Cíl studie: Posoudit míru fragmentace volné fetální DNA v plazmě těhotných žen v průběhu těhotenství. Typ studie: Zjištění efektivity záchytu fetálních DNA molekul s rozdílnou délkou a volné fetální DNA ve velikostních frakcích. Pracoviště: Ústav lékařské genetiky a fetální medicíny FN Olomouc. Metodika: 1. Celkem 363 vzorků těhotných žen v rozmezí 4. až 37. t.g. bylo posouzeno v lokusech STR a AMELY analýzou efektivity QF PCR. 2. Fetální DNA rozdělená do velikostních frakcí byla kvantifikována metodou QF PCR u 91 těhotných (8. t.g. - 40. t.g.). 3. Real-time PCR (SRY/vnitřní kontrola) byla použita u 22 těhotných s plodem mužského pohlaví (9. t.g - 36. t.g.). Výsledky: 1. Efektivita QF PCR byla nepřímo úměrná délce amplifikovaných molekul. 2. Kvantifikací fragmentů fetální DNA kapilární elektroforézou nebyly kromě frakce obsahující nejdelší molekuly (frakce 500-760 bp) nalezeny odlišnosti ve vztahu k týdnu těhotenství. 3. Metodou real-time PCR byl pozorován nepřímý vztah mezi množstvím fetální DNA ve frakci 150-300 bp a stadiem gravidity. Závěr: Rozborem všech tří postupů byl pozorován trend, který naznačuje nárůst větších fetálních molekul v průběhu těhotenství, zatímco množství menších molekul fetálního původu se nemění.

Aim of study: To assess cell free fetal DNA (cffDNA) fragmentation rate in pregnant women during the course of gravidity. Study design: QF PCR efficiency in cffDNA and quantitative analyses in particular cffDNA molecular size fractions. Setting: The study was performed at Department of Medical Genetics and Fetal Medicine, University Hospital Olomouc. Method: 1. 363 plasma DNA samples from women in different week of pregnancy (from 4th w.g. to 37th w.g.) were tested for QF PCR efficiency in particular STRs and AMELX/Y. 2. Size fractionated cff DNA (150–300 bp, 300–500 bp, 500–760 bp) was quantified by QF PCR in 91 pregnant women (from 9th w.g. to 40th w.g.). 3. Size fractionated cff DNA from male fetuses was quantified by real time PCR (SRY/internal control) in 22 pregnant women (from 9th w.g. to 36th w.g.). Results: 1. QF PCR efficiency decreased from longer to shorter molecules. 2. The only 500 -760 bp fraction showed cffDNA increase in relation to week of gravidity. 3. Indirect relation between amount of cffDNA and week of gravidity was found in 150-300 bp fraction by Real-time PCR. Conclusion: Assembling of all 3 approaches indicates increase of longer cffDNA molecules during the gravidity while level of the short cffDNA molecule fragments probably remains from the approximately 9th w.g. the same.

Ústav lékařské genetiky a fetální medicíny FN Olomouc

Analysis of cell free fetal DNA fragmentation rate in pregnant women during the course of gravidit

Lit.: 13