Next generation sequencing (NGS) and other new methods brought a large amount of data on tumour biology and facilitated the development of new methods for diagnostics and minimal residual disease (MRD) detection. The transfer of those methods into routine management is complicated by their numbers, costs and redundancy. In international cooperation we want to develop a tool for simultaneous detection of clonality, MRD and profile of immunoglobulin and T-cell receptor gene rearrangements in infiltrating physiological lymphocytes. The methodology will unite and simplify the current methods, while providing new data on immune response. We will validate the method on retrospective cohort of patients with anaplastic large cell lymphoma and prospectively on samples from children and adolescents with lymphoma. The utility in non-lymphoid malignancies will be tested in children with low-and high-grade gliomas. Next to the standardized methodology, the project will bring new information on the composition of infiltrating immune cells (mainly T lymphocytes) and a potential for immunotherapy.

Nové metody jako sekvenování nové generace (NGS) přinesly obrovské množství informací o nádorové biologii a umožnily vývoj nových metod pro diagnostiku a sledování zbytkové choroby (MRN). Transfer nových metod do praxe je komplikován jejich množstvím, finanční náročností i redundancí. V mezinárodní spolupráci chceme vyvinout nástroj na simultánní detekci klonality, MRN a profilu přestaveb genů pro imunoglobuliny a T-buněčné receptory infiltrujících fyziologických lymfocytů. Postup bude sjednocovat a zjednodušovat stávající metodiky a zároveň poskytne nová data o imunitní odpovědi na nádor. Metodu chceme validovat na retrospektivní kohortě pacientů s anaplastickým velkobuněčným lymfomem a prospektivně na vzorcích dětských a adolescentních pacientů s lymfomy. Využití u jiných než lymfoidních malignit chceme testovat u dětí s mozkovými tumory (low- a high-grade gliomy). Výstupem projektu bude kromě standardizovaného metodického postupu prohloubení znalostí o složení a funkci infiltrujících imunitních buněk (především T lymfocytů) a zmapování prostoru pro cílení imunoterapie.

Antigen receptor rearrangement profiling in immune monitoring and treatment response prediction of malignant diseases

Doba řešení: 2020-2023

Obsahuje literaturu