NRL pro enteroviry v rámci environmentální surveillance vyšetřuje odpadní vody z čističek 9 měst, 2 pobytových středisek a 3 zařízení pro zajištění cizinců. V roce 2021 bylo vyšetřeno 159 vzorků odpadních vod. 73 vzorků bylo uzavřeno jako negativní, 86 jako pozitivní. Pozitivní vzorky byly určeny jako non-polio-enteroviry (NPEV), viabilních z nich bylo 27 vzorků. Současně bylo všech otestováno 159 vzorků z odpadních vod na přítomnost RNA SARS-CoV-2, z nichž 25 bylo pozitivních.
Within environmental surveillance, the National Reference Laboratory for Enteroviruses screens wastewater from sewage treatment plants in nine cities, two accommodation centres, and three detention facilities for foreigners. In 2021, 159 sewage samples were analysed. Seventy-three samples turned out negative and 86 were positive. The detected viruses were identified as non-polio-enteroviruses (NPEV), remaining viable in 27 samples. The 159 sewage samples were tested for the presence of RNA SARS-CoV-2, of which 25 turned out positive.
Národní referenční laboratoř pro enteroviry se zabývá surveillance akutních chabých paréz, environmentální a enterovirovou surveillance. Sérologickými metodami vyšetřuje protilátky proti enterovirům, poliovirům, hantavirům a SARS-CoV-2.
The National Reference Laboratory for Enteroviruses deals with acute flaccid paralysis surveillance, environmental and enterovirus surveillance. It examines antibodies against enteroviruses, polioviruses, hantaviruses and SARS-CoV-2 by serological methods.
- MeSH
- ELISA metody MeSH
- Enterovirus izolace a purifikace MeSH
- epidemiologické monitorování * MeSH
- epidemiologie odpadních vod MeSH
- kontrola infekčních nemocí MeSH
- lidé MeSH
- Poliovirus izolace a purifikace MeSH
- polymerázová řetězová reakce metody MeSH
- SARS-CoV-2 izolace a purifikace MeSH
- sérologické testy metody MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
NRL pro enteroviry v rámci environmentální surveillance vyšetřuje odpadní vody z čističek 9 měst a 5 uprchlických táborů. V roce 2019 bylo vyšetřeno 162 vzorků odpadních vod. Ve 23 vzorcích byly zachyceny enteroviry, které byly určeny jako non-polio-enteroviry (NPEV).
Within environmental surveillance, the National Reference Laboratory for Enteroviruses screens wastewater from sewage treatment plants in nine cities and five refugee camps in the Czech Republic. In 2019, 162 sewage samples were analysed. In 23 of these samples, enteroviruses were detected and identified as non-polio-enteroviruses (NPEV).
OBJECTIVES: Direct genotyping of adenovirus or enterovirus from clinical material using polymerase chain reaction (PCR) followed by Sanger sequencing is often difficult due to the presence of multiple virus types in a sample, or due to varying efficacy of PCR amplifying the capsid gene on the background of foreign nucleic acids. Here we present a simple protocol for virus genotyping using massive parallel amplicon sequencing. METHODS: The protocol utilized a set of 16 tailed degenerate primers flanking the seventh hypervariable region of the adenovirus hexon gene and 9 tailed degenerate primers targeted to the proximal portion of the enterovirus VP1 gene. Subsequent addition of dual indices enabled simultaneous sequencing of 384 different samples on an Illumina MiSeq instrument. Downstream bioinformatic analysis was based on remapping to a set of references representative of the presently known repertoire of virus types. RESULTS: After validation with known virus types, the sequencing method was applied on 301 adenovirus-positive samples and 350 enterovirus-positive samples from a longitudinally collected series of stools from 83 children aged 3 to 36 months. We detected 7 different adenovirus types and 27 different enterovirus types. There were 37 (6.2%) samples containing more than one genotype of the same viral genus. At least one dual infection was experienced by 23 of 83 (28%) of the children observed over the 3 years' observation period. CONCLUSIONS: Amplicon sequencing with a multiplex set of degenerate primers seems to be a rapid and reliable technical solution for genotyping of large collections of samples where simultaneous infections with multiple strains can be expected.
