-
Je něco špatně v tomto záznamu ?
Detekce a identifikace původců mykotických infekcí způsobených vláknitými houbami pomocí metod molekulární genetiky
[Detection and identification of flamentous fungi causing mycoses using molecular genetic methods]
P. Bejdák, M. Lengerová, D. Paloušová, P. Volfová, I. Kocmanová, J. Mayer, Z. Ráčil
Jazyk čeština Země Česko
Typ dokumentu přehledy
PubMed
23172022
- Klíčová slova
- diagnostika, barcoding, databáze sekvencí,
- MeSH
- diagnostické techniky molekulární MeSH
- DNA fungální genetika MeSH
- houby genetika klasifikace MeSH
- lidé MeSH
- molekulární biologie MeSH
- mykózy diagnóza mikrobiologie MeSH
- polymerázová řetězová reakce MeSH
- sekvenční analýza DNA MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- přehledy MeSH
Metody molekulární genetiky nabízejí možnost rychlé a citlivé detekce a identifikace houbových patogenů. Používané diagnostické metody jsou založeny převážně na PCR. Vzhledem k tomu, že houby jsou takřka všudypřítomné, je třeba zabránit kontaminaci v průběhu celého procesu od odběru vzorku až po laboratorní analýzy. Molekulárně genetické metody diagnostiky nepatří mezi kritéria EORTC/MSG pro stanovení diagnózy mykotických onemocnění, protože stále chybí mezilaboratorní standardizace těchto metod. Dalším důvodem je používání různých cílových genů pro PCR. Pro druhovou identifikaci se doporučuje používat variabilní sekvence mezerníků (ITS) v genech pro rRNA. Určování hub pomocí sekvenování DNA s sebou nese jistá úskalí a interpretace výsledků může být v některých případech problematická. Sekvence DNA se vyhledávají a porovnávají v internetových databázích, z nichž nejznámější je GenBank. Spolehlivější data pro identifikaci hub však poskytují specializované mykologické databáze.
Methods of molecular genetics offer rapid and sensitive detection and identification of fungal pathogens. The currently used metlethods are based mainly on PCR. With regard to the ubiquitous presence of fungi, it is important to prevent contamination during the whole process, from sampling to laboratory analyses. Molecular genetic methods are not included among the EORTC/MSG criteria used for the diagnosis of invasive fungal diseases since interlaboratory standardization is still missing. Another reason is the use of different target genes for PCR ITS sequences from rDNA clusters are recommended for DNA barcoding of fungi. The use of DNA sequencing for identification of fungi in chnical samples has certain limitations and interpretation of results could be problematic in some cases. DNA sequences are searched and compared in public databases on the Internet, the best known of them being the GenBank. However, more reliable data for identification of fungi are offered by specialized mycological databases.
Detection and identification of flamentous fungi causing mycoses using molecular genetic methods
Obsahuje 1 tabulku
Bibliografie atd.Literatura
- 000
- 00000naa a2200000 a 4500
- 001
- bmc12036502
- 003
- CZ-PrNML
- 005
- 20180424083927.0
- 007
- ta
- 008
- 121114s2012 xr df f 000 0cze||
- 009
- AR
- 035 __
- $a (PubMed)23172022
- 040 __
- $a ABA008 $d ABA008 $e AACR2 $b cze
- 041 0_
- $a cze $b eng
- 044 __
- $a xr
- 100 1_
- $a Bejdák, Petr. $7 xx0322341 $u Interní hematologická a onkologická klinika, LF MU a FN, Brno
- 245 10
- $a Detekce a identifikace původců mykotických infekcí způsobených vláknitými houbami pomocí metod molekulární genetiky / $c P. Bejdák, M. Lengerová, D. Paloušová, P. Volfová, I. Kocmanová, J. Mayer, Z. Ráčil
- 246 31
- $a Detection and identification of flamentous fungi causing mycoses using molecular genetic methods
- 500 __
- $a Obsahuje 1 tabulku
- 504 __
- $a Literatura $b 47
- 520 3_
- $a Metody molekulární genetiky nabízejí možnost rychlé a citlivé detekce a identifikace houbových patogenů. Používané diagnostické metody jsou založeny převážně na PCR. Vzhledem k tomu, že houby jsou takřka všudypřítomné, je třeba zabránit kontaminaci v průběhu celého procesu od odběru vzorku až po laboratorní analýzy. Molekulárně genetické metody diagnostiky nepatří mezi kritéria EORTC/MSG pro stanovení diagnózy mykotických onemocnění, protože stále chybí mezilaboratorní standardizace těchto metod. Dalším důvodem je používání různých cílových genů pro PCR. Pro druhovou identifikaci se doporučuje používat variabilní sekvence mezerníků (ITS) v genech pro rRNA. Určování hub pomocí sekvenování DNA s sebou nese jistá úskalí a interpretace výsledků může být v některých případech problematická. Sekvence DNA se vyhledávají a porovnávají v internetových databázích, z nichž nejznámější je GenBank. Spolehlivější data pro identifikaci hub však poskytují specializované mykologické databáze.
- 520 9_
- $a Methods of molecular genetics offer rapid and sensitive detection and identification of fungal pathogens. The currently used metlethods are based mainly on PCR. With regard to the ubiquitous presence of fungi, it is important to prevent contamination during the whole process, from sampling to laboratory analyses. Molecular genetic methods are not included among the EORTC/MSG criteria used for the diagnosis of invasive fungal diseases since interlaboratory standardization is still missing. Another reason is the use of different target genes for PCR ITS sequences from rDNA clusters are recommended for DNA barcoding of fungi. The use of DNA sequencing for identification of fungi in chnical samples has certain limitations and interpretation of results could be problematic in some cases. DNA sequences are searched and compared in public databases on the Internet, the best known of them being the GenBank. However, more reliable data for identification of fungi are offered by specialized mycological databases.
- 650 02
- $a DNA fungální $x genetika $7 D004271
- 650 02
- $a houby $x genetika $x klasifikace $7 D005658
- 650 02
- $a lidé $7 D006801
- 650 02
- $a molekulární biologie $7 D008967
- 650 02
- $a diagnostické techniky molekulární $7 D025202
- 650 02
- $a mykózy $x diagnóza $x mikrobiologie $7 D009181
- 650 02
- $a polymerázová řetězová reakce $7 D016133
- 650 02
- $a sekvenční analýza DNA $7 D017422
- 653 00
- $a diagnostika
- 653 00
- $a barcoding
- 653 00
- $a databáze sekvencí
- 655 _2
- $a přehledy $7 D016454
- 700 1_
- $a Lengerová, Martina, $d 1976- $7 xx0062506 $u Interní hematologická a onkologická klinika, LF MU a FN, Brno; Středoevropský technologický institut (CEITEC), MU, Brno
- 700 1_
- $a Říčná, Dita. $7 xx0201081 $u Interní hematologická a onkologická klinika, LF MU a FN, Brno
- 700 1_
- $a Volfová, Pavlína $7 xx0126236 $u Interní hematologická a onkologická klinika, LF MU a FN, Brno
- 700 1_
- $a Kocmanová, Iva $7 xx0147294 $u Oddělení klinické mikrobiologie, FN Brno
- 700 1_
- $a Mayer, Jiří, $d 1960- $7 nlk20000083651 $u Interní hematologická a onkologická klinika, LF MU a FN, Brno; Středoevropský technologický institut (CEITEC), MU, Brno
- 700 1_
- $a Ráčil, Zdeněk, $d 1974- $7 mzk2006354038 $u Interní hematologická a onkologická klinika, LF MU a FN, Brno; Středoevropský technologický institut (CEITEC), MU, Brno
- 773 0_
- $t Klinická mikrobiologie a infekční lékařství $x 1211-264X $g Roč. 18, č. 4 (2012), s. 109-114 $w MED00011029
- 910 __
- $a ABA008 $b B 1913 $c 339 b $y 3 $z 0
- 990 __
- $a 20121113161815 $b ABA008
- 991 __
- $a 20180424084035 $b ABA008
- 999 __
- $a ok $b bmc $g 958452 $s 794035
- BAS __
- $a 3
- BMC __
- $a 2012 $b 18 $c 4 $d 109-114 $i 1211-264X $m Klinická mikrobiologie a infekční lékařství $n Klin. mikrobiol. infekč. lék. $x MED00011029
- LZP __
- $b přidání abstraktu $a NLK 2012-47/vtme
