Komplexní patologické změny při chronické bakteriální infekci spolu s antibiotickou terapií představují stres, který selektuje adaptovanou bakteriální populaci na účinek antibiotik. Staphylococcus aureus je modelovým příkladem mimořádně úspěšného patogena, jehož neobvyklými strategiemi tolerance a alternativní rezistence k antibiotikům (perzistence, mutace cílového místa pro antibiotika a hypermutabilita) při chronické infekci se bude navrhovaný projekt prioritně zabývat. V rámci projektu bude pomocí fenotypových, genotypových a transkriptomických metod analyzován soubor vybraných časných a pozdních izolátů S. aureus od kohorty pacientů s cystickou fibrózou a porovnán s kontrolními kmeny z akutní infekce novorozenců a referenčními stafylokokových kmenů (n=100). Průkaz molekulárních mechanismů adaptací povede k lepšímu pochopení tohoto fenoménu a může vést k optimalizaci léčby konkrétních pacientů Pražského centra pro cystickou fibrózu.; Complex structural changes in the affected tissues develop during the course of chronic bacterial infection and along with antibiotic therapy act as strong stressors exerting a severe selective pressure and resulting in adapted bacterial population tolerant to antibiotics. Staphylococcus aureus is an extraordinarily successful opportunistic pathogen whose survival adaptation strategies like tolerance and alternative resistance to antibiotics (persistence, target site mutation, hypermutability) will be the main object of the Project. Therefore, a collection of early and subsequent late S. aureus isolates cultured from respiratory samples of chronically infected cystic fibrosis patients cohort will be analyzed using phenotypic, genotypic and transcriptomic methods and compared with the controls - S. aureus strains from newborn acute infections, and control reference strains (n=100). Determination of these molecular adaptation mechanisms may lead to improve understanding of the phenomena and optimization of antibiotic therapy for individual patients of Prague Cystic Fibrosis Centre.

• MeSH
• Drug Resistance, Bacterial MeSH
• Bacteriological Techniques methods   MeSH
• Molecular Diagnostic Techniques methods   MeSH
• Phenotype MeSH
• Genotype MeSH
• Humans MeSH
• Mutation MeSH
• Persistent Infection microbiology   MeSH
• Staphylococcal Infections microbiology   MeSH
• Staphylococcus aureus isolation & purification   MeSH
• Drug Tolerance MeSH
• Transcriptome MeSH
• Check Tag
• Humans MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• infekční lékařství
• molekulární biologie, molekulární medicína
• farmacie a farmakologie
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Akutní vaskulární rejekce (AVR) je závažný typ rejekce s negativním dopadem na přežití štěpu. Doposud byla pokládána za podtyp T-buňkami zprostředkované rejekce, nicméně nedávné poznatky prokázaly možnou souvislost s přítomností dárcovsky specifických protilátek a vysokou rezistencí ke standardní léčbě zaměřené na T buněčnou odpověď. Stanovení fenotypu AVR je nezbytné k správně cílené léčbě a zlepšení prognózy transplantované ledviny. Jako vhodný diagnostický nástroj k odhalení protilátkami zprostředkované rejekce se jeví hodnocení exprese genů endoteliálního poškození (ENDATs – endothelial activation and injury transcripts). K určení fenotypu rejekce bude u nálezu AVR provedeno histologické hodnocení vzorku, vyšetření přítomnosti dárcovsky specifických protilátek a stanovení míry exprese genů endoteliálního poškození pomocí techniky RT-PCR TLDA a to v indikačních biopsiích v prvních 3 měsících po transplantaci ledviny jako i v následných kontrolních biopsiích. Dále bude hodnocena funkce a přežití štěpů v jednotlivých fenotypech AVR a posouzena účinnost imunosupresivní terapie.; Acute vascular rejection (AVR) is a severe clinical condition with detrimental impact on kidney allograft survival. Although it has been thought to be T-cell mediated process, recent clinical findings showed its association with donor specific alloantibodies and resistance to usual, against T-cells directed treatment. Therefore, correct assessment of AVR phenotype (T-cell mediated vs. antibody mediated) would be beneficial for adaptation of treatment strategy and improving long-term prognoses of kidney allografts. Evaluation of endothelial activation and injury transcripts (ENDATs) appears to be sensitive indicator of antibody-mediated rejection. To investigate distinct vascular rejection phenotypes, graft histology, evaluation of donor-specific anti-HLA antibodies and ENDATs using RT-PCR TLDA technique will be performed from indication biopsies during first 3 months after kidney transplantation and consequent surveillance biopsies. Furthermore, impact of the AVR phenotypes on graft function and graft survival, response to immunosuppressive therapy will be assessed.

• MeSH
• Acute Disease therapy   MeSH
• Phenotype MeSH
• Drug Resistance genetics   MeSH
• Vascular Diseases therapy   MeSH
• Graft Rejection therapy   MeSH
• Transcriptome genetics   MeSH
• Kidney Transplantation MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• genetika, lékařská genetika
• transplantologie
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Mezi nejnebezpečnější respirační patogeny patří u pacientů s cystickou fibrózou (CF) bakterie z komplexu Burkholderia cepacia (Bcc), které způsobují fatální infekce, současnými antibiotickými přípravky neléčitelné. První nadějné látky s terapeutickým potenciálem proti Bcc byly nedávno objeveny, ale molekulární procesy blíže určující interakci těchto látek s bakteriální buňkou zůstávají neznámé. Předmětem projektu je popsat na úrovni transkriptomu inhibiční efekt nových antimikrobních preparátů (molekuly 11026103 a 10126109 a kombinace laktoferrinu s hypothiokyanátem), nalézt cílovou strukturu pro 11026103 a 10126109, ve vztahu k rozdílům v citlivosti vůči 4 novým látkám charakterizovat změny v genomu vzniklé v průběhu dlouhodobé infekce u kmene Bcc ST32, který je mezi pacienty s CF v ČR nejzastoupenější, a určit případný genotyp rezistentních klonů ST32. Metody celogenomového sekvenování a RNA-Seq budou užity k porovnání genomů cca 50 longitudinálních izolátů CF a k popisu buněčných procesů odehrávajících se v souvislosti s expozicí novým antimikrobním preparátům.; The most problematic respiratory pathogens in patients with cystic fibrosis (CF) are arguably bacteria from Burkholderia cepacia complex (Bcc) as they cause fatal infections, untreatable by current antibiotics. Recently, first promising compounds with a therapeutic potential against Bcc have been discovered, yet underlying molecular processes of their interaction with bacterial cells have not been addressed. The project objectives are to describe inhibitory effect of novel compounds on the transcriptomic level (molecules 11026103 and 10126109 and combination of lactoferrin with hypothiocyanite), to identify targets for 11026103 and 10126109, in relation to variable susceptibility to characterize genome changes introduced over the course of infections with Bcc strain ST32 (dominant among Czech CF patients) and to identify a genotype of resistant ST32 clones. The whole genome sequencing and RNA-seq will be utilized for comparative genomics of ca. 50 longitudinal CF isolates and to describe cellular processes in association with exposure to novel antimicrobial compounds, respectively.

• MeSH
• Anti-Bacterial Agents therapeutic use   MeSH
• Burkholderia cenocepacia MeSH
• Cystic Fibrosis MeSH
• Genome MeSH
• Burkholderia Infections therapy   MeSH
• Sequence Analysis MeSH
• Transcriptome MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• genetika, lékařská genetika
• bakteriologie
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

V rámci předkládaného projektu budeme analysovat buňky hyperdiploidních akutních lymfoblastických leukemií. Získáme data o charakteru genetických a funkčních změn typických pro tento nejčastější podtyp dětských leukemii a o jeho patogenesi. To může vést ke správnější stratifikaci a terapii těchto pacientů.; Within the proposed project we will analyse the cells of hyperdiplid acute lymphoblastic leukaemia. We will collect data on a type of genetic and functional changes typical for this most frequent subtype ofchildhood ALL and also data on its pathogenesis. This could lead to a better stratification and treatment of these patients.

• MeSH
• Precursor Cell Lymphoblastic Leukemia-Lymphoma MeSH
• Chromosome Aberrations MeSH
• Cytogenetics MeSH
• Diploidy MeSH
• Child MeSH
• Gene Expression MeSH
• In Situ Hybridization, Fluorescence MeSH
• Real-Time Polymerase Chain Reaction MeSH
• Cordocentesis MeSH
• Flow Cytometry MeSH
• Transcriptome MeSH
• Bone Marrow Examination MeSH
• Check Tag
• Child MeSH

• Conspectus
• Pediatrie
• NML Fields
• pediatrie
• onkologie
• hematologie a transfuzní lékařství
• molekulární biologie, molekulární medicína
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR