OBJECTIVES: Direct genotyping of adenovirus or enterovirus from clinical material using polymerase chain reaction (PCR) followed by Sanger sequencing is often difficult due to the presence of multiple virus types in a sample, or due to varying efficacy of PCR amplifying the capsid gene on the background of foreign nucleic acids. Here we present a simple protocol for virus genotyping using massive parallel amplicon sequencing. METHODS: The protocol utilized a set of 16 tailed degenerate primers flanking the seventh hypervariable region of the adenovirus hexon gene and 9 tailed degenerate primers targeted to the proximal portion of the enterovirus VP1 gene. Subsequent addition of dual indices enabled simultaneous sequencing of 384 different samples on an Illumina MiSeq instrument. Downstream bioinformatic analysis was based on remapping to a set of references representative of the presently known repertoire of virus types. RESULTS: After validation with known virus types, the sequencing method was applied on 301 adenovirus-positive samples and 350 enterovirus-positive samples from a longitudinally collected series of stools from 83 children aged 3 to 36 months. We detected 7 different adenovirus types and 27 different enterovirus types. There were 37 (6.2%) samples containing more than one genotype of the same viral genus. At least one dual infection was experienced by 23 of 83 (28%) of the children observed over the 3 years' observation period. CONCLUSIONS: Amplicon sequencing with a multiplex set of degenerate primers seems to be a rapid and reliable technical solution for genotyping of large collections of samples where simultaneous infections with multiple strains can be expected.

• MeSH
• Adenoviridae klasifikace   genetika   izolace a purifikace   MeSH
• adenovirové infekce virologie   MeSH
• DNA primery genetika   MeSH
• enterovirové infekce virologie   MeSH
• Enterovirus klasifikace   genetika   izolace a purifikace   MeSH
• genotyp * MeSH
• genotypizační techniky metody   MeSH
• kojenec MeSH
• lidé MeSH
• longitudinální studie MeSH
• předškolní dítě MeSH
• sekvenční analýza DNA metody   MeSH
• výpočetní biologie MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• kojenec MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• předškolní dítě MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• hodnotící studie MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• Geografické názvy
• Norsko MeSH

Enteroviruses have been associated with a host of clinical presentations including acute flaccid paralysis (AFP). The site of primary replication for most enteroviruses is the gastrointestinal tract (GIT) and lactic acid bacteria (LAB) may confer protection in the GIT against them. This study therefore investigates the antiviral potential of some selected lactic acid bacteria against enterovirus isolates recovered from AFP cases. The antiviral activities of Lactobacillus plantarum, Lactobacillus amylovorus, and Enterococcus hirae in broth culture, their cell-free supernatant (CFS), and bacterial cell pellets were assayed against Echovirus 7 (E7), E13, and E19 in a pre- and post-treatment approach using cytopathic effect (CPE) and cell viability (MTT) assay. The tested Lactobacillus plantarum, Lactobacillus amylovorus, and Enterococcus hirae strains have good antiviral properties against E7 and E19 but not against E13. Lactobacillus amylovorus AA099 shows the highest activity against E19. The pre-treatment approach displays better antiviral activities compared to post-treatment approach. The LAB in broth suspension have better antiviral activities than their corresponding CFS and bacterial pellet. Lactic acid bacteria used in this study have the potential as antiviral agents.

• MeSH
• antivirové látky farmakologie   MeSH
• druhová specificita MeSH
• Enterococcus hirae fyziologie   MeSH
• enterovirové infekce prevence a kontrola   virologie   MeSH
• Enterovirus klasifikace   účinky léků   MeSH
• Lactobacillales fyziologie   MeSH
• Lactobacillus acidophilus fyziologie   MeSH
• Lactobacillus plantarum fyziologie   MeSH
• lidé MeSH
• nádorové buněčné linie MeSH
• probiotika farmakologie   MeSH
• viabilita buněk MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

• Klíčová slova
• ECHO virus 30,
• MeSH
• dítě MeSH
• ECHO virové infekce diagnóza   etiologie   MeSH
• enterovirové infekce etiologie   klasifikace   MeSH
• Enterovirus * genetika   klasifikace   patogenita   MeSH
• kvantitativní polymerázová řetězová reakce MeSH
• leukocytóza MeSH
• lidé MeSH
• meningitida aseptická * diagnóza   epidemiologie   etiologie   MeSH
• mladiství MeSH
• předškolní dítě MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• předškolní dítě MeSH
• ženské pohlaví MeSH

Dřívější rozdělení enterovirů již neodpovídá nejnovějším poznatkům molekulární biologie. Současná klasifikace je ovlivněna znalostmi genomu viru, které byly zjištěny pomocí sekvenačních metod. Vzhledem k epidemiologické poptávce na sérotypizaci enterovirů předkládáme stručnou informaci o změnách v jejich klasifikaci.

The previous classification of enteroviruses is inconsistent with the latest knowledge of the molecular biology. The current classification is based on the most recent sequence data on the viral genome. Given the epidemiological demand for the serotyping of enteroviruses, we provide brief information about the changes in the classification of enteroviruses.

• Klíčová slova
• enteroviry, sekvenace,
• MeSH
• Enterovirus genetika   klasifikace   MeSH
• klasifikace MeSH
• lidé MeSH
• sekvenční analýza DNA MeSH
• sérotypizace MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• MeSH
• coxsackie virózy epidemiologie   komplikace   krev   MeSH
• diabetes mellitus 1. typu etiologie   MeSH
• dítě MeSH
• Enterovirus imunologie   klasifikace   MeSH
• lidé MeSH
• sérologické testy MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• lidé MeSH
• Geografické názvy
• Slovenská republika MeSH

V příspěvku je uvedena stručná charakteristika jednotlivých enterovirů, patogeneze enterovirových nákaz, diagnostika, klinický obraz enterovirových infekcí, prevence. Dále jsou popsány zdroje enterických virů ve vnějším prostředí. přežívání enterovirů ve vodním prostředí, metody detekce virů z různých druhů vod a situace v legislativě pitné a rekreační vody.

Characteristics of different enteroviruses and pathogenesis, diagnosis, clinical picture and prevention of enteroviral infections are shortly given. In addition. sources of enteroviruses in the environment, survival of enteroviruses in water (in the aquatic environment), methods of enterovirus detection from different types of water and legislation related to drinking and recreation waters are described.

• MeSH
• čištění vody MeSH
• enterovirové infekce diagnóza   patofyziologie   prevence a kontrola   MeSH
• Enterovirus klasifikace   patogenita   MeSH
• lidé MeSH
• mikrobiologie vody MeSH
• sladká voda MeSH
• znečištění vody MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• MeSH
• enterovirové infekce etiologie   klasifikace   patologie   MeSH
• Enterovirus imunologie   izolace a purifikace   klasifikace   MeSH
• leptospiróza farmakoterapie   komplikace   patologie   MeSH
• lidé MeSH
• mozkomíšní mok virologie   MeSH
• sérologické testy MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• přehledy MeSH

• MeSH
• Enterovirus fyziologie   izolace a purifikace   klasifikace   MeSH
• odpadní vody MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

• MeSH
• enterovirové infekce MeSH
• Enterovirus genetika   klasifikace   patogenita   MeSH
• fylogeneze MeSH
• genom virový MeSH
• kapsida ultrasonografie   MeSH
• sekvenční homologie MeSH
• Publikační typ
• přehledy MeSH

• MeSH
• Enterovirus klasifikace   MeSH
• lidé MeSH
• plošný screening MeSH
• sérologické testy MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH