Between 2002- 2017 we analyzed gDNA of 123 unrelated index patiens with suspect progressive or recurrent intrahepatic cholestasis (PFIC or BRIC). Mutation analysis of ATP8B1, ABCB11, ABCB4 and TJP2 was run in 82 patiens with low GGT cholestasis, ABCB4 was sequenced in 41 patients with high GGT cholestasis. The diagnosis of PFIC1, PFIC2, BRIC, PFIC3 and mild forms of MDR3 deficiency were confirmed in 1, 14, 10, 5 and 8 patients, respectively. The diagnosis was established in 38 (30.8%) index patients. The diagnosis remains unclear in 85 (69.2%) patients. Our goal is to find molecular basis and mechanism of the disease in most (or at least some) of these 85 patients and in several patients expected to come in 2018-2021. To achieve this, we plan to perform whole exome sequencing and, when appropriate, genome sequencing, copy number analysis or RNAseq, in most of these patients and their family members. Expression of mutated proteins will be detected on immunohistology. Pathogenicity of novel mutations will be tested in transfected cultured cells. For expected results see Aims.

V letech 2002-2017 jsme analyzovali genomovou DNA od 123 nepříbuzných probandů se suspektní progresivní či rekurentní intrahepatální cholestázou (PFIC nebo BRIC). Mutační analýza ATP8B1, ABCB11, a TJP2 byla provedena u 82 nemocných s normální aktivitou GGT. ABCB4 byl sekvenován u 41 nemocných se zvýšenou aktivitou GGT. U 38 (30,8%) probandů se podařilo potvrdit dg PFIC1 (n=1), PFIC2 (n=14), BRIC (n=10), PFIC3 (n=5) a mírných forem deficitu MDR3 (n=8). U 85 (69,2%) nemocných je dg nejasná. Naším cílem je zjistit molekulární příčinu a mechanizmus choroby u většiny či alespoň u některých z těchto 85 pacientů. K jeho dosažení plánujeme provést sekvenování exomu a v odůvodněných případech i sekvenování genomu, analýzu počtu kopií či RNAseq u většiny z těchto 85 pacientů a jejich rodinných příslušníků. Exprese mutovaných proteinů bude studována imunohistologicky. Patogenita nových mutací bude testována na úrovni mRNA a proteinu na transfekovaných buněčných liniích. Očekávané výsledky viz Specifické cíle v sekci Cíle projektu.

Molecular basis and mechanisms of familial intrahepatic cholestasis

Doba řešení: 2018-2022

Obsahuje literaturu