v Liberci a Fakultní nemocnice Plzeň. Věk sledovaných pacientů se pohyboval v intervalu od 4 do 54 let, medián věku byl 15 let u mužů a 16 let u žen. Důvodem hospitalizace byly u převažujícího počtu pacientů intenzivní bolesti hlavy, horečky, zvracení, únava, meningeální příznaky, u dvou pacientů byly příznaky střevní a u jednoho kožní. Vyšetřované vzorky byly výtěry z rekta, krku, mozkomíšní moky a stolice. Molekulární detekce a typizace byla provedena s využitím metody RT-PCR. Pro typizaci byl vybrán úsek z nekódující oblasti 5´RNA. Vzorky byly amplifikovány jednokrokovou PCR s vnějšími primery a se stejnými primery prodlouženými o M13 sekvence (Generi-Biotech). Editace, sestava a kvalitativní analýza sekvencí byla provedena pomocí programu LASERGENE (DIASTAR). Získané sekvence byly vyhodnoceny centrální databází sekvencí GenBank pomocí algoritmu BLAST. Výsledky: V izolátech jsme identifikovali 61 ECHO virů 30, 3 coxsackieviry B1, 1 coxsackievirus B3, 1 coxsackievirus A9, 1 enterovirus 86, 1 enterovirus 71, 2 ECHO virus 13/ coxsackievirus B5, 1 ECHO virus 7/30/coxsackievirus B4, 1 coxsackievirus B4/enterovirus B, 1 enterovirus 87/ECHO virus 30/enterovirus B a 1 ECHO virus 3. Všechny izolované viry, mimo enteroviru 71 patřícího do skupiny A, spadají do skupiny B. Závěr: Enteroviry bylo možné jednoznačně identifikovat, ačkoliv byl sekvenován krátký konzervativní úsek se značnou variabilitou. Sekvenace v plné míře nahradila bližší určování enterovirů virusneutralizací a umožnila detailní posouzení izolátů. Převaha ECHO 30 jako kauzálního agens vyvolávajícího aseptické meningitidy je ve shodě s literárními údaji.

Objective: Introducing enterovirus sequencing as an advanced approach to classify the viruses isolated according to the novel nomenclature and to characterize isolates in detail. Material and methods: Seventy-five specimens collected from 64 patients in two hospitals, Liberec Regional Hospital, and Plzeň University Hospital, were analyzed. The study patients' age ranged from four to 54 years, with a median of 15 years in males and 16 years in females. In most patients, the reasons for admission were intense headache, fever, vomiting, tiredness, meningeal symptoms, intestinal symptoms (in two patients), and skin symptoms (in one patient). The speci-mens collected were rectal and throat swabs, cerebrospinal fluid (CSF) and stool specimens. Molecular detection and typing were performed using the RT-PCR method. A segment of the 5´non-coding RNA was selected for typing. Specimens were amplified using single-step PCR with external primers and with the same primers extended to include M13 sequen-ces (Generi-Biotech). The LASERGENE software (DIASTAR) was used in sequence editing, alignment, and quality check. The sequences obtained were checked against the central GenBank sequence database using the BLAST algorithm. Results: The identification of the study isolates resulted in 61 ECHO viruses 30, three coxsackie viruses B1, one coxsackie virus B3, one coxsackie virus A9, one enterovirus 86, one enterovirus 71, Two ECHO viruses 13/coxsackie virus B5, one ECHO virus 7/30/coxsackie virus B4, one coxsackie virus B4/enterovirus B, one enterovirus 87/ECHO virus 30/enterovirus B, and one ECHO virus 3. All viruses isolated, except enterovirus 71 classified into group A, were of group B. Conclusion: The enteroviruses were identified unambigously, although the sequencing only targeted a short, conserved segment that showed considerable variability. The sequencing was an effective alternative to enterovirus identification by the neutralisation test and allowed for detailed characterization of the isolates. The predominance of ECHO 30 as the cause of aseptic meningitis is in accordance with the literature data.

Fakultní nemocnice Plzeň Ústav mikrobiologie Infekční klinika

Krajská nemocnice Liberec a s Centrum laboratorní medicíny

Lékařská fakulta UK v Plzni Ústav epidemiologie

Státní zdravotní ústav Praha Centrum pro epidemiologii a mikrobiologii

Enterovirus sequencing as a new approach to the laboratory diagnosis for clinical and epidemiological purposes

000      

00000naa a2200000 a 4500

001      

bmc15022024

003      

CZ-PrNML

005      

20150730095408.0

007      

ta

008      

150629s2015 xr f 000 0|cze||

009      

AR

040    __

$a ABA008 $b cze $d ABA008 $e AACR2

041    0_

$a cze $b eng

044    __

$a xr

100    1_

$a Rainetová, Petra $7 xx0103935 $u Státní zdravotní ústav Praha, Centrum pro epidemiologii a mikrobiologii

245    10

$a Sekvenace enterovirů jako nový přístup k laboratorní diagnostice pro klinické i epidemiologické účely / $c Rainetová P., Jiřincová H., Musílek M., Nováková L., Vodičková I., Štruncová V., Švecová M., Pazdiora P., Piskunová N., Trubač P., Zajíc T., Havlíčková M.

246    31

$a Enterovirus sequencing as a new approach to the laboratory diagnosis for clinical and epidemiological purposes

520    3_

$a Cíl práce: Zavedení sekvenace enterovirů jako progresivní metody umožňující zařazení izolovaných virů podle nové nomenklatury a detailní posouzení charakteru izolátu. Materiál a metody: Bylo analyzováno 75 vzorků pocházejících od 64 pacientů ze 2 pracovišť – Krajské nemocnice v Liberci a Fakultní nemocnice Plzeň. Věk sledovaných pacientů se pohyboval v intervalu od 4 do 54 let, medián věku byl 15 let u mužů a 16 let u žen. Důvodem hospitalizace byly u převažujícího počtu pacientů intenzivní bolesti hlavy, horečky, zvracení, únava, meningeální příznaky, u dvou pacientů byly příznaky střevní a u jednoho kožní. Vyšetřované vzorky byly výtěry z rekta, krku, mozkomíšní moky a stolice. Molekulární detekce a typizace byla provedena s využitím metody RT-PCR. Pro typizaci byl vybrán úsek z nekódující oblasti 5´RNA. Vzorky byly amplifikovány jednokrokovou PCR s vnějšími primery a se stejnými primery prodlouženými o M13 sekvence (Generi-Biotech). Editace, sestava a kvalitativní analýza sekvencí byla provedena pomocí programu LASERGENE (DIASTAR). Získané sekvence byly vyhodnoceny centrální databází sekvencí GenBank pomocí algoritmu BLAST. Výsledky: V izolátech jsme identifikovali 61 ECHO virů 30, 3 coxsackieviry B1, 1 coxsackievirus B3, 1 coxsackievirus A9, 1 enterovirus 86, 1 enterovirus 71, 2 ECHO virus 13/ coxsackievirus B5, 1 ECHO virus 7/30/coxsackievirus B4, 1 coxsackievirus B4/enterovirus B, 1 enterovirus 87/ECHO virus 30/enterovirus B a 1 ECHO virus 3. Všechny izolované viry, mimo enteroviru 71 patřícího do skupiny A, spadají do skupiny B. Závěr: Enteroviry bylo možné jednoznačně identifikovat, ačkoliv byl sekvenován krátký konzervativní úsek se značnou variabilitou. Sekvenace v plné míře nahradila bližší určování enterovirů virusneutralizací a umožnila detailní posouzení izolátů. Převaha ECHO 30 jako kauzálního agens vyvolávajícího aseptické meningitidy je ve shodě s literárními údaji.

520    9_

$a Objective: Introducing enterovirus sequencing as an advanced approach to classify the viruses isolated according to the novel nomenclature and to characterize isolates in detail. Material and methods: Seventy-five specimens collected from 64 patients in two hospitals, Liberec Regional Hospital, and Plzeň University Hospital, were analyzed. The study patients' age ranged from four to 54 years, with a median of 15 years in males and 16 years in females. In most patients, the reasons for admission were intense headache, fever, vomiting, tiredness, meningeal symptoms, intestinal symptoms (in two patients), and skin symptoms (in one patient). The speci-mens collected were rectal and throat swabs, cerebrospinal fluid (CSF) and stool specimens. Molecular detection and typing were performed using the RT-PCR method. A segment of the 5´non-coding RNA was selected for typing. Specimens were amplified using single-step PCR with external primers and with the same primers extended to include M13 sequen-ces (Generi-Biotech). The LASERGENE software (DIASTAR) was used in sequence editing, alignment, and quality check. The sequences obtained were checked against the central GenBank sequence database using the BLAST algorithm. Results: The identification of the study isolates resulted in 61 ECHO viruses 30, three coxsackie viruses B1, one coxsackie virus B3, one coxsackie virus A9, one enterovirus 86, one enterovirus 71, Two ECHO viruses 13/coxsackie virus B5, one ECHO virus 7/30/coxsackie virus B4, one coxsackie virus B4/enterovirus B, one enterovirus 87/ECHO virus 30/enterovirus B, and one ECHO virus 3. All viruses isolated, except enterovirus 71 classified into group A, were of group B. Conclusion: The enteroviruses were identified unambigously, although the sequencing only targeted a short, conserved segment that showed considerable variability. The sequencing was an effective alternative to enterovirus identification by the neutralisation test and allowed for detailed characterization of the isolates. The predominance of ECHO 30 as the cause of aseptic meningitis is in accordance with the literature data.

650    _2

$a dítě $7 D002648

650    _2

$a dospělí $7 D000328

650    _2

$a lidé $7 D006801

650    _2

$a lidé středního věku $7 D008875

650    _2

$a mladiství $7 D000293

650    _2

$a mladý dospělý $7 D055815

650    _2

$a mužské pohlaví $7 D008297

650    _2

$a předškolní dítě $7 D002675

650    _2

$a ženské pohlaví $7 D005260

650    _2

$a kvantitativní polymerázová řetězová reakce $7 D060888

650    12

$a sekvenční analýza RNA $7 D017423

650    12

$a RNA virová $x genetika $7 D012367

650    12

$a Enterovirus $x genetika $x izolace a purifikace $7 D004770

650    _2

$a enterovirus B lidský $x genetika $x izolace a purifikace $7 D029822

650    _2

$a meningitida aseptická $x virologie $7 D008582

650    12

$a enterovirové infekce $x virologie $7 D004769

650    _2

$a genotyp $7 D005838

650    _2

$a mozkomíšní mok $x virologie $7 D002555

650    _2

$a feces $x virologie $7 D005243

650    _2

$a odběr biologického vzorku $7 D013048

650    _2

$a ECHO virové infekce $x virologie $7 D004457

655    _2

$a práce podpořená grantem $7 D013485

700    1_

$a Jiřincová, Helena, $d 1963- $7 xx0101686 $u Státní zdravotní ústav Praha, Centrum pro epidemiologii a mikrobiologii

700    1_

$a Musílek, Martin $7 xx0060586 $u Státní zdravotní ústav Praha, Centrum pro epidemiologii a mikrobiologii

700    1_

$a Nováková, Ludmila $7 xx0171085 $u Státní zdravotní ústav Praha, Centrum pro epidemiologii a mikrobiologii

700    1_

$a Vodičková, Ivana. $7 xx0264414 $u Státní zdravotní ústav Praha, Centrum pro epidemiologii a mikrobiologii

700    1_

$a Štruncová, Věra, $d 1949- $7 xx0106951 $u Fakultní nemocnice, Plzeň, Ústav mikrobiologie, Infekční klinika

700    1_

$a Švecová, Miroslava $7 xx0195769 $u Fakultní nemocnice, Plzeň, Ústav mikrobiologie, Infekční klinika

700    1_

$a Pazdiora, Petr, $d 1956- $7 nlk19990073671 $u Lékařská fakulta UK v Plzni, Ústav epidemiologie

700    1_

$a Piskunová, N. $7 _AN083259 $u Krajská nemocnice Liberec a.s., Centrum laboratorní medicíny

700    1_

$a Trubač, P. $7 _AN083260 $u Krajská nemocnice Liberec a.s., Centrum laboratorní medicíny

700    1_

$a Zajíc, Tomáš. $7 xx0269542 $u Lékařská fakulta UK v Plzni, Ústav epidemiologie

700    1_

$a Havlíčková, Martina, $d 1960-2019 $7 xx0060769 $u Státní zdravotní ústav Praha, Centrum pro epidemiologii a mikrobiologii

773    0_

$w MED00011002 $t Epidemiologie, mikrobiologie, imunologie $x 1210-7913 $g Roč. 64, č. 2 (2015), s. 102-106

856    41

$u https://www.prolekare.cz/casopisy/epidemiologie/2015-2-6/sekvenace-enteroviru-jako-novy-pristup-k-laboratorni-diagnostice-pro-klinicke-i-epidemiologicke-ucely-52451 $y plný text volně dostupný

910    __

$a ABA008 $b A 981 $c 560 $y 4 $z 0

990    __

$a 20150629 $b ABA008

991    __

$a 20150730095456 $b ABA008

999    __

$a ok $b bmc $g 1082799 $s 904999

BAS    __

$a 3

BAS    __

$a PreBMC

BMC    __

$a 2015 $b 64 $c 2 $d 102-106 $i 1210-7913 $m Epidemiologie, mikrobiologie, imunologie $x MED00011002 $y 76448

LZP    __

$c NLK188 $d 20150716 $b NLK118 $a Meditorial-20150629