- MeSH
- Adenoviridae klasifikace genetika izolace a purifikace MeSH
- adenovirové infekce virologie MeSH
- DNA primery genetika MeSH
- enterovirové infekce virologie MeSH
- Enterovirus klasifikace genetika izolace a purifikace MeSH
- genotyp * MeSH
- genotypizační techniky metody MeSH
- kojenec MeSH
- lidé MeSH
- longitudinální studie MeSH
- předškolní dítě MeSH
- sekvenční analýza DNA metody MeSH
- výpočetní biologie MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- kojenec MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- předškolní dítě MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- zvířata MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- hodnotící studie MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
- Geografické názvy
- Norsko MeSH
OBJECTIVE: To determine whether infection with human enterovirus or adenovirus, both common intestinal viruses, predicts development of coeliac disease. DESIGN: Case-control study nested within Norwegian birth cohort recruited between 2001 and 2007 and followed to September 2016. SETTING: Norwegian population. PARTICIPANTS: Children carrying the HLA genotype DR4-DQ8/DR3-DQ2 conferring increased risk of coeliac disease. EXPOSURES: Enterovirus and adenovirus detected using real time polymerase chain reaction in monthly stool samples from age 3 to 36 months. MAIN OUTCOME MEASURE: Coeliac disease diagnosed according to standard criteria. Coeliac disease antibodies were tested in blood samples taken at age 3, 6, 9, and 12 months and then annually. Adjusted odds ratios from mixed effects logistic regression model were used to assess the relation between viral infections before development of coeliac disease antibodies and coeliac disease. RESULTS: Among 220 children, and after a mean of 9.9 (SD 1.6) years, 25 children were diagnosed as having coeliac disease after screening and were matched to two controls each. Enterovirus was found in 370 (17%) of 2135 samples and was significantly more frequent in samples collected before development of coeliac disease antibodies in cases than in controls (adjusted odds ratio 1.49, 95% confidence interval 1.07 to 2.06; P=0.02). The association was restricted to infections after introduction of gluten. High quantity samples (>100 000 copies/μL) (adjusted odds ratio 2.11, 1.24 to 3.60; P=0.01) and long lasting infections (>2 months) (2.16, 1.16 to 4.04; P=0.02) gave higher risk estimates. Both the commonly detected enterovirus species Enterovirus A and Enterovirus B were significantly associated with coeliac disease. The association was not found for infections during or after development of coeliac disease antibodies. Adenovirus was not associated with coeliac disease. CONCLUSIONS: In this longitudinal study, a higher frequency of enterovirus, but not adenovirus, during early childhood was associated with later coeliac disease. The finding adds new information on the role of viral infections in the aetiology of coeliac disease.
- MeSH
- autoprotilátky krev MeSH
- celiakie virologie MeSH
- dítě MeSH
- enterovirové infekce komplikace epidemiologie MeSH
- Enterovirus izolace a purifikace MeSH
- feces virologie MeSH
- genotyp MeSH
- kojenec MeSH
- kvantitativní polymerázová řetězová reakce MeSH
- lidé MeSH
- longitudinální studie MeSH
- předškolní dítě MeSH
- prospektivní studie MeSH
- rizikové faktory MeSH
- studie případů a kontrol MeSH
- Check Tag
- dítě MeSH
- kojenec MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- předškolní dítě MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- Geografické názvy
- Norsko MeSH
NRL pro enteroviry v rámci environmentální surveillance vyšetřuje odpadní vody z čističek devíti měst a pětiuprchlických táborů v České republice. V roce 2017 bylo vyšetřeno 173 vzorků odpadních vod, v 39 vzorcích byly nalezeny non-polio enteroviry (NPEV).
Within environmental surveillance, the National Reference Laboratory for Enteroviruses screens wastewater fromsewage treatment plants in nine cities and five refugee camps in the Czech Republic. In 2017, 173 sewage sampleswere analyzed, and in 39 of them, non-polio-enteroviruses (NPEV) were detected.
NRL pro enteroviry v rámci environmentální surveillance vyšetřuje odpadní vody z čističek devíti měst a pěti uprchlických táborů v České republice. V roce 2016 bylo vyšetřeno 191 vzorků odpadních vod, v 8 vzorcích byly nalezeny non-polio enteroviry (NPEV).
Within environmental surveillance, the National Reference Laboratory for Enteroviruses screens wastewater from sewage treatment plants in nine cities and five refugee camps in the Czech Republic. In 2016, 191 sewage samples were analyzed, and in eight of them, non-polio-enteroviruses (NPEV) were detected.
- MeSH
- Enterovirus izolace a purifikace MeSH
- ochrana veřejného zdraví metody MeSH
- odpadní vody * analýza MeSH
- Poliovirus * izolace a purifikace MeSH
- Publikační typ
- tabulky MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
NRL pro enteroviry v rámci environmentální surveillance vyšetřuje odpadní vody z čističek 9 měst a 5 uprchlických táborů. V roce 2015 bylo vyšetřeno 176 vzorků odpadních vod. 165 vzorků bylo uzavřeno jako negativní, 11 jako pozitivní. Pozitivní vzorky byly určeny jako non-polio-enteroviry (NPEV).
Within environmental surveillance, the National Reference Laboratory for Enteroviruses screens wastewater from sewage treatment plants in nine cities and five refugee camps. In 2015, 176 wastewater samples were analyzed, 165 of which turned out to be negative and 11 to be positive. The pathogens detected in the positive samples were identified as non-polio-enteroviruses (NPEV).
- MeSH
- Enterovirus * izolace a purifikace MeSH
- lidé MeSH
- monitorování životního prostředí * metody statistika a číselné údaje MeSH
- odpadní vody * virologie MeSH
- Poliovirus * izolace a purifikace MeSH
- uprchlíci MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- tabulky MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
