Growing incidence of bacteria resistant to last-line antibiotics represents one of the most important medical issue, complicating the successful treatment of life-threatening infections. In this project, molecular-epidemiological and genomic analysis of carbapenemase-producing Enterobacterales (CPE) isolated from patients in Czech hospitals and its comparison with the carbapenem-susceptible population will be performed. Whole genome sequencing and bioinformatics analysis will allow to identify specific features of CPE, high-risk clones with increased importance for public health and mobile genetic elements associated with the dissemination of resistance to carbapenems in hospitals. Complex genomic analysis will reveal genetic structure of the studied bacterial populations including their dynamics through microevolutionary changes in the clinical context of a hospital outbreak. The project outcomes will be used to improve the diagnostics of infectious diseases and to outline effective interventions for the prevention and control of the transmission of bacterial pathogens.

Narůstající incidence bakterií rezistentních k antibiotikům poslední volby představuje jeden z nejvýznamnějších medicínských problémů, který komplikuje úspěšnou léčbu život ohrožujících infekcí. V rámci navrhovaného projektu bude provedena molekulárně-epidemiologická/genomická analýza Enterobacterales produkujících karbapenemázy (CPE) izolovaných z pacientů hospitalizovaných v českých nemocnicích a srovnání s bakteriální populací citlivou ke karbapenemům. S využitím nejmodernějších postupů celogenomového sekvenování a bioinformatické analýzy budou identifikovány jedinečné rysy CPE, vysoce rizikové klony se zvýšeným významem pro zdraví populace a mobilní genetické elementy spojené s šířením rezistence ke karbapenemům v nemocnicích. Komplexní genomická analýza umožní popsat genetickou strukturu sledovaných bakteriálních populací včetně její dynamiky prostřednictvím mikroevolučních změn během šíření nemocničních nákaz. Výsledky projektu budou bezprostředně využity pro zlepšení a zpřesnění diagnostiky infekčních nemocí a návrh účinnějších postupů v prevenci a kontrole šíření patogenů.

Antibiotic resistance routes of dissemination, means of evolution and adaptation: Incorporating WGS in the equation

Doba řešení: 2020-2023

Obsahuje literaturu