Molekulárně genetickě metody se stávají stále významnější součástí mykologické laboratorní diagnostiky. Jejich prostřednictvím lze detekovat houbovou nukleovou kyselinu v klinických vzorcích, provádět druhovou identifikaci mikromycet nebo zjišťovat odlišnosti kmenů uvnitř druhů, případně genetické zvláštnosti, jako je výskyt genů pro rezistenci k antimykotikům, schopnost produkce určitých faktorů virulence atd. Postupně byla za tímto účelem vyvinuta celá řada různých technik. V poslední době je patrná vzrůstající snaha o všeobecné akceptování některé z nich jako standardní, hlavně v oblasti rychlé diagnostiky invazivní aspergilózy. Pro detekci v klinických vzorcích jde především o různé modifikace polymerázové řetězové reakce (PCR), zejména uhnízděnou PCR a kvantitativní PCR v reálném čase. Z typizačnich metod jsou často používány restrikční endonukleázová analýza obvykle v kombinaci s hybridizací se specifickou DNA son(Ondou a karyotypizace pulsní elektroforézou. Rozvíjí se skupina metod na bázi PCR, k nimž patří náhodná amplifikace polymorfní DNA, délkový polymorfizmus amplifikovaných fragmentů, inter-repeat PCR, délkový polymorfizmus mikrosatelitů, amplifikace sekvenčně specifickými primery a tzv. multilokusová sekvenční typizace. Poslednně zmíněná metoda je spolu s technikou DNA mikročipů považována v současné době z hlediska vývoje široce akceptovaného standarcdního postupu za nejperspektivnější.

Molecular genetic methods are becoming increasingly important as a part of diagnostics in the clinical mycology laboratory. The methods may be used to detect nucleic acids of fungi in clinical samples, to identify fungal cultures to the species level or to evaluate interstrain differences within the species. For these purposes, numerous techniques have been developed over the past years. Recently, the effort to accept some of them as a widely accepted standard has increased, particularly in rapid diagnosis of invasive aspergillosis. Various modifications of the PCR are used to detect DNA in clinical material, particularly nested and real-time PCR. Restriction endonuclease analysis, usually followed by Southern blot hybridization, as well as karyotyping by pulsed-field gel electrophoresis are often used as typing methods. In addition, a group of PCR-based typing techniques is developed extensively. These include random amplified polymorphic DNA, ampUfied fragment length polymorphism, inter-repeat PCR, polymorphic microsatellite markers, amplification with sequence-specific primers, multilocus sequence typing and DNA microarray technique. The latter methods are considered to be most likely accepted as the gold standard in the future.

Ústav mikrobiologie LF UP Olomouc

Molecular genetic methods in medical mycology: current state and perspectives

Molekulárně genetické metody v lékařské mykologii: současný stav a perspektivy = Molecular genetic methods in medical mycology: current state and perspectives /

Molecular genetic methods in medical mycology: current state and perspectives /

Lit. 92